BtaINT0156619 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020296 | UBR3
Description
ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3 (putative) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30467]
Coordinates
chr2:26403677-26410226:-
Coord C1 exon
chr2:26410090-26410226
Coord A exon
chr2:26403763-26410089
Coord C2 exon
chr2:26403677-26403762
Length
6327 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAGGT
5' ss Score
7.92
3' ss Seq
TTTTAATGCTTTGCTTACAGAAC
3' ss Score
8.09
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGAAACCAACTTAAGTAAAGAAATGGAATCTGTAATGAAAGATATAAAAAATACCACTCAGAAGAAATACAGAGATTATAGCAAGACTCCAGGCTCACCAGATAATGATTTTCTCTTTATGTATTCTGTTGCTAG
Seq A exon
GTAGGTATATATAGTATATACTTTTATATTTACTTAGTAATAATAGTTGATTTTATTGTTTTGTCATTCATATTTATATGAAGAAAGATTGCATATTTTTAATGTGGTTGGCATTATGACTAGTTTTAGAACCTCCGAGGAAGTCTATAAAAGTACAGTTTTCATTTCCTTAGGTGTTTTTATTTTAATAATATATTGGTTTAAGTGTTATTAATCATCATAGGATATGTGAGGAAAAGTATATTATTCACATCTGGGGACAGATACATACCTCAAAGCATGTGACTATTATATATGAAATATGTTGTTAAGAAATCACTGTTCAAGTCCTGTCAAAAAGCAATAATACTAATAACTGAAGAATTATAATATGTTAAGTATTTTTAATTTCTAAAAAAAGAAGTAAGAACAGTAAGAAGAACTTATTTGGTTTGTTTTAAGCTTGTGAAAGATCTAGTAATATTCTGGAAGACTATAGGTTGTTTAGAAAGTCAGATAAAGGAGAAGAAACTCTTGTTTCCTGATCTCTTGATCAGGCATGTTTTAAACCTTTATGAGTAGCTACCAGAGACTCAAGGAAATGGAGGCAAATACTTATCTTTCAGATTAGGTAGAAATAGTCTAATTGACTGAGTAGGTGTTCAGTACCTAAAAAGTAATTCTAAATAGGAACTTTAGAAAACTTAGTTGAATGAAAATAGAGACACATAAAAAAAAAAAAAATAGGAGAGCTGCAAGTACAGTTAAGAACTTGTAAGCATATTCTGCTGGATCTGATATCGTCGACCCTTGAATATCTCTAGAAGCATACTTGGTATTTTGCCGAAGTAATATTGTAATAGGTAAATTTAGAGAAGTAATATGACTTGAGTCATGCAACAAATTAGTGGTAGAGTAGGACTAGAACTCAGGGATAGCGTTCTTTGTTCAGCTTCTGTAAGTCATATATACATGCTGTTCATCATGGCCATTCTCTGCTCCATTCCTGAGTAGAGGGTAAGGAAAGAGGGAATGGTCTCTGTACTCTTTTGAACCTAGGAAAAATGGAACCAGATTTAAGAAAATTGCAACGAGTTAAACCTCAAGATAAGAAAACACTAGTTTTTGGTCTAAGAATGCAAATATTGGACAGAGATTGATATAAAGGGATCTGATGGTTGGGAAAGTAACTTTCTAGTCTGCCATTCTTAAGCTGTTGTTGATATTTATCCTGAATGCTTTCAGGAGAGATATAACAGTTAATCTAACATTTTGTCTCTGAAGGGTTACCAATTGCATACTTGCAGTAAAGTATACTTTATGTGAAAACTAAATTGAATGTAATTTAATTTTGCCTGTTTCAAGGTTTTATAAAACTTCTGTATGATATTGTGGTAATAATGTTGTAGAAGACTGGGATGGATGTAGACTTTATGCTCTCTATATATCTATATATGTATACATATAAACATACACACATATTTATGTTACTTGTATATTCATGCCTTTGATTTTATTAGGACTGATCTTAAAAGAAAATCCTGGTTCAGTGGGAATGATCTGTATGTGGAATTTTGCCATATTATTATAAATCAAATAATTTGATTTAAATTAATTTGGTAGAAATTTTGGAATTCCTATTTCTTGGTTTTAAATATATAAAGTATTTATAGAATATATTTATATAATTTGTAATAGAAATATTTAGAAAGCTTATTGTGATAATGGGAGACTTTTGGAATCAACATATTTTTGTTTTTCTTTTTTATATAGAAGCAGGGACAGATAGCAAATGTTTCCTAAGGCTGCATGTAGAGAAATGTAGAAAATATACTCTCCTATCTCCCCTTCCTTCTCTGATCCTTAGTGATAAACTCTAAAGCAACAATATAGTAATTCCAAAAGTGAAAGTATATAACCTTTAAAAACTTTATCCTTTGGTTAAAATTACCCAGGCCGTTGTAGTGTTCTTACAGTGAGATTGCTTGCCCTCTCTAAGTTTTACTTAATCATTAAAAAGAAACACATAAATGAAGTGACTGAAAAATTAACAAATACATGAAGGAACAAAGCATGTTGTATTCTATTTGAATAAGATGTAACTTTTTCAAGGTAGTAAACCAGATCTTTACAGTTATCTTCTGCCTACTGTATAATCTTGGTTCATTAAATACTTATGATTATAGATTATGATCATTTTTATGCCTAAAAGGTAAGCATTGAAATATTTAGCAGATTTAAAATAGTTTAAAAAAATGTTTAGAAATAAAATTAATATCAGTTATTTAACTTTTGAATTAAATGTTGTGATTCTTAAATGTATAGTCATTCTATAGTGTCTGCTACTGCTGCTGCTGCTAAATCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGGCGGAAGCCCACCAGGCTCCCCCATCCCTGTGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGCGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTATCCGACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCTCTATAGTGTCTAGTGTGAATGTATTTGTTTTTGACATTTGTAATTTGAATGAGATACAACCCTAGTTTCCCAGAACTCAGTTTCTTCTATCTATATAAGTAATTTTGTTTGCTCTTTGGGGAGCTTAAAGTTTTTGATGTTTAGAAACAAAATATTTCTAGTAGGTAACTAGCATGTAAAGCTTTTTCTTTTAATAATTGTTTTCAAGCTTTATTTTTTTTGGTAGGACAATATGTTTCTCTTTGTTTTAAATTTTATTTGTATGGTAAAGCCTTGGAGGATTTTCTGAGGGCAGCAGAGAAGAAATTGTTGGAATGGTCTCTTTTTGTCACATTGAAATTAGTCAAAATTACTGTATTCAAATTTTAATGTATTTCTAAGAAGCATTTTGTTGCAGTTATCAGTCATTCAGATGGATTATGGAAAGTTAATTTTGGGGAACAAAGCTTTGTCCATTTCAATGTCAATTTATTATTTCATTATTGAAATAATGAATCACACTAATTTGAGTAATTGATTTTTCTAAAGATTTTGGACCCAAAGTTATATTTAGCTTAGAATTATTAGTGAGTAGTACTTAGCCTGTATATAGTGAGAAACATGGAAAGAAGGTGATATATGAGTAACTGAATGTAGATGGAGAGGTATCTATAAGATCTGAGTGGATGAACTGTTCAGTAGAGTGAATGCACCTTGCTTTATACATTGGTTGTATTGTAAGTTTAAACTTTATAAACTAATTATATTTGAAATAAAAAGAATGATTACTAAAACCCAAATTGTGAATGCTTTTTATTTTTAATGAGTTTGTTCTTAATTGGAAGTATTTAAAAATTTTTATTTTTCTTGGAGTATAGTTGCTTTACAGTGTTGTTAGTTTCTGCTATGTAGCAAAGTGAATCAGCTATATGTTTACATATAAATCCTTTTAAAACAAAAGGAAGGTTCAACAAGATAGAGAATAAATTACAGAGACTAGAGAAGATTATCATTGGTTACATATCAAAACAAAGTGAGGGTCAGTTCCTGGGAATTTTTTGAACACTTTCCTAGGTACCATCAGGGATTTAGAAGCTGTATTTGAAATGGCTCCTGCTCTCCAGGAATTTACAGTTTAGTTGGAGAGACAACTGTTTAAAATGGAATATATTTTGTTTAAAAATATATATCATATTGAGAAAGTGCTACAGAACTTCAAAAGGGAAGATGAGCTGACTGAAATATAAAGTATGTAGAAATGCTTCCTTCCTGTTCCAAGAAAAGGGAGTAGTTCTCCCTAACTCCTGCAGAAGTTAGAGCTTGAGCTGAGTATTTGATAATATAGGCCATGCCATGGTATGGATGAAGATGTTTTCTTCTCTGAGAAACGAAATTACCTGGTCAACTAGTAGGGGCAGGCCCAGGCCTTGAACCCACATTATATGAGTATGTATTTCAGTGTCCCTCTGTGTGTATGTGTTCATACACACATTTATTTTTCAAATTATAGCTCCAAAAATATGTTAGTGCCAAAAACGGGGTAAAAGGGAAAGCATACTTGGAGAAGCAAAAAAAACTGGAGCATAGTTGGAGTTTTTGTACGGGTATGTCTAGGTGGCCACCATGATAGGCTTTAAGCAGTCTTTCTCATTTTTCTTTTAAATACAGAGATTTTCTCTTTTTTTTTTCCTCCCTTCCAAACTAATTTGAATGTGTTTGTGTTAGGAGATATAGAAAGTTGTGTCTGCTTCTCTCAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAGCAATACTTAAGGGGCCAATTTTGTTATAAATTAGATAAGGAAAAGCTGATTGCTAGGACTTCTGACATAGTGATTTTTTAAAATTCTACATACTATTCTAACACTTTGGATAGGTATTTTTTGTTTAACTCAGAAGAAATGTTGTACAGGAGATCTTACAACCATAATCTGAAGTTAACTAATTACATTTGGCAGTTTTCTTTCAAGTATCCTTTAAAAATAAAATTTCTGGTAACATGTTTATCATCCTTTAAAATATCTTATTTGATGATAGAATAAATAGACTTGTTCTTGTACTTATTTTTTTATGAATACTTTTGCAAATTATGCTGAAATAAAAGTTGACATTCTGGTTCTGACTTTCATTTGTAAGAATTAATTGTGTTTCTGGTTAGCTCTGTTAAAAGTACTAACTAGGAAATCTTAGTTTTTATAAGAGAATATAGCCATTAATTTTTTTCTACAGATTAGGCAACTGAAGATTTGTGAAAACAAAATGTATTGATCTCATTTATATTCCCTTGATGAAGGAACACATGCTGGTCTCCGCTCGCTTTCTG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Seq C2 exon
AACCAACTTGGAACTTGAATTAATTCATCGAGGAGGGAATTTATGTTCAGGTGGTGCAAGTACAGCTGGTAAAAGGTCCTGTTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020296:ENSBTAT00000061386:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.391 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]