HsaINT0176824 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144357 | UBR3
Description
ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3 (putative) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30467]
Coordinates
chr2:170008804-170015366:+
Coord C1 exon
chr2:170008804-170008940
Coord A exon
chr2:170008941-170015280
Coord C2 exon
chr2:170015281-170015366
Length
6340 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAGGT
5' ss Score
7.92
3' ss Seq
ATATAATGTTTTACTTACAGAAC
3' ss Score
8.32
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGAAACAAATTTAAGTAAAGAAATGGAATCTGTAATGAAAGATATAAAAAATACCACTCAGAAGAAATATAGAGACTATAGCAAGACCCCGGGCTCACCAGACAATGATTTTCTCTTTATGTACTCTGTTGCTAG
Seq A exon
GTAGGTATATATAGTGTATACTTTTTAGTTTACTTACTATTAATAGTTGATTTTATTATTTAATAAATATTTGTTTTATTTATTTAAAGGATGCATATTTTTAATATCAGTTGAAATTATGGCTAGTTTTAGTGCCTGCTAGGATAACTATAACTGTGCAGCTTTATTTCCTGAAGAGGTTTTATTTTAATGAAATATTTGCATAAATGTTACTAAACATTATAGTACATGGGGGAAAGTATGTTACTAACATTTTGGGGCAGATATGTACCTCGAACATGTGAGTATTATCTATGAGACCTGTCAAAAAGTGATAATACTGAGAACTAAAACGTTGTAATATGTTAAACACTTTGATTTATGGAAAAATAAGAACAGTAAGAAATAGAAGAACTTTGTTTTAAATAGAAACCGAAAAGATCTAGTGATAACCTAAAAGACAGGAGTTTAGAAGAATCAGATAAGGGAGAGGAAGCAAGGGATCAGGCATGTTCTAAACCTCAATTTGTAGTGAGTAAGGGGCTCAAGAAAGCTGTTAGAAGTGAATGTTTCTCATCTTTCAGATTAGGAAGGATTAGTCTAATTGTATGCAATACAGAAGCAGTAGTTCTAAATAGGAATTTTGGAAAACTTGAGTGAAAATGCAGAACCATAAAAGCAGTAAATAGAGGAAAAACAGACACAACTAAGAACTTGTAAATGCATTCTGCCAAAACTGACTCTGTACATCCTTGAATATCTTTGGAAGCATACTTTATATTTTATCTAAGTAGTATTGTAATAGGTAAGATTTAGAGAGGTAATGTGACTTGAGGTCAATACAGCAAGTCTGTGGCAGAGTAGGATCTCTTGAGTCAAGGTTTACTGTTTTTTTCAATTGCTATCTTCCTTTTTCCTCTCCTATGTTTAGCTTTTATAGGTTCTATTATGTATATAGTTGATCATGGCTATTCTCTCTGGTCCACTCCTGGAACAGAGGGTAACAAAAGAGTAAATGAACTATACATAGCCTTTGGAACCCAGGAGAAATGGAACCAGATTTAGAATAATTGCAGCAAGCAAATTAGAGCTCAAGATAAGGAACATTAGTTGGTCTGAGAATGCAAATACTGGACATGGGTTGATGTAAAAGGATTTAATGGATTGGAAAGTAACTTTGTAGTCTATATATTCCTAGCCTCTTGTTTATCTAGAATGTTTTTGGGGAAGACATAACATTTAGTATTTTGTTTCTGGAGAGTTACTAGTTACTACATTCTTGCAATAAAAGACACTATGTGAAAACAAAACAATATAATTTAACTTTGCCAGGGTGCCAAGGTTTTACAGAACTTCCATATGATATTGTGATTATAACATTGTAGACGATTGGGTTGAATATGGATCAACTCAGTTCTGTTATACATATTTATACACAATCACAGACCTACACACATTTATGTTGCTCATTTATTTATGCCTTTAATTTTATTAGAGTTGACCTTTTAAGAAAATCTTTATTGAATGGGAATAATCTGTCATTGGAATTTTCCTGTAGTATGATAAATCAAACAATTTGATTTAAATATAATTTAGTGGAAGTTTTAGATCCTTATTTCTTGGTTTAAGTTTGTAAGTAACTTACAGAAAAAAGCTTGCAGTGATAGTGGGAGACCTTCTGGATCAAGACATTTTGGTTTCTCTATTTTTTAGAGAAGCAGGGACAGATGTCGAATGCTTTACTAAGGTGTAAACGGAGAAACAGAGAAAATATACTTCCCCCATCCTTTTCTGAAACTTAATAAATTCTAAAGCAGCAAAACAATAATTCTGAAAATGAGTGTATATAACACTTTAAAACTTTATTATCTTTTGCTTGGAATTCCCCAAAATATTGCAAAGCTCTTCCAGTGAGGCGGCATTCCTTCTCTAAGTTTTACTTAGTCATTACAAAGAAAACAAAGGCTGGGCATGGTGGCTCACACCATAATCTCAGAACTTGAGAGACCAAGGCAGGAGGATTGCTTGAGACCAGGAGTTTGAGACCCGCCTGGACAACATAGTAAAACCCTATCTCTATGAAAAATAAAAAAAAATTAGCTAGGTTTGGTGGCACACATCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGATGGGAGGATCCCTTGAGCTACAAGAAATGAGAGGTCAAGGCTATAGTGAGCTGTGATTGAGCGACTGCACTTCAGCTTGGGCAACAGAGCAAAACCCTGTCTAAAGAAATAAAAAATAAGATAAACAAATTGACTCAGAAATTAACAACATATATTGAAGGAAAAAAGTATGTTGTATTTAAATACATTGTAATTTTCTCAAAACAGGAAACCAGGCCTTTTATGCATAACATATAACTTATTTATGCATAACATATAACATTCCTAAAAGGTGAACATTAAAATATTTAGCAATATTTAAATATTTAAGTAGAATATTTAGCAATAAACTTACTTTGAATTAAGTTTTGAATTAAATGTAGTGATTTTTAAATGTATAATTCATTAGAACTTGCACATTTATTTGTATTTAGTATTAGTAACGTGAGTGGAATACAACCCTCATTTCTTAGAGCTGGATTTCTCCCTGCTGAATAAGTAATTTTGTTTGCTCTTCAGAGGGTTTGAATTTTGGATATTTAGAAACAAAGTATTTCTGGTGAGTTTTACAGCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAGACAGTACATGTCTTTTGGTTTTAAATTTTATTTGCATGGTGAAGCCTTGGAGAATTTTCTGAGGGTATCAGAGAAGAAACTGTTGGAAAATCCATTCAAATTTAAAATGATCTAAAAATTAATCAAAATCATTACATTCAAGTTTCAATATATTTCCAAAATTTTCATTTTATTACACATGTCAGTCATCTATACAGATAATGGAAACCAAATTGGGGGGAAGAAGGTTTTCTTTTTTCAATACCAATCATTATTTTGTTCTTGAAACAATGAATGACATGAATTTCAGTAACTGATTTTTCCAAGGATTTTTGGACTCAAGTTTCATATAGTCTAGAGATACTGGTGAGTAGCAGGTGGTTTGTATAGAGAAAAATGGAAAGAAAATGAAACATAAGTAACTGCAATGTAGGTGGAGAGACATCTTTAAATGGTGGGTACTCAATAGAGTGAATGTACCTTCATAGGTTACTTTGTAAACTAATCATGTTCAAAATAAAAGGGACGCTTGCTAAATACCAAATTATGAATCTTTTTAAAAAAACAAAAAATTCTTTCCTAAAACAATCCTTTTTTGGGGCTTGGTGGGGTCAATACTGGGTTTAAGGGAATGGAAGAGTTAGGAAAAGAAAGAAAATAAACTGCAAGGGCTAAAGAGAATCTTATAATTGGTTACATATCAAAAGAAAGATGTTGTCAGTTCCCATTTTTTTTCTTTTTAAGCATCTTATCAGGTACCCTGGGGATTTAGAAGCTATATTTGAAATAGTCCCTGTTCTCCATGAATTTACAGTTTAGTTGGAGAGATGGAACTAATATAACATCAATCTATATAACAGAATATAATTTGTTTTTAAAAATATCATATAGAGAAAGCACTGTAGAACTTCTAAAGGGAAGATGAGCAAATTGAAATATAAAATATGTGTAAGTCCTTCTTTCTGTCCCAGGAAAGCTTCCTGGAGAAGTTAAAAGTTGAATTGCCTCTTGTATAATATAGGCTGTGGTATGGATGAAGATACTGGTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCTGAGAAATTGAGTAACTTGCTCAACTACTGAGTGGTAGACTCAGGCCTTGAACCTAGATCTCTTTCCAGAAGCTTTGCCCTTTTCACCAAACCAACGTGTGTTTGAGAATGTGGGGTGTGTAGTGTGTGTACACACGTTTGCTTTTCAAATTATAGTCTAAAATAGAAGTTAGTGTTGAATGGGGGGATTGAGAGGACAGCATACTTTGGTCATGCAAAAAGAAGCTGGAGCATAGTTAGAGGGGTTTTTAATGTGCACATCTAGGTGGCCACTAGGGTAGGCTTTAAACAGTCTTTCTCATCATTCTTTCAAATGTAGAGATTTTCGCCTCTTTTTTTTCTTCCAAACTAATTTGAATGTATTTGTGTTAGAAAATATAGAAAAGAGTCTGCTTTTCTTTGACAGCAAAAAGCTCGGAAAACTTCCACTCCCAGCATATCTTTATTTTTGCATCATTCATTGAGGAGGAAAGAAACATAATATTGCTGTGTGATTTTCAGCAGTCGGACATGGGACATATGACCCATTTGTGTGTTCTTTAGCATGTCTCAAAGGACCAATTTTGACATATATGAAACAAAGAAAAGTTGGTATTTAGAGCCATATTGATTTTTAAAATCCTAGATATTGCTGGATACAGTGGTGTGCGCCTATTCCTGGATACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGCTTGAGCACAGGAGTTCAAGTGCAACCTGGGCAACACAGCAAGACTTCATCTCTCAAAAAAAATTTTTAAGAAATGTAAAATCCTAGATATTATTACACATTAATCCTTTGGATAGGTAGTTTTTGATTTTTAATTCAGAAAGAATATTGCATAGGAGATCTTCCAGTCATAATCTGGAATAATTAATTAGATTTTACTAGTTTTTTTCGAGAATTCTTTACAATGAAATTCTTAGTAATATGTTTGTCATCCGTTATATTTGGGGATTGAGAAAACAGAATTGTTCTTATATTTATATTTTAATAAATATTTTTGCAAATATGGTGAAATGTTGACATTCTGGTTTTGACATTCATTTGTAAGTATTGTTTGTGTTTCTGGTTAGCTCTCTTAAAAGTACTATCTAGGAAATCTTAGTTTTTATAAGAGAATATAGCCATTAATTTTTTTCTACAGATTAGGCAACAGAAGATTTGTGAAAACAAAATGTATTGATCTCATTTATATTCCCTTGATGAAGGAACACATGCTGGTCTCCGCTCGCTTTCTGTCCACT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Seq C2 exon
AACCAATTTAGAACTTGAATTGATTCATCGAGGAGGCAATTTGTGTTCAGGTGGTGCAAGCACAGCTGGCAAAAGGTCTTGTTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144357:ENST00000272793:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.387 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains