RnoINT0159652 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008616 | Ubr3
Description
ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1565257]
Coordinates
chr3:56242357-56249065:+
Coord C1 exon
chr3:56242357-56242493
Coord A exon
chr3:56242494-56248979
Coord C2 exon
chr3:56248980-56249065
Length
6486 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAGGT
5' ss Score
7.92
3' ss Seq
CGTCAATGCTTTGCTTACAGAAC
3' ss Score
6.59
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGAAACCAACCTAAGTAAAGAAATGGAGTCTGTAATGAAAGATATAAAAAACACCACTCAGAAGAAATACAGAGACTATAGCAAGACCCCAGGCTCGCCAGACAATGACTTTCTCTTTATGTACTCTGTTGCTAG
Seq A exon
GTAGGTATGTGTAATAGATACTAGTATTTCCTTAGTATTAGTTTTTTATTGTTTAGTGAATCTTTGTTTTATGTTACCATTTGTATTTGTGTAAAGAAAGGTTATGTATCTTTAATGTTGGTTAAGAGTCTAGCTAGTTTTATAGCCTCCCAGGAGGTTATTTTCTGAAGTTATTTTTAAATTACTTGATACACAATTTGGCTGCTGTTGAACATCATGGAACATAAGGGGAAAGTATATTATTAATACTTGGGGCAGATAAGTCCCTTAACATATGGCATTTTATGTATGATGGAGTCTTGTTAAGTGCTTATGCCGAGAACTAAAACCTCATGTTATATGCCTTCATTACAGAAATGAAAGCTGCAGGAGTGGAACTTGTTTCTTTGTTTACATGAACCAAGTGAGGGCTCTCCTGGTGTTAGGAGATGCCAGGTGGTTTAGAAAGCCAGCGAAGGCAGACAAAACAAGCAGCCAGGTGCGCTAGCCTCTGCCTTTGGCTGGCAGACTCAGGGAAGCAGCACTCGTTTCCATCTTCTGAATTAGGGAATTAGCCGAGTTGCTGAGTAGCTGGATCATCCAATGCACACATCTAAGCAGGACTTCTGGAGAATGTCTGAAAGTGGAGAGCCGTAAAAGAGGGAAACAGGGAAGAAGGAGGTATATACAGCTAGACATGAGCAAACGCCCTGCTGAAGCCGGCACTGCAGAGCCGTGTCTGTCTTTGCAGCACACTTCTTATTTTGTTCAAATAATAGTGTGGTTGGTAAGATTTAGAGAGATGATGGGACCTGAAGCCATTCAACAACTTTACTGGCTGGACTTCATTTGAGTCAGAATTCAGTGGTTTTGTTTTTTCAGGTAGTCATCTTCTTGTCTTGTGTTTACCTTTCATAGGCTGTGTTCTGTTTTTAATCTCTTTGCCCCACTCCCATAGCAGTGCCACAGAACAGTAAGTGAAAGAATCTGTGTAACCTTTAAACCAGGGAAGTGGGTCCAGACTGAGAAGGAGTTCAGCCAGCAAGTTAGAGCTTGAGAGAAGGAACCGTACTCCTCAGGCTGAAATCATGAGTGCTAGACCCAGGTTGATGTGGAGTATCTGTGCACCAGAAAATGACTCCCAGTCCATGTGTTCCTAGGCTGTCGTGTAGCTAGAATGCTTTTTTGGTTTTGTTGGGTGGTGAGGAATATAATTATTATTTTGTTTCTGGGGAGTTACTGTTATTGCGTGCTTATAAGTAAATATGCTTATAAAACTAAATTTAATATAAGTTAATGTTACTAAGGATCTAGGATCATGCATAGCTTCTATATAATATAGAATTGTAACATAGAAATTCAGTTGAATGCAGATCAACTGCTGTACTTACACACACACACACACACACACACACACACACATACACATACACACACTCTCTCTGTCTGTCTCTCATCTCTCTTGTGTATTATGCCTTCAGTTCCACTAGAGTTGGCATTATTGGGAGATCCTGAGATCGTGATTGAAAGGGAGTGGTCAATACATGGAATTTTCTTGTAATATGACAAATTAAATAATTTCATTAAAGTATAATTCAACTGAAATTTAGGTCCTTGTTTTTGCCTTAAAATAGAAATAGCTTATAAAAAGGTTATAGTAACAATATGTTTCTCTCTCTTATGGAGAAGCAAGGACAGGGTCAGATGCTAAAGGTACAGGGAGAGGAACAGAAAAGTCATACTAACATCCCACCCTTCTCTGAACCCTAATAATAAACTAAAACAGTGAGACAGTGATTATTTGATTAGAATAATCAAACACGTACAGTCTCACAGTGAGCTTGCAGTCCCCCCTAAGTCTCACTTAGCTCTTTTGAAGAAAACAAATGAAGGCCAAAGTGACTCAAAATTTAAATCTGAATGAAGAAAAAAGTTGTCATCATATCGAGTAGAACATAATGCCAAGATTCAATACTAGGCCTTTATCTCACTCTAACATGCAACTTGTTTCATTATTTAAATCCTATGAAATATGTTAATACCTACCTTTCAGAAAAAATATTTCTGAAACTATTAACTATTTATGAAAGAAGTTGCAATTCAATGTTATTCAAGTAAGTACGAAATAAGTTGTAATTCAAACTTACTTTGAAATGACTTAATTTTTAATTCTTTGTGATTCCCAGAACTTGAAGATACATTTATATTTGGCATTTTAGTAGGACACAGTTCTGGTTTTTGAGTTGTATTTCTCCTTTGTAAGTAATTTTGTTTGTTCTTCAGGGAGCATAAAATTTTGATATTTGGGAAGAGAATGTTCCGTTTGCTGACTGGAGAACTTAGTATTTTTATGGAAAGCGTACACGTCTTTGTTTTTTAATTTGATTTACATGAGCACCCTTTTGAAAAAAAATTGAAGGCAACAGAAGGAAACTGTATTTTTAAAAATTATTTCTCAAATTAACCATACCAACTTTATGCATTTCAACCTATTTATGAAATTTTTGTTCTATTGCAAATATTAGTCATGAAAATGGATTATGAAAAGATTATACTAGGTAAGAAGGCTTCCTCTAGTATCCGTTCACTACTGCATTACTGAAACTAAGGAAACAAGACTTTCAGTACTTGATTTTCCCACCAAGGACTTTTGTATCTAAGTCACAAACACGTTAGAGATGTTGGTCTATAGCTCTGTGTGTGTAACTGTGAGGACATGGAAATGGTAGAGAGAAGACACAGACAGGAGCCTTTTGAGATGCAATCATGAATGGATTGGTATTCAGTAGAGTGAATATATATCTTTATATACTGTATTGTAAGTCTAGATCTTTAAAAGTAGTTATGTTGAAAACTAGAGGAGTACTTCCTAAAATGCCAAGTAATGATGGCTTTTATAAGAAGCACTGGCTTCTCTGCACATGCTGAGTGCACAGTTCTGAGCTAAGCAATCCTTCCCTCTCAGCTTCCTGAGTTGTAGGGACTGCAGGCCTAAGCCTCCATACCCAGTGTCAAACTGAACTCTTTCAGTCTTTTGCTTTTGATTTAAAACACTTTTTGAGGTAATGTTCCCCTTGAAAACAGTCTGCCTGCCCCACTTCTTTCTCTTTTGTTGTTGCATTTAAGGATTGTTGGAATAAAACAAAAGGAGATCAACTACAAATCAATAAATAAAAGTGTGTGTGCAGTATGTCTTTGTGTGTGTGTATGTGTGCGTGTGTGCATGTGCGCCTCCCCCCACCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCGTCTGCAGTTGATGTGGAGTCTCTTCTTCAGTCACCTAACCTGGAGCTTTCTGTTTAGGTACCTCACTAGCCCCTTGCTCTGGGATTCTCTATCCAGTTCCTGAATGCTGGGCTTTCAGAGGGTCTGGTAAATCTTTCTGGCCTTGCGTAGGTGTAAGAGTTCTGCTTGCAAGGCAAGCATCATACCCACTGAGCCATCTTCCCAGTCTGACCATGGCTCTTTTTTGTTTGGTTGTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTAATAAATCATATTGGTAAGTATCATTAGGGATTTAGATACTAAGTCATGGTTGCTTAAGCAACATTGTATGTAAACAGAATAAAATAGGTTCTACAAATGTTATATTGGTAAAATGCTATAGAACTTCAAAAGGGAATATAAACAAATTAAAACAAAGTGTATGAAATATCTGTTTTCTCTCTCAGAAAGGCTTCTTAGAAGAGTTATGTCCTCATTCTAGGCTGGCAACCCAACAGAATAACTTTCTCAGACAATGAAGTGGCTGGTTCAAGGCCTCAGATCTGTTCTCTAAAATCTTTGTACTTTCTATTGTTACAGTTTGGTTTGATTCTCATTCTCTGTCTCTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGAGTGTGCGTGTGCATGCACACACATATATTTGTTTTGTTTTTTTTTTTGTGGTTGTGTATGTATATGTATGCCTGCACATTTGGTTTTTTTGTGGTTGTATGTGTGTATGTATGCCTGCACATTTGTGTTTTGTGGTTGTGTGTGTATATATGTATGCTGCACATTTGTGTTTTGTGGTTGTGTGTGTATATGTATGCCTGCACATTTGTTTTGTGGTTGTGTGTGTATATGTATGCCTGTACATTTGTGGTTTGTGGTTGTTTGTGTATATGTATGCTGCACATTTGTGGTTTGTGGTTGTGTGTGTATGCCTGCACATTGGTTTGTGGTTGTGTGTGTATATGTATGCCTGCACATTTGTGTTTTGTGGTTGTGTGTGTATATGTATGTGGTTGTGTGTGTGTATGTATGCCTGCACATTTTTGTTTCAAATTATTGCCCTAAAAATAACAGGAAGAAGGGGAACGTAAGAGGAGCACAGACTTTGGGCATGGATAAAGGGGCTGATGTTTCTTTAAAGGACTTCTTAATGCTTGGTGTATCTAAGTCTCCAGTGATAGCTTTCTACAGTCTTGTCATTCTTTGAAATGTAGAGGTTTTTCTCTGCTGCCAAATTCAGAGGGTATGTTTGTGGTAGAAAGTATAGAAAATAGAATTTACTTTTCTTCAAGAATAAAAAACATAAAAAGTTCACTCCCAAATTATGCTTATTTTTGTATTATACATTCAGGAAAGAAAAGCAGATTGCTGTGATTTTTCAACAGTGGAATGTAATAGGGGAAATGCCCACTTGGATGGCTTAGTCTAGTGAGTCTTAAAGTTTGGGTGGAAATGAAGCAATGCAATGTTGATGGTTAGGGCCTCTGACATTGATTTTTTTTTTTAAATTCTAAATATTATGCATTAACTTTTTGTTTAGTTTTACAAAATGAAATAGAAATGTTGCATAGATCTTCCAGTCATATTTTAAAATAATGTCAGACTTAATAGATTTATTTTCTTTAGAGTAAAATTCATAATAACTTATTTGTCATTCTTTAAAGTATATTTGGTGGTCCAATAAACAGAACTGTTGTTATAATTTAGTGAC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Seq C2 exon
AACCAATTTAGAGCTGGAGCTGATTCACAGAGGAGGCAGCCTGTGCTCAGGCGGTGCAAGCACGGCTGGGAAGAGGTCTTGTTTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008616:ENSRNOT00000011380:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.283 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]