BtaINT0162184 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001585 | WIPF1
Description
WAS/WASL interacting protein family, member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12736]
Coordinates
chr2:22284669-22294719:+
Coord C1 exon
chr2:22284669-22284782
Coord A exon
chr2:22284783-22291652
Coord C2 exon
chr2:22291653-22294719
Length
6870 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTGAGT
5' ss Score
7.97
3' ss Seq
TTGTCTAATTTTTCATCAAGGTG
3' ss Score
6.11
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAGTGGGAAAGCAGATTTTACTTCCATCCGATTTCTGATTTGCCACCTCCAGAGCCATATGTACCAACAACCAAAAGTTATCCCAGTAAACTGGCGAGAAATGAAAGCCGAA
Seq A exon
GTGAGTATTTCTACAAGGGCTTTTAGATGGCTTCATACTTGAGTAGCCTGGGTCACACACAACTGAGGGTTGTGTAGGAAATCCAGGTCTTTTGTCTGGAGCGGGGAGATTTCCGAGAAATTACTCCTGGATTTGGAGCCATTTAAATGGTAAACTCTCCTTCTACGTTCATTGACGAAAATAGAGACATCCAGAATGCATATGAGAAGCGATTATTTTAATGTGTCATTATAAGTTCAAAATACTTTTAGTTTGCTAGTAGGTTAAATTTTATTATTTTGGTTATTTGGACAATCTTTCCCCATTTTGATCTTCCTAAAGATGGCACAGTTAGAGTCTCTTCTATTCCTGCTAGTTTTGAGACTGGCAGAATGTCTCATTAGTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAACTCACTGTAACTGTTTTGATCTTTTAAATATAAATTTACAGAGCATTACATGAAAATTTTAAGTATGCCTATAATCTCTCTGCATAACAGATATTTTCATTTTACTAGGTTCTCTTTAATTTTTATCTATCTAATTCTGATTATATAGTTATAGGATATGAGTTTTGGGTGATGAAATTTATATAACATTGCTAAGTGTATACTTCCCTATTTTATCCCTTGGTTTTTATTTTACAGGATTCCGTCAAGTCAGCATATAATAATTTAGTTTACCATTATTGGACATTTAGATTTTTTTTAACAAAAAATTTATACAGCTAAGGAAGAATTAGTGTGAAATATACATATATCTTTGATGGGGCTCTGTCTTATAACAATGTTAGCTTCAGAACCAAACTCCCAAGCCACAAATGTGTGGAGAAAAAGTGTATGAGCATGTCAAACAGCTGTCATATATCCCTAGCCTTGTGCTCACTGTCCAGCAGAACTCCTTCACATACTCTGAACCTACTGACTCTTTCTTAATACATAGTTCTCAAGTTTTGGTTGGTTGGTTCCCAGCTTTAGAGCAGACTAGTATCAGCTGAAGTCAAGGTTGGTTACAAGCAAAATCACTGACTTTGGGGAGATGATAGGTGGCAGTCTTGGGTCAAAGGAAGAGCTAGGGACACAGCTGTGCTAGGTATCACCACACAATACCAGATACGTCTAGTGGGTTATTAAAAATGGACAAATTTTGCCTTGTGCCTCTGTTGAAGAACTCAAAGAGTTAGAAAATATTATAGAAAATTTTCCCTGAAAAAAAATGCCAAAAGTAAACAGAATATTTTACTGAAAAGACCAGTTTAAGTCCTAGAAAAAGTTATGTGGAGTACTGAATTCTAGATAATACCTAGTAAAAGAGGCATAACTGTAATAAAATTATCATGCAGGAGTTGGTGGTTGAAATTTTTGGCGAAAAAGTCTTCACATGTGACAAATGTTCTTGAGTTTGCTCTCTCCTCACCCCACCCTATCTGTGCTATTTATATATTTAAGTCAGTAACAGAACCATCCTCCCCAGCCCCTTTAGATTTTTAATTTAATAGCTGAACACATTCCTTCCCCCTACCTCCTGTCTTCATGACTGTCTGCACCGTGAGGACTGGAACTGTGTCCCTGCTCACTACTGTGTCTTCTGCAAGTGGCACAGAGCTTGAAATACAGTAGGCATTTAAAAATATTTCTTAAATTGGTGAATTAATTTCCACAGCTTTCCAAAAATGTTCTTGTACCTTTAATATTTCTAGCATTAAGCATGTTTAATATTTTATAATATAACTGATCGTATCTCTAACACAAAGTGCTGTGGAGTGGTTTTATCCTGCTCCTGTACCTGCCTCTTCCTCCGAGCAGAGCTGCCCTGGTAGGGCACCCAGACAGCCCTAAATAGCACAACCTACTTGCAGCTCTGCACAAGGCCAGCCCTCGATGTGCTAACCATTTGTGGTGTTATCAATTGATGGTCAGGGCTTCGTGACAGATGGATGGCTTACATCTAGGCAGTCTTTCGTCAGGTCCCTGCCCAAAAAAGACCTGGTTGGGATAAAAAGAGGAAGAGGTGAAATAATGGACTGCCAGTGTTTTCCTCTAACTCCTCCCCTTGGTCAGAGATTTGTCCTAACTCAGAAATCCCTAAGTGGGCTATTTTGGTTTCTGTCAGAAAAGTGGCTGCCTGCTGAGGAATCTTGTCAGTGCCAGCCCACCTGAGTCTAAAAACAGTGGCCATAGCAGACCTACCTAATTGACATGAGTCCCTGATTGACCTGCTCACAGCATCTGAGCACCTGGCTTTATGCCTGACACCTGTAAGGTCCTCAAAAAAATTGTGTATGGGAAAAATGAACTTTTTAGTTGTGAATGGATTTTAAACCAAGTTATGGTGTGCTAATAGCCCAAAGATATGCATAGTTTTTAAAAGAACACCATCAAGACAGAGAAGAGACAACCCATGAAATGAAATAAAATATTTGCAAATCATATATCTGATAAAAGATTAATATCTAGAATACATAAAGAATTCCTGCAACTCAACAACAAAACCCAATTTTTAAAATGAGTTGAATATTTGAATAGATATTTCTTGAAAGAAGATATACAGATTGCTAATAAACACATGAAAAGATGCTCAACATCACTAATCATTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTTGCGTCTGACTCTTTGTGACCCCGTGGACTGCAGCATGCCAGGCTTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAGAGCTTACCCAAACTCATGTTCATAGAGTCAGTGATGCCAACCAGTCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTGCCTTCAATCTTTCCTAGCAACAGGGTCTTTTCCAGTGAGTCAGTTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTTAACATCAGTCCTTCCAATAAATATTCAGGACTGATTTCCTTTAGGATTGACTGATTTGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAGCATCAATTCTTTGGTGGTCAGCTTTCTTTAGAGTCCAAATGTCACATGACTACTGGGAAAAGCATAGCTTTGACTAGCCGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATATCTCTGCTTTTTAATATGCTGTCTAGGTTGGTCATAGCTTTTCTTCCAAGAAGCAAACATCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGACTTTGGAGCCCCCAAAAATAAAGTCTCTCACTGTTTCCGTGATTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTGATGGGACCAGCTGTCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGTTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACATTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCTTCTTCACTTTATGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCCAGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCATCCAACCCAGCATTTCTCATAAAGTATTCTGCATATAAGTTAAATAAGCAGGGTAACAATATATAGCCTTGACATACCCCTTTACCGATTTGGAACTAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTCTTTCTTGACCTGCACACAGATTTCCCAGGAGGCAGGTCAGGTAATCTGCTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCAGAGTTTGTTGTGATCCACATAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATTAAGCAAAAGTAGATGTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTATTTGATGATCCAGCAGATGTTGGCAATTTGATTTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAATCCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCACAGTTCACATACTGTTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGACCATTACTTTGCTAGCATGTGAAATGAATGCATTGGTGCATTTGAGCTTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGCTGGCATATTGAATGCAGCACTTTCACAACATCACCTTTTAGGATTTGAAATAGCTTAACTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTTGTTCGTAGTGATGCTTCCTAAGGCCCACTTGACTTCACATACCAGGATGTCTGGGTGTAGATGAGTGATCACACTATTGTGGTTATCTGGGTCATGAAGATCTTTTTGTACAGTTCTTCTGTGTATTCTTGCCACCTCTTCTTAATCTCTTCTGCTTCTGTTTGGTCCATACCATTTCTGTCCGTTATTGAGCCCATCTTTGCATGAAATGTTCCTTTGGTATCTCTAATTTTCTTGAAGAGCTCTCTAGTCTTTCCCATTCTGTTGTTTTCCTCTATTTCTTTGCATTGCTCACTTATTAAGACTTCCCTATCTCTCCTTGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTCAAATGGGTATATCGTTCCTTTTCTCCTTTGCCTTTTGCTCTTCTTTTCCTCAGCAATTTGTAAGGCCTCCTCAGACAACCATTTTGCCTTTTTGCATTTCTTTTTCTTGGGGATGGTCTTGATCACTGCCTCCTGTACAATGCCACGAACCTCCATCCATAGTTCTTCAGGCACTCTATCAAATCTAATCCCTTGAATCTATTTGTCACTTCCACTGTATAATTGTAAGGGATTTCATTTAGGTCATACCTGAATGGCCTAGTGGTTTTCCCTACTTTCTTCAATTTAAGTCTGAATTTGGCAATAAGGAGTTCATGATCTGAGCCACAGTCAGTTCCTTGTTTTTGCTGACTATATAGAGCTTCTCCATCTTTGGCTGCAAAGAATATAATCAGTCTGTTTTCAGTATTGACCATCTGGTGATGTCCATGTGTAGAGTCTTCTCTTGTGTTGTTGAAAGAGGGTGTTTGCTATGACCAGTGCATTCTCTTGGCAAAACTGTTAGCCTTTGACCTGCTTCGTTTTATACTCCAAGGCCAAATTTGCTTGTTACTCCAGGTATCTTTTGACTTCCTACTTTTGCATTCTAGTCCCTTATAATGAAAAGGACATCTTTTTTGGGCATTAGTTCTAGAAAGTCTTGTAGGTCTTCATAGAGCTGTTCAACTAGCTTCTTCAGCATTACTGGTTGGAGTATAGACTTGGATTACTGTGATATTGAATGGTTTGCCTTGGAAATGAACAGAGATCATTCTGTCATTTTTGAGATTGCATCCAAGTACTGCATTTCAGACTCTTTTGTTGACTATGGTGGCCACTCCATTTCTTCTAAGGGATTCTTGCCCACAGTAGTAGATACAATGGTCACCTGAGTTAAATTCACCCATTCCAGTCCATTTTAGTTCGCTGATTCCTGAAATGTTGATGTTCACTCTTGCCATCTCTTGCTTGACCACTTCCAATTTACCTTGATTCACTAGGAGTCGGACACAACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGCTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGATGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTACGGGGTCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGCAGCATGGACCTAACATTCCAGGTTCCTATGCAATATTGCTCTTGACAGCATCAGACTTTATTTCCATCACCAGTCACATCCACAGCTGGGTGTTGCTTTTGCTTTGGCTCCATCCCTTCATTCTTTCTGGAGTTATTTCTCCACTGATCTCCAGTAGCATATTGGGCACCTACCGACCTGGGGAGTTCATCTTTCAGTGTCCTATCTTTTTGCCTTTTCATACTGTTCATGGGGTTATCCTGGCAAGAATACTGAAGTAACTTTTTTTGGTGGGATCGTACATTCTCTTGTCGATGGTTGTTCAGCAGCGAGTTGTAATTTTGGAGCTCTTGCAGGAGATGAGTGCACGTCTGTCTACTCCACCATCTTGGAGTCATCCCACCACTAACGGTTAAGAAAACACAAATCAAAGTACAATGAAATACACTTTACATTCATTAGGATGGCTGCTATCAGGAAAGCAGTATTAAGAAATGGAGAAGATAACTGAATGTCCAACAAAAGGGAACTGATTAGATTAACTATAGTAGTATTAGGATATCCAACCAGTCCATTCTAAAGGAGATCAGCCCAGGGTGTTCTCTGGAAGGAATGATGCTAAAAATGAAACTCCAATACTTTGGCCACCTCATGAGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGAGATTGGGGGCAGGAGGAAAAGGGGACAACAGAGGATAAGATGGCTGGATGGCATCACCGGCTCGATGGATGTGAGTTTGGTTGAACTCTGGGAGTTGGTGATAGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGTTCGCAAAAAGTCGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGATACTTCTATAATAAAATGCAATATGTCATTAATAATTGTATTTATAAAGAATGACTTAAAAATGTTCAAATGATCCTGCTTTTGGAAGGAAAAAGAACAGATATACACATAACGTTATAGGTTATCTCCAGGTGGTACAAGCATTAATGAATTTTTGTTTTGTTTTTCTCATCCATATTTTCTCAATCTATAATATACATATATGTATAATCACATATACTAAGTTTGTGATGAGAAAAAAAAGTAATTTTTAAAGAACTTTAACTTCCCACAAGTTCAGCGGCAGGTCCTCCTTCTCTAGTAAAATTTGTTCAGGTCCTTACCCACTTCTCCCTTTCATTTCTCATGCATGTGCGCTCGTTGTTTACAGCCTTGATCATGGGTAGGCGGGGGGTCGTGGGTACTTTTGCAGCCATTCTTGAGTTTTACAGTGAGAACATAAGTTCTCTAACCAAAGTTTGTATTTTGTCTAATTTTTCATCAAG
Seq C2 exon
GTGGATCTAACCGAAGAGAGAGGGGTGCTCCACCCCTGCCTCCCATCCCGAGGTGATCCTTGCCTGCTCTTCTACACTCAAGCCCCAGAGCTCCTTCTGTCGTTGCTGTCCAAGTCGCACACCCTCCTCCTCTGTCCTCCCTTGTTCCCTTCATAATGGCAATAGGGAAGAAGGGAGGTGATGTGGGAATATGTGTGTGTAGGGTGCGTACACAGTAAAGGTATGCACCTTGCTTTTTATATTGTGTATAGCCTTAAAGCTATTGCTTGCTTCAGCTACAGCCTGTTGGCTGCTTTGGGGATCAACAGGCTTTTGTGACAAGTAGGCAGCGATGAAATTGTGTCCCAGCTTTCAACCAACCAAATTCAAACATTCACTGCTTTTTTGCTACAAACCACAATATAAAGGTCCCTGAGAGTTGTTTGTTTCCATGCCCTTTTTTTTTTTTCATGTTTGGCCTCCTGTCTGTTTCCATGAACCACAGACCACCTAAACAAGTTGCTCACATAAAATATTTGCAGTTACAAGATGTCCAATCTTGGGTGGTCTGAGGTAAGCCCTGGGACAGAGCTATTCAATAGAAATATAATGTGAACCAGGTATACAATTTTAAAATTTCTAGTAGCAACATAAAACAGGAAAATAGGTGAAATTAATTTTAATATATTTTATTTAACCCTAATATCCAAAATATCATTTCAACTTGCAGTCAGTATAACAATTTTAATGAGATATTTTATATATATATATATTTTTGGTACTAAGTCTTCAAACTCCAGTGTGTACTTTACACTTGAAACACATCTCCATTTGGACGTGTCACATTTCAAGTGCTCAGTAGCCACACATGGTTGGTGGCTACCATGTTGGACAGTGCAGATCTATAAGACAGAGCCTAGTGCAGACACCTCTTGTTTCAGAAACAGAAAAGGCCAGATGAGCTATAGCAATTCAAGAGGTAGCTAAAAATAAAGTTAGGACCCTTGTTTGGCAAATAGTTTTCCTTAGATTTTTCTCCCTTATTTTCCCTCTTCCCTTGAAATCTGTATACAAGTGTTGCATCACAGTACCAAGGTCAGAAATTGATCTACTAGGGTTTACAGTCATGTGGAATAAAGCCATTGAAAAGAAACTGAAAGCCAGTCGGGGCTCTCTAGCTGAGAACCAGCTTCCTTGAGCTCACCTGTTGGTTGGCCTCCTGCCTTATGCATTTCAAGTGGCTTCACGCCTCTCCAGCCCAGCTTGTTCCTTAGGGCAGGAGGCTCATAGGCTCCATAGTTGTGGGGGAAAGTCAGGGAAAGGTAGCAAATCAGAAATGTGGAAGAAGGGAACATATTTTAATTGATGGGCAAAACTCTAAAATTCGAAATCTGATGCCTATGGCGTTGAGAGAAAGAGGTTGCTGCTGGAAATTGGAGGGAACTTGTTTTGAATCTATCTGGGAGAATCATTTGCCTTGGGTCTATGCAAATAAAGCTCCCCCAGAGGACCATCGGGATGAGCCAGCCTTGCCTTTTTTGTATGATTTTGTTTACAAAACTTTACTGGGACTTTTAAATCTAGCTATAGACTTGGAAAAAATTATTTCCATTTAGATGTTTTATATAGTTGATTATGTTTAAAATTACCATTACTTATTTTTTAAAAGTTCACAGCTATATATGTATATGTATATCTACCTAAACTTTGTATCATGGTTTCAGTGTATTCATGTATTCCTGGGAGATGCTAACAAGAAATCAATCCAAAGAAAAATTTGAAAGAAGCACTCATATTTATAGAATAATTGTTTCATTTTTATAAAATCAAAAGAACTTAGAATTCTAATAAATGGGATGTCTAATAAATTATGAAGTTGCCCATTTGAGTATATAGTATTTTTATAACTTTCCTTGCCAAAGTCTTGGGCTTATTAATACATTAGAAAACTTGGGTTTTTCCCTAGTTCTCTACCATTCTGTTTGTCTTGCATACATTCACTTGGGGCCCTTTACCTAAAGAAAATCAAGGAATAACAAAAATCAAGCTGTAACAAACTTGGTATTTTCAGAAAAAAGCTTTTAATCTCTAATATTTTGATAATATGGCATCATTTTATTTTGAATTCTTTGATCAGATATCAATAGTTAGTAAAAATCCCTATGATAAGAGCATGTTGACCCACTTCAGAAAAGATGGAGTTGAACTCTCCCAGCAAATATGGCAGAGAAAAGTCTGACTCCAAAAAAATGGGTCTGAATTTTGTAAGGGGTAGTAAGAATAGCCAATTTCTTTATATATTCCAACTTTGCAGGTACCATCCTAAAGTTTGAAACACGGTCACAGCTCAGAGTTGCTATTTATCCAGGATAGAGATGTTTTAAAATGTATTTTTAAGTGAATATTCCATTAATACATGTACACCCTTTCTTTGAAATTTAGAAACCTAATTGTGTCCAAAACTTTGAACAAATTCTATGCTAAAATCTTTAACTATAGCAGATAACAGAAATTAATACATCCTTCCCTGAAACCAGAGCTTACATATGTTTTTCCCCATAAAATTTCCAGATAAATGTATTCAAGATGCAATACAGTATTTTAACATTTACATGTCATTTATATGAAAATGTATTACAGTATTAAAATTCAGTGTTCGGTATTTATTTCAGTATGCATTTTATTTAGTAAAAACCAAGAAAAATGTTTAATCCAATGGTGCCTTACTTGGTGATTTGAGAGAAATTGACTTTTTATGTCTAAGTAGCAGATTATTTGCATATTTGTAAAAACTGTTAGGCCTTTATATTTTAACTTGTAATACCAATTTTGTTATTTTAGTAGCAGAAATGTGATGACTGTTAAATAGTGCCCAAAATTTTCTGGCATGATGAAATTAATTTCTCCCTATTTATAATGAGGGACTGTAAAGAAGAAATGTTTTTCATACCACTGCACTGTGTAAATGTGCACATCCGGATACCTGTGTCATCAGGACAGCTTACCTGGTGGGGTAGGACCTACCCTCCATACCTGCGTCTTTGTAAACTAGCCAGACAATAAATAAAAGCAGAATGGTCAGACTGTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001585:ENSBTAT00000002076:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]