HsaINT0182993 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115935 | WIPF1
Description
WAS/WASL interacting protein family member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12736]
Coordinates
chr2:174559572-174567183:-
Coord C1 exon
chr2:174567070-174567183
Coord A exon
chr2:174562603-174567069
Coord C2 exon
chr2:174559572-174562602
Length
4467 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGAGTGAGT
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
TTGTCTGTTTTTTCACCAAGGTG
3' ss Score
7.19
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAGTGGGAAAGCAGATTCTACTTCCATCCGATTTCCGATTTGCCACCTCCAGAGCCATATGTACAAACGACCAAAAGTTATCCCAGCAAACTGGCAAGAAACGAAAGCCGGA
Seq A exon
GTGAGTATTTCTGCCAAGGTTTTTGAAGATTCACGCTTGAGTAGCCTGAGTGACACTCGGGCTATATAGAAAGTCCAGGCTTCTTGCCTGGAGTGGGGTAGAGAACCCTTTGGAGCCATCTACATTCTAGTAAATTCCCCTTCCACAGGCAGTGAGGAAATTGCAGATGCCCAGAATGCATATGAGAAACAGTTATTTTAATGTGTCATTACAAGCTCAAAATACCGTGGTTTGCTAGTATTAAATTTTATTATTTTACTTCTTTGGACGTCTTCCTCTGTTTTCATCTTCCTGAGACAGCACAAGTAGAGCCATCTTCTATTCCTTCTAGTTTTGAAATTGGCATAATGTCTGATTAATTATAACAAAAACTCCCTTTAACTGCCTTGATCTTTTAAACGTATTGTAATCATAGCTTTACAGAGCATTACATGAAAATGTAAATATATCCATAATCTCTCCACATAATAGATATTTTCATTTTACCAGATTCTCATCCAATTTTTTATCCATATAATTCTGTTTTTTTATGTAGTTATAATGACGATGTACAGTTTTTTGGCGGGGTTTACATAACATTGCTTAGTAAATAGTGCCCATGTTATCACATGGTTTTTATTTCAGCATATAGTAATTTACCATTACCATGGACATTTAAATTATTTCTGTTGTTCTGCTAATGTAGGTAATGCTACCATAAAGAACTAAATTGCTTTTCCTCCATTGAAGAAGAATGTCAACAAGAAAGGAAAAATAGACAAACTGGAATTTTATAACAGTAAATGTATAGGAAGTGTTACAGCTCTTTGAGAATTTGTCTAGCAGGCTTTCCAGGGTTTTGCTGGAAAGCCTCTGAAATTTACTTTTAAAAAAACACAATAGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATATAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTAGAACCCGGGATGCAGAGGTTGCACTGAGCTGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTTCATCTCAAAAAAAATAAAAATAAAAAAAAATGTATACAACGAAGAAAGAATTAGCATGAAATATGCATATGTCATCCATGAGGCTGAGGTTCGTGGCAGCCTTAGCCTCAGAGCCAAATTCCCAAACCAGAAATAGAGAAAACTTAAGCAAACAAGTCAAATATGTCACAACACCCCTAGCGATGGCCCCACTCCCTAACAGAGCACCTTACATGTACTCAAAGCCTACTGATTCTTTCCTAACACAGTTTAAAGTAATTTTTGGTTGGTTGGTTCCAAACCTTATAGGAGATTAATAACAGCTAAAGTTAAGACTGGTGAGAAGCAAAATCACTGACATGGGAGAGAAGTGACAGATGGCAGTCCCAGGTCAGAGGAGGAGACAGGAACATGGCTGTGCTGTGTGTCACAGCGCAGGACAACACCAGATGTTTCTGTTGGGTTGAATTTCTATTGGGTTAAATGGAATTAAATTAATTGAGTCAAACTGTGCTTTGTGCCTCTGTAGAAAAATTTAAAGAGTTAGAAAATATAGGAAAATTTCCATGGACAAATGCTAGAAGAAAACAGAATACTACTGCTTAAAAGGAAAACTTTAATTCCTGAAAAGATTTGTTTCTGTGGAAGACTGCATTCATAGACAATACCTAATGAAGAAGTATAGCTATAATAAAATTATTATACAAGAGTTGATGATTGAAATTTTTAGTGAAGGCCAGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACTAGCCTGACCAACATGGAGAAAACCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGCATAGGGGCGCATGCGTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACTCAGGAGGTGGAGGTTGCGGTGAGCAGAAGTCGCCATTGCACTTGAGCCTGGGCAACGAGAGCGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAGTGTTAGTGAAAAGTAAGTTTTCACATGGGACAGATATCTTTGAATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACCAGAAGAAGGGCTTCTGTTTGATAAGAGTACAGCCCTTCTTCCTTCTTGGGCACCAATAAATGAATTGACTTTAAGGAGTTGTTCATATAGACTCCAAATATTTTTCCTAACTTATTATTTGCTTCTTATTCTAAATATTATTTCTATTTTTAAATTGGTAATAGACCATCTTCCCTGTACCCTCTAGATCTTTAATGGAATAGCTAAGCATATATCTTCTCCCATCCTCCTTTAAGACTTGAGTAGGCAATGTAAGGACTAGAACTGTGTCCTGCTCACTATTGCACCTTCCTTGAGGGGCACAGAGCCTGAAACATAAAGGGCATTTTCAAGTATTTCTTTTTAAAAATTTTCTTATAGAGACAGGATATCTCTATGTCACCCAGGCTGGTCTTGAGCTTCTGGCCTCAAGTAGTCCCCTGCCTTAACCTCCCAAAGCACTGGATTATAGGCATGAGCTACCATGCCTCGCCTAAAAGTAGTTTTTAAATTGGTGAATTAATTTCCACAGTCTACCAAAATTTTTTTGTAGATTTGCCTTAAATATTTCCAGCATTAGGCATGTTTAATATTTTATAATGATAATGGATCATCTAACAAAAATAAATAAGGCACCGTCGAGTACCAAGTTTTCCTCTGCTCTGCAGCAGCCTCAGCCTCCAAGCCCACAGCCTGAGAGCGCACCCAGACAGCCCTGAGCAGTACCGAATGCACTTGGAGTGCCCTCTAATTACAGCTTTGGACAAGGCCAGCCCTCATTCTACTAACCACTTGTGGCGGGTCAGTTGATGGTCAAGGCCCCATGATAGGTGTCTGGTTTACATCCAGATGAGTCTTTTCTCAGATGCCTGCCCAAGAAAATATTTGGTTGGGATGGTGAGAGGAAGAGGTGCTTCTTTCAGTGTTTTCTCCTAACTCCCTTCCTTGCTCAGAAATTTGGTTCTTTCTCAGAAATCCCTAAGTGGACCAGTAGGGTCCCTATCAAGATGCCTACTTGAGGAATCTGCCAGTTCCAGCCCACTGAGTCTCAGAGCAGTGGTTAGAGCAGACCTACCTGATTGACACATGCCCCAGTTAGACCTGTTCACAACATCTGAGCACCTGACCTCATGCCAAACACCTGTTAAATCCTCAACAAATGTTTGTGTAGTAAATGAATTTTTTTTATGTGAATGGGTTTTAAGCCTAGTTACAGTGGACTGATAGCCCATGAATAGCTTGGTTTTGGTTTTTATTTTGTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTTGGCTCATTGCAGCCTCGACCTCTCAGGTTCAGGTGATCCTCCCACCACAGCCTCCCAGGTAGCTGGGACTATGGGACAGGCGCACACCAACATGCCCGGCTAATTTTTGTGGAGACAGGGTTTTGCTATGTTGCCCAGACTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAGCCATCATCCCTCCTCAACCTCTCAAAGTGCTGGGGTTACAGGCGTGAGCCACTGCAACTGGGCCGTGAATAACTTTTAAAAGAACACATCGACAGAGTACTTGAAAAGGTGTTCAACATCACTAACTTTTATGAAACTGCAAATAAAACTATAGTGAGATACAACTTTACACCCATTAGAATGGCTACTGTCAGAAAAGCTTTCTAATTTTTAATTAGAAGATACCTAAATGCCCAACAAAAGGGAATTGACTAGGTAGACTGTAGTGTAGTCATATTTTGGAATGCAGACTGTCATTAATAATCTTTGCAAAGAGTAATGCCTTCGAAAGATGTTCAAACTGACTATATGATCTTATTTCTGGAAGAAAACGGGGAACTGTTTCTAAGTAAAAAATATACACATAATTGGTTATCTCTGGGTGCTGGAGGAATGGGTGAGTTCTTTGTTTTTACTCATCCATATTTTCTAAATCTATAATAAGCACACACTGTGATAAGAAGAAAATGATTTTTTTTAACTTTGTGCAAGTACTTGGGAGCCAGTGATGGATCACCCACCATGATGTTTATTCAGAACATTACTTGCTTGTTTTCACCTCTCACTTCTCATCCACAACATACGCCAGTTAGCTGACAGCCCTGGTCATAGGGATGAGGTAGTGGGTACCCGTGCAACCATCCCCGAGTTTCCACGATGAGAACATCAGCTTTCTAACCAAAATTATATTTTGTCTGTTTTTTCACCAAG
Seq C2 exon
GTGGATCCAACCGAAGAGAAAGGGGTGCTCCACCACTCCCTCCCATCCCGAGGTGATCTTTGCCTGCTCTTCTCTACCCAAGCTCAAGAGCTGCTTCTGTTGCTATCTAAGAACTGCATACCCTCCTCCCTGCTTCTTCCCTTGTGCCTCATGTATGGGCAGGAGGAAAGGTGGGAGGGGGAGTGGGAATATGCGTGTGTGGGTGGGAATCGGTAAGAAATGCACCTAGCTTTTCATATTGTGTTTATTCTCCAGGCTATTGCTTGCTTCAGCTGCAGCCTGCCTGTGCTGGCTGCTGGGGTCGATAGGCTTTTGTCGTAATAGGCAGAGATGACTTGCATCCCAGCTTTCCACCAACCAAATTCAAACATTCACTGCTTATTTGTTACAGACTGTAATTATTAAAGTCCCTGAGAGCTGTTTTCTCCCGTTCCTTTTTCGCATGCTTGGCCTCCTCTCTGTTTCTATGAACCACAGACCACCTAAGCAAGCTGCTGAGTAAGGGCTCACTGGAAACTTGCAGTCACAGGATGTCCAATCTTTGGCAGTCCGAGCTTGGCTCTAGGACAGAGCTGTCCAATAGAAATATAATGTGAGCCCCATATACAATTTTTACATTTCTAATATATTTTAAACAAGTGAAGTTAATATGCATCCAAAATATTTCAACCTGTAATCAACATAAAATTTTAATGAGATATTTTATATTATTTTTTGGTACTGAATCTTCAAAATCCAGAGTGTATTTTACACTTACCGCACATCTCCATTCAGACTAGTCACATTTTTAAGTGCTCAGTAGCCACATGTGGCTGGTGGCTACTGGATTAGACAGCACGAGTCTGGAAGATGGAAGCTAGTGCAGAAACCTCTTGTTTAAAAAACAAAAAAGGCAAGATGGGCTTGAGCGATTCAAGAGGCAACTAAAAATAAAATTAGGACCCAGCACCTTGTTTGACACACAGTTTGACCTTCGATTTTCCTCCCTTAACTTCCCTCTTCCCTTAATATCTGTATACAAGTGTTGCTTCAAAGTACCAAGGTCAGAAATTGATTGAGTACGGTTTACTAAAGTCATGTGGAATAAAGCCATTGGAAACAAATGGAAAGCCTGTCGGGACTTCTGGGCTCAGAACCAGCTGGCTCACGCACTCCACTTGTCAGCTGGACTTCTGCCTTGTGAAATGGAAGCAGCCTTTGTTCCTTTCTGGCTGAGCAAGCTCCTGAGGCTGGGAGAGACTAGGAAGGCTTGGTAGGAGGGGAAAAAAGTCAGGAAAATATATCAAATCAGAAACATGGAAGAAGAAGGGAACCGATTTGAGTTGGTGGGCAAAACTCTAAAAATCTAAATCTGATGCTTATGTAAGGGTTGAGCGAATTAGGGAGATTGCTAGTGGAAATTGGAGGGAATTTGTTTTGCATCATTTGTCTAGGATCTATGCAAATATAGCTCCACTAAAGGACCATAGGGAAGAGCCAGCCTTGCCTTTTCTTATATGATTTTGTTTACAAAATTTTACTGGGACTTTTAAATCTAGCTATAGAGTTGGGAAAAAATATTTCCACTTAGATATTTTACATGGTTTTGTTTAAAATTACCATTACTTGTTTTTTAAAAACACATGACCACATATGTATATGTATATCTACCTAAACATTGTATCATGGTTTCAGTATGTTATTCATGTATTACTGGGAGATGCTACCAAGAAACCAACCCAAAGAAAATTCTGAAAAATACATTTCTATTTATAGAATAAATGTTTCATTTATATAAAAGCAAAAGAACTTAGAGTTCTAATAAATGGGATGTCTAATAAATTATGAAGTTACTGATTTGAATATATTATATTTCTATAACTTCCTTGCCAAAGTCCTGATTTAGTACATTAGAGAACCTGTGTTTCCTCTCTCCTCTACCATTCATCTCTCTTCCATACAGTCATTTGGGCTTTTTACTCAAAGAGAATCAAGAAATAATAAGGTATAACAAGCTTGGCAAAGTGTTGGCTTTTTAAAAAAAAATTTTTTTAATCTCTAGCAGTTTGGTAATTTAGCAGCATCATTTATTTGGGATTCTTTTATCTGATTTCAACAGTGAAAAACATCCCTATGATAAAGCCTAATGACCCATTTCACAAAAGATGGAATTTGCCCTTCCTAGAAAATATGACGGAGAAAAGTCTGACTCAGAGAAAGTGGGTCTGAATTTTATAAGGGGTAGTAAGAATTGGACAATTCCTTTGCATATCTGAACTTGGCAGGTACCGTTCTAAATCTGAAACAGGGTGATAGCTCAAAGTTGCCATTCATCCAGAATAGATTGTTTTAGAATGTAGTGTTTAAGTGACTGTTTCATTAATACACCTACACCCTTTCTTTGAAAGTTTGCAACCTAATTGCATCTAAAACTATGAATAAGTTCTGTGGTAAAATCTTAAACTATGGAAAATTACAAAAATGAATTTTTCTTCCCTGAAATCAGAGCTTACATGTGTGTTTTTTTATAACATTTTCAGATAAATGTATTCAACATGTAATACAGTATTTTAACATTCACCTCTTATTTTATATTGAAATGTATTACAGTATTAAAACTCAGTGTTCAGTATTTATTTCACTATGCATTTTATTTAGTAAAAGCCAGGAGAAATGTTTAATCCAATGGTGCCTTACTTTGTGATTTAAAAGAAATCAACTTTTTTTTATGTCTAAGTAGTAGATTATTTGCATATTTGTAAAAACTGTTAGGTCTTTATATTTTAAAGTGTAATACCAGTTTTGTTATTTTAGTAGCAGAAATGGGATGATTGTTAAAGTTCCCCAAAAATGTTGGCATGAAATTAATTTTTCCCTCCTTATAGTCAAGGACCGTAGAGGAAGAAAAACTTTTTTTTCATACCATGCACTATGTAAACAGACACATTTTGCTATCTGTGTCATCAGGATAGTGTAAGTGGTAGGGTAGAGACTACCCTAGACATCTGCATCTTTGTAAGTTAGCCAGACAATAAAGAAAAGCAGAATGATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115935:ENST00000392547:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.990 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains