BtaINT0164235 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020053 | ZEB1
Description
zinc finger E-box binding homeobox 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11642]
Coordinates
chr13:34079710-34088400:-
Coord C1 exon
chr13:34088239-34088400
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr13:34079710-34079912
Length
8326 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAATT
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
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3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020053:ENSBTAT00000038847:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.235
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF056057=zf-Di19=WD(100=83.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development