HsaINT0185319 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000148516 | ZEB1
Description
zinc finger E-box binding homeobox 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11642]
Coordinates
chr10:31791276-31799803:+
Coord C1 exon
chr10:31791276-31791437
Coord A exon
chr10:31791438-31799600
Coord C2 exon
chr10:31799601-31799803
Length
8163 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAT
5' ss Score
6.41
3' ss Seq
ATATGATCTTTCTTTTACAGGAA
3' ss Score
11.63
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAAAGATGATGAATGCGAGTCAGATGCAGAAAATGAGCAAAACCATGATCCTAATGTTGAAGAGTTTCTACAACAACAAGACACTGCTGTCATTTTTCCTGAGGCACCTGAAGAGGACCAGAGGCAGGGCACACCAGAAGCCAGTGGTCATGATGAAAATG
Seq A exon
GTAAATGGATCTTAACAGTTGTGTTTCTTTCCCTCTTTAAAGGATTCTTGTTTCTACCATTCTACTATGGGAACCTGCTCTACTATAGGGAACATTCTTGAAGACCAAACTTTATTACAGGTGCCTATAGAGAGTAATCTGTTTTATTAATGGAACACTATGATGACCATGCAGTAATAAATTATTAGCTGCTCATGTATTGTGGTAGTAATGCCACTGCACGTGAAATGCTTAGAACAGTGTCTGGACATCAAATTCCATTTACTTACATGGTAGCAGGCAGTAGAAGTGAGAACTATACCTTTACTGCCCTTTGGATTCTTTCCCACCATTCTTTTAACAAATAAAAATATGGTTGTCTGCTTTATACCAGAACATACTAATTTGGAAACAGTGGTTTTCCTGAATCTGCCTTAGTCCACTCTGATATGAATAGTCAGCGTACAGAGTGTGGAAAATGCAATAAAAATGTGTTCAGACTCTCCTGAGAAGAAATAGGCTGTGATACAGTTTGGGAGGAAAAGACTATGTTATTGTTTCACCAGAAGAAACTAGGTTATCAAAGAAATGAAAGGGAAATACAAAATTTAAAAATATATGTATATTTACGTAAAATTTTTATGTGACAAAAGGCTTTCAAAAAGCCTCACTGAAAGGAAACAATGAAACCTAAAGAAATGATCCATTATGTAGTTCTAATAAAGGTTAAACCTTTTAAAGTTTGTCAGGTCCATACAGTACGATCTAAAAATTGAGGAACTACCATTCTGAATTAGTTTGAATTATAGAATAAGTTGTTGATTTTGTTATTCATTACTTTCAGATATTTAATGTAATTTAATTAAATGCTAATAAAGCATTTTGAAGTATTCTGTCATATCAGCGACATTTGTTTACATATTTATCCCTTTTTATAACCAAATAGTATTCATTCGTGTGTATATGCCACATTTGCTTCATCCATTGATGTACACTGAGGTTGATTCCATATCTTTGCTATTGTGAATAGTACTGTAATAAGCATGAAGATCCAGGCATCTCTTTGATATACCAACTTCCTTTGGATAAATACCCAGTAGTGGAATTGCTGGATCATATAATAGTTCTATTTTTAGTTTTTTTTGAGAAATCTCCGTAGTATTTTCACAGTGGCTGTCCTAATTTTCATTCCCACCAAGAATGTATGAGAGTTCCCTTTTCTCCACATCTTCACCAGCATTCATTAGTTTTTGTCTTTAATAGCAATACTAACTGGGATGAAATGATATATTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTAATGATTAGTGATGGTGAGCATTTTTTTGTATATCTGTGGCTATTTGTATGTCTTCTTTTAAGAAATGTTTATTCATATCCTTTGCCCACTTTTCAATAGGATTATTTGGGTTTTTTAAATCTGTTGAATAGTTTGTGTATTCTTCATATTAGTCCCTTGTCAGATGAGTAATTTGCAGATATTCACTCTGTTGTTTCCTTTGCTGAGTCTTAGCAATAAAGTCTTTGCCTACCCAAATGTCCTGAGTGTTTTCTGTATGTTTTCTTCTAGTTTTATGGTGTTGTGTCTTATGTTTAAGTCTTTCATTGATCTTGAGTTGATTTTTGTATGTGGTGAGAAATAGGAGTCCAGTTTCATTCTTCACATGTTAATATTCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTGGAGAGTGTGTCCTTTTCCTGGTGTATGTTTTTGGTGCCTTGTCGAAATCAAATGGCTGTTAATAATGTGGATTTTATTCTGGGTTCTCTGTTCTCTTCCACTGGTCTGTGTGTCTGTTTTTTACTAATGCCATGCTGTTTTCCTTACTGTACCTTGTATTATATTTTGAAGTCAGGTAGTGCGATGTCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCTCAGGATTGCTTTGGCTATATTGGTCTTTTGTGGTTCCGTAAAAGTTTTAGGATTGTTTTTTCTGCTTCTGTGAAAAATGACATAGATATTTTGATAGGGATTGGATTGAATCTGTAGATCGCTCTGGGCAATATGATCATTTTAATGATGTTAATTCTTCTGATCCATGAGCATGGGATGTCTTTCCATTTACTTGTGTCTTCTTCAATTTCTTTCATCAATATTTTGTAGTTTTCCTTGGAGAGGTCTTTCACCTTCTTGGGTAAATTTATCCCTAGGTATTTTACTTTTTTGTAGCTACTATAAATGAGATGGTCTTCTTGATTTATTTCTCGTCTAGTTCATTATTGGTGTACAGAAACACTGCTGATTTTTATGTTGAGTTTTGTATCCTGCAACTTTCAGTTTATTTAGCAGATTGCAGTTTTTTGGTTGTGTCTTTAGGTTTTTCTAGATATTAGATCATATAGTCTGCAAAGAGAGACTATTTGACTTCTTTTCCAAATTGGATGGCTTTTATTTCTTTCTCTTGCCCAATTGCTCTGGCTAGGACTTTCCAATACTGTGTTGAATAGGAGTGGTGAAGGAGTGGAAATCCTTTTCTGATTACACTTCTTAGAGGGACGTCTGTCAGCTTGTTCCATGCAGTATGCTGTGGTTCTGTCATATATGTCCTTTATTATATGGAGGTGAACCATCTTTGCATCCCTGGGATAAATCCCACTTGATCATATTGCATTATCTTTTTGACGTGCTGTTAGATTTAGTTTGTGAATATTTTTTTGAGGATTTTGTATCTGTTGTCATCAGGGATATTGACCTGGATAGTTTTCCTTTTTTTGTTTCATCTTTCTCTGGTTTTGGTATCAAGATAGTGATGGACTTATAGAATGAAGTAGGGAGAATTCCCTCCTCTTCAGTTTTTTGGAATAGTTTGAGGAGAACTAGTGTTAGCTCTTCTTTGACAGTTTGGTAGAATTCAGCAGTGAACCCTTTCAGTCCCGGACTTGAAATATTCATTATGGATTCAATCTCATTACTCATTATTGGTCTGTTCAGGTTTTCTATTTCTTTCTAATTTAATCTTGGTAGGCTGTGTCCAGGAATTTATCCATATCCTCTAGGTTTTTCAGTTTTTTCATGTATAGTTGTTCATAATTGTCTCTTTTGTATTTCTGTGGTATCATTTGTTAGTCTTCTTTTTCATTTTTTATTTGCATCTTCTCTGTTCTTTTCTTAGTCTAGCTAGTGGTTTATCAGTTTTGTTACCTTTTCAAAAAAACCAACTTTTTGTTTTGTTATTTGTGTTGTTTTTTAGTCTTCATTTCATTGATTTTGTTCTGATTGTTATTATTTCTTTCCTTCTTAAATCCTAATTTAGGGTTTGCTTTGTTCTTGCTTTTCTAAGTTCTTGAGGCACATTGTTAGATTATTTGAAATGTTTCTATTTTTTGTTTTAGGTATTTATTGCTATATACTTCCTCTTAGTGCTTTTGCTATATTTCATAGGTTTTGATATGTTCTGTTTTGATTTTCATTTAAAGAAATTTTAATTTTAATTTCATTTAAAGAAATTTTAAATTTTCCTCCTTATTTCTTCCTTGACCCCGTGGTTATTCAAAAGCATGTTGTTTAATTTTCATGTGTGTGTAGAGTTTCCAAAGTTCCTCTTATTATTAAAATCTATAGTTGTATTACTTTGTGGTCTAAAAGCTACTTGATATGATTTTGATTTTTAAAAATTTGTTTGAGACTTGTCATGGGTCCCAACATACAGTCTATCCTAGAGTATGTTCTGTGTGTTGATGACAAGAATATGTATCCTTTAGTAGTTGGTTAAAATGTTCTGTAAGTGTCTCACATCCATTCGGTATAAAATGCAGTTTAAATTCAGTGTTTCTTTGTTAAGTGTCTTTCTACATGATCTGTCTAATGCTGATAGGGGTGTTGAAGTCCCTAACTATTATTGTATTAGAATCTGTCTCTCCCTTTAGATCTAATAATATTTCCTTTATATAGCCAGGTACTCCAGTCTTGGGTACATATATGTTAAGAATTGTTATATCCTCTTACTGAATTGATTCCTTTGTCATTCTTTAATGACCTTCTTTGTCCCCTTATACTGTTTTGTTTACTGGATTTAAGAGTTTATCTCATTATAGCTACTCCTGCTCACTATGGTTTCCATTTGCATGGACATCTTTTTCTGTCCCTTTACTTTCAGTCTATATGGATCTTTACAGGTGAGATGAATTTCTTCTAGGCAGCACATAGCTGGGTCACAGTTTTTATCCATTCAGCCAATCTGTACCTTTTAAGTGGAAAGTTTAATCCGTTTATGTTATTATTATTGATATGTTAGAGCCTATTTCTGTCATTTTGATTTCTGGTTGTTTTGTGTATCATTTGTTCCTTTCTTTCTTACTGATTATTATTGTGGTTTGATAGTTTTCTATAGTGGTAACATTTGAGTTCTTTCTCTTTCTTATTTGTACTTGTTCTACCAGTGGATTTTATATTTTCATGTGTTTTCATTATGGTAGATATCTTCCTGTCACTTCCATGGATAAGACTCCCTTAAACATTTCTTGTAGGGCCAGTCTAGTGGTCATGAATTCTCTCAGCTTTTACTTGTTTAGGAAAGACTTTATTTCTCTTTCATTTATGAAGGATAATTTTGCTGGGTATGATATTCTTGGCTGGCAGGGTTTTTTTCTTTCAATACTTTGAATAAATATATCATTTCTTTCTCTCCTTGCCTATAAAGTTTCTGCTGATAAACTGCTATTAGTCGTATGGAGGTTCCCTTACAAGTGATTGGACACTTTTCTCGTGTTGTTTTTAGAATATCTCTTTGTCTTTTACTTTTGACAGTGAATATAATGTGCCATGGAGAAGATCTTTTTGAATTGTATCTATTTGGGGGTGCGCTGAGCTTTCTGTATCTGGATGTCTAAATCCTTTGCTAGACTTGGGAAATTTTTGGATATTATTTCATTAAATAGGTTTTCTATCCCTTTTGTTTCCTCTTTGCCTTATAACACATCAAAAATTCGAATATTTGGTTACTTTATAGTTTCTTATATGTCACACA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Seq C2 exon
GAACACCAGATGCATTTTCACAATTACTCACCTGTCCATATTGTGATAGAGGCTATAAACGCTTTACCTCTCTGAAAGAACACATTAAATATCGTCATGAAAAGAATGAAGATAACTTTAGTTGCTCCCTGTGCAGTTACACCTTTGCATACAGAACCCAACTTGAACGTCACATGACATCACATAAATCAGGAAGAGATCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000148516-ZEB1:NM_030751:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.230
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF056057=zf-Di19=WD(100=83.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)