DreINT0177802 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013207 | zeb1b
Description
zinc finger E-box binding homeobox 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010621-1]
Coordinates
chr12:26669490-26673070:-
Coord C1 exon
chr12:26672915-26673070
Coord A exon
chr12:26669693-26672914
Coord C2 exon
chr12:26669490-26669692
Length
3222 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTACAG
5' ss Score
3.5
3' ss Seq
TTCATTTCTCTCTCTCTCAGGCA
3' ss Score
11.24
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAAAGAGGAGTGCGTGTCGGATGAAGATGAGAGGAGCAGAGATGCTTTGGTTGAGGAGATGCTCCAGCAAGGAGACACCGCAGTCATCTTTCCAGAGGCTCCAGATGACGAACCGCGACAGGGCACACCAGAAACCAGCGGACATGATGAAAATG
Seq A exon
GTACAGTCCAACAGTAGTAAAAAAAACTTCAGTTTACAAATTGGCGCATGGTATTTTCATGCCAAATACATGTGTAACTGGCTTCAAAATATCAGAAACACATGTTGCTTGGATTGCTTTTATAATGTGAACACTAATCGAATGTGGTGGAATGACCCACTGTTTTAGTCTTTTGAGCTCCAGTAATGATGATGAACACTGATGTACACTGTAGTGATCAAAATAGACTAATTCAACTTTTTTTAAGTAACTTAATGCTTTAACCAAAGAGTGTATTAGCTATTTCATCTCAGTATGCTACAAGTGATGGTAAAAAAAAAAAAGTATATTAGTAAATCCCTCATCAGGAAATGTATTCATACGGTTTCATTCAGAAAGTTTTTCTTCATAGGGGAGTCGATGAATCATTCTGAGAAATTACAGAATATTATTGTATAAAGGTTTGTCATGATGAGGATTTGTGCTGGTGGTATACTGTTATAAAAATTGTTGTGATAAGCGATATTATTGTCATTTTAGATCATTTTAATATAATGATTAAAATAGAGCACGATAAGGCAAAAAGCCAAAAACACTTTAAAACACTTATTTAAGGTTATTTAGATTTTATAATTTGATATAAAAATGTGCAGTAAATGTCCTATTATATATAATATTAAATAGGGATGCTTAAAACGATCGCTGAGCTGGCCCATCTCATGAACTGATCACAACTGTTTGTTTACGAGTTTACAAGCAGGGGACACATAAGAACTGAAATCTTTTTTACATAGACCTAAACATTCTGTATTTGGGGCGGTGCGGTGGTGCAGTGGGTAGTGCTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAACACATGCAACATAGGTGAATTGGGTTGCAGCCAAAAGGGTATTCGCTGCGTAAAATATATGCTGGATAAGTTGGTGGTTCATTCTACTGTGGCGACCCTTGAATAATAAGGGGATAAAGTGACCCTTGAATAATAATTGGCTGGAAATATTAGGGAAATTTTAATGTATTTATTTTTTTACTTTACTATTTCATATTATAACTTGTTGTAATATACATATTGTAATAAGCAGTAGTTTAGGTACCTATTTCCTCTAAGTAAAGAAGTAATGGGTATATAGATGTGCATTTTAATTCCATATGCGCTCCAAACTTCATTTAGACATGTTGAATTCTTCTTCCATGATTTGCAATGTTTCCAAAATGCTTTATTAGTGATTTTTCTTACCAATTTCTAAAATCAGTTTTTTCTATTTTGTTCTTCTGACCATGACATGTCTACACTAATGGTTTCAGGTGACATGTTTAAGGAATTATAGCAACATCTGTAATTTATTCTCTAAAATAAGTAAGGCAAGATCTCCACTTAAGTATCATACTTGACCTGTACTGAAAATGTGTTTTTGCATTAGCTTGAAGCATCTGAATCAGTAATCAGCTTTGGCCGATCACCATGACAAGAAATTGGTATTCAGTATCGGCTGCAAAAATCCTGATCAAAGCATCCCTGCTATTAAATGTCCTATTAAAAACTTTAACATCGGTCAGGTAAAACGTAAATATCATTGTAAAATTGGTGAATTTGTAATTATATATCGCAACGGCAAACATTTATGAGGTAATCAACAAGTATTATACGATAAATTGATATATCGATATATAGGCCTAATTGTATGATGAATTTATGCTGAAGCCAAGGGTTCACAAGTCTTTGGAACTGTACAATAGCCACACTTCTCTTCCACAGACCACTAATGACTTTGGAATGATTTCATTTACACCTGCAACACCTGTGCAAATCTCCCATACCTGAGCTACTTTCTCACGTCCCTGTTGCTGTTTGTGTGACAGAGAACGTTTCACCTGACTGGACTGAGAAGGTTAATAGGTTACCTGTTAACAGGTAATATGTTACCTGTGTGAGAGCTGGACAGAAACCGTTCCAGGTGTTTTCTGCCCATTTTTCCATTTGAATAATAATTGAAAAAATGTTTTATAAATCTTGATAATGATAATGAACTCAAATTCTTTCCTTAAACGTAGACATGTAGTTAATTTGTTGATTTATATAAACTATAAATGTACTATAAATGGCATTTCAGTTAAACATATGAATGTCTTCATCAATGACATCAAAGAAAATGTATCTCACCAGCATTCCCTGTACTCAATAGACTTTTTTGGCATTTTTCCATTTTAATGTACTGTCAAATCTTCTCAGGTTTGTAATCTATGCTCCTTTTCTATCAGCCTCTACTAGCATATTTTCGCTTACTGTGTTTCCATTTAATCCATTGTGAATCTATATAATTGTTTCCCTCGTTGCCCTGGTATGCCTTAAGTTACCAGCTGCCAATCCTTAGTTCTTTTCATTTTAGCTGCTGCTCTTCATGCTGGAGACATTTCAGCATGTGAAGATGTCACACATTATAGATCTAATTTAACTCTCATATTCACATTCCTCAGCGAATTGATCAATGTGTATATTCACTCATGCATACAGTACATTGCAATAAATGATATCTATGCTAGAAATCCATGCATTGGGATTCTTTAATTACACATCTTCAGAAATATCTGAACAATAGAGTAAATAATTGTAAGCTAATTTGCATACATTTGCAAATACCAATAAACAACAGATTTTGTCATGTTTCGGACACAGTGCTCAGCATAATAGAGTACACCCATTTTGAAAATGAATATTTGTATCAGTTCCTCGGTGAAAATAGACAATGTATTTCAGTGTATTTAAACAAAACAGATTTATAAAACAGAAAAATTTATTAAAATTATGTTTTAGTCACCAAACAAATATAGAAATTGAAAGAAAATACAATTAATTTCAAGCAAAATACTGCAAAAACTACAAAAAAATTTCAACTAAATTAAAAATACATATATTTTAATTTTTTTGCTTCGCTTGATTTTTCCTCTTTTTTAAATTTGTATTTAATATTTTTCTTTAATAACATAAATTTGACTGTACTAGTTTTTGGACTGTTATCGTAAGTTATTTTTTTAGATAAGCTTCAGATTTGGCTTCAGTACGGACTAATCTAATGTATATGCACAAATGTAACATTGTATAGTTTCCTATTAGAAATATGAATATTAAGAAATGAAAAGGAGAGTGTTAAAATTATCATATTCAATTCTACTCATTAATATGCTCTTCATTTCATTTCTCTCTCTCTCAG
Seq C2 exon
GCACGCCAGACTCATTTTCTCAGCTCCTCACCTGTCCGTACTGCTCTCGTGGCTACAAACGTTACACCTCACTGAAGGAGCACATTAAATACAGACACGAGAAGAGCGAGGACAACTTCAGCTGCTCTCTCTGCAGCTACACCTTTGCCTACAGAACACAGCTGGACAGACACATGACCGCACACAAAGCTGGCCGAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013207:ENSDART00000047724:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.221
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF056057=zf-Di19=WD(100=83.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]