BtaINT0164806 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021948 | ZMYM6
Description
zinc finger, MYM-type 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13050]
Coordinates
chr3:111272286-111275077:+
Coord C1 exon
chr3:111272286-111272430
Coord A exon
chr3:111272431-111274313
Coord C2 exon
chr3:111274314-111275077
Length
1883 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
GATTCAAATATTTCATTCAGATT
3' ss Score
5.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAAGTGTGCAGACAGATGCCATGAAACTTCTGTCTTCCCAGTCTTCAAAACTTTTAAAGAACAAAGCGTTATTGTGCAAACCTGTCACACAGACCAAGGCTACCTCTTGCAAACCACATACACAACACAAGGAGTGTCAGACAG
Seq A exon
GTACGTGTTGTGCTTTCCACACTTAGTAAGTGTGTTCTCTGTTTTGTGTGCTTGTTTTGATTTTTTAACAAAGAAAAGTCATGGGGAGTTTCTTAAATGTGAAAACATTAGTTCTTGGATCACTTACTTTGAACGTCTAATTTATTCCTTTTGTTAATGACAATAAACACTAATAACTACTAAATTGAATCCATACATACCAAAGCGTTATGTGGACAATATCTTCTGAACAAGCATCTCCTGTACATGTGCATTGCTCTTGAGATGTACTGACAGGCTGTTATAATTACTAAATACAAATTTAGTTACAAGCTTTAGTGGATTAACCTTGGTTCTTTTTTAAACACTGAATTAATTTACTAAAAGTATAACTATGTGTGTGAGGTATTGGTGATCAGGAAAATTATTTGAAAATGTTGTATACTCTTGCCCCAATCCATGTTAACTGCTTTTAATCCCACTACCCTTTTATTTTCAGGTATTTTTATAGCCTATTCTGCCTAAAACATTTATTTTAACTTTTTATTTTATATTGGAGTTTATAACCAATTAACAATATTGTGATAATTTCAGGTGGACAGCAAAAGTACTCAGTCATAAATATACTGCTGAAAACTTTTTTTGCTATTTCTTTTTAATGATAATTTTACTTCACAGAATATACTATATTTAAAAGCTTATTCTGTCAACAACTAACCATGAGTTTTTATGTAGGATGTCTTTCTTTTGGTAGGAGTCAAGGAGAATTGTTTTCCTTCCTCAGTAAATCTAATTTGTTTTATATTCCTGTTAAAATGATACACTCTTTGTTTACCTGTATTTTATATTAAATACACATCCACATATGGAAGGTAGTAAGGGATCTGTGGACAGCTACATATGTGGGTATGTGTGTGCTTATTACATTTTTTGAATGTCTAGATTCTATTAGGATGTTTTCCATATACTGTTGTAAACTACTTTTTTACTTGATATTGCATGAAAACATTTCATATCAGCATAAATTTAAATATATATTGCGATTCTTAATGGATGCACAGATCCCAATGTATATAACATACGGATATGTATATAACGTGTATCCATCCTCCTTAGGTTGAACATTTAGATTGCTACTGGTTTTTTAGTGTTATAAACAGTATTGAGTTAAGGGTGTATAAACAGATCTTTCTCCACTTGTATAATTATATCCTTAGGATAAATCCTAAGTAGTGGGATTACTGATTCAAAAGCTGTCATAGATTGTTAAGGCATAGATTTTGATGTGTTATTGCAGAATTACCCTCCTGAAAAGTTATATCAATTTATGCTCCAGCCAGCAATGTTTGATAGCATCCATTTCTCTGCACTTTGACACTGGGTATGAAACCCCTTTCCCCTCAACTTTAATTTTGAAAAATTCAAAATTTTGAGATTGAAAATACAGCACAATGAACACCCTTGGAAGAATATATGAATATACACAATGAATATACCCTTCATCTAGATTCACTCAATATTAACTTTTTTCAACATTTTTTTTCTCCTCTTACTCCCGTCCCCACATCTTTTAAAAAGTAAAATAGTTTATTTTTAACTTGGTGTGTTCTACAGACATCAGCCCTAATTCCACTCATGTATTGAATGCATGGCATTGCTAGGACATGAACGACTGCCCTCGGCTTTATTAATACTATTGTCAGGGACCAAGCTTTGAACAAACAGAAATTCAGCTAAAAACTGAATTAAAAATGGCATCATGGAAGTATTATGGTTTGTGTTTAAACCTTAATTAATATATGCTCTTGACAAATATAAATAGTAACAATGTAAATTTTAAATGCTTGGGGGATAAACATAAATTGCTTATTCTTGAAAATAACTGATTCAAATATTTCATTCAG
Seq C2 exon
ATTTATCTATGCCTAATGAGAAAAATGATGTGGAACTTGATTCTCCACCTGCAAAGAAAAAAAGAATAGGTTTTTTCCAGACTTACGATGCGGAATATTTAAAAGTTGGTTTTATTATCTGTCCGGGATCAAAAGAAAGTTCACCGAGGCCACAGTGTGTCATCTGTGGAGAAATTTTATCCAGTGAAAACATGAAGCCAGCAAATCTTTCTCATCATTTGAAGACAAAGCATTCAGAATTAGAAAACAAACCAGTAGATTTTTTTGAAGAAAAATCTCTTGAAATGGAATGTCAAAACAGTGCTTTAAAAAAGTGTTTACTAGTTGAAAAGTCACTTGTTAAAGCTTCTTATTTAATTGCTTTCCAAATTGCTGCCAGCAAAAAGCCATTTTCCATTGCTGAAGAATTAATTAAACCATATTTAGTAGAAATGTGTTCAGAAGTTTTGGGTTCCAGTGCTGGAGACAAGATGAAAACCATTCCTCTTTCTAATAATACAATTGGACACAGGATTGATGAACTATCTGCAGACATTGAAGATCAGCTGATACAAAAAGTCAGAGAGTCAAAGTGGTTTGCCCTTCAGATAGATGAATCATCAGAAATCTCAAATACTACCCTTCTTTTGTGCTATATTCGTTTCATTGATTATGGTTGTAGTGATATAAAAGAAGAATTATTATGTTGCATTGAAATACCTTGCCAAATGACGGGTTTTGAAATATTTGAACTAATAAATAAATATATTGACAGTAAATCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021948:ENSBTAT00000029263:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.306 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AGTGTGCAGACAGATGCCATG
R:
GCTGGCTTCATGTTTTCACTGG
Band lengths:
344-2227
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]