HsaINT0186063 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163867 | ZMYM6
Description
zinc finger MYM-type containing 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13050]
Coordinates
chr1:34986980-34992387:-
Coord C1 exon
chr1:34992234-34992387
Coord A exon
chr1:34988936-34992233
Coord C2 exon
chr1:34986980-34988935
Length
3298 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
GATTCAAATATTTCATTCAGATT
3' ss Score
5.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAGTACACAGGAAGATGCTATGAAATTTCCATCTTCCCAATCTTCCCAGCCTTCCAGGCTTTTAAAGAACAAAGGCATATCATGCAAACCCGTCACACAGACCAAGGCCACTTCTTGCAAACCACATACACAGCACAAAGAATGTCAGACAG
Seq A exon
GTATGTATCCTTGTGCGTTCCCATGTACAAAGCTTGTTTTCTGGCTTGTTTGTTTTTGTTTTTTAAGAAAGGAAAAGAAAATAATTGACAGAGTCTTAAATGTGAAAACATTCCTTTTCTTGGATCACATGCTTTGAATACTTAATTTATTGCTTTCATAATTATTAACACTAATAACCAGCTATCATAACAAGCTATTATAATTACTAACATACAGTTTTAGTTAAAAGCATTAGTGATTTAACCTGTTTTTTTTTTTAAATACTGCGAATTCAGTTGTCAGTTGCTAACAGTACAATTAATTTATCTGAGGTATTGGTGACGATGAAAATTGTTTGAGCTTTACTTGAAAAAGTTGTGAAGTATTACTTTTAATCCCACTACCCTTAGATTTTCAATTGCTTTAATAGTCTACTGTGCCTAAAGCACTGGGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATAGCGTGATCTTGGCTCCCTATAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCACTTTGACCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCCCCTGGCCTGATTTTTGTTTTTAATAATAATTTTACTTCATAGAATACACTATATTTAAAAGCTTAGTCTGTCAACAAGTAGTAAGTTTTTATGTAGGGTACCTTTATTTTGGTAGAAGTCAAGCAGAATCCTGTTTTCCTTCCTCAGGAAATTTATTTTATATTCCTATTAAAACAATATATTATTTGTACCTGAATTTATATTATATACACGTTCACACATGGAGAGTACTAAAGGATCTGTGGGCATCTATATGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTTTGTGTGTGTGTGTGTGCTTATGTTTTGAGTTCTAGATTAAATATTGAATTGTTGGTCAGACGTGGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGCAAGCCAACATGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACAGGACTGTAATCCCAGCCACTCAGGAGGCTGAGGAAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGTAGAGGTTGCGGTGAGCTGAGATCGCGCCATTGTGCTCCAACCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCGTCTCTTTTAAAAGAATAAATCTCGAATGTTTTCTAACAATCGAAATTACTTTTTCATTTGACATTGCATTGGAAACATTATTCCACAACAATATAAATTTAAATATACATTGAGATTATTTTTTTCCAATTTTTATTTTATTATGTTTATTTTATTTTATTCGGGGGTACATGTGCAGATTTGTTACCTGGGTATGAGATTCTTAACATAGATTTCAGTGTATATAATATAACCAACTCCGTTAAGATTGGAAATTTAGATATTTGTATTATAAGCAATGTTGGGTTAAGCTATGTTAATGGATCTTTGTCCACTTGCCTAATTATGTCCTTAGGATAAATCCTAATCAGTGGAAGTGTTGATTCAAAGACTATCATCTTTTTTTTTGTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTATCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGTAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTGCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACAGTGTTGGCAACGCTGGTCTCAAACTCGTGACCTCATGATGTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCGTGAGCCACCGCGCCGGCCTATCATCTATTCTTAAGTATTTTGATACCTGTTGCCTAAATTGCCCTCCTGAAAAGTTACATCAATGTATGCTCCAACCAGCAGTGTTCAGGAGGATCCATTTCTCTACAACCTCACTGACACTGAGTATCAAAATTCAGAAAGGTTGAATATACAGTACAGTCAATACTAGTATACTCTTCATCCAGATTAATGAAATGTTAACTTTTTGCAATATTTATTTTCTTTTTTTTTCTGGATTGTTTGAAAGTAAAACATTATTTTTCTGTCTCTTTTTCTTCCTTTTCTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTCTCCCAGGCCGGAGTGCAATGACATGATCTCGGCACATTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTAGCTGAGATTATAGGCATGTACCACCATGCCTGGCTAATTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCACGTTGGCCTGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCCCATGCCTGGCCTTTTTTTTCTTTTTCTTTAAAAAAATTTTTTGACACCAGTGTCACTCACCAATAAAAAATTTATTCTTTTTGTTTTTTTTTGAGACGTAGTCTCAAGAGTGCAGTGGTGTGATCATGGCTCTCTGCAGGCTCAACCTCCTGGGCTCAGGCAATCCTCTTGCTTTAGCTACCCAAGTAGCTGGGACTATAGGTGTGTGCCATTGCATCCAGCCAATTTTTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTAATGTAGAGATGGAGTTTCGCCATGTTGCCCGGGCTGGTCTCTAACTCCAGGGCTCAAGTGACCCACCCACCTTGGTGTCCCAAAGCACTGGGATTATAGGTGTGAGCCACCCTGCTCAGCCAAAAAGTTTATTGTTAATTTGATGTGTATCATGGTCTTCAGCCCTAATTTCAATAACCTATTGGGTGCTTGGGATTACTTGTACATGTACCACATCCTACAGTTTTATTATACCTAGTGATCAAGCTTTGGGCAAAGGAGAAATTCAGTTTTCAGTAGCATCATTGGAAGTATTATGACTTGTGCTTAAACTTTTACCAGTGCATTCTTTTGATAAATAGAAATAGTAACAAAATATGAATTTTAAATATGTGGGGAGATACATAAAGAACATTGCTTATTTGTTCTTGAAAATAACAGTGATTCAAATATTTCATTCAG
Seq C2 exon
ATTTACCTATGCCTAATGAAAAAAATGATGCAGAACTTGATTCTCCACCTTCAAAGAAAAAAAGATTAGGTTTTTTCCAGACTTATGATACAGAATATTTAAAAGTTGGTTTTATTATCTGTCCTGGATCAAAAGAAAGTTCACCAAGGCCACAGTGTGTCATTTGTGGAGAGATCTTATCCAGTGAAAACATGAAGCCAGCAAATCTTTCTCATCATTTGAAGACAAAACATTCAGAATTAGAAAACAAACCAGTAGATTTTTTTGAACAAAAATCTTTAGAAATGGAATGTCAAAATAGTTCTTTAAAAAAGTGTTTACTAGTTGAAAAGTCACTTGTGAAAGCTTCTTATTTAATTGCTTTCCAAACTGCTGCAAGCAAGAAGCCATTCTCCATTGCTGAAGAATTAATTAAACCATATTTAGTAGAAATGTGTTCAGAAGTTTTGGGTTCAAGTGCTGGAGACAAAATGAAAACTATTCCACTTTCTAATGTTACAATTCAACACAGGATTGATGAACTATCTGCAGACATTGAAGACCAGCTGATTCAAAAGGTCAGAGAGTCAAAGTGGTTTGCCCTTCAGATAGATGAGTCATCAGAAATCTCAAATATCACACTTCTTTTGTGCTATATTCGTTTCATTGATTATGATTGTCGTGATGTAAAAGAAGAATTATTATTTTGCATTGAAATGCCTACTCAAATAACTGGCTTTGAAATATTTGAACTAATAAATAAATATATTGATAGTAAATCTCTGAATTGGAAACATTGTGTTGGTCTCTGTACCGATGGGGCTGCAAGCATGACTGGCAGGTATTCTGGTTTAAAAGCAAAAATTCAAGAAGTTGCCATGAATACAGCGGCATTTACACATTGTTTTATTCACCGTGAACGTTTAGTGGCAGAAAAGTTGTCTCCATGTTTACATAAAATTCTTTTGCAGTCAGCACAAATTTTAAGTTTTATAAAGAGCAATGCATTAAATTCACGTATGTTAACAATTTTGTGTGAAGAGATGGGATCTGAGCATGTGAGTTTACCGCTTCATGCTGAAGTACGTTGGATATCAAGAGGGAGAATGTTAAAAAGATTATTTGAATTACGACATGAGATTGAAATATTTTTAAGTCAAAAGCATTCAGATTTGGCCAAGTATTTTCATGATGAGGAATGGGTTGGAAAGCTGGCCTACTTATCAGATATATTTTCACTTATAAATGAATTAAATTTAAGTCTCCAAGGAACTTTGACTACTTTCTTCAATTTGTGTAATAAAATTGATGTATTTAAGAGAAAGTTAAAAATGTGGTTGAAGCGCACACAAGAGAATGATTATGACATGTTCCCTTCATTTTCTGAATTCTCAAATTCATCAGGCTTAAATATGACAGACATCACAAGGATTATTTTTGAGCACCTGGAAGGACTTTCTCAAGTGTTCAGTGACTGTTTTCCACCAGAACAAGACTTGCGTTCAGGAAATTTGTGGATAATTCACCCTTTTATGAATCACCAAAATAATAATCTCACCGACTTCGAAGAAGAAAAGCTAACAGAGCTATCTTCAGATTTAGGATTACAAGCACTATTTAAATCAGTGTCTGTAACTCAGTTTTGGATAAATGCAAAGACAAGTTACCCAGAACTCCATGAAAGGGCAATGAAATTTTTATTACCCTTTTCAACTGTTTATTTATGTGATGCTGCCTTTTCAGCTTTGACTGAGTCAAAACAAAAAAATCTGTTGGGTTCTGGCCCTGCCCTAAGACTTGCAGTCACATCTTTAATTCCAAGGATAGAAAAATTAGTGAAGGAGAAAGAGTAGCAATATGCACATTGCTTAACAGTGAAGTCAATAATCCTGTGTTAAGTTTTGTATAAGTATCCTAAAAGATAATTTCCTAATGTGGATTTGTGTTTTCAGTGATTAAATGTTTTAATAATTTTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163867:ENST00000357182:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.788 A=NA C2=0.048
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF142911=DUF4371=WD(100=23.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains