HsaINT0186063 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163867 | ZMYM6
Description
zinc finger, MYM-type 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:13050]
Coordinates
chr1:35451767-35457988:-
Coord C1 exon
chr1:35457835-35457988
Coord A exon
chr1:35454537-35457834
Coord C2 exon
chr1:35451767-35454536
Length
3298 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
GATTCAAATATTTCATTCAGATT
3' ss Score
5.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAGTACACAGGAAGATGCTATGAAATTTCCATCTTCCCAATCTTCCCAGCCTTCCAGGCTTTTAAAGAACAAAGGCATATCATGCAAACCCGTCACACAGACCAAGGCCACTTCTTGCAAACCACATACACAGCACAAAGAATGTCAGACAG
Seq A exon
GTATGTATCCTTGTGCGTTCCCATGTACAAAGCTTGTTTTCTGGCTTGTTTGTTTTTGTTTTTTAAGAAAGGAAAAGAAAATAATTGACAGAGTCTTAAATGTGAAAACATTCCTTTTCTTGGATCACATGCTTTGAATACTTAATTTATTGCTTTCATAATTATTAACACTAATAACCAGCTATCATAACAAGCTATTATAATTACTAACATACAGTTTTAGTTAAAAGCATTAGTGATTTAACCTGTTTTTTTTTTTAAATACTGCGAATTCAGTTGTCAGTTGCTAACAGTACAATTAATTTATCTGAGGTATTGGTGACGATGAAAATTGTTTGAGCTTTACTTGAAAAAGTTGTGAAGTATTACTTTTAATCCCACTACCCTTAGATTTTCAATTGCTTTAATAGTCTACTGTGCCTAAAGCACTGGGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATAGCGTGATCTTGGCTCCCTATAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCACTTTGACCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCCCCTGGCCTGATTTTTGTTTTTAATAATAATTTTACTTCATAGAATACACTATATTTAAAAGCTTAGTCTGTCAACAAGTAGTAAGTTTTTATGTAGGGTACCTTTATTTTGGTAGAAGTCAAGCAGAATCCTGTTTTCCTTCCTCAGGAAATTTATTTTATATTCCTATTAAAACAATATATTATTTGTACCTGAATTTATATTATATACACGTTCACACATGGAGAGTACTAAAGGATCTGTGGGCATCTATATGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTTTGTGTGTGTGTGTGTGCTTATGTTTTGAGTTCTAGATTAAATATTGAATTGTTGGTCAGACGTGGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGCAAGCCAACATGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACAGGACTGTAATCCCAGCCACTCAGGAGGCTGAGGAAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGTAGAGGTTGCGGTGAGCTGAGATCGCGCCATTGTGCTCCAACCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCGTCTCTTTTAAAAGAATAAATCTCGAATGTTTTCTAACAATCGAAATTACTTTTTCATTTGACATTGCATTGGAAACATTATTCCACAACAATATAAATTTAAATATACATTGAGATTATTTTTTTCCAATTTTTATTTTATTATGTTTATTTTATTTTATTCGGGGGTACATGTGCAGATTTGTTACCTGGGTATGAGATTCTTAACATAGATTTCAGTGTATATAATATAACCAACTCCGTTAAGATTGGAAATTTAGATATTTGTATTATAAGCAATGTTGGGTTAAGCTATGTTAATGGATCTTTGTCCACTTGCCTAATTATGTCCTTAGGATAAATCCTAATCAGTGGAAGTGTTGATTCAAAGACTATCATCTTTTTTTTTGTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTATCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGTAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTGCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACAGTGTTGGCAACGCTGGTCTCAAACTCGTGACCTCATGATGTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCGTGAGCCACCGCGCCGGCCTATCATCTATTCTTAAGTATTTTGATACCTGTTGCCTAAATTGCCCTCCTGAAAAGTTACATCAATGTATGCTCCAACCAGCAGTGTTCAGGAGGATCCATTTCTCTACAACCTCACTGACACTGAGTATCAAAATTCAGAAAGGTTGAATATACAGTACAGTCAATACTAGTATACTCTTCATCCAGATTAATGAAATGTTAACTTTTTGCAATATTTATTTTCTTTTTTTTTCTGGATTGTTTGAAAGTAAAACATTATTTTTCTGTCTCTTTTTCTTCCTTTTCTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCTTGTCTCCCAGGCCGGAGTGCAATGACATGATCTCGGCACATTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTAGCTGAGATTATAGGCATGTACCACCATGCCTGGCTAATTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCACGTTGGCCTGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCCCATGCCTGGCCTTTTTTTTCTTTTTCTTTAAAAAAATTTTTTGACACCAGTGTCACTCACCAATAAAAAATTTATTCTTTTTGTTTTTTTTTGAGACGTAGTCTCAAGAGTGCAGTGGTGTGATCATGGCTCTCTGCAGGCTCAACCTCCTGGGCTCAGGCAATCCTCTTGCTTTAGCTACCCAAGTAGCTGGGACTATAGGTGTGTGCCATTGCATCCAGCCAATTTTTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTAATGTAGAGATGGAGTTTCGCCATGTTGCCCGGGCTGGTCTCTAACTCCAGGGCTCAAGTGACCCACCCACCTTGGTGTCCCAAAGCACTGGGATTATAGGTGTGAGCCACCCTGCTCAGCCAAAAAGTTTATTGTTAATTTGATGTGTATCATGGTCTTCAGCCCTAATTTCAATAACCTATTGGGTGCTTGGGATTACTTGTACATGTACCACATCCTACAGTTTTATTATACCTAGTGATCAAGCTTTGGGCAAAGGAGAAATTCAGTTTTCAGTAGCATCATTGGAAGTATTATGACTTGTGCTTAAACTTTTACCAGTGCATTCTTTTGATAAATAGAAATAGTAACAAAATATGAATTTTAAATATGTGGGGAGATACATAAAGAACATTGCTTATTTGTTCTTGAAAATAACAGTGATTCAAATATTTCATTCAG
Seq C2 exon
ATTTACCTATGCCTAATGAAAAAAATGATGCAGAACTTGATTCTCCACCTTCAAAGAAAAAAAGATTAGGTTTTTTCCAGACTTATGATACAGAATATTTAAAAGTTGGTTTTATTATCTGTCCTGGATCAAAAGAAAGTTCACCAAGGCCACAGTGTGTCATTTGTGGAGAGATCTTATCCAGTGAAAACATGAAGCCAGCAAATCTTTCTCATCATTTGAAGACAAAACATTCAGAATTAGAAAACAAACCAGTAGATTTTTTTGAACAAAAATCTTTAGAAATGGAATGTCAAAATAGTTCTTTAAAAAAGTGTTTACTAGTTGAAAAGTCACTTGTGAAAGCTTCTTATTTAATTGCTTTCCAAACTGCTGCAAGCAAGAAGCCATTCTCCATTGCTGAAGAATTAATTAAACCATATTTAGTAGAAATGTGTTCAGAAGTTTTGGGTTCAAGTGCTGGAGACAAAATGAAAACTATTCCACTTTCTAATGTTACAATTCAACACAGGATTGATGAACTATCTGCAGACATTGAAGACCAGCTGATTCAAAAGGTCAGAGAGTCAAAGTGGTTTGCCCTTCAGATAGATGAGTCATCAGAAATCTCAAATATCACACTTCTTTTGTGCTATATTCGTTTCATTGATTATGATTGTCGTGATGTAAAAGAAGAATTATTATTTTGCATTGAAATGCCTACTCAAATAACTGGCTTTGAAATATTTGAACTAATAAATAAATATATTGATAGTAAATCTCTGAATTGGAAACATTGTGTTGGTCTCTGTACCGATGGGGCTGCAAGCATGACTGGCAGGTATTCTGGTTTAAAAGCAAAAATTCAAGAAGTTGCCATGAATACAGCGGCATTTACACATTGTTTTATTCACCGTGAACGTTTAGTGGCAGAAAAGTTGTCTCCATGTTTACATAAAATTCTTTTGCAGTCAGCACAAATTTTAAGTTTTATAAAGAGCAATGCATTAAATTCACGTATGTTAACAATTTTGTGTGAAGAGATGGGATCTGAGCATGTGAGTTTACCGCTTCATGCTGAAGTACGTTGGATATCAAGAGGGAGAATGTTAAAAAGATTATTTGAATTACGACATGAGATTGAAATATTTTTAAGTCAAAAGCATTCAGATTTGGCCAAGTATTTTCATGATGAGGAATGGGTTGGAAAGCTGGCCTACTTATCAGATATATTTTCACTTATAAATGAATTAAATTTAAGTCTCCAAGGAACTTTGACTACTTTCTTCAATTTGTGTAATAAAATTGATGTATTTAAGAGAAAGTTAAAAATGTGGTTGAAGCGCACACAAGAGAATGATTATGACATGTTCCCTTCATTTTCTGAATTCTCAAATTCATCAGGCTTAAATATGACAGACATCACAAGGATTATTTTTGAGCACCTGGAAGGACTTTCTCAAGTGTTCAGTGACTGTTTTCCACCAGAACAAGACTTGCGTTCAGGAAATTTGTGGATAATTCACCCTTTTATGAATCACCAAAATAATAATCTCACCGACTTCGAAGAAGAAAAGCTAACAGAGCTATCTTCAGATTTAGGATTACAAGCACTATTTAAATCAGTGTCTGTAACTCAGTTTTGGATAAATGCAAAGACAAGTTACCCAGAACTCCATGAAAGGGCAATGAAATTTTTATTACCCTTTTCAACTGTTTATTTATGTGATGCTGCCTTTTCAGCTTTGACTGAGTCAAAACAAAAAAATCTGTTGGGTTCTGGCCCTGCCCTAAGACTTGCAGTCACATCTTTAATTCCAAGGATAGAAAAATTAGTGAAGGAGAAAGAGTAGCAATATGCACATTGCTTAACAGTGAAGTCAATAATCCTGTGTTAAGTTTTGTATAAGTATCCTAAAAGATAATTTCCTAATGTGGATTTGTGTTTTCAGTGATTAAATGTTTTAATAATTTTTCCCTTTTTGTTGAGGAATTTAATAATTATGATTGTTATAAATAATTATGTATAATTATAATCTAGGGTAGAAAATTTAGTTATTTCATTAAATTTGGACTAGTGACAAAGACTGCAGGTAATGAGAAGCCCAGTTTATAATGTAACAGCACAACCTGGATGTTGAAACAGCTTGGCCTTTAGAAGCAAGTGGAACATTTCAGTCTTCTAGCCAACCAGCTACTTACCCCTGCAAGGTTGTGAGTAGGTGGAAAAGATAGATCTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTCACTGGAACCTCTGCCTCCTAGGTTCAAACAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGGTTACAGGCATGTGCCACCATGCCCGTCTATTGTATTTTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGTCAGGCTGGTCTCTATCTCCTGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGTGTGAGCCAACGTGCCCAGCTGGAAAAAGATAGATCTAAGCAGCTTGGGTAACTATAAATGGAAGCAGCAGGGGGATTTGAGACCCCTGCTTGGGGCCTTTCTGGCCCAATATACCAGGGCTTAGCAAACTTTTTAAATAAAGAGCCAGATAGTAAATATTTTCAGCTTTGCAGGCCATACTGTCACAACTACTCAATTCTGCAGTTGCAGTGCAAAAGCAGCCATAGACAATATGCAGATAAGTGTGGCTGTTTTTAAATAAAACTTATTCATGAACACTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163867-ZMYM6:NM_007167:15
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.625 A=NA C2=0.048
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0289210=zf-BED=WD(100=6.5),PF142911=DUF4371=WD(100=23.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)