BtaINT0164938 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000040031 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12933]
Coordinates
chr1:70337189-70345887:-
Coord C1 exon
chr1:70345762-70345887
Coord A exon
chr1:70337313-70345761
Coord C2 exon
chr1:70337189-70337312
Length
8449 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTTAAACCAGATC
3' ss Score
8.47
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAGTGTAAAGCAGGAAATTACTTTCACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACAAAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAACGGAAACAGCGTTCTCCTGCAAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCTTACAATAAATGAGGATGGATCACTTGGTTTGAAAACCCCTAAATCTCACGTTTGTGAGCACTGCAATGCTGCCTTTAGAACGAACTATCACTTACAGAGACATGTCTTCATTCATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000040031:ENSBTAT00000000628:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.595 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=23.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development