HsaINT0186260 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163848 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:12933]
Coordinates
chr3:124997968-125007072:-
Coord C1 exon
chr3:125006947-125007072
Coord A exon
chr3:124998092-125006946
Coord C2 exon
chr3:124997968-124998091
Length
8855 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
CCTTTTTTTTTTTGAACTAGATC
3' ss Score
9.24
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAGCGTAAAGCAGGAAATTACTTTTACTGATGTATCTGAGCAACTGATGAGAGACAAAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAGAAAAAGAAGAAGCGGAAACAACGTTCTCCCGCAAAA
Seq A exon
GTAAGACAATGTATTAAGGTGGTAATCACAACCTCTTAATTCCAACTGTTGGTTAATTCTATAGGCAAGAACCTGGCTGGACCCTAAGGCAGATGTAGAAGTCTTGTGTGGTTTAGTAGGAGGGGGTGCGTGCCTGCATGGAGGTGGTGGGCCTTGCTTTCAATTTTTCTGCTTCTCTTTCACCATGTTCCTGACTTGTCTAAAAGTGAACTTTTCTTTTTCCATATCTCTATCGGATGGCATGCATTGCCCTTTCTTCTCATTTGTATTAGTTTTCCTTATCTTTATATTAAGGTTTCAGGAAAATGTAATACCAGTTATTCATCAGGAAAAGATATAGGATCCCTGTTAATAGGATGTAAACTTCATGAGGGCAGGGACTTCATTTTGTTCACAGCTGTATCCTAAGAGCCTGGAATAGGAGACATAATAGATCCTCAGTAAATATTTTATGGGTTAATGAATGGGTTAGTAAATAAACAAGTAACCCAGGCTGAGTGCAGTGGCATGATCATGGCTCACTGCAGCCTCAGTCTCCCAGTCTCAAGGGATCCTCCTCCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGAATTTCTTACAGAAATGGGGTCTTGCTATGTTGGCCAGGCTAGTCTCAAACTCCTGGTCTCAAGCCGTCCTCCCACTTCAGCCTCCCAAAGTATTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCACTCCTGGCCTGTTTTTTTCTCTTTAGTATAGTGATAGCTGAATGTATACAGCATTTTTGGTATTCCTAGAAATTCTCTGAACTCTCTGCAGCATATTTGCATTTTTATAGTTAACTCTTATTTTTTTCTTCCCTCATGTGGTGAGAAAGTCCTTTTTAAAAAGATCATACTGTAATATGATTTTTTTGATGGCTTTTTAAAAATTTGTGATTTGAAATCATAATCATCATTATTATTTATATTTTTGTATACTTTTGGACTTATTAGTGTGTTGGAGCCAGCTTGAGCTGGCTTGCAAGATTTCATTTGCAAATTAGTTGCCAAAACCATTGGTAGCTTATAATTAGCTATGGTGGGAATATTTACACCCTGGAAATCAGCAAATGTTTCTATACCTCCTGATTCCTTAGTTGGTGGTTAAATATTTGCCAGCATACCACTATTTTGGGGACATATAAATATGCCTACAATAGCAAATTTTGAAAAACATAGAGACTAAAATAACCCATAGTTACATTTCCTAGAGATAACTACTTGGATTTTCTGCCATATTCCCTTTCTTTTTTCAAATTTGTGCAGATAGATATGGAGGTATAATATAGAATAAATTAGCTGATTTTTAACACTTGAAATGTAAGCAACTTTTGTGCTTAAAGTTTTTAATGTTTTTTGTAATCATTTATTAGCTACATAATCTATTTCTTAATAGATCATGTTATATTTAATGGTTGTTTTATTGGACATTATTATGTTGTTTGAAAGTTGTAGTCCTTTTGTTTCTGTTTTAAATCATGCTGCACTTAAAATGTTTGAGTATGTATCTTTGTGCACTATTGATCAAAGGGTGTGAACTTTTGGAAAGATTTCTTGATAATGTTACTCTTTTCAGAAATGTTATACCAGTTACACTTCTACCTGCAGTGGACCTGAGGTGTATCTGTCTGCATTCTCACTGGTCTTGAGTGTCTGACTTTGCTTAAGATGGGAGCCTCATTATAGTTTAAATTTGAATTTCTTTAGTTTCTGGTCACACTAAACTTCTAAAATTTTTGTTGGCATTTTATATTTCATGTTTTGTGAAATTCTCCCTTCTTCTTTTCTTCCCTCTCCCTCCACTTCTTTTTTTGGGGCTTTAATGTTTTTCTCAGTAATTTATATCATTTTTGGGGGTTCTTTACATTAATGAACAAATCAAGTTCTTCAGATATAGAATAATACTAGGTTTTATGTAAAAAATTATTTCTAAAATCATTTGTGATAGTGATTGGTTGTTACTTCGGATTCATTGCTGATCTATGGGGTATCTATTTCAAGTGTACTCTCTTCTTGAAATTCTGACTAAAACCCAGATTATCTTCTTATTGGGTGTTGGACTCTGTATTTGGTGATATGTTCTAGGTATTTGTAAATATAGATTAGGTATTTACAGGCTTTAAGCTATTTTGCTTGTCTAATTTGCGATAAACTCATTTATAATGTATCATTTTAGAATATTTCTAAAGGTATTATTTAAGTATTTATATACCTCTGTAGTTGCCAGATGACGGAGTTGTCCTATTCTAAGTATAGTGCGTATAAGAGAATGTTTTAGGGTAGCCCTTTAGAGAATTCTTAGGAAGATGAAGTGACTAGAAACAATATACAGCAGACAGAGGTGTAAGAATAACAAACAGGCCAGGTACAGTGGCTCACACTTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGACGGAAGAATTGCTTGACCCCAGGAGTTCAAGACCATCCTGGGCAACATTGTGGAACCCTGTCTCTGGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTAAATAAAGAACAAACAATTATTTTTCAATTGTCCTGGCATGTTACATGTAATGGGACAGGGAATGGTTTTGGACTGTTTTTTAACCACTGGTCTGCCATCTCCAGGTGAATGGGTTTTTTGTGTCTGGAGTCTTAGAACTTTAAGATATAACCAGTGAGTAATTTTACATTTTCTCAGGAGTGTATATAAAAATTTATGCTTCAGAACTTCTGTTAAAATAATTCATTCTGCTCTTTGGTATGAAGAGAAAGAGAAACTTACCCATGTTTGTAAATCAGTAAGTGTTACTTGTTTTAAATTCCTTAAAAACAATTTTAAGTTCCTCAAAGAATTATGATTTATTATGCCTAGAGGACTCCACTCTCCCCCAGCACCTTTTCCAAATCTTAAAATCTTGCCATTGTGAATATTTTGAGTTTGTGTCACCATTGTGTAGTATTAGATTGGGGATCTGCACAAGAAGTATAACTAATGTGATAGAGTTTTAGTAAAAACATCAGAGCTTATAAACATCCATGTAACTATGGCTGCCTTAAAGTACTGTGTTGTTATTCCATCTTTAGCTGCCATGGATTTTAAGCAATAATTGCCTTCTGAACTTTTCTCATATGGCAAAGCTGAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTGGAAAACTTAAATGCAATGGGAAAGCCTGATCATCTTAAGGTAGGTTTTGACACTTGAAATTTGCCTAAATACACTTGGCAGCATGCCTGATGAAGAGGGTAACTGAGCTAGGGAACATCATCTAGGTCAAGCTATTTGCATCTGTTGTGGAATTAGCTGTTTTAAGAAAGTAAGTTTTCTACATAATAGAAGCTTACACCTTTTAAATATCAAATTTCATTTTATTTTCACCATTTTTTGGGGGAAATCTTTAAGGTGTTGTTTTCCTTTTAAATCTAGTGTATTTGAACATAATTCAGCTTTTAATGTCTTGAAGCTGACATAAACATTTTTTAAAATTGCGTATTGCAGTTGAAGCCCTCTAGGAGAACAGAGATTTTAGGGCTCTCCCCCATCCACCTGACCCTGCAAATCCACACTGCTAGACTTTAAGTGTTATACTGCTTATAATCACTTCACTTCTCATTCCTTGGTGACGTGCTATTCATTTTTACATTGCTGTATATCTGGGTGGCCACTTAACATCACTTTCCTTTGCCCCTTTGAGTCTGTTTTTGGTGACTGTTATACTCTTAAGCTTGAAAACTTCAAATCTTGACACTAGAAGTTTCTGAATAAATGAGGTATTACTACTGGACTTTGGTATTCACTTGTTACATGAATTAGAAGGTAACAGTTTCCATCTCAGAAGGGTTTTAGGAGGATTGTTGGGTTAACATTAATGAAATCTAAGAATTTTTTTCAGTAAAATATAACAATATTATCTAAATCCCATGTTGTATATATTATATAGGTCTTTTCCACCTCCTTAGTAACTGAATGAGAGAGAGGATATTTTTAATTCCTTCTCTTTATTCTGAAATGTATCTCTCTTTTCATTTATTCAACAAATAATTTGAGTGCCTGTTATGTGCCAGGATCTCTCATCAGGTACTGAAAAAAGGAACTGGGTTTGTTGTAACACTTTAGGTGATCTGAATAAAAATTCATTATTCAAAGTTATGCTGAACTGAGGAAGAGCACTTTTCACACATCAGATAGATTATATAATAGAGAATCCTTTCCCAGCAATTTATTATATATTGTTGGTTCCCAGAAAAGATTTTAGACTTTGGTATCAGAAAGATTGAATTATGTAAAATAAGGAAAATTTAATGAAAAGAAACAGAGAAGTAGATATACCAGACATTTGCCATGCTTTCTTCTACATGTTACCTTGATTTAGGAAGAAGTAGCTTTAAAGATGAACTGATTATAAGACGGAGGATGCAAACAGGAAGTATGGAATAGTAAGAAAATGAAGGAAGAAGATTGGCAAAATAATAGAGTTTTATTTATCTAATTTTCCCAGGAAATTGTGTGTCTTGTATAAATTGTTTTTCCATAGAACTGAACCCTAACTTTGAAAAAAAATCTGATGTAAATCTTTCTTTAGAAAATATCACCTACTTCTTTGCCTAATATTCAGGAAACAGGGAAGAAACAGCCTTTTTCTAAAACCCAGGGTCATTTTGCTGAACATAGTTGTTGTGCCATGCTTATGATACAGTGAATTTCTTGTTCTGGTGCTGTCAAAAGCTTACCATTTAAAAAGGAAATTTGGTGATGAGAAAAATCTAGTACTGAGAAACAATAAAAAATCTTGATGAATGAAAGAAAGTGACAATGTTAGAGTAGGTTATTAACGATGACCAGGACAGTCAAGTTGCCGTGATGGGTATTACTCAGGGTGACTTTGTTATTTGTATATCTTTGGACTTGCACTATTTTCCATTTCTCATTGGATTTGGAGAGTAAAGAGAATTGTCAC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Seq C2 exon
ATCCTTACAATAAATGAGGATGGATCACTTGGTTTGAAAACCCCTAAATCTCACGTTTGTGAGCACTGCAATGCTGCCTTTAGAACGAACTATCACTTACAGAGACATGTCTTCATTCATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163848-ZNF148:NM_021964:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.595 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF127602=Zn_Tnp_IS1595=PU(70.5=73.8),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=23.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)