RnoINT0167794 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001789 | Zfp148
Description
zinc finger protein 148 [Source:RGD Symbol;Acc:62063]
Coordinates
chr11:70540956-70550977:-
Coord C1 exon
chr11:70550852-70550977
Coord A exon
chr11:70541080-70550851
Coord C2 exon
chr11:70540956-70541079
Length
9772 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
TGCCTTTATTTTTAAACTAGATC
3' ss Score
6.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCTTACAATAAATGAGGATGGATCACTTGGTTTGAAAACCCCTAAATCTCACGTCTGTGAGCACTGCAACGCTGCCTTTAGAACGAACTATCACTTACAGAGACATGTCTTCATCCATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001789:ENSRNOT00000002435:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.595 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=23.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]