MmuINT0178647 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022811 | Zfp148
Description
zinc finger protein 148 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1332234]
Coordinates
chr16:33456962-33467064:+
Coord C1 exon
chr16:33456962-33457087
Coord A exon
chr16:33457088-33466940
Coord C2 exon
chr16:33466941-33467064
Length
9853 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGA
5' ss Score
6.91
3' ss Seq
TTTATTTTTTTTTAAACTAGATC
3' ss Score
7.55
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCTTACAATAAATGAGGATGGATCACTTGGTTTGAAAACCCCTAAATCTCACGTTTGTGAGCACTGCAATGCTGCCTTTAGAACGAACTATCACTTACAGAGGCATGTCTTCATTCATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022811-Zfp148:NM_011749:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.595 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF127602=Zn_Tnp_IS1595=PU(70.5=73.8),PF134651=zf-H2C2_2=PU(38.5=23.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: