DreINT0006293 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000088825 | CDC42BPA
Description
CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1737]
Coordinates
chr8:3761292-3762438:+
Coord C1 exon
chr8:3761292-3761438
Coord A exon
chr8:3761439-3762318
Coord C2 exon
chr8:3762319-3762438
Length
880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
TAAATGTGTGTGTGTTTTAGAGT
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGATGGAGCAGGAGATTTCCAAAGTGCAGCGTAAGATGTCAGACTTGGAGTCAGTTTTGCAGCAGAAAGACGTGGAGCTCAAGGCTTCAGAAACCCAGAGAAACATCTTAGAGCAAGACCTGGCAACCTATATCACCGAATGCAGC
Seq A exon
GTGAGTGTAATGTTTGAGACTGGAATTATGGCATGGTCTGAGTTGCATGACTTTGTTATTGCTTAGTTAATTATGTGATTTAATAATGTGAATTATTTAAAATGTTAATTTATTTTGTTTTATTTTACTTTTATTTATTAATGTTTTATTACATTTTATTAATTTAAAACTAAATGTTATTATTTTTCATTTTATTTAACTTAAATTTTTTAATTAAATTTATAAAATTTTTAATTTTAATTGTTATTTTATTTTGTTTTATTTTTATTTTACTTTATAATTTGTATTTTATTTATTTAATGTTTAATTATTTTTAATTTAATTAAAATTTTTATTTATTTTATTTGCATTTTTATTATTTTTAATTTATCTAAAATGTTATTTAATATTTAATTTTTTTTTATTAGTTTAGATTTAAAATTTACTCAATTCTATGTAATTTTATTTTATTTATTTAAATGAATTTTTTTGGTTTTATTTTATTTTACTTTAATGTTTTTATTTAATTTAGTTTATTTTATTTTTAATGTTTAATGTTTAATGTTTTTATCTTATTTCATTTGAATTAATTTTTTATTTTGTTTATTTAAATGACAATTTTATTTTTATTTTACTTTATTTCATGTTTTTATTTAATTTAATTATTTTTAATTAAATCTTATTTATTTAAATTTTATCTTATTAAATGTTAATTCTTTTCTTTAATTTTATTTTTTTAAATTTTGATTTTATTTTATTTGCATGGCCAGCATTTTGGTTATGTTTGTTGTTTCAATAAGCGAAGAGCTCATGCACTGAAAAAAGAAAGAAAATATGGTCATTCCAAAGAAAATAAATTAGTCATTCCAATTAAAATTAATTAAATGTGTGTGTGTTTTAG
Seq C2 exon
AGTTTGAAGCGCAGTTTGGAGCAGGCCCGCATGGAGGTTTCGCAGGAAGATGATAAAGCTCTTCAGCTGCTGCACGACATTCGAGAGCAGAGCAACAAACTGCAGGAAATCAAAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000088825:ENSDART00000122454:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.163 A=NA C2=0.525
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
AGATGGAGCAGGAGATTTCCA
R:
TCTTTGATTTCCTGCAGTTTGTTGC
Band lengths:
262-1142
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]