DreINT0007205 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000091398 | COL13A1
Description
collagen, type XIII, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2190]
Coordinates
chr13:7747428-7752485:+
Coord C1 exon
chr13:7747428-7747463
Coord A exon
chr13:7747464-7752398
Coord C2 exon
chr13:7752399-7752485
Length
4935 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTGAATGCACTTGTTTGCAGGGG
3' ss Score
6.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTTAGTAGGACCACCGGGATTAAAAGGAATCAAG
Seq A exon
GTAAGTTGTGATTTTTTTCTAGTTTGTTTGTAGATGTTATTGTGACTTTAAGGTACAATAACCTAAGTCCACTTTCTTAAAATAAAGGAATGGACTATATTTCTAAACCAGCATGAGTCTGCCAAACTGTTTATTATAAAATACATGTGGTTATATAATTTGTTCTTAAGGATTATGATATAGTATCATTGATTGTAAAGATTGTTTTATGTTCATAGGACATGCAGAAACATGCTGGGTATAAGAAATGAGAATGGCTACTGCTCATTGCAAAAATTGCACATGTACAGTGGGGTCTAAAAGTCTGTAAAAATAAAATTACATAAAATAAATGATTAAACCTGGAAATAAGTCAACCCAAGATCATTCCGGAAACGTAGCCCCGCGGACGTTTCTGGAGACCGCGATTTACGTGGCCGGAGGTACGTAAAGGCCGCATTTAGTTTTTTTCGAGCGAACGCTGCGGGGCGGTGTGGCGCCACTCCGCCCCTCCTCTTCGCGCTCGCCGGCCGACGGCTCGCCTCCGAGTGGAGGGCTTTCCCGATGCAATCAGTTTGTCCGCTTAGCTCACAGCATTGCGTCGGCGGAGCGGAGGCCCCGGAGGAGGAGGAGGAGCCGGCCGCGGTGGACGACGACCGGGATCGAGTCCGGGGAACAGCAGGTTCCGGAAATCAGGTAAGACGAAAAACGGAATCTGAAAAATAAGGGTGAGAACGCGGCGGGATCCGAAAACGCGGTCAAAATCGAAGACGAGGGCTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGGACGGCTTTTGCGAACCGTCGCTTGGGTTTAGGGAAGGTGGAGGAGGAGGGTGAAGAGGAGGGCGGCCGAGTCGGCCAATCCGGCGCCTTTTGCGCGAGAACGGCGCGGGCGCGAACGGCGCGTGCTCCCGAGAGGCGCCCGAGACGCGAAAAAGCGCACAGAGCGGCCTCTCGCAGATCCGTAAAAACAAAAAACGCTCGAATACGTACCTCCCGGGACGTAAATCGCGGTCCGCAGAAACGTCTGCGAGGCTACGTTTCCACAATGAGCCCGGGTTGAAATAAGTTCAATAAATCTGAAAACATTAAAAGAGAAATGGTATTACGTTGAGATCAAATTGTTTGAGCTGAATGACCCATCAGATTAGTGTTCATTTATTAAATTGATCATTTTATGTAAAGTGGAGATGAAAATTATAGAACAATTTATAAACACTTGTTTTATCAGTAATAATGTAATCCCCATGGATTAAAATGTGAAGGGATTTAAGTTGTTGCTCTACTATGCTAATAGAATAGTGTTTTAGGTGAACAAAAATAAGTAAACATTGATCATAGTAGAAAGATTACACAATGGTTAACAATTGGCCATTAAGATTCTCTGGAATACCTTGTATTCTCAAGCATTTATCTTTCATGGACGATAAACGATCATACATTTTGGCTACCTTGAATGAGTTAGTGACATTGTAAAGATGCAGTATTTTACGTAATGACCAACTTCTCTTGCGATGGCTGAAAGTGTCATCCCTTTTGCTTTCATCTGGATAACTTGCTCTGAGCATTTCAGTCACTTAAGATTGTGTACCTTCATTTCAATTGTACCATATAAGATTTAAGACTTTTCCTTAAGAAACATTAAATGTACCACAGTGTAGCTTTTTTGCGAGAGTTTACTTTGAAATTACAGAAATTATTATGTTCTCTAATTTGAATGTTTAAGAAAAAAAAAACCTGTCGAAATAGTCTTTTAGATGTCACTGTATATGTTTATTGGTCATGAATGATTATTTTTGTTATATTCTTGTATTAGAACAGTTTATTTGTCAATTTTAGCTTTTTGTTATTATTTTTAATGCTAAGACTATTAAACACAAATGATGTTTGCATGAATAATGTAAAAACATGAAGGCTAAAGTTCAAATGTTTTGTCATTTCCATGAGAAGTACATGTGAATGCCTTGCTTCCCCTATGCTTTCATCCTCCTAGACTGTATGCCTGTTTCCTATTAACACTAATTTCTAAGTTTATGTCTGAATGTCTCCCACCTTGAATGTCAGGACATGTCAGTGCTCCTCCCAGCATCTTCCACTGCTAATTTTACAAACATAACTCTTGTAAAAACCTACAAAAAAAATTACAAATTCTGCCACTGTGCTGATCCTCGTCTCAGGGAAGGTGCTGTGGAGGACTCTTGGGCACGGTGCTGTTTTTACTCTGGTCCTTGTCTTCCTCTCTCTTTTTTTCCACAGGTCTTCCTATCCCCTTTTCCTCCCCCTGCACCCTGGCCTGTGTCCGTGGCTCTTTTTGCTGAGTCAGGCCGGGTCGTCCTCTTTGTCCCCCTCTCACTCCCTGGCCTCCTCCTGCTCCTCCTGCATCCTAATGTTATAGTCTGGGTTAATACTCTTCCTCTTCCTCACTTCCTACTTTTTTTGTGCACATCCTTCACTGACCTCCCTACCAACCTGCATTCATTTTCTCCCAATTATCCTTATGCACAGAGTTCGTATTGTTCCACGAAAGCCTCATCTGGATCTATTTTGAAAGGGCACATAACCAAGCAATGTGGGAAACGGCATTATGTCAGTGCGGAGCTCATTTTGACATCCTGATGTGGGTATTTAGGAAAAACACTCCTGCCGGGAGCCAAAAGCTCAGAAACGGTGCTTAAGGAATCCCTATTTGTCAAACAGGATAAGAAAATGAGCTCCGTGTTGATTCATAATGTAATCCACTTTGATTTTTTCCCCCTTCCTCTATTAAGTGTTAGAATAACAGTCATGATGAGGGCTGTCGGAATGGTAGAACTCTGAATCTTAGCATGGTTAGATCCCAATTTGGAAGACTTATAAAGCTTCAATGTAATAGTTTCCTCCAAAGAACCCTTCAACTTTGCGTGCAGACTCAAAGATATATCACAAAACCCTCCGAATGCAAAGCTGGTCTTAATTAGTTTTAAAGACAAGTCGTGTTGATTAAACAGTTTCAGGGCCTCTTCATCATTTATACATTAGTCTTTTTTCACTCAAGTGTTCCTAAATGGAATCAATAGCAGATTGTCTGTTTATTGGCCAACGTTTGATGAAAAGTTCGGGGAATAAAATGTATGTTCTTTAGAACTCAAGAAATAATCTGCAGTTAGAATGACTCTACAGCATGATTGCGATAATTTTCATTAATTTCAAGTGCCCTGTGAAGGCATCATTTACGGCATGCTGTTTATGTACAAAAAAACCCAATAATAATTATTATTATTATTTTTGTTGTTATTATTACTATTATTGTTTATGTTATTATTATTTATTATTATTATTATTGTTGTCATTATTATTGATGTTATTATTATTAGTGTTAATATTATTGTTGTTATTATTGTTATTGCTTTTATTATTGTTGTTTTTATTATTATTATTGTTAGTATTATTATTGCTATTATTGTTAGTGTTGTTATTATTATTGTTATTGCTGTTATTATATGTTGTTGTTATTATGATTTTAGTGTTATTAGTATTATTATTAATATTATTATTGTTGTTATTATTATTGTTGATGTTATTAATATTATTATCGTTATTATTATTATTATTATTATCACTATCATTATCATTTTTATTAGTGTTAATATTATTATTGTTCGTGTTATTATTATTTTTTTATTGTTATCGTTATTATTATTATCATTATTATTATTGTTAATATTATTATTGTTCGTGTTGTGATTATTATTGTTATTGCTGTTATTATTATTTTTAGTGTTATTATTAATATTGTTGTTATTATTATTTTTGACGATGTTATTATTGTTCTATTATTCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTAATGTCATTATTATTATTGTTGTTATTGTCATTATTATTGTTGTTATTATTATTGTAAGTGTTAATATTATTGTTAGTGTTGTTATTATTATTGCTATTGCTGTTATTATTATTATTTTTAGTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTGTTATTATTATTATTGTAATGTCATTATTATTGTTAATGTTATTATTATTATACATTTTTTATTATTATTGAATAATAATATTTAGTGGACATTTTATTTGATTTCATTATTTCATATAGAACTGCTGTTCTGTTGAACTTTCGGCTGAAAAATCCTAAAAAAACAACAAATTGCACAAAAAGAATATTAAAATAAAGTTTAACAGAAGTACATGTTTCTTGAGCACCAGTTTGCCATTTTATAATGGTTTCTGAGAGATTATTTAACACTGATGACTGGAGTATTGCCTGCTGACAATTCAGCTTTGTCACTACAGCAATAAAATACATTTTTAATTTCTATAAAAATGTTAACAGGGCATATACATTGTAATAATAATGTGCAATATTACTGTATTTACTGTCTTATAAAATTACCGCCATATCGGTGAGAATAAAAACACATATTTTAAACACATTTCTGCTCAAAAATATTAAGTAATTAAGGCAAACAAATTTATAATAATCCAGTGGTTTGCTTCCAAAAGCATGAACTTTTCATAAAGCAAATCTTTAATATTGTTATTTGCTTTTATATTTTTTAACACTTAAATAAATTTACATTGATTGTAATGTAATATTGTAATCCTGCGATACTTCAGCCATTTAAAAAAACAAAAACACATAGAATAAATAATAAATGAGTAAATAAGTCTGCACACTAACCTAACTGGCTGATCTCCTTTCTCCTTAACCCCTCCACTTACCCTTTTTAAATGATCCCAGTCTTCATGATAGCTCCATTCATAAGCACATCTCCTTTTAGAATGTCTTGTAGAGCAACCAAAATGTCATACAATTATTCTCAGTGATGGTGCTTTGCTTACAAGTACTGCTATAGGAGGACTTGAGTGACTTTTTTTTTGAATGCACTTGTTTGCAG
Seq C2 exon
GGGGAGAGGGGCAAGAAAGGCAACAGGGGGGCCAAAGGGGATAAGGGAGACCAAGGAGCCCCTGGATTAGATGCCCCGTGTCCGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000091398:ENSDART00000040379:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.893 A=NA C2=0.980
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(0.1=0.0),PF0139113=Collagen=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(44.1=89.7),PF0149813=HTH_Tnp_Tc3_2=PU(2.1=3.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]