DreINT0007206 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000091398 | COL13A1
Description
collagen, type XIII, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2190]
Coordinates
chr13:7752399-7758489:+
Coord C1 exon
chr13:7752399-7752485
Coord A exon
chr13:7752486-7758450
Coord C2 exon
chr13:7758451-7758489
Length
5965 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTATGT
5' ss Score
7.12
3' ss Seq
ACCTCTCCTGCTTTTTCTAGGGT
3' ss Score
11.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGAGAGGGGCAAGAAAGGCAACAGGGGGGCCAAAGGGGATAAGGGAGACCAAGGAGCCCCTGGATTAGATGCCCCGTGTCCGTTG
Seq A exon
GTATGTCTTTTGTTCAACGTGCAGCACTAAGGCAAAAGGAGACTTATAGAAAGCAGTGTCTCCTTTTGTCTTTGTGTAATAACTAACAAATACCCATGAGAGTTCTGGTCAAAGTCTGTAAATTATATTGGTATGATCCTTATATCCACTTTATTTAAAGTCCTAATGACGATACAGTATATATTGATAATAGGAGTAATCATATGTCAAACTGTAAACAATCAGTAAAGTGTTTTTAAAAGCTTTTGGTAGCAAAAAAAGACTAACGACCAGAACTCTGAAAGGGATTTTTACTTTTCAGGGTTAAGACTGACAGGAATATGGTACTGCTGGACACAATGGGATGAGTCAGTACTTCAACAAACTAGCTAGCTTTGTTGTATTAAGTGGCATTTCAACCCTGTGGACACATTGAACCTGTTCCTGTCAGTCACAAGTCCAGTGTGATCTGGACCAATGAGCTGCTGGAACAGAGCGGCCAGTGTGGGGGAGTGGCTAGATGACAGGAAGTTTAAATGACTGATTTCATAAACAGGGTTTCCGAGGCTTGAAAGGGGAGAAAGGTGAACCGGGGCTGCCAGGCCTGGATGGGCTAGATGCCCCATGTGCTGTGGTATGCTGATGTCTATCCCTTTGCTTATTCCGCATGCTTCCTGCTGTTGTACACCTATAATGCTTTTAACCTACTTAAAGCCATTTTTAAATAGAGAACATTTAGTTATAAAATAGCCCTCTTTAAAATACATAGTGTGTTAATAGTTAGTATTATCCATCATTTTTTATTATTAGCCAATTTACTTAATTATAAAAATATTAAATATCCAAGTTCATTTTTACAAATAAATATTTCTATTTGACAGTTTGTTTATTTATTTAGCGTATGTGAAACTAATGAACTATGCACGAAACATTGGCTTTGTTTAGGCTATCAATTTGATTTTTGTGCATATGCGATTAGAATCAGATCATACTTAGCAAGTGCGACTTGCAGAAAAACTGTGATTTATGTTCAAAATCATATTTGAATGATATTGAAACTCCTTTTTTTTTTGGTCTGACAGCTCATGGGTGAGTTTCCCAAACAATGATGGTGCTTAAAGGGATAGCTTATACCCAAAAATGAAAATGTTGTCATATTTTTTTTCCCAAACCTTTATGCAGTTATAATTTTGACAGCAAATTTGGATTTGCAGTGCATCTGGAAAGTATTCATAGCGCTTCACTTTTTCACGTTTTTTTGTTACAGCCTTATTCAAAAATGGATTAAATTCATTTATTTCCTTAAAACTCTACACACAATACCCCATAATGACAATGTAATTTTTTTTTTTTTAAATTGTTGCAAATTTATTACAAATAAAAAACCTGGCCGAGGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGTTCGAACCTCGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGCTCTCCCTGCCTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGATGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGATTGTGTGTGTGAATGTGTGTGGGCATCCGCTGCATCCGCTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCCGCTGTGGTGACCCCGGATTAATAAATGGACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAATAAAAAACCTGAAAAATCACATGTACAGAGGTATTCACAGTCTTTTCCGTGAAGCTTTAAATTGAGCTTAGGTACATTCTGTTTCCACTGATCATTCTTAAGATAATGCAGCAGCTTAATTGCAGTTCAGCTGCTGTAAATTCTTTATGGGGTATTGTGTGCAGAATGTTGAGGAAATAAAAGAATTGAATCCATTTTAGAATAAGGCTCTAGCATAAGAAATGGTGGAAAAAGTGAAGCGCTATGAACACTTTCTGGATGCACTGTAGTTTTAATCTTAGTCTTTTGACTAAAATTCCATTTTTTATTTATTTTTTTGTTATATTTTAGTTTTATGACTCATTAAAGTTTAAGTTGACAAATCTTTCATAAGATTTTAGTTACTAAATATACTCGAGATTTACTTGACTAAAATATATTTGGTTTGATTTAAGTGTAATTTAACTAAAAAATTGTATTCATTTATCTATACAAAATATTCTAACTTAAAATTAAATAAAACTGATTAAAATATGGAATATAGCTTTTCCATTAAAGACTAAAAATTAGATATGCATTGTTTATTTACATCATAGGTAATTTGTAAAATTTCTGCAATCAATCCACATGTAAAAACAGTAGCCATCTGAAAATCCAGGATGGTGCAATTATTTATAAAACCCTTTATTTTAACTTGGTAAACTACTAACGTGGCAACAGTCTTTTGAACAGTTTCAACTCAAGCCATTAAATCTTTGAAAGTCCATTTTGCAATGTCAGTGTATAGCAAACTTTACTGCTGTAGTTGGTGTTACAGTACATGTTGCTCAGCTATAGCACTCATTAAATAAGTAATGACATATGACCGACAAATGATAATGTGTTACCTTGTAAAATGTGCACTCAGTCCCATGGCTGTGTTAGCTCACAAAGAGGAATTCTAAAGTTAAGATGACCGTAAAAAATAAAAGTGTGCTTCACTTCAAGGCAGTTTTGTTATCTTGATAACTTAATATAGTATATTGTATGCGACTCCCTAATAAGCGGAGATTAGAGCTCTTCAGTATCATTACATCCTTACAGACGTAAGAAATAGTCACATCACTAAACGACATCCTGTATAAAGCAGTTTTGTGTTACAGGTAAATTGTAAATAGCTGTTGTCATGACAATTGCGGCAGATGCAGACAGATTCCCTGGCATGCTGATGTCGCTTTAGATTTGTTGTTTTTATCAACTATTTCCCACCCCATACAGTTTTCGGTCTTTTTGTCTTGACATTAAATGTGAATCTTCTTTTTCCCTCAGCTGTCATCATTTCATTATAGTTAAATCTGACAGACACCTCTATGGAAGATGATGTAATCACATCCCGCGTCTACCGTGGACCAGTTACTTTTCAAATGTGTGTGTGCGTGTGTCATGCATCACACACCAAGATTAATTCTGATTAGATATTTTCCAAAAAACGTCTCTCAATCACATTCTCGTCTCGTTTTTATTAGTTAACGAAAATGTCAGTTTATTTTTATTATAGTTATTGTCATCATCACTTTTTTATTTAGTTTTCGTCTAGTTTTCGTTGGTAACTAGTTTGTCACAAAAATTTTGAACATTTTCCGGCAACAAAATTAACACTGCCTTTATTAGTTTCCCTCTTCTGTGAAACACAAAACTATCCCTTTAAATAGCATAGTATTTAGAAACTACTTCTACTAGAAGAAACTAACTATTAGTCCGCAGGACAATGTGCGATTCTTTCTGTAAATAAACAACATGGAATGTAAGGATCGTTTAGATATATTTTCTGTTATTTTGTGTTCAAATCAAAGTTTGAGCAGTGGTACTGCAGCTCAGACACACATGTACTCTTCAGTAGCACTAAAGCTGCTTTAATTTACTTATAGTAAATAACATTTTAATATTTTAAGCATAGAGCTGTATAACATGTTAGCTTGCTTATTTTGGTCAAGTTATTGATCCTTATGTCATATGTCATATAAGGACAAATTATGGCTCTATGGCCACTATCAACAGTGTTGCAAAAAGGCATCTTCAGTGTTCAAATTCAAGTCGTTTTTTGATGTTTTTAATGCCAATTTGGGACGTCAATTTAATGTAGTTTTGACATCAATGTACACTCACTGGCCACTTTATTAGGTACACCTGCCCAACTGCTTGTTAGCGCAAATTTCTAATCAGCCTAGCACATGGCAGCAACTCAAATGCATAGGCATGTAGACATGAGGTGTGTCCCAAATCGCATACTCATGCACTATTCTATGCCATTTTGTAGTATAAATAGTGTAAGTTGTGCATTGACACTGAAAACTCTAAAAAGATGCACTTGAATTACCCGGATGATGCATTTTTAATTCAACAGTTAATATAAAGTGTGGAACGATGGACACTTCACGCACTTAACAACCACTGCTTTGCTCACGTAGTGGAAGGGGTCGGAGCTATCGGGCGCACATGTTGGATTACTTTATTTATTTTGGATTGTGAAAGCAAAATTCTTCTACAAGAGTGATTATAGCGCCTCTCAATGGTGAATGCGGTTATACTCATGGCAGGTATTATTTGGTAGTTTGGTCATTGGTTTTTCCTAATTTGGCAACCGACAAACGTAATCAGGGAAACAGTTTGAATTTCCTCTTAGTAAAAAAACAATTAGTGTTCCATTAGGGACGACACTACATTTATACACTATGCTGTTGAGTGTGTAAGTGCATAAGTACATACAGAAGTGCATAAGGGCATAGTCTATAGTGTGCCATTTAGGAAGCAGCTGTGGTCCAGACAACCTGCTGAAGAATGGTGATTTCAGTGACTTTGATCGTGGCGAGGTTGTTGGTGCCATACTGGCTGGTCTGAGTATTTCAGAAACTGCTGATGTACTGGGGTTTTTACCCACAACCGTCTCAAGGGTTTACAGAGAATGGTCTGTAAAATAAAAAATATCCAGTGAGCGGCACTTCTGTGTGCATAAATGTCTTAATGATGCAAGAGGTCAGAGGAGAATGGCTAGACTAGTTTGAGCTAATAGCAAGACAACAGTAACTTAAATAACCACTTGTTACAACTGAGATATGCAGAAAAGCGTCTCTGAACACACAACACATCAAACCTTGAGGCAGATGGGCTACAGCAGCAGAAGACCACACCGGGTGCCGCTCCTGTCAACTAAGAACAGGAAACTGAGGCTACAATTCGCACAGGCTCAGCAAAGTTGGGCAATAGAAGATTGGAAAAACAATGCCTGGTCTGATGAGTCACGATTTCTGCTGCAACATCTGGATGGTGGGGTCAGAGTTT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Seq C2 exon
GGTGATGATGGTCTGCCAGTACCAGGGTGTTGGAATAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000091398:ENSDART00000040379:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.980 A=NA C2=0.823
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PD(44.1=89.7),PF0149813=HTH_Tnp_Tc3_2=PU(2.1=3.4)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(17.9=53.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]