Special

DreINT0013160 @ danRer10

Intron Retention

Gene
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr6:10311917-10323251:+
Coord C1 exon
chr6:10311917-10312169
Coord A exon
chr6:10312170-10323045
Coord C2 exon
chr6:10323046-10323251
Length
10876 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGC
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
ACTTTACGCCCACCTCTCAGGTA
3' ss Score
7.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTGAAGGGTTTTCCAGAGTGCCTGCAGGCTGATATCTGTCTCCACCTGAATAAAACGTTGCTCCAGAGCTGCAAGGCCTTTCGTGGAGCGACCAAAGGTTGCCTTCGGGCACTGGCGATGCGCTTTAAGACCACCCATGCCCCACCGGGTGACACTCTGGTGCATGGTGGGGATGTTCTCACTGCCCTCTACTTTCTCGCCAGAGGGTCTATCGAGATCCTCAGAGATGACATTGTGGTGGCCATCTTGG
Seq A exon
GTGAGCATTAAACAATTAATAAAAACTTTTTTTTTTTTAAAGGCCCATGCATACCAAGACGATTTCTGCTCACGCTTTTTGCTGATGTTTAATGCCTTGTGACTAAGCAAAGCCAACCAATCTGAGCACACACACCCAACGCACAAAATGGCTGTCATTAAAGCTTTATTAAAAAAAAAAAACTTTTAGCAATAATAAATGCTTAGCCAATGCAAATAGAACTTTTGTTCATCCGTCTGGAACTTGAAGCTTCTGAAATTACATTAAACATGACTTGGTTGCACTCAAGACAAGGTGAAGAAAGTTTATTTATACAGTACATTTCAAACACAAAGGTAATTCAAAGATTAAAGCTGCAAGCAGCGATAAAAGGGACCTCGCAACTGGGCTCACCGCCTCATGGTGGCCTTAGGATGTGGATTAGGAAGCAGATCAGACAGCGCATGCCTGAGTTATAACAACTTCCTGTTTCTGGCGAAACATCGACGTTTCCACAGAAGGAAAACTCGAAAACTCTTGATCTTCCCAATTTAACATTGCCAAGGTCTTTAGATGACAATACCTAATTATGGTGTTGATCTGATAAAAATCGTTAAAGTACAACGCCTGGAAATGGCAAAAACTGCACTTTTTCAGCAGAGGAAGTTAAATATCCGACTTCCTGTTGGTTTTGAAATTTTGCTCCAAGAGACTCTTTTGTACAGTAGGTCAAAAGAGTATTGGCATATTTGATGTGTGTGCCAAATTTGGTAAACATACCTCGGTCGCTACTTCATGTGTGTAACATTTTGTGAGTTTTTGAGCATGTTTAGACCCTCAAAAATGCAATTCATTCTATAGAAGGAAAAAAAGAAGAAAACGGAGCAATTCAAATAGGGCCTACGTAGGTACATTGCACTGTAGGTGCTCTGTCCCTAAATATATAAAATATATATAAAATAATCAAACATAAGTAAAAGAAATAAAGACAACAAAGAATTAAAATCATATCAAAATGTGTTAAACGAAATCATTTAAAAAGTCAAATAGTGCAATCAAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCACCAGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTATTTGCGTGGGTTTCCTCCAAGTGCTCCGGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGACATGCGGTATAGATGAATTGGGTAAGCCAAATTGGTCATAATGTATGTATGTGTGGGAATGAATGTGTATGGGTTTCCCAGTGATGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATTCACTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTGATAGAGGGACTAAGCCGAAAGAAAAATGAATTAATTAATGAAAGTGCAATCAGTTGATCAAAGCACAAAACGTTCTAGGTGAGCACACATTTCTGACAACGAAGTATTTACACTGAGGCGAGCTACCTGTTTCATTGAGGTGAAGTGACTAAACACGAAGAGCTGTATGATAATCATGACAGCAACTACAAATATTTCAACAAGACTGAGTTGTTATGGAGAGGAATTGCAGATCAAATAGCATCAGATTGTGAGTTTTTCAGTATTTCACTTCATTTTCATAAGATCGTCTTAAAAAAAGCTGAAGATAAGCATCCCGGTGGGCACAAGCCTTAAACATGTTAATAAATCGAACTAAACTTATTATGAAGTCACACTGTGATTATTGTCATGGTTTCAGAAGGCTAAAAGGAGCAAGGACTCAAATGCAGGGACAAAAACGGGTTCATTATAAAATAAAACAAAAAGACAGCAAAAACTACCGTGAGGGGGAAAACATTAACAAAACAAATAAGCAGACAAAATTGACTGGGCTGGCAGGAAAGAGTAGGGTTGGACAGGGCTGGACAAGATAGAAAAGGTAAACAAAAAAAAGACATACTGGAGAATGTAAAGGAGAAATAATTGACAAGCAAACAGGTGAAATGAATAAACTAATAATGGGTTAATAAGGAGGGTGGGACTAGACAGTAGACAGGAGAGCACATAAAACAAACAAAAACACAAGCCATGTGCTCACTTAAAAAACAGGACTAGAACTCGCAGCCAACAAGAAAACTCACATGAAGCACAACACTGAAGCATGCGGCCACAATGTAAACACGGATGTACACACAATGTAAAAATGAAGCTTATACAAAAGACCAAGACAAACAAGAACAGAATAAGAGTGCTCAAGAAAACTCGAGCTAAGTACAACATACAAGACAAGACAGGACCAGTGCCCACCAAATTATAAATTAACTAGACCAAAGTGGCAGAATCCTGCATCAACAATCATCGATAAACCAATCAGATGACTCCAAGCCTACAATAAATAGCCCATTTTGTCTTACCTCCCTTATCTTCGTTTTTGAATAATCCCCCCCATCCACCCCATCTCCACCATTCCTCCTTTACCAGGGGGAGCTCTCTAGACCTTCCAGATCTCAGCCCCTTCTATGCTATATGACCAGGCAGTATCGCCGAGCTCAGGGTTCTCTCCCAGCACAGCATTCTATACCTGTAATTAGTATCAAGCAATAGCTAAGTAGCAATAGCTAACTCTTTAAATGGTCTTCAAAGACCACAGTGAATGCGAAATGAAGTTACTGATTCTGAGCTGCATGTAAATCAGTTTTATTTCCTGCACAGACCTACAGTATGTAGGTTTATAACAACTTTGCAATTTCAAATTTGAGCTTGAGGATGTAATATAAGCCAGCAAGATATTAGTTTTTCTTGTCAATGTATCAGAAATACTATGTGCCCTAACATACATTCAAGTGCATTAAGGTGCAAGACATGTTTGGCGCAATTTGTTGCTATTTTCAGTTCAGCCCAACCCTAATTTACACATTTTGTGCCACATTGTTTAACTGAAAGAGACCACGCCATTGACCATCTAAAAAATTTCTACAAAAATATAAAAACTACTGCCTCCAAGCCTTCTTCATGTCCCGGGGGGCTTTATTCTGTTAGACCACACTTTGTTATTATTGTTAATTTATTTGGTAATAGGAAATTAAATATGTAGACTAATGGATGTCTTCAGTGGAGTGTGAACAACACTGTTTACTTATACACAAAAGTAAAGGAGTAAAGAGTAAAAATAAAGTAAAGAGGCCAAATGGAGGAGGCTTGTTCTTTATCCTCTTGCTGCAGATGGTCTGTTTACCTGTTTTCTCGCTAGTGAAGCATTCAGTTTTTCTATTCAGTTTTTCCTCTTACAAAATCCGCCATGTAAATAGCAAATGCACCATAGTGCTATTCTACTGACTCTTAAAGGGAATGGGAGATGAGACTCTGATTGATTTAATGCATGTTATACTCAAAACACACCCATTATTCATTAAGGGAATAAGCACTAGCTGTTAGACCATGCACAAGGATGCAAAGCATATTTTACAGTCCTTAAAATAGCAAAAGAGGATTCGGACATGCCCTTAATGCTTTTGCGCCCTGCACTTTAAACTTAGCACATATATCGGTAAAATAGAGCCCTATGTTTTCTGTTCTGTTAAAAGAAAGATGAATATGCTTGTTGTTTTGAAAGACGAGGAGTCAGGTTCAAATTGATTCAGTAAAATCAATACCATTGTTATTGTTTTTATCAATGTGTTTACAAGTGTGGAGAAAGACCCAAGAGCTGAATTTCATGTATTATGTTTGCCATGCAGTTTAAGTAGTAGACCAAATGTCTCAGCCATCTGACCAATAACAGGAGAGTATGCTTGAACAGAAGTTTCTTGAATAATCCATTTCAGACATTGTAAGAAAAGAAGTGTAGCTGCAGCGCATATTAAAGGAAAAAAACTTTATTTTTTGACTCAGTTTAAGCCTATTATTTGAGAACTCATTTATAAACCTTAAAAATAGCATAAAAGGGGCACTTTAAAATGGTTTTTGTTTTTTGACTTTCCCACATAGTCATCATCAGTCCTTTGATTATCCAGGACAAACCATTAGGCTTTTCCACAACACATTACTTTAAATGGCCTTGGTGAATATTGCTCTATAAATCTTTCATCAAAATTGAAAAGCTTCTATGAAATTACTTCTCTCTTATTTGGTCGTGAAATCAAGGCCGTACAAAAAGGGAAAATAGCATTTCATAATCGATCATAGTTCAGCATGCAGGCATTTCAAATTAAGATTAAAGGTTTGCCTTACAATATTTCCAGCTGAATAATTGAAGTAATGGGAATAAGTGATTGCGGCGGGTACCACATCTAAAATGCTGGGCATCTAAACAGGAAGATGCTATAAGAGGAAGTTATTAAAGATATCTGCTATATAAAAGAAAGTGCTTAAGAAATGATGAAATACATTATGAATGGATATTCAGTTTAAAAAGCCTTTCTGATATCATATAAGAACTCATTTTACCTTTTAATGGCTTCACAAAATTCCCCCTGGGGACTAGTAGTTCATTGCTTATAAATGTTTGATCATTTCTCATTTCCTGGTGTGGTAACTTAAGTTACAAAACCCCATGCCGTTTAGTGCAATGATCAAAACACTTGCTTTTAGTGTTACATTTTCTGAAAAATAATTATGTTATGATTCGTTGTATTGAAGCATACTGTTTGATATAGCCTGCAATATAAGTTGAAGTTTTGTCATTCAGTGTAATGCTGATTTTCTGTTAAATGCCATTACATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTCGTCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGATCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATTCAGCATATGTTTTATGCAGCTGATGCCCTTCTAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCTCATTCACACACATACACTATGGAAAATTTAGCTTACCCAATTCACCTGTACAGCATGTCTTGGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCAGAGGAAACCCACGCAAACACGTGGAGAACATGTAAACTCCACACAGAAATGCCAACTG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Seq C2 exon
GTAAGAATGATATTTTTGGAGAGATGATTCATCTCTACGCCAAGCCCGGGAAAGCCAACGCAGATGTTCGAGCGCTGAGCTACTGCGACCTGCACACCATCAACAGAGAGGATCTGCTGGAGGTTCTGGACATGTATCCTGAATTCTCCGACTACTTCCTGTCCAATCTGGAGCTCACGTTCAACCTGCGGGATGAAAACAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062687:ENSDART00000151288:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.065
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.1)
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=68.1)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]