DreINT0017908 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103823 | RBMS1 (2 of 2)
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9907]
Coordinates
chr9:52198020-52207534:+
Coord C1 exon
chr9:52198020-52198078
Coord A exon
chr9:52198079-52207442
Coord C2 exon
chr9:52207443-52207534
Length
9364 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TGCGCTTGTCTTTCTGTCAGGTT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGGAAAAATTGTATCAACCAAGGCCATCTTAGACAAAACCACAAACAAATGCAAAG
Seq A exon
GTATGTACATTTATGCTTTGCTCTTTGATTCATGTAGCTTAAAATATGTGCAGTTTGTGTTTGGTGTGTAATATTCCTCAAAGTCAGAATATAGCATTGTTGTTATTGATGTATTGAACTTTTACTTTAGACAAATCTCAAAAATTGCTTTCTATGCCTGGGATAATGAAAGAACACCACTGTGTTTGTAATTAGGTTAAAGGTGCAGTAAGTGATCTTCCAAAATGTGATCTGTTAGCATAATAGTTTTGAAAACACAGTCCCCTTTCCTGCCGCCCAAAGCAACACCTTCTGAAATCACAATCACACATCATAAAGATGACAGTAGACAACCCACTAGATCAAGGGTGGCCACCCCTGTTCCTGGAGAGCCACCTTCCTGCAGATTTCAGTTGCAACCCATATAAAACACACCTGCCTTTAATTATCATGTGGTTTTAAAGTCCTAATTAATTGGTTCAGGTGTGTTTGATATGGGTAGCAACTAGGGATGTAACAGTATTGTAAATACCGTCATACCGCAATATTAATTTTTTTCGATATTACCGAAGTCGCATGACTCGGTAAAACTATAGGCCTTCTGAGAAAATTTGCTCAGGCGAATGAAGCGAACGGGAGGTAGCGAAAACTACAATTCCCATCAGCCCATGCTTGACCATCATCCCTTGCGGTCTGTTGTCGCTACAGATCCAGTAATGCGGAAATGGAGTGTGCTGCTAGAAGCGGGGATGAAAAAGAGCTGGAAAACTCTAAAGCGGGTGTTGTCGCCGCGCGCGTACTGAATAGCGGTGTTGTCGCACGAGTTCTTATCAGCTGTGTTGTCGCGCGCGTACTGAATAGCGGTGTTGTCGCGCGAGTTCTTATCAGCTGTGTTGTCGCGCGAGTTCTTATCAGCTGTGTTGTCGCGCGCGTACTGAATAGCGGTGTTGTCAGCACACTGTTCAGATTGATGCAGACATGAGATCTCTATCTCACTCATGGTTTGTCCTCAGTTTTTTCTGTTGCAGGGGACATTGTAAATGCCCAGAGATACCAGCTTTTACCAGATTATATTTATATGATAATTTTCCTTTAAACCCATCTCTATCTAAGTGAGTGAGTGATTAAATGTTGAATGTGATGAGTTTTCAACAATACTAAATTGAAACTTTATTTTTTTTACATGGTTTAATATTTTTTTGTTATTAAAATTGAAGTTCCTGTTTCAAAGCTTACAGATAGATGGCTAATTTGTATGTCATTGACACTTGGCACTTTTTTGGAGTATTTTCATAAGTTTTGTTTTTTCCTGTAAATGATTCAATAAATACCGTACCGTGACATTCATACCGAGGTATTACCGTACCGTGAAATTCTGATACCGTTACATCCCTAGTAGCAACTGAAATCTGCAGGAAGGTGGCTCTCCGGGAACAGGGTTGGCCACCCCTGCACTAGATCATGTCATTCACCAGTTAGAAAACGTTTTAGTACTTTATAATACTACAATTCTGAATGAAAATTTGTATTATATCAGCATGTTTCAGTTGTGTAGCAAGCAAAACTTGTCATAATGTGCAATATTTCATGCATGCACGGATAGCTGGTCTCACTCTCTCACACATTTTGTCCTTAAGAGACTACTGTATAGTGTTTAGCCGGCTGGTGCAAGAATTACACTTATTACTAAGCCATACTTACATGCTATTTCAGAGCGAATATTCAGAGTAGCATGGTAAACATTAGAGGTAGCGCGTCACTGGCTGTCATTGTTCAAAACTGAACCAATGTGAATATAAAAGCAACTTCAGTGCAGTAAAGCAGGCTAGGCGGAATAGCGCTATTTACTGATGTTTTGTTGTTAAACTAAATACAAATCTACATTACCGATGCTGTAAAAGACCCTTATTAATCTCAAAATAGTCACATACATCTTTTACAGGGAGATTTCAGTGGCTGAACAACACTTCTGTGCATATAACCCATTCGTAACAACTACACAATCTACATCAGCTTTGAGTAACTAAAATAGTTTTAAAACAGAACATTACCTGTCTAACAGAAATACCTCAGCCATGGTGTCTTCCTTCCTCCAGCGTGCAAAACTAACTAAAATATTCATTCAGGATTTTAAAAAGTGTAGATTCGGCATTTGTTTTTTTATCGTAGTTTCTCTTTTGCATTAACATGAATGCACAAATGGCGAATCCGCGAGAGGCTGCTGTGTGCGCTTTTTCGCACCTCAAATGCCTCTTGCAAGTGCCGTTTGCGCCCACCAGAGGCCGCTGTCGACCGACTGAATGATTGACTGGGCAACCGGCCAATAGACTGACCCACCCTCCTCCTTCCCTAAACCCAACCAATTTTACCGATTGACCCTCCCGCCTGCTTGCTTCCCTAAACCCAACGAACGGTTTACAAAAGCCGTCCAGAAAAAGACCACATTTTCAGATTTTACCACATTCTCACCCTGTTGTTGTTTATTTTTTTGGATTCCTTTTTTGTCTTACTTGATTTCTGGAACCTCTCTTTCATGGACTCGAACTCGGTCGTCATCATCGTGGTCAACTCCTCTCTGCACCTCAAGTCCGCTGACGTACACGATGAGCTAGCTGGGCAAACTGGTTGCGGCGGGAAATCCCTCCACACGGAGGTAAACGGTCAGCTGATAACCTGCAAAAGAAACGGCATCATACCGCCTCGAGAAACGTCCTCGGGACTACGTTTTTTAGAATGAGCCTGTGTTGTATAACACATTTAGATCATTTACTTTAGTCATTACTATTGGTATACAATCACCTACAGCAGCTTTAACCAGAATCTGTAAGGAAAAGGTTTAAAAATCACATTTATTTCTTTAAAAAACAAACATGCAGAGCTTATTAGATTCAATTCAATTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTTACAATGTTTTCAACAAGATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAAATGGTCATAGTAACTGGAACAGTGTGGTTCAGGTTTTAGTGTTTAAGTTCAGGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGATTTAATCATTACTGAGAGTTCAAACACTGAAGAGCAAATTCATCGATGCGTAGCTCTACCAATCCTGAACCATGCGAGCCAGTGGCGACAGCGGAGAGGGAAAAAAAAACTTCACCTGATGGGAGTGAAGAAAAAAAAAAACCTTGAGAGAACCAGACTCAGTTGGGCACGACCATTTTAATTTCTCCGCTGGCCAAAAGTCTTGTGCAGAACTTCATTCGCCGTGGTTTATGCTGGAAGATGGCCTCAATGAAGACTCGTCTGTCCCTGGAGCGTCGCTGGAATCAGAATGATGATCTACCACGAGGATTAAGATAATTTGAGGATTTTCAGTAATCTGCATTTAAGCAACCACAAATAAATCATTTTAACTTGATTCTTCCTCAATATTTTAAAATAAAATGTACAATTATTTGTAAATAAATAGCATTAATATTATATTAAAATGCCAATTCATTAGGAAAACAAATTATTCTTGAATGCTAGATTTTCAAATATGATTTACTAGATTTTACAGTGTATATGGCATGTTTTGGGGGCGACACGGTGGCACAGTAGGTTGCACGATCGCCTCACAACAAGTAGGTCACTGGTTTGAATCCAGGCCAGGTCAGCTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTGGTGTGGGTTTCCTCCGAGTGCTCTGGTTTCCCCCAACAGTCCAAACACGTGTGCTGTAGGTGAAATGATAAACTAAATTGGCCGTAGTGTATGGGTGTTTCCCAGTACTGGGTTGCGGCTGGAAAGGCATCTGCTGCGTAAAACATACACTGGATAGGTTGGCGGTTCATTCCACTGTGGTGACCCCTGATTAATAACTGGACTAAGGGAAAATGAATAACATGTTTTACAGTATGTCCTGCCTGAGTGGGCCTGTTATGCATTATGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTTTGTCTATATCTCCTGTGTGTATGCATCTGTGTCTATAGATCATTTGTGTGTGCCAGTTATGCGTTGTTTGTGTGTCTGTGTGTATGCAGTGTGTATGCACTGTGTGTGCATGACGCAGTGTGTCTTTGTTTTTACGTCCTGTGTGTGTTTGTTAGGCACTCTATGTATGTCTGTGTATTTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTATTAAGCGTTGTGTCTGTGTGTCTATTAAGCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTCTATATGTCCTATTAAGCGGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTTTATATGTCCTGTGTGTGTGTGTTTGCGTCACACAGTGCAGTTCAGCTAGTGTGGGTGTATCAGGAAGCAGAAACGCAGCCAGTCTGTCGCTGATCTCCCAGAATGCTCTCTGTGCTGCCGGTGTCTGGGCTGAGGTTTTTCCTCTGGGGTTTGTCTCCAGGATCTGGCTGTGTTCCTGGGCTTCAGGCTTTAGTCACAGCGCTGTGGATTATTTATGTGCTGAGTAATTTCAGTGCGGCTCCAGCGCGGTGTTGATGGACCGGCTTCACATTTCTGTTTCCTGCCGTCCAGATCCGCGCACGCATTTTAAAGAGGCGTGGATGGAAAATGTTGACCCAGTGATGCAAATGATCTGAGCAAACAAGCGACACGAGCCTCAGTCTAGCCAGAGAAGAGCAGCTTTCACTTTCACATTACATTAATA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Seq C2 exon
GTTACGGTTTCGTGGATTTCGACAGTCCTGCAGCGGCTCAAAAAGCAGTCAGTGCTCTGAAGACCAGCGGCGTTCAGGCCCAGATGGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103823:ENSDART00000169908:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.355
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=FE(29.4=100)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=PD(39.7=87.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]