GgaINT0046215 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011132 | O73664_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:23316883-23319863:+
Coord C1 exon
chr7:23316883-23316941
Coord A exon
chr7:23316942-23319771
Coord C2 exon
chr7:23319772-23319863
Length
2830 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CAGAGTGTTTTATATTTCAGGTT
3' ss Score
7.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGGGAAAATTGTATCCACAAAGGCTATTTTGGATAAGACAACAAACAAGTGCAAAG
Seq A exon
GTATGTTTGCTTTTATATTACATTCACCTGGTTAATCGATTGATTTTATAAAATTGACTATTTAATAATTGACTAATTAACTGATTTTATAAAATAAACCAATGTTGTATTTTAAGTGCTTTTGATTTCCTTTCTCCAGTCATGCTCATAAAGCAGGCTTATTGTTGCCTGTGGTCAGCCTGCTCAGTACATTTGTTTCCAATGGAGCTGGCAGCCCTCCCGTGTCAGTGGTGCAGCCAGCACTGGGTGAAGGGGACACGCACACTGCTGGCTGCCACTCAGCCTCTGTTTGAAACACAAAAATGGAGTTAAAAGCAGCTTTTCTCCTCTGGCCTGGAGAAACCAAGGAAGCTTACAGCAGACCATTCGATTGTACTACGCATCTGAAAAAATTATATATTGTGGAAATCAGCTCCGCTAATTTGCACAGTTTAAAGCAGCAGTTAATTACACGTTCCAGTAGTGTAATTATGTTTAGCTATATGCTAGTCAATGTGTTGGGAGCAAAGAGGGGGTTCATTTTCACCTAAGTAATTGCAGCTGGAAAAAATACAAAACCTCCTTTAGATAAGCTGGGTATGTCCGTTCAGCGTTCTGCAGCACTCGCTGCAATTACAGTGAGATGTAATCTCATATCCCAGCAGTGTGCATGGTGGGAGGTGTGGCAGCAGACACTGAAATATCAGATTGCAGGCTTTTTTTATTATTATTTTTTTTACAACTAAGAAGATAATTTCTAAGCAAATTGAAGAATTGAGTCAGATGATTTAGCAATGTTAATGGGCGTAAAGCTCATGAAAGAGCATAAAGCTGATAGGTAGAGGCAGGAGAAAAGAATTTATCATTAATCAAGTCATGTTTTTTGTGGAAGAATTGGAAACAGTGCAGTGGCGCAGCTCCTATACTTAGCTACCTGAGTCCCCATCTTAAGCTGTTAATGGGGGACTGACAGTGCAGAAACCAAAATTTCTAATTTTTTTTTTCCTCAGCTCATATGCAGATATCATCCGTGCACATTGTGACTAGGAAATAGTGGATGCCCTTTTCAGTTATTTCTGTCCATTGTTACCAATGACAGCAGCTAACTGATTTAGTCTGCCCGTTCCCCCGGCTCCTGAAGACTTCAGGAGCTCTGCCAGCAATACTGCTTCTGATCCTGACTCTTCAAAGATTTAAACACAGAAATTCTCACATTAATATTTTAAGAGGTTTTAGCTGACTTTTCCAATACAGATTTGAAATCTCAGCAGTGAGAAGCAGTAACTAACTGTCTGTTGTAACAATGTATGGCAAGCTGAAGCTACGGGGAAGCTCACTCCATGTCTTCAGAGTTGCAGTGGGAATATGAGTAGGCAGAATGCAGAGATGTAACTGGAATTTAATCAAGAGATTGACAGCATCTCTGGCTCTTGCCAAAAAAGCATACCATGGCATTTAAACTAACTGGAGCAATGAGCAATTGAGTTTACGTATCATCGAAAAGATGGCAAAGCCAGCTCTGATGGCATGCTTGGTATCAGTATGTAACTCCATCTATATTGCACCCTGCAGTGTGGTGGTAGTGATAACCTATGCTAGCGCGGGTATGGAAAACTAGTTCTTCTTTGGCAGTCCAAAATTTGATATGAGCTAATTCACTCTGTTTCATGTCAAAATTTAACAGTCCACAACACCACATGTTACACAGAACAATATGCTTCTTTCTTCAGCTTCTTGGCAGGTTAAATAAGCTTGCTCTGATGTACAAGGCTGCTCTAGTTGTTTTTCCCAAGTTAAGGACTTTAAAGCTGGCTCAGTAGTATCTTTGCACAACCTTTCTGTCCTCAGTATAGACATATTGTAAGAGGACGCTGCTACCATCTGAAGAAATGATTGAATTTTCTACTCCTTTACAGTTCTTTGGTTTTTGTTTTTATCCCAGTGTAGACATTGGAGAGGGATTTTTTAATATTTCACTGGTTCACTGGTGGGAAGGAGGGGGGCTGAAAAATACAGAACGACGCTTCCAATAAGGGAAGTAGCTTCCAAATTTTGATAATCTTTTTGGGATTAAAAATCCTAGTCTGTAGTCACCAAGGCATATTGCTGTCCAAATGTGTTGGAATCTATTAACTGTATATTGTTGTTCAGAATAAGAAAAAAAATGTTGCATATATATGGAAATTGCTATAATTAACTTCAGTTTTATATTAACATTGAAATCTTCTATCATGTGACATACAAAAAATGTTTTATTTATGTTCTGTTTTCAGTAACAATAGGAAAAACTCATTTGATTTCACTGAAGATGTGTTTTCACTTGCTTTCTATTTTAACTGTCCTTTATGTATGTACAATGAGGTAACTGGATTATGGTGCAGTAGATATGCATCTTTTAAACTAACCTACTCTCCCAGTTCTGAGTAACTGACCTGTAACTTAAAGGCTTATTGGTCACTTATTCAACCAGACTAAGAATTTAGTTCAGAAAAATTAACAGATTATGCTTTTGTTGGTGAATTCCATGAAATAAATTTATGATGTCACATTTGCTCTTCCTGGTTATGTACCAGATAACACAAAACAAAGCACCATACTATTAGATTTGGACAAAATCCTGATAATTAGTGAGCATGGAAATTGATTTGTTCCACTACAGTAGGTCTACGTCATCACAAGATGGAAGGACTTGGGTAGGTTTTTTTTTTCTGGGAACTACACGAAGAACCAACGAAGAAATTGTATTAAGTAACTGTGCTCATAGCATACGAACTCTTTGATTAAAAGCTGATTACTACCTTGTTGATGAAATATGCAATCTGAAGAGAAACCAGAGTGTTTTATATTTCAG
Seq C2 exon
GTTATGGTTTTGTGGACTTCGACAGCCCAGCAGCTGCTCAGAAGGCAGTTTCTGCTCTAAAGGCTAGTGGAGTCCAGGCACAAATGGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011132:ENSGALT00000033119:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.242
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=FE(29.9=100)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=PD(38.8=83.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]