DreINT0020552 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069765 | SYNGAP1 (2 of 2)
Description
synaptic Ras GTPase activating protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11497]
Coordinates
chr16:45681370-45686306:+
Coord C1 exon
chr16:45681370-45681810
Coord A exon
chr16:45681811-45686129
Coord C2 exon
chr16:45686130-45686306
Length
4319 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTTC
5' ss Score
1.16
3' ss Seq
TGTTTTGCTGTATTCCTCAGGGC
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCAGCAGCAGATGGCAGGCATGGCATCGCAGACTGGCACATCTCATTCATCTCTCGCCACTCCTCCTTCCACTGTTCAACCTGTTCGTCAAAGCTCCATGGCTCCTCCCACGCAGCGCATGAAATCACAACCCTCACATCAGCTTTCTGTGAGCTCTGCCGCTGGTGCCCCTGCGTCCAAAACCAGGCCGCAGAGCGGAAACCTGCTCCAGTCCCCGGAGTCTGGCTTCGGGGGCCGGCAGCAGGGCCCTCGGCAGCAGCTGTCTGTCAAAGACAGCACCCCACCCGGCCTGCCGCATCAACAGAGCTCCACCAGGGAGAGTCAGGGATCCCAGGGCTCTCAGGGTGGAACGCCGCAGTCCACGCAGCAGTCCAAATCACATCAGGAACGGCAGCAGGTCCAGCAACAGCATCTGCTCAAGCCTACCATGAGCAAACAG
Seq A exon
GTGTTCAAATCATAAACCATTCCTACTGTCTTGTGCTGGGTGATTAATCAAAATGAGATGTAATTGATCACAGCTGCGATTGTCATGCACATCTTGTCAGGGAAGCATGGTTGTGTGATCAGTAGTAAATCTCCTCTGAATACTAGAAGGCGCTCTTTAAAAGGGCCAAACACCCATGATGAAACTCAAAAATGATTTTGCCAAGTATGATGCAATCCTGGATTAACATCTATGCTGATCCTGGAACATCTTTATTATTTGAAAAAGTAATCCATACCTATTCCCTACCCCTAAACCCAACCATAACTGTAAGTACTTCCCCAAATCAGGGGAATAATAGTTGGATAACAATCATGTAGAACAGCATCAACCTAACTGTAAGCCTAAACTTCACATAAACTGTAAACTTGCCCCTCAAGTCTGATTGGCTGATTGGAATGTAGTTTCAGGATGTTAATCCAGGAACATGTACTACTTGCTGAAATCAGGTTGGCCGATGAAACCGAGGTAATGTCATTATAATCCTTGGCTGCGTCCAATATCGCCTACTTCTCAAATATGTACTACATTTGAATTTACTACATGACGGTTATAAAAGTATGAATGTGGAATTCAGACGTACTACATCCGCCATTTGTAAGTATCTCGTGACCTACCGACATCAGTTACGTCAATTCACTCACATTCATGAACTCTCTCACTGTGCATTATGGGGTAGCGTGGCATCCCTCGGATCTGCACTTTAGAATCTTGCCAGTAGTAATAGATCATTCTTCTTGCGTACTGTTTTTTGAATACATACTACTCAGCTTGCATACTGTTTTTAAGTACTATATAGCAGTGGTCCATAACCTTTTTATCACTACAGACCGATCAACGCTTCCAATTTTACCGTTGACCAGAGGCGGTGGTTCGTAGGTTGCTAGGCGACCATCGACCGCTTTCTCAGAGGATGACAAGCTGACAAAACATTGCTGATACAAGTTTTACTTATGGAGGAAATGACAAAGCACTGCAGTGTTTTGGTGCTCTGTGTTTGTCTGAGATTATTAGTTCATCGAAACGTTTATATACGATACAAGCTAAAGCTAATTTGGTCAGCTCATGTCACGTGACTTGTGAACGTAAATCAGCCTTAAGCCGCTCAACTTAATTGGAAATAACGAATGCGCAAACTCTAGAAAAGAAGCAATATGCGAGCTGCCCCTTAAAGGCTGCCGTCATTTGCAATCTCCAGCTGTTGATCTTCTTGCACAGACATGCTGGATTCACCTGCTTTGTTGACAAATTAGCTGCTGATCTATTCCTTGGCAGTTTGCAGGTTCTTCACTGGGCCTTTTCCCCTTAGCAAAGAAAATTTCCAAAGATGACTTTCTTACTCATTTTGCTGCCTGTGGGTTTAATTTTGGAGCTTAAGTGAACGAGATGTAAGCGAGAGAATGCGGTAATTTAGAAAAAAAAAAAAAGAAGACTTTTCAAAATAAAGGTCGTTCAGATGATAACCAAAACGGAAATCATTCATGATTTCCTGTGGGGACGGTACCAATTGATCCATGCCGGTTTGCAGCCCGGTGGTTAAGGGGCCACTGCTATATAGTTTGGAAGTGATTTGGGACGCAGCCCCTGTGTCCTTTTAAACTGAGAATTTAACTGTTCTCATTGATTCAGCATGAGTAATAATCACACAACTATTGAATTATCCAGCCCGATCTCACAAGGAAATTTAACTATTTAACATATTTTCAGAAATGTGGCAAAATAATTTTTATGATTTTTAAAAAGGCATGCCATGAAACTAAGAACTAAGACATACAAACGAGATTGTACAAATTAGTACGAATTAGCCACAAAATTATTGCTATTGCAGTGAGGTTGCGTTCAATCATCTCAGAAGGATTTATTTCAGACACTCAAATGTTGTTATGAAGTGAGTAAAGAGAAGAGTAAAAACATGTGACCTTTTCAAATGCAACATTTACTTTACATTGAGAAGCGACGCAAACGACAACACAGAATGATTATCTCAATGTCATTCAGTGTTGCCTCTCTAAGATTTTTCCCAGCTGTTGTGCCAGCCTTTAAAACATCTTCTACCTATGACGTTATTTCAAAATGTTGTGGGCGCAGTATTATTATTCATGTAATACGAGCATGCGAATCTCTTTGCTTGCGCAACAATTTTTATTGTTCGTACACAAAACTTCTAGCACGCCCTCAAATTTACCCTGCTCAAGCGAAGATTTTCTTGTGCACTCTTAAATAAACACTGCTTAAGTGTGATTTAGAGCGTTTATACAACAAGCATCTCTCCAACATTTATTAAATTTGCTAGAAATATTATAGTAAAGTGATATAGTAAATAATATAGTAAAGTGAAGCGGCTATAAACTCCAGCAAGATAAAGTGATTGTATGCAGAGCACTAGACCTTTATCTATAAATATAGTATAATTATGGAAATGTGTTCATCGAAACTAAGAGCTACATCGTGTTTGCTGGCCTCACGCAGCGCACAGCCCTGTCAGTCAGTACATTTTAATGTGTGTTTATTACAACCCGCTATTAAAAAAGAAAAACTGCAAAAACTAAAGGTTTTGAATGAGAAGCTGTAATGTAGCCGTGGTGGGAATGGATTTTAGTGTGGCGCCCCTCCATGGAAGAATGAATGTAGCTGAAACCATGTAATTAAATCAGGATTTCCATTTTGAAACCTTTTTCTGCATAGCTTGTCAGTGAGCTACGGCTTTGTGTAGTAAATGCTGCTCCATTTGAAAGCATGTGCAGGTTTACTAGATCTGGCTCTACTGACAAAATGTGTATGAAAGTCATCTTTGATTAATCGCCCAACCGTACTCTCTGTTTTTTTGTCTAGTTGTGCTGAGTGTTGCTTCAGCTATGTGTGTGTGTGAACTCCTTTTCAAGTCATTTGTGATGGAAAGACAATGAAAAACAACTATTGTGATTCTCAAAGTTATAAAGCCATTAGATTGTGTTTATTTGTTTGAATGTAATTTTAGGAAATGTTTATAGTGTATGTAATATTTTTGACAAAGCAATGAAGATTATTAGATGAGCAAATCAAACTTAAATGCCTTAAATGATGAATTATTACAGTTAGCAAAATAATACACCACAATTTATCCTGAGCTTGTACAGTGAAAAAGGTGAAACTACTCTTTAAGTATATCACACATGGATTTTGTCATTTATTAAAGACATTTAATTAGTAATATCTTTTTAAAAACACAATATTCACAAATGATTCCCCTTTTTTAAATATAAAAAAAACATTTAGGATTTTGCTGAGAATATCACACTTGTACACCTTAAATATGTCACAAATACAGCTGCTAAATAAATAATAATAATACTTTAATAATAAAATGTTTTATTGTTTGGCACATATGTAGATTGCTCGCAAAAATTCTGCCAAATTTCTTGAAGTGTATTTTAACATTGTTTATTTAAATCAATAAAAAGAATTGTCAGCAAAGCCTTCAATTTTACCTAAGATTTACATTTCAAATGCAGCTCGGTGGCTCAGTGATTAGCACTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCGATGGTTCGATTCCCGGCAGGGCCAGTTGGCATTTCTTTGCAGAGTTCGCATGTTCACACTGTGTTGGTTTGAGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGCTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCAGTACAGGAGAATTTAATAAACTAAATTGTTTGTAGTGTGTACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATGAATGTGTATGAGTGTTTCCCAATACTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCAGCTGCCTAAAAGATATGCTGGAATATTCTGCGGTACATTCTGGTGACGTAACCTCTGAAATAGACACTAAGCCAAAGGAAAAGGAATGAATGTATACCTGCAGCTCTTCTGAAATTTTCCCTAATCACAATTCTTTAAATGCTTATTAAATTTTACAAAAAAGAAATCATGTTGCGGATATATTAATAATGTTTTGAACATTAATAATTAAACATTTACCTTGAGCACCAAATCATCAAATTAGGATGGTTTCTGAAATAGCACACAGCACTGAAGATTTAATCACAGCACTAAATTATCTTTTAAAACATATTGAAATATAAAACTCATTTTTATGTCACAAAATTACAGTTTTAATGCAATTTGAATCCAATAAATGCAGCTTCAAAAACAATTCACACCAAAAATGCCACCCAAATGTGAGTTTCCACACTCTCATGATGTTTTGCTGTATTCCTCAG
Seq C2 exon
GGCTCTTCACAATCTCCATCCACCCTGAACCCGCAGACCCCTGCCTCTGAGCGGACGGTCGCCTGGGTCTCCAACATGCCCCATCTTTCTGCTGACATAGAGAGTTCCCGCATCGACAGAGAAGAGTTCAAGCTGAAGGAGTACTCCAAGAGCATGGACGAGTCCCGTCTGGACCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069765:ENSDART00000143867:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.989
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120043=DUF3498=FE(24.1=100)
A:
NA
C2:
PF120043=DUF3498=FE(10.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]