DreINT0040907 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019208 | camsap1a
Description
calmodulin regulated spectrin-associated protein 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060518-4]
Coordinates
chr21:4568091-4573766:-
Coord C1 exon
chr21:4573707-4573766
Coord A exon
chr21:4568233-4573706
Coord C2 exon
chr21:4568091-4568232
Length
5474 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTACAG
5' ss Score
1.34
3' ss Seq
GCCTGTTCTCTTTCTTTCAGGTA
3' ss Score
13.45
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCGATCTCATGAACGCTTTGGCCCATTGCATGCTGGAGCCTGTGGAGTTTTCACGTGTG
Seq A exon
GTACAGTATTCATGCAAACTCTCATTTTCTGTCTTGCTCACACACACATACACATACAAGACGCCTGCACAAACTTGAAGTTTATTAATGTTTTTTTTTGCATTTGATGTCAATACAATTTTTTTTAAAGGTGCCGGGAAATTAAAATAAAAAAATGTAGATGTTAGTTTCAGTCTGTTTGTTTTAGCGATGTATATTAGCAAGTGTGCATTAAAATGGTGACACAATTCGCATTTTGAAAATATAACATTTACCTTTACATTTAGTCATTTAGCAGACGCTTTTATTCAAAGCTACTTACAAATGAGGACAAGGAAGCAATTTACACAACCAAGAGCAACAATGAATAAGTGCTATAAGCAAGTTTCAGGTCTGTAAAGTCTAAGAAGGAAAGTATTAGTAGTATTAGTATTTTTTTTTTTGTACAGTTAGTGTGATATTCAGAGAGGCAATTACAGATTAGGAAGTGTAGTGGAGACTAAATAGTTAAGTTTTTAGTCGTTTCTTGAAAGTAGCGAGTGACTCTGCTGTTCTGATGCAGTTAGGGAGTTCATTCCATCAACTGGGCAGATTGAGCGTGAGCGAAAGTGATTTCTTCCCCCTTTGGGATGGAACCACGAGGCGACGTTCATTCACAGAACGCAAGTTTCTGGAGGGCACATAGATCTGCAGAAGTGAGAGCAGATAAGAAAGAGCAAGGCCAGAAGTCACTTTGTAGGCAAACATCAGAGCTTTGAATTTGATGCGAGCAGCAACTGGCAGCCAGTGCAAACGGAGTAGCAGCGGAGTGACATGTGCTCGTTTAGGTTCATTGAAGACCACTCGTGCTGCTGCATTCTGGAGCAGTTGAAGAGGCTTGATAGAGTTAGCTGGAAGCCCAGCTAGTAGAGAGTTACAGTAATCCAGTTTGGAGAGAACAAGAGCTTGAACAAGGAGTTGAGCTGCATGTTCAGATAAGAAGGGTCGGATCTTTCTGATGTTATAGAGTGTGAATCTGCACAATCGAGCAGTTCTAGAGATGTGGTCAGAGAAGTTTAGTTGGTCATCAATCGTTACTCCAAGGCTTTTCACCATTTTGGATGCAGTAATGGTTGCCCCGTCCATCTGGATTGAAAAGTTATGGTGTAGAGTCGAGTTGGCAGAAACTACAAGCATTTCCGTTTTTGCGAGGTTCAGCTGAAGATGATGATCTTTCATCCAGTGTGAAATATCCAACAGGCAGGCTGAAATGCGAGCTGGAACCGAGGGATCATCAGGATGAAAAGAGAGGTATAGCTGGGTATCATCAGCATAGCAGTGGTAGGAGAATCCATGTCTCTGGATGACTGGTCCTAGAGATGATGTGTAGATGGAGAAGAGAAGTGGCCCAAGAACAGAGCCTTGAGGTACCCCAGTGTTTAGATGCTGTAGGTTGGACACCTCACCCCTCCAAGACACCCTGAATGATCTGTCAGTGAGGTAAGATCTGAATATAAAACAGATTGTAGTTTGTCGCCTATATAAAGAAACGATTTTTTCATGTAACATCAAATCTTGACCAATCGCATGCTCTCTAGAATCTGACTTGCCCCGCCCCCCTTCAAGACACTTCTCATTGGCTTTTCATTTGATGCTCTTGATCTCAACCTCTACGCCAGTGGTTCCCAAAGTAGGGGTCAAAGAGGGGTGTTTGTTTACTATATTTTATCTATAACCTAGAGAATATAAAATCGAATAGTTACATTTAAAAAGACAACATGCAAATAAAAAGCCATCAGCCTTAAATTTTTTTGTTTTTCATTGGATTGCGACCCCTGGGGTGCTTAGGTTATATTTAAGACACATCAATAGCGTCAGATGCAGCAGATTTAGCTCTATTTTGAGGATTCATGCGCAAAGCGCAGGGCGCAAATGCATTAAGGGCGTTTTAGAATCCACTTTTGCTATTTTAAGGATGGAAAAATTCGCTTTGCGCTGTGGCGCATGGTCTAGAAGGGCTGAGCTCATTCTTTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAAACAATCAGAGTCTCATCTCCCATTCCTTTTAAAAGCCAGTTGCATTGCTCCATAGCGCATTTGCTATTTACACGGCGGACTTTGTAATTGTAAAAACTGAATGCTTCACTAGCGAGAAAACAGTTAAACAGAGCATCAACAGCGCGAGAATGATAGATGAGCCTTCTCATTATTTACTTTCACTTTCACTCTCGTGGATAGGGAAACGTGTTGTACGCAGAGACATCCATTAGCCTATAAATGATTAAATTTGTTTAAGTGCAAAGATTTGTTTCAAAACTTTTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCAAGCAAACTAATAAAAAAACAGTAATAACAAAGTGCAGTCAAACAACTGAGTTATATCCTAATATACATGCTGTGCCCCATATGGTCTAAAACCTGACAGGTGGACAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATGCATATAATAAATAATACTGCTAATAATATTAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATAAACTGAAAAAGCCCCCCGAGATAAAGAAGGCATTAAAGTATGGTTTTTATATTTATGTAGGCTAGAAAATAATAGATTTGTAATATTTCAATCCTTTATATTTTTATCCTATATATATCCTTATTATATCCTATATATATCCTCAATATTTTAATTATTTTTCATATGTAAAGATATTTGCGTATTGCTCTACATCCTGTCTGTATTAAGCAGTGTGTAAGCGAGGCGCACAACTAACGCACTCAGCGCTGGACAATAGACCAGCTTTGTTTTGGTCTTTTGAAAAATCTATTATAGTTCCTCAAAATAGCAACGCGCCAGCAATGCGCCTCAACACGCCTCCTTTTTTAGACCAGAACGTCTATGGGTGCACATATGAGCGCAAATGCATTTGCTATTAAAACAGTGTGGCTCAAAACGACTCTTGCGGCAAGCTGAAACTAGCAAACAACAATTGCGTCACGCCGCATTGCGCCAGGTGTATGATAGGGCCCATTGATTTGATTTGACCAGGTTAAACTTTCGGACACCTTCACAACACTCACACACATTAAAAATCAAGGTCATGACTGAATAGGGAGGAGGGAGAGTTATGTTCTCCAAAATTAAACGAAGAATAGACCTGGAATAGTCTATTGGTGTGTTTGCACATTTCCGTGTAAGGTTTGTTTATTTATATTCACCTCCGAGGATATTGGGGGTCGCAAGTCACTGTCATTGTTGTTTTGGGGGTCGAGGACTGAAAACTTTGGGAGCCCCAGCACTATGCTTTAAAAACGCTCTAAAACGCTGTTGGCTGCTTTTTAAAAAGGGGAGGGGCTACTCCAAGCACCGCCCTCTCTTTTCATTTTTCACCTTCGATTCCATCATTGAATATGAAAAAGCATTGAATAAGAAAATGCTCAATTTAAAGCACTTAATTGAATTTTAACCTTTAAGAAACTGAGAAACTAATACTATTTAATATTAATTGAGAATAATTTCTATTGATCAAAAGTGAAAGTAAAGATGTTTATATTGTTATATATATTTAATATATTTAATAAATGGTGTTCTTTAGAAGTATCTACTAAAATATTGAAAAGATGATGTTTTAGAAAGATAATAGTAAGAAATGTAATTAAAAGAATGCAGAAAATTCAGCTTTATATCACAGGAACGAACTAGCTGTTAAATATATTCAAATTTTAAATCAGCATTTTTAATTTATAGCAGTATTTAATAACATTTACACTTCTGTATTTGGTTATTTAGTTATTTTTCAAATAAATGTAGCTTTGGTGAGATTTCTTTCAAAAGCTTTGTAAAAAATCTTGCTCACAGTAATGTTTTGTGTTTATGGGGTCCTGTTGGCCTCAGATTAAATGGCAGACGTATGACACACACACAGTAGTTCACGCTTTCATGCATCCATCTGTCTTTTCATGCATCCACAAGTCCAGTCATTCAAAATGTCATTAAGAGATTGATTTTGTGTTTGCCAAAAGATTTTCTTTCTCTCCCTTGAATGATTATTTGGACCTTTATTCTGAATTCTGTTATTAAACTCTGTAATATGCATTTCAAATGAATGTATAATATCGTTACAGTTAAATTCAATTACTGCAAAATATGAGTGAATAATATCTGTTCATTCAAACAAACACACTTATTCTAATCTGTACTCATTCAAATATAAATAAGTGAATATGTGATCATACAGGATTGTTTTATATTTTAAGTGATTTAAAAACATCTTGCTTACAAATACGTAAAACTTAAAAAAAAAACGTAACAGTTTCTTCTTTCATTGGACAGTTTCTTAGTGTTTTGCTGGTAATGTCTTTAAATAAATAATTGTTTAGCCCAATTTATTATTCATTTATTATTTATGTGCAATAATTAAGACATAAAATAAGAAAGTAAAATATAATCAACAGACAAAATGGAAAAGAAAACTATAAATGAAAAAGCTTAATTATTGACTGTCTTAGTCTTTTCGCTTTAAAATAACAAACACTGTACATCTCTCTATATTCAGAATAAAACACTGCTGTATTTATTTATTTATGCATGATTGTACTTTCATTTTACTTGTCTTTTTTTTTGTTTTAACTTCCGAAATGAATCCTCATTGCACTTAAGTTTTGATAATAAATCTTGTTACTGTGTTTTTAATGATTAACGCAGGAATTATAATGCTTTGTTTTGTTATTTCATCTTCATTTACAATTAGCAGGGTATTTACAGCTGCTGTATATTTCTGTTTGTTCGCTTCCCGCCCCTTTGTGCCCGCTGGCAGCGTAGTCGCAAACTGCTGTTATGCCTAAAAACAAGTTCTTATCTTATTCTTATCTTATCTTATTCTTAGTCTTGCGGTAATGGTCATTTTGAAGTGTCACCCACTGTATACCAAATATTAAGTACATTTTGGGGGAAAAAAAACATCTTGTAACATAAAAAGCCACTTTGCCACAGCACATATGAATGCAAAACGCATGAAACTATTTTTTATATATTTTGTTCCCCCCAAAATGAAAATTCTGTCATGTGTGCATCATAAACATGCATCGAAAATTGACTATAGAGCAGAAATGAAGCTTTTCACACACACAAAAAAATCATAAAATAAATCTCTTAATAATCTCAACATTTCAGTGTGCTCATAGAATGTGGTAGTGATTTCAAGTTATACACATTTGTTTTTACACTGTACAGACTACTTGTAAGTTGCTTATTGGTATCATTATTCATAATTACATCCATTTTATAGAAAATATTAGCATTATTTCTAAGTAAGAAGAAAAATGTATTTTGGACTAACGCAAGGCTGATCGAATGATGACAGGATTTTGATTTTTGAGTGAATTTTTATCTGAGAACGTAATTTAGTATGTGAGAAACTTTATGCTGGTGTTTGATCTGTATTTGCTTATAAACCTGCCTGTTCTCTTTCTTTCAG
Seq C2 exon
GTACGTTACCGCAGAGAACACATGTCAGGCCATCCTGTCCCACACCTGGCTGTGATGGAGGATCTGATGAAGGATATTTGTGATGGAGCGGCTCTGCTAGCGGTCATTCACTTCTACTGCCCTGAATACATGAGGCTTGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019208:ENSDART00000137404:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=FE(12.0=100)
A:
NA
C2:
PF0030726=CH=FE(29.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]