DreINT0054612 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069484 | dab2ipa
Description
DAB2 interacting protein a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-516]
Coordinates
chr8:12104349-12112847:-
Coord C1 exon
chr8:12111956-12112847
Coord A exon
chr8:12104502-12111955
Coord C2 exon
chr8:12104349-12104501
Length
7454 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
TTCAAATGAACTTTTATTAGGCT
3' ss Score
3.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGTGGATTTCACTCGACTGCCCTCGCCGACCCCCGAAAACAAGGACCTGTTCTTTGTCACAAGGAATTCTGTGATTCAGCCGTCACCCGCCCGCAGCTCCAGTTACTCCGAGGCCAACGAGCCAGATGTTCAGATCCCCAACGGTAGCAAGAGCTTGTCAATGGTGGACCTGCAGGACAGCCGTTCTCTAGAGAGCGCTGCCAACACCTCCTTCAGTGACCCCATCAACGACAGCCAGGCGTCTGCTGGCCAGAGCGCAGGAATGTGGACCACCCGCACCATAAAGGGCAACACGCCCAGTGGTCCAACCCTGAGGAGAGCAGGTCAGACCCCCACCACCCCGAGCACAGAGTCTGCCCCAGGAAGGTCCCAGCTGCTTGCCCCGCTCTCCTTCCAGAACCCTGTGTACCAGATGGCCGCCGGATTGCCTGTGTCACCCCGTGCAGTGGCCGATTCAGGATCTGAATGCCAGAGTTCCATCAGCAGCAATGCAGAGGAAGCAGCTACCGCGGGGCCAAAGCACCCGTTTATAAGCCAGTCCAGCACAGGGGCGAGCGGCGGAGGGGGCAGTAGTGGGGATGAATTTATTCAACGTCCTGGAGAGTTTACACGTCGACAGCTGTCACTTACAGAGACCCAACACCAGACCAATGTACCGCGGCAGAACAGTGCTGGCCCGCAGCGCCGGATAGACCAACCACCTCCAGCCATTACAAGAGGCCGCACTCCACCAAACATGCTCAACACTGCTCCCTATCCACGGCCCTCCAGTGGAAGTATGATGTCATCGTCTCCTGACTGGCCCAGCAGCGGCACTAGACTGAGGCAACAGTCTTCGTCCTCCAAAGGGGACAGTCCAGAGTCCAAGCAGCGCACACTACACAAACAA
Seq A exon
GTGAGTCCATTTGAACACTATTTCTCTAGTTTTCATAAATGTGTCTATTTCATTTCATTATTTAAAACTGAAGCCATAATGTTCCAAGTATGGTTGCTGTGACCTTGTGCAATGATGTCACTAGAAACGATACCAATTAGATAGGGTTCTTGTTTACTAGTTAGCCCAATCAAGTAGGTATGACTGCAGCCTCCTGCAGACCTCTAGGTGGGAGGGACTTATGCTGCAGTTAGGCTGGGTTTAGGGGTGGTGTAGGTACTGTATAAACATTAATAAAACATAACAGGTCACTGTTAGATTGGGTCTAGGGTTGGGTTTAGGGTTAGGGTAGGTGTAGACATTCATAAAACACAGTAGGTTGGACTCCATGTTATGTACAAGATAAATGAAAACTCCAGGAGGTGTGTTCAGCCCCCTTGGAGCTTAAGTCCCACCCACTTTGAGCTGACCAAACCATTTGAACCTGGCTCTGACCTCCATTTATACCCTTCTCGGCCTAATTGCAAATACACATGTGACAATTAACTAAAAGCAAACGTGTTAGAAAAATAAACACTTTACACTTAAATGTTCTGTATAAGTTTTTGACAATTCTAAAGCATAAAATACCATAATATGTTTGCAAATATTTAAGAAACATGCCACTTGAACAATCTTGGTTATCTGAAAAACAATGCTGAAGTCAGATTTTCTGCTTTGAAAATGTGTTACGTGCCAGAATATCTGTCTTTGTTTTGGTTTTAACACATTTAACATAAGTAAAAGCACATGAGGTTTACCTGAGGTAAGCATTGCCAGTTTGCTGTTATTCAGCTGCAAGCCATTTCTAATATATTAATTTAAGGTGTTGGTTAGAACAAAAACTCTATCGTGTGCTGTTACTTTTATATAGAACATGACTTAAATCAGCCTTTAGGCTCGATTGTCAGACTCGCTTCTGGTGGTCCTCAATCTGACAACCAATGTTTTTTTTAATCCAGGAATGTAATGTAAGTTCAACCGCTGGGTGTCAAACTTACATAATACACATATAAACGTACTTCAGCATGTGAATTAAAATAAGTACTACCTAAAATTATCTAAATCGTTTATGGAAAAAGCTCATTTGAAAATGTATTTGTTACATTTGTACAATTTTTTTATGATATGTGCTGCAGCCACCCACCAGGAAGCAATACAAATGTTTTGGCTTTATTTGGTATGGTTTATATCTTGATGAAAAGATCATGTCATATTTAATATGATATTTAATCATGTCATATTCATGTCAATTATGTCAATTTAATTGTACTCATCAGAAATATAATTTTAGTGCAAATTTAAATCATCAACATTTAGTTTACCAAAACCCTTGTTGTTGATTTATGCAGATGTTGTGTTTCACTCACTTTATTCAGTCCCTATGTACCCAAATGATTTTAATTTGTATAAAACCAAATATTGTCTAAGAACTTAAAACAACTGGTAGCCATAATTGGATGGTGTTTTCAGTCATTTTGACTACACTTGTCATTTCTACACTATTTTGAGAAGCTTTTTAGAAAACAAGTATGTGTATAATCAAGAATTTGTTCCCTCATTTTAGTAGTTACTTGTGTTAGCCAGTACTCATTTTTGGGTATTTACACCTACCTAACTTTAAATAGTAAAAGTCCTTGACCCCAGTGAGCTACAAACAAAAATTAAATATCATTGGAAAGAAGACACTTTGAATCCATCTAGAAAGTTTCATGCTAAAAAAATATGAAAAGTTATATATTATGAAGTAATGAGAAAGAAAAATTGTAGTGTTTTTAATATTTGTTTTTTCATAAACAAACAAAGCCTAGTCTCTCATAAGTTTATATTTCAAATTTAATAAAGATAGCATGCAAAATAAGATTTCTGTAAAAGGTTTTCTGAGACTATATCGGTGTCCTACTTGTCCTCACCGCCAGAGGCATTTTAAAAATTACCTTCCCAATATAAAACAGTAACAGTTGCTGAGTAATTTGGTCTACCTTCACAGTTCATATATCTTTGGAAAGAAGACACGTTAGGCTTTATTATTCCAGCATCTAGATTTTATAATGTTCAAAACAAAAACAAAAAAAACCTATAGATTCTTAAGTAGTGTAAAAAACTTGCACAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGTAAACATCCACACACACATTCACACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCAACCCAATTCATCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCTGAGGAAACCCACGCGAACGCAGGGAGAACATGCAAATTCCACACAGAAACACCAACGAAGCCGAGGCTCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCTTCGTCCAGATTTTATTATTTCATAAATATATGAAATTGGTCCTGGAGCAATACAGAAAAGTTATAAGTCAAAAGCCACACGTCTCCTGGGTATGTGTTTTATATTTTGATAGCAATATCATGCAAAATAAAATTTCGGACATAAAAACACAAAATAACTAATTGGAAAGTAGTTTCTATTCCAGATTTACAAATGCAATAGATTTACATTAATAATGGCCAGAAAGCCAATAGAAACGACATAACGAGGATGCAGGGCAAGCACTGCCCATGTTTTGCTCTCAGTTACTGCCTAATCAATGTTGTTACGGCTATAATCAAGAAAAAAAAAAACACTTTTCCAAGTTCCAAGATATGATCATTTTCCAAGATTTGGGATTGTGTTTTAAAGTCGATCACATTCTTTGTGTCTCACTAGATCCATGAGTTGCTGTATTCCCAGAACTCATTTAGAAACCACTAAATTAGCTAGCACTCGGCTGATATTCTTAAAACAACTTGGCACTTAGATCTCTTGGGGGTTAATGAGTCTTTCGGTGCATCGCTACAATCAAACAAGGCTCTTAGGTTAGGATGAACAAACGAAGCCCTCTTGCCGTCAGAGGTGAAAGGAATGAGCAGACAAGCAGAATTAATTGCAGGCTCTGCGCTAGTGATTAAATGACTCCTCGCATTGTCCAAACTGTTCCTTTGAAGTCTGCTGAATAAATCTTCATTAAAAATTGATCAAGCGTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTATTTTCCAGCAAGCGTTGTTGTCACCTTGAAAAGTTTTAAGGCACTTGTTTGTGTGCATGTTTTTGTGCACGATTGATTGCATACTATAGCTTTTACCAACCCAATTATGAAAAGGATGTGATGTTTTGTAAAAGTCAAAGAAGTGATCTATCTGTGATTTTGTTAATTCTCTTTAACTTTTTTAATGGAAAGTAAAAGTATAAAGACATGCTTTCCAAGGTTTTACTGACAAACTTTAATGTATTTTTCAAATATAAACTTATTTATGGTGGCAACACACTCCAAACAGAGGCAAAAAGAAGTGTAAAGGTTACAGAATATCCAGATTAATCCATTTTGAAACATTCCATGAGCAGATAAACTAGTAAAATGTGTAAGCTTCAAATTGAGCTCAAAATAGTGCATCTCAATCTTTGTTAACAAAGCTTGATCATATGTTATCATTTCTTTCGACAACTAATGTAAATGTATATGTACAGTAATATTGTGAAAAGATTCATGAAATCCAGTGAAATCTCTGCCTTTGTAGGGCAATGCTATGGTGCTGTGTTGAAGGGTATGACAATTATTAAATAAATTAAAATTATGTTATTAATTACTCACCCTCTTGTCATTTTAATCCCCTGAGAACACCTTCAGAATACAAATTAAGATATTTTAGTAGAAATCCCAGAAGTCTCTTATCCATATACAGCTCGAGATGCTCAAAGTTATGAACTTTGGAGGAACCAAAAACATTTCATGTGACTTCAGTGGTTCAACTCCATAATTTGACTTTAGTCAGCTCCAAGAACACTTTTGTGCAGTAAAAATAAACCCTGTTAAAATGACTTTGCATTAGGTAGGGGTGTGCATTTACTATGGGAAATAAAATGCTTGTGTTGCATGGCTGACTCATGTTATACTGCTCATGAGTAAGAGAAGACAAAAATGAAGTTGTTTTTATGTTGTTGTTGTTGTTTTTCTTTGGCACACTAAAGTATTCTTGGAGCCTCATATGAATACAATTGAACCACTGAGGTCATATGGAATGTTTTGACAATATTTAGGTTTTTTTCCGGACTTTGACCATCTCTAATCTTGGAGTCTATGGAGGATCAGAGAGCTTTTGTGTTTCATCTGAAAAAAAAAAATCATGAAATGACATGAGGGTTAGTAATTAATATAAGATTATTCATTTTTCGGTGAAAAAAATCCTTTAAATAAAGCCAAATGGGTTCAGCAAAACTGCTGTCACTGAACAGTCTACGGCAGTGGTTCCCAACCTTTTTCTTTGGGGCCCCCCCAATAAACATATACAAACATTGGAGCCCCCCCACCATATAAATACACACGCACGCACGCACGCACACACACACATATGTACTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTAATATTAATATATAGTAATATGTATAGAAAATATTAATTAATCAGTTTTAACTTGTCTTGGCCTTCAATAAAACCAAAATTTACGTAGGCTTTGTCATACTGTCTAATCTTTTTCTTCGCCTCTGAAGAATCACTGCATTTACGTTTGTCTGCCATTTTTGTTTTGATTTTGCCTTTACGATACGTTGACAAGCAGATTGCGCGAGTGAGCAAAATTTAAATAATTATTTAAAGTTATTTATTTTAATTATTTTCACTATTATGTTGGAATTTTAATCATGTGTTTAGATTATTTTTTTATTTTTTTGGCTGCTCGATTTTGGGAAAAATCATAATCACGATTATTTTGGTCATAATTGTAATCACGATTATTCAAAACCATTGCCAGTTAAAGTCAAAATTATTAGCGCTCCTGAGATTTTTTTTTTATAAATATTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGCAAGGAATTTTAACAGTATTTCCTATAATATTTTTTCTTCTATTTGTTTTATTTTAGCTAGAATAAAGACAGGTTTAAATATTTTGAAACCAATTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCCTTAAGCAATATTTATTTTTGATTGTCTGCAGAATAAACTACGGTTATAATGACTTGCCTTATTACTCTAAGCCTTTGAACTGCACTTTAATCTGAATGCTTGTATTTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTATATGCTGTCATTATAGCAAAGACAAAAAGAAATCAGTAATTAGAAATGAGATATCAAAACTATTATGTTCAGAAATAAGTTATTAAATTTTCTTTCCATGAAACAGAAATTGGGCAGGAAAAGGTTTGCTAATATTCAAAAGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATACATACAGTTATTTTCCACCCTGCAAAGGAAAGAGAAATGAATACAATAGAATAAAAATATGAAACAAACTGTGCTTTAAGCATCTTCACTGTAAGAAAAACACTTTAGCTACAGCATTCCTTCAGTCAAGAGCAGCGAGGGTTTTCTCGTTATGTTTGTTTAAAAATGATAAAAACAGGCGGCAGAAGGATATAGCGCGCTGTATCTTTAATGGTTTCTCTTTCACGTCTTTTGATCCTCAACTCGTTTGTTTATTATACAAATGAGGGTTAATGTTAATAATCACTAAACACCGCGTTTTGACACCTATTTGACCATTAAAGCGCTCACGTTAAGATGACTTTAGATGTCTGCGCTCCTCTGCTCGTCTCAGTGTGCGAATGAGAGTGAATGCTGACCGGCCGCATGCTTCTGACTGCGTGATCGTGCTGCACACACACATAAGCTCTTTCGCGCTTTTAAGAGCAACACGTGTACAACTGTGGCGAAATATGATGCAATAATCATTTATCTCGATTAATGCTTTTTATAATCGTTTGAAACCGAAATCTAAATCGGATTTTCGATTAATTGCAAAGCCCTTTATAATAGTGGACCATTTTTATGCCTTTTTCTACCTCAATACTTATCCTCTCCCGCGCCCCCCCTGTGAACTCTGGCGCCCCCCTTAGGGGGGCGCGGACCCCAGGTTGGGAACCACTGGTCTACGGCTCCATCAAGAAAGGCAGCCTGAATCTTTTTTTTTTTTTAAGGACAAAGCTACAGTATAGCACTGCATCCCAAATGACACACTATCCACTATCTACTCATGCACTATGTACTTATGTACTTACACACTCAACAACATAGTATATGTATGTAGTGTCATCCCAAATGGAACACTAATGGGTTTTTTACTAAGTGGAAATTCAAAATGTTTCCCAGATGACGTTTGATGGTTGCCAAATTAGCAAAATAAATGATAAAACTACCAAATAATAGCTGCCATGAGTATAATCGCATTCACCATCGGGAGGCGCTATAATCACTCTCGTAGGAGAATTTTGCTTTCACAATCCAAAATAAATAATCAAGCATTAGCACCCGGTTGTTCCCCTTCCGTTACGTGAGCAAAGCTTGGTCGTTAAGTGCGTGAAGTGTCCAACATAACACTCTTCTATTTACCAATGAATAAGTGCATTATCCGGGTAATTAAAGTGCACTTATTATTTTTAGAGTTTGCAGTGTGAATGCACTACTTACACTATTTATTCTACAAAATGGTGTAGAAAAGTGCATAAGTGTGCAGTTTGGTGTGGGAATGGCCTAAAGCTAATCTGAGCTCTAGATGGTTAAAAACACAGAGGAAATGTGTAATAGGGACATTCTGGGGATTGGTTTAAGTTTCTACAGGGAAAAATTACATTTAGTTTTCAGTATCAGTTCTAATCCAGATTTTAATGAGCAATAAATACCAAAACAATTGGTATCACCCTTAATGAAACTATATGGCTCATGAGGAAAATAGAATGATGAGCTGCTTAAGGTTCAAATGATTTGAAATTGGGCAACAGTTTAGCTTGTAAAACTTTAACGGAAGGTATTCTAAATTCTCTAACAATTAGGCATTGCGATTAAATTTAAAGTTGTTGTAACACTGTGTTGAACATATCTCTGTCCCAAACTTATTTGCAGTGTGCTCTAGCAATTATAATGAGAATGTCATACTTGGTACTTTTGTCAATTATATAAAAGTTAAACAGAACAAAAAAACAAAAAAATCACATATATATATATATTTTTTTTACAATGTACAAAATATTCTATCCTTTTTTCTTTTTTTTTTTAGAAATGGGGCTGCAGATGCTAGCGTGGGCATATTAAGAGACAATAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCAAATGAACTTTTATTAG
Seq C2 exon
GCTCCATCTCCTGTGAATCCCAATGCATTGGACCGCACAGCTGCTTGGCTGCTGAATATGAATGTGCAATATTTGGAGCAGGAGGGAATTGACCCAGATTCCAAACACCGGGAGGACTTCCCAAACAAGGAGGATCTCACACCCACTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069484:ENSDART00000135812:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.966 A=NA C2=0.903
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120043=DUF3498=FE(57.3=100)
A:
NA
C2:
PF120043=DUF3498=FE(9.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]