DreINT0054617 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069484 | dab2ipa
Description
DAB2 interacting protein a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-516]
Coordinates
chr8:12146291-12152164:-
Coord C1 exon
chr8:12152008-12152164
Coord A exon
chr8:12146390-12152007
Coord C2 exon
chr8:12146291-12146389
Length
5618 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
ATTGTAATCTGTAATTGCAGGTA
3' ss Score
5.83
Exon sequences
Seq C1 exon
TAGATCCCATCTGATGCCGAGGCTGAAGGAATCACGGTCTCACGAGTCGTTGCTCAGCCCCAGCAGTGCAGTTGAAGCTCTAGATCTCAGTATGGAGGAGGAAGTGCTCATCAAACCCGTGCACAGCAGCATCCTGGGACAGGATTTCTGCTTCGAG
Seq A exon
GTGAGTCTGCTGACCTCAGCGCCTCCCTGTAGACTCTCAGCTTTGGATTATGGAGAGACACTGCAGCCAAAAACACTGTTTTTATGCGCCTGACAGTTTGAGATTTTGGACTTTTTGGGTTTTAAAGAGCCCCTTTTTTTCATTATAAAAGGTCATGTTTTGGTTTTGAGGGTCTCCAACAGCAGTCTGATATGCATGCAAGGTCAAAAAACACTTTAATTGTCTTAAAATATGCATTTCTTTTTACCTAATTATCCCAACAACTCCTATATGATTCATTCAGCGATTCATTTGTTCCCAATCCCCTCCTTAGCGTGAGGCTAGTCTGCGCTCATTGGTCCGATGACCAAGTCTGTTGTGATTGGTCGACTGTGTTCAGCATGAGACAGAAAGAAATGCCCACCACGGCCATAAAGTAGCAGAAAGTAAGCAATGCAGTTAAACACCAGCATTTTACTCTACTCTTAACGCTAACCCCACGTAATAACAACGACACGTTCACTATTGATCCACACAGTGTCAGAAGTTGAAATATTTAAATTGTATATATATAATGAATACGGCAGAGGATCCAGAGTTCAGAAACACATTTAAATTGGTAAAGGAAGAAGCATGCGTCATGTTTTCAACGTGGTTTGGATGAAATATATGAATACCCCCAAACCGATATCTGTAAAAATCTGTAAAAGATATGTGATTTAAAAAGCAAAATACACAAAACAAGGCAACAATTTAATTACACTTACATGTTATGATCCAGAGGAAGAAGAAACTGGTCCATTTGAACTGTAACAGTTTCTGTCTGACAAAGTCCCATACATAATAGTGTCTGCCTCTCCTTTAATAGCAAACGGCCAACGAGTATCTCATTGCAGCGTAGGTTATTGTATTAATCTTCAGAAAAATGATAGGAACCAACACAGCACTAGGTTGACTATACTGTGGAATTGCTGTGAAAATGAACTTTAACCCTTCATTCCCCACAGACATATCTCCATCTGTCAGTGATCACCATCTTTGCGTCATAATCAATTCTGTGATCCCTCATGCTCCGCTAGTGTCTAAATTGAAAGGCAGGTTCACATTTTACCGAAATCGGTACTACATACTGTATTTGGTGATGCACCTTGTCGACAATGATGCATTCAAGCAAAAGATTCAAACCCAACACGATTTATTTATTTGACTTTGAGTCGACTGTTTTGTTTAAATATCAACAGTTTTAAACACGGTGCTCTTTCAGATTTAAACCTTAGCTGAATGTTTTCATTCACTTAGTGCTGTGTTACACACTGCACAGGGCTCGAAATTGCAACCGTTTTGGTCGCAATTTCGAAAATGCGCCCGAAATTTCATTTATGTGACCTCAAAATATATTAGAGAGCATTTGTGCAAGTGCATAACATTTATGTCAGTTTTCACAGCAAAATGTTCACCACATGCATGGAATTAGGAGGCATTCACACATTAAGCATCTAAAAACCAAACGCAGCGATCAGGATTGGTTTAAAACAGTTGACATGTCAACTTGCTGCAGTAAACAAAGCCTGCAATGCTTGCCCCACCTTCAAGCTCTTCTTATTGGCCCACTGTGCTAGAACAGAAAGCGAATGGATTGGTTAATATCAGCTGTCAATCACTCAGTTCAGAAGACAGGGAGCTACAACTGTGAAAATGTAGAGGTCTGGACATGAGAGAATGAAAACAAAACTGGGAGATTTAGTTTTAGAAACCATCTTAAGTTACAAGTGATGGCACATCTGATTAGTGATCATGTAATGAATGTCAATCCAGCATTTACACTTTTCGAAGAGTGGATAAAAGACTTACAGTGTTTAAAGTCCGCTATGAAAATGACTACCGTAAAGCTGGTATGACAGAGTTTTCAGGTAACAGTGTTTGCCACTGAATCTACACATTTGAAGCACGAGATGTTGTAACGTTATTTAATCGTCACAATGCTGTCAGTCGTGTGACTGACACCGCGTTCACCATCGCTAAAGAGCATGCATTTACTAAGATGAAACTAATATTGCAGCTCATGAAAAGACCGTTATTGCTATTAAGATGACGTATGCAAATAATAAGTTATAAGTCAATATCATCTGTGCAATATCAGACACCACCCAGAACAGCACAGTTATTATTGTAAGTTAATTTCATCGAATTCACGTCAAGCAGTGCGTACAATGCCGGGAGCGCATGCACATTTTTGTTTATTTGTTAGTGGTGATTAGAGTGTTAAAATAGAATAGAATCTGTTAATATAAAACATGTAGTAACGGTGCTCATAATCTTTGGTGTGTGCGCCTACATTTTTGAAGTTAGGACGACCAAGAAAAAAGGTTAATTTCGAGCCCTGCTGCATAGAAGGTCATTTTCAAAAACCCATAATAGGGGCTTTTTATTAAAGTGTTGTTGTTTTCATTCTACAGCGAAGGAAACATAAAAAAATACATTTTTAAGTGATTCTTTTGTTGCACTTTATCAATTTTTATATGTAGATTTCAATTACAATGCATGTTTTTAAAGACATTTTTCTCTGAGAAACATTGAGAGATAAATCTCCACTTCAGCAACTCTTAAAATATATAACTAAATATTTTTATTCATACCTTTATTCTGAAGATTTTTACAGAGGGAAATGTTCCTAAATAATATGCCTGATTATATACAATATTTAAGTCTAAAATAGTTTTTTCTTGCTGAATGCAGTATTTTCTGAATTATGGAGTAATAAAAAAAATCCCACTGTTAAACATTTTAATTAAATATGTCAATGAAATGAGAATTTTGAACCTGACTTCATCCAATGTTCAGACTTTTGTCCTGAAAATGTGTGCAAATGTATGCATATTTCATGAAAAAGGGCCTTGCTTGCATATTTAAACAACAATTAAAAAAACTTGTAATACAAAAAATGTTTGCTATTCTAAATATTGTAAATATCAATCAACTGATGAAGTATGGTTAGAACTAATAAGGTTTTTTAGCCTATTCACCTGCAGTGTCTCGCCTTAATTGCAAATAAGGACTATTAATGTCCGACGAGTCTCAAAATAGCACTCGGCTAAGGCCCATTAAAACTTCATCATGACCATTAGGCGAGATCAAATAGTTAGCAGAAAATAGCTGCGCTCTTGCCGCTCCGCAGTTAAATCATTGAGGGGCCACGGGGTCGCGTTACTGGATGATTTTCACGTGCGCTGCAGGGAAGGCTCACTTAAACCAGATGCTTATGTGGTCACAAGGTCAGAGGGTGCAGACTATGAAAACTACAATCAGGCATTTATATGCAATTTGCCTTAGTTATTCCCCTCAGAATATACAGATAAAAATATAAATAAAAGTAACTAGTAAAAGTTTCTATGTATTATATCTATATATACAGTTGAATGCAGAAGTTTACATACACTGTATAAAAAGTCACATAACCATTTTAAAAACAGTCAGATGTTAATGTGACTAAACTTTTTCTCTTTTAGGTAAGTTAGGATTATCAAATGTGTTTCAGTTCAATAGCAGAATAATGAGAGAGATATTTTAGAGATACTTTTCTTGAAAGTCAAGTTTACATAAAATAAGATTAGTATGCATCTGAATAAGCTCAGATGGTTTTGGAAGTTTCTGATTGGCTAATTGACAATATTTGAGTTAATTGGAGGCACAACTGTAGAATAGTATTTAAGGAAAACCTCAAACACACGGCTTTCTTGTGTGACAACATGGCAAAATCAACAAGCCAGAATTAACAAAAAAAAAGCCAGATTTGATCAATTACACGGGGAAAACAAAAAAAAAAAAATTTGGAGACATGTTCTGTGGTCTGATGGAACTACGATTGAACTGTTTGGCTATAATGACCAGTATTACATTTGAAGGACATAGGGGAAAGCTTACAAGCCTAGGAACACCATCCCAATTGTGAAGTATGGGGGCGGCATGTTGTGGGGCTCTTTTGCTGCAGGAGGGACTGGTCCACTTCACAGCATAGATGGCATCATGAAGAAAGAACATAATGTAGAAATACTGAAGCAACATCTTAAGACATCAGCCAGAAAATTCAAATTTGGCCACAAATGGGTCTTCCAAATGGACCATGACCCCAAGCATACTGCCACACACACATACACACACACACACAAACACACAAACCAGTCACTTTATTAGATACACCTTACTAGTACCAGGTTTGACCCCTTTTACCTTCAGAACTGCCTTAAAAAATAAAAATATTCCCCACACCATTACACAACCACGACCAGCCTAAACTGATACAAGACAGGATGGATGCATGCTTTAATGTTTCAAAATCTGACTCCAACATCTGAATGTCGCAGCAGATATCGAGACTCATTAGACTAGGCAACGTTTTTCTAATTTTCTATTGTCCAATTTTGTTGAGCCTGTTTGAATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTTTTTAACTGACAGGAGTGGCACTTAATGTAGTCTACTGCTGCTGTAGCCCATCCGCCTCAAGGTTTGACATGTTGTGTGTTCAGAGATGCTCTTCTGCATACCTCAGTTGTAACGAGTGGTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTCCATCAGCTGGAACCAGTCTGGCCATTCTCTTCTGACCTCTGGCATCAATAAGGCAATTGCACCCACAGCACTGTTGCTCACTGGATATTTTCTCTTTTTATGACCATTCTCTGTAAACTATAGAGATGGTTGTTTGTGAAAATCTCAGTAGATGAGCATTTTCTGAAGTACTTAGACCAGCCCGTCTGGCACCAACAACCATGCCATGTTTAAAGTCACATTTCTTCTCCCTTCTGATGCTCAGTTTGAACTCCAGCAGATCGTCTTGATCATGTCTACATGCCTAAATGCATTGAGTTGCTGCCATGTAATTGGCTGATTAGAAATTTGCGTTAACGAGCAGTTGGACTGGTCTATCTTATAAAGTGGCCCGCGAGTGTATAAAGTGCACAGGTCTCTCTTAAATTAACAGGATGGTATATAATAATATATTTGTGCATATACATTTGATTAGTTTAATTATTATTTAATTAAATTAAAATGCTAACTAACATTAACAAGGTTGAATAAATACCGCAAGCAATAACTAATTCAGCCTTATTGTAAAATGTATATTATGATGTACATTTTGGGATTTATTATTTATGCATATCATTAAAATACAAATACAAATGAAGTTCATGTTGAGCAGTACTACATCAGTCAACAGCTGGTAAAACTTGATTAGCTGTAGTGAATTTACCCCTCAGTATTCAAATATGCACCAGTACTTTTGTTGTCACCTGGACGGTGTGACTATGAACAGAGGGTCTTTTCAGGATGAATTTCGGATATGAAAGGAATATTTGCAAGGCCTCCTCTTGTGTCTCTACTCTCGGATATATCATGTGATCCTGCATTTGATTTAAGTGCGTTCTGTCTGATCAGGCAATTTGACACTTTCACTCTTTCCCAAAATGTAATTGTTCTTCACTCCTGGGTAACAGATTGTTTACTAAGCGCTGGTTTCATCTGTGTTCACGTCCACCGTCTCCACATCCTTTCCAGCATCCTTAATGCACTTATCTGCAAATCTGATAATTGTAATCTGTAATTGCAG
Seq C2 exon
GTAACTACTTCAACAGGAAGCAAATGCTTCTCATGCCGGTCGGCAGCCGAGAGAGACAAATGGATGGAGAATTTGAGACGTGCTGTGCATCCCAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069484:ENSDART00000135812:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.302 A=NA C2=0.299
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(46.0=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PD(25.7=87.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]