DreINT0071470 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060631 | garnl3
Description
GTPase activating Rap/RanGAP domain-like 3 (garnl3), mRNA [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001128527]
Coordinates
chr5:32760517-32767868:-
Coord C1 exon
chr5:32767733-32767868
Coord A exon
chr5:32760736-32767732
Coord C2 exon
chr5:32760517-32760735
Length
6997 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGC
5' ss Score
7.14
3' ss Seq
CATCCCTTCCTTTCCTCAAGGTG
3' ss Score
9.99
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTGATATCTATTTCATCTCCTCAGCGCCTATAAACTCTGCCTCTAACTGTAGCTCCAGAGACACTAGTTCCCAGAGTTCCCCTCAGACACCCACCGGCTATGAGATGCCTGTCTTCCCTTCACCGCTTGGAGATG
Seq A exon
GTATGCACATTTATACATCTGTTACTAAACTCAATTGACATAGTACTGAACTTAAAGGTGCAATAAGTGATTTCTGAGAAGCTTGGTTAAAAACTGAAATCAACACCCAAACAAAAACAACCCCCTGGTGGAAATGGATCGGACCAATCAGACAGCAAATCAGATAGCAAATCAGCAATAGGGGCATGTCTGTTCATGATAGGGGAAGAAAAGAAAGTGAGGGAGTACACTCTCAGAAATAAAGGTACGCGAGCTGTCACTGGGGTGGTACTTTTACATATAAGGTACACATTTGTACTTTAAAGGCTCCTTATTGGTACCACAAAAGTATATTTTAGTAGCAAAAAAAAATTAAGAGGAACACTTTTGTACTTTTTAGGTACTAGTATGTACCCTTGAGGTATTAATAGGGACCTTTAGGTACAAATTTGTACCTTTTAAAAAAGGTACCACCCCAATGACAGCTCGCATATCTTAATTTCTGAGAGTGTAGGAGATTAATTAAGAGATGGCTGTGTGACATTACAAAAGAGAAAAAGGTCAGATTAATATAACTTGTTGGAAAATGATTACAATCATTTAAGATGTTGGTTGGTTTCTGCATATTGCTATTTCACAGATCCTACATACAGTGTAGTTATAATATTAGATATAGAAAATATGGCTAATATTAAAACTATACCATAGCAACTTCACTGCATTTTAAGATCACACTTTACTTAGATGGTCCGTTTGTTGAATTTAAGTTACATTGTGTCAACATCCCAACTAATTCTCAACAGATTATAAGTAGACTGTTAGGGTTTGGGTTAGGGTTGGGGTTAGGGTTAGTGTAAGTTTACGTGTACTTGCCTAGTTTCTTATAGTCAGTTAAATGTCTGTTTAGCAGCAGTATCAACAGATATTATGCAGACAGTCAACTAATACTCAAATGGACCATCAAAATAAAGTGTTACCCATGAAGCTTTGCCTGATGACAGGTTTGGACTATACAATAGCTTTATTTTCACACAAGCAGTAGTGATTTGCATATGACAATGGCTTCCAGGGTGCAACGGTCCATCATTTTATATTAAAAGCCTAAAAGTGGACAATAACTGCTACAGAAAAAAAGTGTTTTTTTTTCCAAATGCAGCAGAAGTCAGTTGCTAGTTCCACCTTCTTGATGACATCAAACATGTTGTTAATGACTGCAAGTGATTGGTTGTGTTGCCTGACATGCTTATTGTGACCAACAAAAATTTGGTTGTCAAAAATATAGTATAACTTGAAACGGACTAATCACAACTGAAAAAAATATTGTCTTGTCTGAACCTGGTATATTTGCATATAGTCTTGGATCATCTTTGACTGATGAATTCTACTATTACCATCAGCAATGGCTATGTTTCCATCCACCTATTTTTATACACATTTTGGATATCCACATAAAAAATGGTTGATGAAAACACCAAGATGCACACAAGTTTTGAAAATGCGCAAAAAAATGTATGTGCATAACTGAGTCGGATAAACTTTTATTCGATTAGAAAAGAAACTAAGATGAAAACACTTTTACGGAACAAATCGCAGTATGCACATTAAAAAATGTCATGTGATTTTGTTATAAGAGATCATTTGATGATAAAAATGATTTACATTACATCAGCAGGCTGAGCACATTGTAAAACATCTGAAATGTAGTTTTGGTCATTCTAAAATGCCTTAACCATTTCAGTATTAGTGTTACTATATTATTAATTACCTCCAGAAGTACCTGAATAACCTCCATTACCTGGCACCAGTTAATCAGGAAGCGACGATTTAGTTCTCTTTGACTCATTAGATGGAAATGCTGCTTTATTCGCAAGTTTTTTTTATCCGATATTCCTGTTTTGCGCATAAATTTAATTAGCATCTTTAGATGGAAACATAGCTAGTGATAAAAACATCCACTTTTGTTCTCTTGATACACCAGCGGTTGTCATTTCCTGTGTTGACAGCCATAAATAAAGGGGTATGATTGTTTGGTGTTGATTTTCATTCATTAATGTTTCTTAGAAATTGATTAATGCACCTTTAAAATGCCATGAGTGTTTATACTTAGGATTAGAGACCGTGACACTGGGTAAATTCAACCCATTGCTTCAAAAAGCCAGTTCACACTGCATCCAACAAAGTCAACCAATATGAAGTTTGTCAGATTTTGTTGAATCAGTTTATTATCCTAGTTGTTGCCCGTTGTTGTTTTCACAAATTGAACATGTTTGAATCGCCATTAGTCAAATCATGTAATATCTGAGAAAAGACATACTATAATCTACTCAATGCCTACATTTGGTCTATGCAATGTGAATTGGCCTTAAAGGCACCCAAAATGTTTATTTTTTTATTTATTATTTTTTTTACAATCACTCTCCCTTCGCTGCTTCCAAACTCAATTGAGTTTCTTCTGCTGAACAAAAGATATTTGGAAGAATACTGGAAAGAGTTCAGATGCAAAAAAAAGTGCCATCAGAATTTTTCTTCTAAAATGAGTGTTATCCCATCGGTCCTACACCACCTAACCCACTCTGAGCTGGGATTAAACCGGCACCTTTCGCATGGGAGTCAGTTGCTCTACCAAGCAGGCTAAAGACCATGGCCTTGAGCGTCTGTCGTTAGAGCACCTTTAGAGGTCAGTGGAGTGAGGTTTACCTGCATAGCACTACTAGCTGGCTTCTGCTACACTCACCTTCCTAAACCTCACTCCTATCTGGGTCAAGGCACCAATGTAACCTCGCTGGTCCTACACCATCCAACTGCAGAAAGTCACCGGGTCGATTCCAGCTCAGAGCGGGTTGGGTGCAGTAGGGCTGGCGGGGTTACATGAGCATTCTTCTCAGGCTATTTAGTGGAGGTTCAGCTATTTTACGTTTCTGGCAAAGAATAAGCTCTTTTTATTGCATTTAATAAGAAAAAAACTGAATACACATCGGAGGCCGAGAAACATGCTTATTTTAGTAGAAAATATCAGACAGCTCTAACATGTTTTTTTGCATCTGAACTATTCATTTTTCCCCTATGAATGAAGTCAAAGGCTACATGTTGCCTGCATTCTTTAAAATATCTCTTTTTAGGTTCAACCTAAGAAAAACTCAAAAGTTTTATAAAGTTTGAGTGTGAGTAAATAGTGAACTATCCCTTTGAATATATCTTGCTTTTTTGTAAAATAGTGCGCTGTGGACACACAGGTTGCTTCCCTGTCTTTTTGTATTGTGTTACGGTGCATTTGTCTTTTAATCTGTGCGTGGGTTGGGTTGATCTATTGCTCTTTTCCATCCCTGGTCCAGATTGTATTCGGATCCCCTACGGCACCAAGCTTTCCCTCTACATGTCTAAAGACTCTGAAGGTACTGCAGTAAGGCACTTCCGCTGCCTACATTTCCCATGCTGCCTCACTAATGCACGTTACCACGGAGACTCACCCTGTCTATTATTCAATTAACAGACGCATGCAGACCGTGTTAAGTGAGATACGCAGCTAACACAATGTGTCCCTTCCTTCTTGCAGTCTCACAGAAAGACTTAAAGACTGACTGAGAAATGATGGCATGAGGAGAGAAAAGAGAGAGAGTGTGAAGTGAACAAGATAGAGAGGTGGGAGAGGAAATCAATAGACAGAGAGAGACGGATACATAGATACAGACCAAGACGCATGAACAGACGCTTTAGGGAAATGGGACACATTTGCTGCAGCATGAGTTACAGATTGCTGTGTCACCATGGATACTTTTGTCAGAGCCCCTCTTCATACAAACACACACACTCTGAACGGCCCTCCAGAGCCTGGCACTTTTCGTCTACACACACAGTCTGAAGAGGGCCGTCAAGGGGCTGTGACAAAATCCACGTCCTGGTGCTTTTATATTTCCAGCCTGTGGCTGCCATTTTTGCAACATGGGAAATAGACTGAAAAAATGCCATTACTCATTTCAAAGTTCACATTGATTGTTCTTACTGAAATAAAATGATTGTGGTATGTATATCTGAGTAATGTGACACTTTACAGTAAGGATTTGAATGAACATAACTTTTAGGAATTATCTGCTATTGCATGTGTTACTCCAATTTCTATAAGCATAACTAAAACAAAAGTATATTTAATAAGTGTACCTAACATATTAACTGATTTCACATGATTTAATACTTATTGTAAAGTGTTACCAATTCTATTTGCATGTTTTGTTTTGTATCAGTTGGCTTAATAAATATATACATTATGGTTTACATACACTACTGTTCAAAAGTTAAGTCGATACATTTGGGTTTTTAAAAAGAGGTCTCTTATTCTCACCAAGGGTGCATTTATTTAAACAAAAATAAACTTAAAACAAATTTAAAAAAAATATATATATTTTTTTTGAGTATTCAGTTAAATTCTAGATTTTTAATTTCTCCTTTGACCTGTTTAATGCATCTTTGCTGAAAAAAGTATCAACTTCTTTCAAAAAAATAGACCTTGCTGACACCAAACTTGGGAAAAGTGGTGTGTGTATTAAATGTTTTGATATATTATACTGTCCCATGGTGCAAAGATGTCTGTGGAATACTTAGTGATTCCACACACGCATGGGTTTATTACAAAATAGTTCTGTGTTTGATTATGGCTCTCTAATTATTCTAAATTAACTTAACGAAGAAGCATCCTTCCTCGGACGGAAATCTGTCTATGCTTTCACCACCTCTGTGTATGCTTTACGTTGCGTCTCTAACCACAACCTCGCTCTTACCTAACAAGATCCTTGTTTGTTTCTATTAAATGTTTGTGTGATATATTAACAACAAATAATCTTACAATACTCCAGACAGCAGTTACTCTTGTGTACTAGTATGGCTAGTATACTGTTGAAGTCAGAATTATTATCCCTCCTGAATTATTAGCCCCCTGTTAATTTTTTCTGTTTAATGGAGAGATTTTTCTGAACACATTCTAAACAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATATCTGATTTAATTTATTTTTGCCATGATGACAGTACATAACATTTGACTAGATACTTTTCAAGACACTAGCATTCAGCTTAAAGTGTCATATAAAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTCAACTAGGGAGGTTAGGGCGATTAGGCAAGTCATTGTAAAATGATATTTTGTTCTGTAGAATATAAAAATTAAAATCGCTAGAGGAGGATAATAATATTTACCTTAAAATAATTTTTAAAAAAAAATTAAAACTGCTTTTATTCTAACCTAAATAAAACAAAAAAGACTTTCTTCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGAGAAATATTTGAAAAAAGGAGAACTAATAATTTTGACTTCAACTGTACATCAAATGCATAACAAATAAAATAGCATGTACATTATTTATTGTTTAACTTACCCAGTTTAGTAGTTTTTTTAAGGTCTATGCCAAGTGCTTTAGATTTTGTATTGTGTTTTATTATTGTAAAGCTGACAACATATGTACATTTATGCCATTGTTTATTCTTTTATAGTTGAGACACCTAACAGTTGCTCTCACTTCTCCCAATACTCCCAAAACCAAGTGATTTTTACACTTGTGCATTAAAATAAGCTGACAGTATTGCAAGTACTGATTAGGTAAATTTCCTGTTAAACACCTGCATTTCCCATATATGTTCTGAGAAACAATATTGGATCATGCTTTAAAAACGTTCAGTCATTCTATTAGTTGTCTATGTGATGTCAAGTCAATGTTTTACAAGTCAAGCAGATGGAAAAGGGTGTCTGCATTGTAAATGTGGGGTGCTGTGCATTTATCCATATTGTAAAAACAACTTTTGTAGGCGCCAATGGTGTAGTGGTTAGTGCGTTGACACATGCACTCTGGTGCTCACGGCGACCCGAGTTTGATTCCTGCCTCGATGTCCTATGTCTATCCTTCCTCTATCTCTGCTTTCCACACATTCCTGTCAATATTCTCGCATATTTGTTTTGATGCATGTTCTTACTGATTAGATTTTCCTTTATGCTGACACTCAGAATACCCCAAATCTGGCTCCCCACAAAAACATTTGATCAATTACAGGTTCTGAATGTCAATTTCGATTAATCGACCAGCCATAACAATAGGTTATTGTTAGGTTGGGTTTAGAGTTGTGGTAGGTGTAGCTGCTAATAAAACACAATAGATTGGACTTCATGTCATACAAGACACTAAATAATTCAATCAATGAAAACTCCGGAAGGTTTGTACAACCCACTTAGAGCTAGCTCCAACCCCGTTTATACCCTTCTCCAAAAAAGCAGCTATACAAGTCTGTGAATAAATAGCTCAGCCAGAGTCATCAGATCAAGTCTGAGTCATAAGTAATTGCGATGAAGACTAAAAACAGACCCCAGTCTGACTCAAGTCCAAGTCATGAGCCCACACTTGCAGAGAGGAAAGATATTTTATAAATAACAGTCTCCAAAACAAACGATGATACATTTCATACAAGTAATTTGACTCTGAAAACTGCAGTTTGAAAGCAAGTCAATAAGGAAATTGTTGATCTTCATTTACAAACACTGACACAATATTACAATATAACTTTTTCAGCATTTTTTAGCCAAAGTTAGTAACTTGCTTACTGCAGTTATATTAAACTGCATTTTCAGTTCTTCCACAAGTGCAGGCTTAATATAGGCTTAACTGTGGGTCGATATATTTGTTTTTATTGAAGCTAATTAGGCTAATTACAGTATGTGGATCCAGCAGTGTGTGCACTTCGGTATGCGTGTCTTTAAACACAAGAGGATGTATGTTGTTTTCACCTTATTCTGCACTGAGTATTAGATATTGGCATGTCTAAAAGCATCTCTGCACCAAGACTGACCATTAGCGCTGAAACAGTTTGTTTATTCCACCATCTAATTCTTTAGTCTTCTCTCTCTTGTTTTCTGCCCTTATCCAACCATCCCTTCCTTTCCTCAAG
Seq C2 exon
GTGAAACTCAATCAAAACACATCTATAAGATCCCTCTGAGTAACCTAGTTGGAAGGAGCATAGAAAGGCCCCTCAAGTCTCCTCTGGTCAATAAAGTGCTCACGGCACCGGCCCCCAGCATGACCGGGCCTGCGCCCATGATCGGCAGCACCACCTCCCTCTCGCTGTCTCGCATGGAGATCAAAGAAATTGCCAGCCGCACACGAAAAGAGCTGCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060631:ENSDART00000085636:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.533 A=NA C2=0.574
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078017=CNH=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]