DreINT0073865 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105099 | golga7bb
Description
golgin A7 family, member Bb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-173]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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chr13:39934494-39935940
Length
8135 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTATCC
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8.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105099:ENSDART00000158820:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.519
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF102564=Erf4=FE(28.7=100)
A:
NA
C2:
PF102564=Erf4=PD(1.7=7.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]