DreINT0078460 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062049 | hmha1b
Description
histocompatibility (minor) HA-1 b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-071213-2]
Coordinates
chr22:17593273-17595231:-
Coord C1 exon
chr22:17595068-17595231
Coord A exon
chr22:17593462-17595067
Coord C2 exon
chr22:17593273-17593461
Length
1606 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
TTTTGATTTCCCCTATGTAGTGT
3' ss Score
6.99
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATAAATGGCATTGAGCCTGAGATTGTGGTGCCCACTGGGCCCTTCAGGAACATTGGCTTGTCAAAAGCCGCTCAGACGCACAAACTGCGTAAACTGCGCTCTCCATCCAAATGCAGAGAATGTGACAGCTACGTTTATTTCCAGGGAGCCGAGTGTGAGGAG
Seq A exon
GTGAGGACACATTTACTGCATCCAAAAGGATTTCTCACACTTAATATTTAACACTGTATTAATCTTAACCAGGGGTGACCACATTTGTTCGATCACATTTGTTTGATCATGGTTGGAGCTAAACTCTGCAGGATTGTAGATCTCCAGGAACAGGAATTGGCACTCCTCCTCTAAACCATGGTGATAAAAAAAAAACAATTACTCCTAATATGGAGCAGATTTTTATAATGCCCTGGAAGAAAAATCATGCTAACCCTGGGCTAGAGTGGGGGTTTCACAACCCTGGGTGTAAAATGGTGCTAATTGGGTAAAAATAACCCCAGCAACAAAAAATCTGCGCTAACTCTTTAGACTAGGGTTTCATAACCCTGGTTTTAAAGGGATAATTAATTAAAAAACAGGTTAAAAGTGGTGCTAACTCAGTGCCAGATACATTTTATATTCATGGATAAAAAAATAAACTAATATCCCTGGGTAAAAGAACAGCAAAAAACTTTTTTAAAATAGTCTTGGGTAAAAAACAGTTATAGTAATATCTAAAAATTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATAATAAAAAACTGTAAAGTAATTGACCTGGGGGAAAAACAACAACAACAACATGGTAACCCCAGGGTAAAAATAGCTATGGGTAAACAAAATATATCCACAAGTAAAATAATTCTGGGTAAAAAAGAAACATTGATATCCCTGGGTAAAAGAACAGCAATAGCCCTGGGTAAAAAATAACTCTAGGTAAAAAACAGTGCCAGCCCATTAAAAAAATAACCAGAGTTAAAAACTAAATAACTCTGGGTAAAAGAAAAAGTGAAACCCTAAGCAAAATAATAATCATGGGTTAAAACTCAGGGATCACCGATGATAAAAATAACTTTAGGTTAAAAAAATCTGTGATAATTCTGGGTTAAACAAACATGAAAGCCTGGGAAAAAGGTAAAAAAAAAACAAAAAAAACAACAGGGATTGCCCTTGGTAAAAAGCAATTATCCTGGGTTAAAAAAAGTGATACCCTGGACAAAAAAAAACAAACATTGGTTAACAAACAGGGATCCCCATTGATAAAAAATAACCCTGGATTAAAATAACATGATGCCCTGGGCAAATAAATAATCATAGGTATAAAAAAACGATAGCCCTAAAAAAATAGGTTTAGCATGATAACCATAGGTTAAAAATAACAATGGTTGAAAACATGATATCCCTTGGTAAAAAAAAAATTGGGGTAAAATGTCACTAATCCCTAGAGTAGGATTTCTTCACCATGGTTAAAAAGCAATTATAACTAGGTAAAATGTGCTATATCCCCATTCCAGAACATGCCTAATTATCCCTGGGTAAAACATTTATGCTAACCCTAGTCTAGGCTAGGTTATCATAACCCTGGATAAAATGCACAGAATTGATCCTTTAGCCAGGCTTAAAGCCGATTTTGTAATGTGCAGTGTGAAAAGTCTTGAAGTTTGGGCTTGTGTTTGAAATAAACCAGTATTTTTCAGTCATTTTGATTTCCCCTATGTAG
Seq C2 exon
TGTTTCCTGGCTTGTCACAAACGCTGCTTGGAGACTATAGCCATTCAGTGCGGCCACAAGAAGCTCCAGGGCCGCCTTCAGCTGTTCGGGCAGGATTTCTTGCAGGTGTCCAGCAACAGTCCCGATGGGATCCCCTTCATAATCAAGAAGTGCATCGCTGAGATAGAGAGACGAGCTTTAAGGATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062049:ENSDART00000132565:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.218 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(57.1=50.9)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PD(38.8=30.2),PF0062022=RhoGAP=PU(10.2=28.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GCATTGAGCCTGAGATTGTGGT
R:
TCATCCTTAAAGCTCGTCTCTCT
Band lengths:
342-1948
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]