DreINT0084835 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000043220 | kcnh5a
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061106-2]
Coordinates
chr20:20112331-20119638:-
Coord C1 exon
chr20:20119386-20119638
Coord A exon
chr20:20112528-20119385
Coord C2 exon
chr20:20112331-20112527
Length
6858 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGC
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
ATGGTTGTGTTGTGTCTCAGGTA
3' ss Score
8.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGTCCATTTGTCCTAAAGACATGCGGGCAGACATCTGCGTGCACCTGAACCGGCAGGTGTTCAATGAGCACCCTGCTTTCCGGCTGGCCAGTGACGGCTGCCTGCGCTCTTTGGCGGTGGAGTTTCAGACCACACACTGCGCTCCAGGAGATCTCATCTTCCATGCCGGTGAGAGTGTGGACACCCTGTGCTTCGTCGTGTCTGGATCGCTGGAGGTCATTCAGGATGATGAAGTTATTGCCATTCTAG
Seq A exon
GTGAGCTAAATCATTCTTTAGACTGAAAGAAAAGTTTACAAGAATGAAGACCTCAAGGGTTATCTGTCAAACAGATAACGTCTCACTTACTATATTTCACAGATGTTGGTCCATTGTTATGTTGGTCTAAAATGCCTATTGTAAAACTGTCTTGAATTGGATTCTGAATTTATTTTTGACCTAAATTAAAGTCTTTTTTAGGTGTTTCAAGCCATAACTTTGAGACCGAGGTGTAGCTTAGATGAGGAGTAGAGCTACAATTTTATAAAACACTGGAAACAATGTCCATTAAGCTGAAATTATGACTCATAACTGTTACGACTTTAAAGTTTAGCTCTAGGGGTTAAAAAGGTGAAATTTTGATGTGACTCAGTTTGTAGTGAGTCAGTGGCAAAATAGCAAAACGACAACCAAATAATGCAAAATAAGTGAGTTTATTTGCAAAAGTGAAAAGATGTCAAACAACACCAAAAAAATAAATAAAAATAAAAAATCAGTTAATGTATGTTATTAAGGGAAAAAGTGGATGTCAAGTGGTGCCAAAAAAAAAGCAATCTAACAAAAACCCCAAACTAGCTGAAATTACCGTCTAAACTACCTATCAGAAAATAAACCAACATAACATCTTCAGCGTTAACCTGCCATAAACTACACATATAGTATATCAAAAAATATATGAAGAAAACATTGTGTCGTGCTCACTTCTAAGCTGGTGTGTTTAGAAAGTGGAGTTTTCTGCGTGTTGCGAGGTGTATGTCACATGATGTCTAAACTTCTCAATTCCTAATGATCAGAGATCATAAAATATTAGTAGTAAGTATTTACATTACCATTATAACATACTAAAACCGAAATGAGAACAAAATTCTTTCTTCGCTCACATCCTTTTTAACTTTGGTTTTTTTTTCTTACTGGCAGTGATGGTGATGATTTCACAGGGAGTAATAAAGATTGAGGTCTTCATGGACAAATGGAAAACTGAAGTTTGCCATCCTAGGAGTTTTGACAGAGAGATAGAGAGATAAAGAGCACCTATGACACACACACACAAAAAATTATTAAAAAACGATGATAAGGTATATAGTCAAAATTATCATTTACTAAATCAAAATCATGTCAACGCGGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAGATCACTGGTTTGAGTCTCAACTGGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTCGCATGAGTTTCCTCCGGTGCTCCGGTTTTCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACATGTGAGTGGGTAGGCTTAATTGTCTGTAGTGTATGAGTGTGAATGAGTGTGTATGATTGTTTGCCAGTGTAGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATATGCTGGATAAATTGTCTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCTGGAAAGAAAATGAATGAATGTCAAAATCATGACTTTTGGACTCAAAATGTTCATGTTAACGGTAAATCTTATGACAATTATGACTTAGTAAATTGAAATCAAAACTTTGATAGTTGAAATAATGGCATATTTAAGGGCATTGTTGGCATTGCTATTTTGAGGCAACAGAAATGGATCTTTGTCATTTAAAGTGAGCGTTAGTGATAGGCAGGTCCAAGGTTTAGACTTAAAAGTCATAATATTGACTGTTAAAGTCACAAGTTTTACTTTTTAACTCATACAATGATTTAGATTTGTATTCCTCCATTTTGTTTCAGCTTTACTGCAATTATTGAAAGTGATTTTATAATAGTCTTGGTTTTGGTTGACTACACCCCTGTCAATAGGTTGTATAGTAGTAAGTGCCAACTTACCTCTTACAGTCTGACAACATGCCCCACTGTGGTCACTCTATATTCATTCATTCATGCATTCATTTTCTTTCCAGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCACCAACTTATCCAGCATGTTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCCACAAACCATCTCTGGAAAACATCCATACTCATTCACACTCATACACTATGGACAATTTAACCCACCCAATTCACCTGTAGTGCATGCCTTTGGACTGTGGGGGAATCCGGAGCACCTGGAGAAAACCCACGTGAACGCAGGGAGAATATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGAGGCTCGAACCAGCCACCTTCTTTCTCTGAGGCAACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGTCGCCCCACTCTGTGCTCAATAAACCAGTAAAATTTCCTGGCCAGCAACTCTGAAAATAACTTTTAGCTTTCAGTCATTTCATTTAATTGAAGTACTTCAACATAAGTGCCTGTAAAGAAACTAAAACAAACAACCCTGAGCAGTTTTTACTAGCAATAAAAGCTGTAACAATGCAATATTCAAATTTTTTTGAATGGCTTAATATTCTTGAATAAATACAAAATAGTACGTTTTCAGCACACATCCCAGCATTCTCATTAAACCAAAGAAAGCTCACAATTAGCCAGTTCTTGTATGTTTGTAATACTGCATGTTTTTCCTGAGGGCCTTGATCTGCAACTCCAGTCATGGTTTTCAGGTGTTTCATTAATTAATCAGACTTAGTCTGGAGGTTATAAATTTCAGAATAATAGACTTTATTGGATATTCCAATAATGCAGAGCAGTCTCTCCCAGGACAAAACTGATGTCCCTCTAATTTACCATACCCTTTATCCTTGCTTCCTTTAACCTTTGTGTTTTCACAGCATGGTTCAACAGAGCTCCCTCAGCTCCTACTGCTCTATGACCCCAATTTAAAGCCCCCTCTTCTTTTTGTCTTTTATAATGTACAGATCTAATGTAATCATCACCATTTTATCACATATAGTTGAAATTTGGCAGTTATAATTAGTGTTTATGTTTTTAAACATCTAAACTGGTGTCTTCTCTTCCATATAGTGTGTGTGTTTTTTTATTTACATGACAGTTTCAACATATGTTGTATACGTTTCATGTTTTTCTCTAACTATTTACACTGATGGTTCTGCATTGTATCCCCAAGTCCTCTCTCATGCTTTGTTATGACCCCTTTGCCCCTACACATCACCTGTTTTCAAAGACATATAATGGCAGATTCATGGCCCTACACTCACCTAATTAAACGTGTCTTTACAAAGCTTTAGAAAATACAAACTTTTTCATACCAAAACATATGATAAGTGTGTGAAAATAGCAAACTATAAACTATAAACTATAAACAGATTCAATACCACACACTTTTTTTTCATCCAGGAACTTGCTAACGCTCATTCTCTAAAGTCACATAAAAGGCCAGAGTCTGTTGCATGTGCGATATGTGGCATTTGTTACTCTGTCTACGCGTCTCCTTATCCTGCTGTAATGGAGCTGTGGGGAGCAATTCTCCGTCCATTGATTGTTGAGTCTTTTGTTTCACAGGGATGTGCACTGATAGTTCACACAGCCTCAGTGCAGCCAGGGCTGTAACCATGAGCAGATTTGTTGTCAGAAAAACAAGCATATTTTAAGCACAAATGCAGACCACTCTCGTAAAAGATGAGTAAGTTCAGGCTCATAAGTGCCTTATTGGACTTGGGCAAAGAAACTTCAATCCTGGAAATGTGCATCTCTGTAATTTGACTTTTACAATTTAAATACAATGTATAACTATATTTAAATTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTCTCCCGTTATTTTTTACCCCAATTTCTGTTTATCGTCTTGCATGTATGTGTCGTCAAACTGATAAAAAAAGTTTTCTCAATTAGTTAGTGTTTTTGTATTTGCATGGGTTTTCTTAACTAAGCATATCTGAGCTCTCTTGGTCATCGTACAAATATGCAAGATAATAAACAACTAGCTAAGAATTGTGACCCAGTTTAAAAAACCCCGTATAAACATGATTTTCAGAATGTATATGGAAAAAGAACAGATTTGATTGGTGTTCTTGCAGTTTATTTAGTCGTACCTTTGTGAAGAGTGTATTATGATGACAGGATAACAGAATAAGCTATTTTGATAATTATTGTTTTGTATTTTTTAATATGTATTTTGGTGGGGGTTTAATTTCAATTGATTGGACAGTAGTGAGTATAGACATGAAAGTGATCAGAGGGAGGGAAAGGATCAGCATAGGACCTCAAGTCGCCCCGAACACCAGTTTGTGTTGACAGGCTAAGCATTATTGGTGCTGACATGGATTATTAATTATTGTCATGGATTGTTACTTATAAGCATATGTTACTTCGTATTCTTATTCGTAAATATGTCATTTAAAATAGTTTTGAATTGTGTTTTTTGTTAACTTTTGTAAAAGTTTAAAGTAAAAAAAAAGTTTATAGTTGTTTGACATGTTCAAGATAAAGTTTATAGTTTGTGGTTATTTTATTCTAAGCCTAAAATCTAAGCATTATGTCAAAAAAGTTTGTAGTTATTGTTTTAAATGTTCAAAAAAGCTTACAAGAAAAAGAAGACCTCAGGGGTTAGCCTTCAAAAAGATTATATCTCAGTTATTATATTTCACAGATGTTATGTTGGTCCATAATGCTTATTGCTAAACTGTGCTGAATTGTATTCCGAATTGATTTTTTGATCTGAATTAAAGTCTTTTTTTAAAGTGTTATAAGCCATGAACTAAAGCATTAAGATGAATCATATCATTACAAACTTTAATCTGAAGACAAAAGTATGTGGACTACAAGACAAGGGTACAAGTTTTAATAGTTGAAATAATGGCATATTTAAGGCACGTTGTTGGCATTGCTATTTTAAGGCAACTGTAATGGACCTTTGTAATATAAAGTGAGCGTAAGTGATAGATGGAATCAAGGTTTAGACTTTTCTAGTCATAATTTTGACTGTTAAAGCCATAATTGAATTGTGTTGTTATATTTTGTAAAAGTCTAAAGTAAAAAAAAAAGAGATTTTTA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Seq C2 exon
GTAAGGGCGATGTGTTTGGTGACGTGTTCTGGAAGGAGTCGTCTCTGGCTCATGCCTGTGCAAACGTGAGGGCCCTGACATACTGCGACCTGCACGTCATCAGGAGAGACGCATTACTCAAAGTGCTGGAGTTTTACACGGCCTTCGCTAACTCCTTTTCCAGAAACCTCATCCTCACCTGCAACCTCCGCAAGCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000043220:ENSDART00000103532:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.1)
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=71.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]