HsaINT0084356 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000140015 | KCNH5
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:6254]
Coordinates
chr14:63246446-63269299:-
Coord C1 exon
chr14:63269047-63269299
Coord A exon
chr14:63246643-63269046
Coord C2 exon
chr14:63246446-63246642
Length
22404 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACTG
5' ss Score
5.9
3' ss Seq
TATCTTATACTGTTTTCTAGGGA
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTCTCCATCTGTCCCAAGGACATGAGAGCTGATATCTGTGTTCATCTAAACCGGAAGGTTTTTAATGAACATCCTGCTTTTCGATTGGCCAGCGATGGGTGTCTGCGCGCCTTGGCGGTAGAGTTCCAAACCATTCACTGTGCTCCCGGGGACCTCATTTACCATGCTGGAGAAAGTGTGGATGCCCTCTGCTTTGTGGTGTCAGGATCCTTGGAAGTCATCCAGGATGATGAGGTGGTGGCTATTTTAG
Seq A exon
GTACTGTGAACTTTCCTAATGTAGTAGCAAATGCGTAGTAACAGTTTTAGATATTTTGCTTTTCGCATTTTTAAAGAGAAATTTCCTTTGTTTGGTAACTTTGGAAATTGGGTCACTAATGAGACGTGAATCTTAATGAAAACTAATAATGCTATTTCAGCAGAGAACATTAGTATCAGTCACAACCTAATGGGCTGAGTTTGATTAAACTTTCTTTGGCAACAGTAGGACAGTACCTTTTAGACTAAAGGTGGTCGCAGCCTAACGTGCCTTGTAGCTCCATGTTAGTAAGTGTGAAAATGGCTTGTGGAATGATTGACGTGGTAGTGATGAAGGGTGTTAGTCTCAGAAGGGCAACAGAACCTGTCTAGTTCAACCCTTTTCTTTAGAGAGGAGCCAAGTGAGGTCCAGAGAAGCTTAGTGACTTTCCCAATTAGTAAATGAATGGAGGCTTGAAAATAGATCATTTTACCCCAGAACTTTCTCCCTCATCACGGTCAACCTAAGTAGTGAGCTGAAAGTGTGGAGGAGGTTAATGAGTCTGACTCTTTATAGCAGAGTGATCGCAGTATAAGTAAATTAAATTTAGGTTTATAAAGCTGGTTCTGTCCTCTATATTAATAGGCCATAAAAATTATTTGGCTAATAATAAATTCATTTTAAAATTTAGAGCATTTTAGAATTTAGAATTCAGTAGATAGTTGTACTAACCACAACCACAACAATAAAAGGGCAGTAACAGTATATATAAGTGATAAAATAAAAAATGTTGCATGTTTGGGGACAGTGTAGGATATACGCTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGCCAAATGACCTTTTAGATCATTTTCTGCTCAAATATCTGCAGCAGTTTCCTGAAATCCACAGATATAAAAGGAAGTAATAATGAGGTCAGAGGAGAATCATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTACCAGGTAAAATAAGTTAGAATTGCAGGATGTCGACTTCATTTTGATCACATTGTTCATGGCTTGTGTCTCATGAAAAATGAGCTCAATTTTTAAACTATTGGATTTTCAGCTACTGAGGTCAACCTACCATAGCTTGAATGCCACTTATTCTCAAAAGTAAAAGATTAACTGATAGATTTTAAAAACTACAAAAGCAAAATCCACCACAATATAATGAAAAATTGACTTCAAAAAGCACCATTACTTGAAAAATATAGAATTGAGAATGGAAAAGAAATGACCCTTCATAGGGAAACAGGTTCTGTAAAAATTGTGAGTTCTAGAAAATGGTTCAGGGTTGCAAATGACTGAATACCAAGGTTTGTAAGCCTTTCCTTAACTGCATATAAATAATATTAGAATTACAGTTAGATTTCTTCTAGGAACTGTTTTTTTTTTTCAAGAAGAAAATACGACATTTTAGAGTCAACATTCTGGGTATGTTTAATGCTCGTTAGTGCTTGTTCTGCTTTGTTTACTGGAGTATAAAGGAGATAAATATAACCCTTCATAAAAAGTTGTACATTTCACCAGAGCAATCCTTTGTGGTAAAATGAAGCATATTTACACTCTGTAAACCATTCTTGTTTGCTTAAAGAAGAGGATACATACACACTAAGCAAACTATTCTTGTTTGCTTAAAGAAGAGGATAAAATACAAGGCCAAAACAAATGTATTTTATTTTCCTGAATGTCCACATCAAACGTGGGTAGGAAAAAAATATCAAATGTATTACATGAAAATGTAATATCATGATAACCCTCATGATAAATTACCTCAGCTGTAGACTCATTATTATTTGCTTTGTCCCGTTTTCTTCATTACAACTTCATTTGGGTAACTCCTTTTCTAAAAGAAGGTTGGAGAAAGTCCTGGGTACAGTGCCTCTAGCCTGGGTCTGCTCAAATGAGACAATTTGCTCAGTGAGACAGACAAAATGCATTTTCCTTTCATTTTAAAATAAAATGGTAACTTGTTTTGCCCAATGACACAGTAAAAATGAACACAGGACCCCTGGGTATTGCACCCATCTCATCATATATCTGTCACATTTTATTATTTTGAGTTTGTGCTTTTTGTTTTCTCTCCTCAAAAGTCTTGGGATTCAGAGACTTTTCACATCTTGTGCTTAATGAGTCAAATTATACGGACAACTCTCTGGTGACCTTTCTTTTTTTTCTATAGGCTCTGAAAAAGACTAGTTCATTCAAAAGCCCATCAGATCAGGATTTTTTGTTTGTTTGTTTAACATACAAAATGCTTTAATGATGTTTTAAGAAAGGAGGAGGAAAATAGTAACTTACCAGCACCTGTTTTCCTGATTCTCCTCTTCTTCCTCTTCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTTTTCTTTCTCCTCCTCTTCTTCTTCTCATTTTTGATAGTTTAATTTTGAAATAATTGCATGCTTAATGAAAAGTTACAAAAATTATCAGGGTGTGAAGGGATTATATATATATTAAATATTAAATATATATAATATATTATTTAATATTTAATTATATATTAAATATTAAATATATAATATATTAAATATATAAAATATTAAATATATAATCCCTTCACACCCTGATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAGGTATATACATAGAAAAGATATATATGTATATTTTTAAGTTCTGCTTTATTAAGTTGACTCAGTCTTTATAACTTTATGTATTTTTTTCTTTTTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGATCTCAGCTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGACTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCACGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGCAGAGACAGGGTTTCTCCATGTTGAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTCAGCCACCGCGCCCAACTTTATGTATTTTTTAAATCCTTTTGATTTGCCCTGGTACTGAGAGTGGTGGGTTAACATATCTTATCATTCATGCGTTTTATCTATGTCTCCTTGCATCTCTTGTGGTTTATGCTCTATAACATTTACTGCTGTGTTATTTGGTGTACAGATTATTTATGATTGTTATGTCTTAGTTGTCAACTGTGGCCTTTGGCATTTAAATATGCCAAAAGCCATCATGTTTAATGCTCTTTGCTTTTAATCTTGCAAGGGTCAGAGAGGAACAAAATCCCTACATCCCTCACATCTGAGGACACCTCACAAAAATGGGAACTTGCCTAAATTAGTCTGATAGGAGAAACAAGAAGGCCTTGCTATCTCTTACACTGATACATTTGCCAGTTAAAAGGTAGAGAAGGGAGGTTATTTTAAAATTAATTAGAATCTCTGAATCCAAAAACAGGTGCAGTTTCATGTTTTTGGATTCTTGCCACTAAACAGTCTCTCGATAGGCACGTAATTCTTTAGTGTGTCAAAAGTGCTAAGGAGTTTAATGAATAAGTTCTGAAGCATAACTAATTAATGGAAAGATAAAAAATTTAGTCAACAAATAACCTCCTTTAACACTGGAGGATGGCTTCAAGATGTTTTTCTAAATAGGGCATATGAAATATAATTGCAGTTCATGTCTTTTTTCAATTTGAAGTTCTTTCAAAGTTCTTTCAGTTCCTACACCTCCACCTTTTTCTGACCTTCCCACTTTTTATAAAACACAAAGAATTCCAAATTAAGTTCGTGATGCATACATAATATTTTATATTCTTTAATGTCTTATTCCTTTTTAGTTCCTATCCTATAATTACTTAATGTGAACAGATTTGTTGGTATGGCTGAAATAGCCAGGTTACTTCTCAATGTCTTGACAAGTATATTGTGCCTTTCTGAGGTTATAAAAATGACATTTCCCTGCTAACAATAGACCGTGCTCCTAAGACATTTGTTTTGTTGTATTTTCATTTTGTCTTTGTGTTCATTGATTATTAGAATCATAGGGTTAGAATTATTAAACTAAGACAATCTCTATCTAAGTCTTTTAGTTGTAACTTCAAATTCTCAAGAGAGCTATGTTTGTTTATGTATGGTTTGGATGGAGGGGTTGAAAATTGTTATGGAATTGGGAAAAAGCATAAACGAGGCCAGGAATAACATAATTAAATCAACTTAATACGAAAGAGAGTCTTTAGCACTCGAATTAAGATTCTATTTTAAGTAGAATCAGTTATTTAAAATCCATTGTAGGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCTAATCACTTGAGGTCAGGACTTGGAGACCAGTCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTACCTGGGTTTGCTGGCATATATCTGTATTTGGGAGGTATTTGGGAGGCTGAGGCATGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCTGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAATTATAAACGTGTGCATTATCAAAGAAAATTTATAACTTATACTGCTCAAAATTAAAAATCTCCTTATTTTTATTACAAAAAGAAAAAATGAGATGTGAATGAATAATATTTTGTTATTTTGAGAATCTGTGAGAATGTGATTTTTATGCTGTAGTTATATTTCTTCCTGTGCACTTGCTGTTAGAAGTCAAATGCTTCACAGTTTAAATCCTTAAAAGGGTTTTTCCCAAGTTCCAGAAAATCATTTTCTTTTGCACCCATACTTCTGTGTTGTAGATGCGGAACTGTGAAACATGTAGATTTGTTCTATAGATCATGATGATGAAATTACTTAATTCAGATATTTTTATAAAGGGCAAATCAGTTGTTTGCTTTTAAAAACATGCATACT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140015-KCNH5:NM_139318:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)