GgaINT0054022 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011858 | KCNH5
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1BXK7]
Coordinates
chr5:53516735-53527019:+
Coord C1 exon
chr5:53516735-53516987
Coord A exon
chr5:53516988-53526822
Coord C2 exon
chr5:53526823-53527019
Length
9835 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACTG
5' ss Score
5.9
3' ss Seq
TTTGTCCTGCTGTTTTTCAGGTA
3' ss Score
11.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTCTCGATTTGCCCAAAGGACATGAGAGCAGATATTTGTGTGCACCTAAACCGAAAAGTTTTTAATGAGCACCCTGCCTTCCGGCTGGCCAGCGATGGCTGCCTGCGAGCCCTGGCCGTGGAGTTTCAGACGATCCATTGCGCCCCGGGGGACCTCATCTATCACGCTGGGGAGAGTGTTGATGCTCTTTGCTTTGTGGTCTCAGGATCCCTAGAAGTCATCCAGGACGACGAGGTGGTGGCTATTTTAG
Seq A exon
GTACTGTGATCTCTACTGACATGGTGGTGCTTGGTATACATTTGACTTCCATGTAGGTTTGAATATTTGCTACTATTGCCTTACACCAGCTGAGACTACAGGAGGTTAGTGGTTGTCATAAGATAAGGATGTTAGTTCTCAAGAGATATCGCTCTAGGAGCAAACCCTTCATCTTTTATTCCATTGAGAATGCTTGTTCTGCCTAGTATGGTTCGCTGGTCACAGTTAACAGCATCCCTAAGCAGAAGAGAATGGCATCTTTTAAACAGTCTGCTGGAGGAAATGCATATTGTTTTATATCTGTCTCTCAAGAGGATTCCACATTAACCTTTGCACTGGGCTTTCCATTTGTCAGTATTCTAGCCAAGAATAATGCCTTCAAACAGTATCTTCGAGGAAGCAAAATTGTTTTTAGTGAAGTGGTTCTACAAAAAAGAAACAGTTCGGTCTGTCTGTGTGAAGAGATAGGGATGCACCATATATTCCAATTTGATTAATGTGAATTCTGAGTACTGGGGGAGTGTCTCGCTCCAATTTATAGGAGGGGGAGGAGGTTCTTTGAAATATGTATGCCCGGCGTGAGATTAAGAAACAGCGGTTCAAATGTTGGTCCGACCAGTTTATTACAAATGTTAATAAGGGAGATGGGGAAAGGGGAGGACGGACGCTATTAAGGATTGGGGTGATGGGGAAGGGAAGGCGAGCGATAGAAATGATAGAAAGAGGCAAGAATTGCGTAAAGCGGGGATAGTCACCACCAGGATCCGGCAGCAGTCCCGTTGCACGACGTTCCGACGGTCCGAGGCCGAAGGGCAGGAGCAGCGAGGCCGGTCTTGGGCAACGAGAGGGTGCAGGTCGGGGAGGAAGCAGCAGGTCTCAGGTAGCAGGCCCAGGGAAGTCCGTCAGCAAACGGTCCGTAGAGGAGGATCGGAAGGCAGGAAGCTCGTGTCGTGGTGAGAGATCAGTCTCCACGTAGAGATCCGTCTACACGTTGCGGTGAGAGATCAGTTGGCAGAGAGAACCCCTCAAGTCTGTCGTGGTGAGAGATAAGCCTCTCCCGTTGCCGTGGTTGTGGTGAAGGATCAGCTTCCACCGTTGTGGTTATTGGACCCTCTTTTATCCTCCATTTTCTGCTGCCTACGTGACATTCCTGGGGGCTTGAGCAAGAGTCCGGTGCATACCTCCTGAGATGGCCATTTTCCTTGAGATAAGTCCACACAAAAAGACCGTTTCCCGGCCATTAGCGGCAGCTTATCTCTCTCTCGATGCCCCTGGCCTTGTCCATCTGTGCTCCTTAAAGGATTTCACAACCCTTAGCCAGGACCTGTCCATCAGTGTCCTCAAGACAAAAGATTCCTCTGCCTTTGCCCAGGACTTGCCTGGACTTGTTCCTCAGCAAACTTTGAGTCAATGATATAAAAGAATAGTCTCTTACAGGGAGCTCCATGTTAACCCCCCCCACCATTCCTCTGGAGTGTTTAGTTTGCCAGCAGTAGGTGGAAAAATCCAAATGCTGGCCCTCCACTAACTTGTATGGGATTGGGAATTTTTTAGCAAAATGTGGAATTGAGTGGCCAGCACCAGTGCTGAGACAGGACTTGTCCTAAGAGGCATAACAGTATAGATGAAGAATGGATGGCTCTCCTGGGAAAGGGTCCATCTTGCCTGTTCATAATAGGTCTGTTTATTTTAAGACTCATCTCTGTTCAGTGTTAACTCTTTGGCTTCTCTTAAACTGGGGATGTGGCTCTCTGAAGGCAAACACGAGTGCTGGTCCTGAGCTAGGGGACTGCTCATGTCACTGAACTTCTGCTGCTTCTTTCATGTAAGGGCAGACCCAGAGTGCACCGTGGATCTCTTTTGTGCCTCATGGGGATGACTGCTGGGAAATGAGGGTCATAATGGCATTGGAGAGTTGCACCAGCATGTGGAAAGATGGTAGATATGGAGGTCAGCACTGGTTGTGTATGGAGCATATGTGCTCAGGGTATGCACATCAAATGCTCTTTTCAACTACTCGCTGCAGCTTTTTGTACTCTAGGATATACTGAGGTTTTTTAACAAGAGAGATTTAATGTAAGAATGAATCTGTTTCCATATTCAGATGTGAAGTCATGGTGAAAGCTCCTAAGTCTGTAATTGCCTTAGCAAAATATTCCTTGCACTTCAGCTTGCTGGGCCATCTCACTTTTATTATTAATTTCAGTGATGAAAGAATCTCTTATGTTTGCTTACAGCTATTTAAAAAAAGAAAAGCTTTAAGAGTAAGTGGCAGTATTTAACAAAACAAAGTGGTTTTCAGGGTACTACAGTGAAACAAACAATAAATATATAATTTACTGAACTATAAGCCATCGCTAAGTGGATTACATGCAAAACTTTATTGCACTTACTAATGAATATTGTGTTTGGTATAGCAGTGAGAACATTTTGTTTCCTACTTGTATGTACTGTAAATCCAGTACCTATTTTATTCTCCATTTGGCTAGGGAGCCCTTTAACCATATCAAGTTAAAGTGAATTACCTCTAATTGCCAAAAATGACTTTGATTCTGTCGTGGCTGCTGACAGGCGATCTGTGGGCTCACAGCTGTGTTCATTGTGTACCGTGGGGATGGGTGGAACGCGTAAATCTGACTTAGAGTGAGATAAACTGCTTATTTTAATCATAGGCATGAGAAGTTTTCTTTTGCTCTGACAGATTATTTAACAGAACAGCATACTGGTCCTTATATTCTACTGTAGGAGCAGGAGAATAGCAGGACACTTAGCTCCTTTGTAAAGCAATCCATTTCCTAAGCTTGATAAGGAGCTGGTTACTATTTTAATAGTGTTTTTCATCCAGGTGTTGTAGTGTGATTTGCATTGCAGAGAGAAGGGGTGGTTTCTTTTTGCCATGCTTGCCTGTAGAGGGAAATTTTGATGTCTTCTTAGGAAAATCAGTCAGGAAGGTGCATCAAAATGGATTACGAGCATGCATCTTCTGTCCCTCACATTCATTCGTGCTTCTCTCCAAAGGTCAGGGCTTTGTCCTCCCTTGGATCCCAGCATAAATTGCTTCTCAACACTGCTGCTTTTTCCTTCTTCCTCTTCCTTGGCTGCAGCTCCCTCTGTTGCAGCCATAGAAGCTGGTGCAGACAGCTTCCCTCCTTACTAAAATGGTGTCCTCAGGAGCTTGGGCGTCCCACCCAAGTGCTATTCATGGGCTTTAAAAGATAGAGAAAATGTGTAGTAGCAGTTTTGCTGGCTCCAGGGCCCCAGCCTTGGCACGTCTTATGCTTGAAAACTGGTGAAACCCAGTGACTGACATCATTATATTTTCATTCACCCCTGATTCCAGTTCGTTCTCATTTGTGTGTAATTAAATGCCCAGCTACTGCAGTAATCACCATTACAGAAATTGGTAAACTAAGAAAATGAACCCAACTGAGCCTAGGGATCTGTGGTTTATAGGAGTCACTAATGAAGATACCCAGGCACCCAATTAGGTGTCTCCTCATTAAGTGTTTCCCTCATTAGGTGTCTTTATTCTTGGGGACAGCCTCCTGCCTTTCACAAGCTCTGACCACTGCTCTGGCAGAGTGAGCACTGTGCTCACAGCTGGAGTTAAGGGGAGCTGCTTTGCTGGGGAAACCAGATCCAGTCATTTTAACATACCTCATATGCAGTTGCCAGGATAATGGAGAAGGGCAAACAGTCGTGTCTCTAATTAAGCAAACTTTCCTCATGGGAGAGGTGACCCTGAGAAGGCACATCTGTAATTGTCCACCACCTCAAGCAGAAGTAAACAACCAATCTGCCACTGCTCTGCATGGGGAGATGTTCCCAGCAGAAATGTCTCAGGAAAGACGAGGGATGTGAAGTCCTCTAATAGAACGAGGCATCTGCTGGCAGAGGGCAATGAGCAGCTCAACCTGCTGCAATTAACCTGAATTTACTCCTGGCAAGGAGTTTTGTGTAAGGGGCAATGCAAGCCCAGTGCCTGCAAACCGCTTTGCAGCTCCCACTGTTAGCACACCTGAGCGTGTGAATTGTGTAGTAACTTAAACCAGGCAGATGGATCAGCAAGGCTTAGAGGAGTCCTTTGGCCAACAAAAAAACAATGACTCACCATGTTCGAGTGTTGATTGTAGGAACTGATCAAAACTATTGCTCAAACTGTGTAGTGATAGAAATGCATTGAGCAGTGAATTCCTGGCTGGGGGCTGCTGCTGAACACATTCCATTTTGATAGCCAAGCCAGGATGAATATAAATTTAATGGCTTGTGTTTCAGCCACACTCAGGATCCTGATCCCCTATGTATTCAATTGAGTTGTTCTTTATCTTCATGTGTTGCATGTTAATTTGCAGCATATTCTGCATACAGTCCCAGTGCAACACTGTTGTTTACTGGATTTATTCTTCTTAGACAACCCAGGCTCCATCGCTCTATTCCACACACATTAGTAATTCAGAACTTGGGATCCATGCATCAACACTTTAAATTCCCATGGTGTTTCTCAGCTGGGTGTGTGCTTCATGCAGGACAAGGCTGATCACGTGTGACAGAGTGCATGGTGTGAAAAACTGTCAGTGCAACCCCATCTCATGGCATTAGTACCTAATCCTGTGATTTTAATTTACATAGTTGCAGCTTGAGTCACCTCTCATTTGGAAGGAAGGTAGAACATTTGTCCTTACCTAAAATCAGCTCAATATTATGTAATGATTTTTTGTTTTTTTAAGTGAAGCAAAATAAGTCAAGATGGTTTTGAGAGTTTCCCCAGCTTCATAATGTGCACCTGGTAGCAATCTGCTGTTCTGTAGATCGCTACCAGGTGCACCTTATTACCTGTGCCCTATTGCATCTGTAGGATAACTCCATTTTGTTGCAGTGAGCTAACGCTCTAAATTAACTAATGGGCAAATGATTCAGAAAGGAAAGCTTTTCGGCCAGCAGGACTGCAATAATTAAGGTGATATAGGCTGTTTTTCAAGTGCTGAATCTGAAAATATTTT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Seq C2 exon
GTAAAGGTGATGTGTTCGGTGATATCTTCTGGAAGGAAACCAGTCTAGCCCATGCATGTGCCAATGTACGGGCTCTGACTTACTGCGATTTACATATTATTAAACGAGAAGCCTTGCTTAAAGTGTTGGACTTTTACACTGCTTTTGCAAACTCCTTCTCAAGGAACCTCACGCTCACCTGTAATTTGAGGAAACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011858:ENSGALT00000019345:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.021 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF078836=Cupin_2=PU(65.1=48.2),PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.1)
A:
NA
C2:
PF078836=Cupin_2=PD(33.3=31.8),PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=71.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]