RnoINT0077775 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009542 | Kcnh5
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 5 [Source:RGD Symbol;Acc:621417]
Coordinates
chr6:97926551-97938348:-
Coord C1 exon
chr6:97938096-97938348
Coord A exon
chr6:97926748-97938095
Coord C2 exon
chr6:97926551-97926747
Length
11348 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTACTG
5' ss Score
5.9
3' ss Seq
ACTGTTGTCCTGCTTTCCAGGGA
3' ss Score
10.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTCTCCATCTGCCCCAAGGACATGAGAGCTGACATCTGTGTTCATCTGAACCGGAAGGTTTTTAATGAACATCCTGCATTCCGATTGGCCAGCGATGGATGTCTGCGTGCCTTGGCAGTGGAGTTCCAAACCATTCACTGTGCTCCTGGGGACCTGATTTACCATGCTGGAGAGAGTGTGGACGCCCTCTGCTTTGTGGTGTCAGGGTCCTTGGAGGTTATCCAGGATGAGGAGGTGGTGGCTATCTTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGAAAGGTGATGTGTTTGGAGACATCTTCTGGAAGGAAACCACCCTTGCTCATGCATGTGCCAATGTCCGGGCCCTGACTTACTGTGACCTGCACATCATCAAGAGAGAAGCCTTGCTCAAAGTCCTTGACTTCTATACAGCATTTGCAAACTCATTCTCCAGGAACCTCACTCTCACTTGCAATCTAAGGAAGCGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009542:ENSRNOT00000013275:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002724=cNMP_binding=PU(45.5=47.1)
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=71.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]