DreINT0086993 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078475 | klhl23
Description
kelch-like family member 23 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-458]
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Coord C1 exon
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Seq C2 exon
AGTACGGCCTTTGCTCGGTGTCCTTATACAATAAGCTTTATCTGGTTGGCGGTCAGACGACTATCACAGACTGCTACGACCCCGAGCGAGATGAATGGAGACAGATGTGTGCCATGAAGGAGAGAAGGATGGAGTGCGGATCGGCTGTCATAAACGGGTGCATCTATGTAGCAGGAGGATATTCATACTCTAAGGGAACGTACCTGCAGAGTATAGAGAGGTACGACCCGGAGATAGACTGCTGGGAGATAGTGGGAAACCTCCCGTCCGCTGCACGCTCACACGGATGCGTTTGTGTGTTCGGTGTGTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078475:ENSDART00000114463:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764610=Kelch_2=WD(100=90.4)
A:
NA
C2:
PF0134420=Kelch_1=WD(100=37.5),PF0134420=Kelch_1=WD(100=46.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]