HsaINT0088699 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000213160 | KLHL23
Description
kelch like family member 23 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27506]
Coordinates
chr2:169741385-169751888:+
Coord C1 exon
chr2:169741385-169741537
Coord A exon
chr2:169741538-169749421
Coord C2 exon
chr2:169749422-169751888
Length
7884 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TCTTTTTTTCTTTTTAAAAGAAT
3' ss Score
7.38
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AATATGGATTGTGCTCAGTTCCGTTTGAAAATAAGCTCTATCTAGTCGGCGGACAAACTACAATCACAGAATGCTATGACCCTGAACAAAATGAATGGAGAGAGATAGCTCCCATGATGGAAAGGAGGATGGAGTGCGGTGCCGTCATCATGAATGGATGTATTTATGTCACTGGAGGATACTCCTACTCAAAGGGAACGTATCTTCAGAGCATTGAGAAATATGATCCAGATCTTAATAAGTGGGAAATAGTGGGTAATCTTCCCAGTGCCATGCGGTCTCATGGGTGTGTTTGTGTGTATAATGTCTAATTGAATCTGCAGAAATGACCAAGCAATCACTTTTTTGGAGTATAGTTTTATAAAAAAAGAATGCAGGGTTTGAAGTTCCTTACCTGATAATTGTGTCTGGCACATGATAGGGGATCAGTAAATTGTAATTCCTAACCCTACTGTACTCCCAAACATGGTGATTCATGGTCAAGAAAAATCTTATATATATATATATATACACACACACATATATGTGTTCATATATATGTATACATATATATGTGTATATATACGTATGTATACATATATGTGTATATATACGTATGTATGTATACATATGTGTATATATAGTATGTATGTATACATGTATGTGTATATATACGTATGTATGTATACATATATGTGTATACATATATATGTGTGTATATATATACACATATATACGTATATATGTGTATATATATACACAGTTGAATCAGTGGGATTAATACCTATAATCTCTGGTTTTCAAAGGTAATATAGAATATTTGACACTTGGTAAAAGGTGAACTACCTTTGTAGTGAATCTTTTCCTCTTGGTAGCATCAACACTGGGGATAAATCAGAACCATTCTGTGGAATGAAATGTTTCTCAAGAGCCTATAATATAGTAGATAGTGCATATTAAGATGTCTGGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGAGGATCACTTGAGCCTAGAAGTTGGAGACTAACCTGGCGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAATCAATTTAGCTAGCAGGAATTTGACATTTAAAGAGGGAATCTTCTCTACCTCTACAAAATCAACCCTTAACACTTTTTTCACCTTCAGAATTATTTAGAATGTGGATTTACTTTGTCTAGTTTTTTCCTTTATAGTGTAATTTATTGTTACTCTCTATTTACTGACTACCAGAGATATACAAAATACTGTGCAAAAGATTGTTACTGTTCAAAGAGCTTACAAACTAAATTTAAAAGAATAGCAAGTCTGAAAAATAGAAGATAGTCAAATATTTGTTTATGCTAAGAACTGTTTTTAATTTTCAGCTTTGATGTAAATTGCTAGCTTAGTTGTCTTTAGTTCAAGCATGTTAGGAAATCCTCTTTATTCTTAAATATAGATACATGTCTGCATATATGATTGAATTTTAGAGCCAGAAAGCATGTAGAGCAGTTGTGATTAGTAGAAAATACACTGACAAGAAGATATTTGCATTTATTTCCCAAAGCTGCCAGTAACTAGATTTTGTGACTTAAGTCATTTAACCTCTCCTTGATTAGAGCTTCCTGAGCCATGCACACTGGCACTGCAAATCACAGACAGGCCTAGATACAGATCCCCTCACCCCTTGCTACATCCAAAGGTGGCCTGGGTGGCTGGAGCCTCTGGGCCAGAACCACCTTTGTCCATTTTCCTCAGTGTGCCTACAGCATCGCTTTCCATGTGTGCCATAACTTGGGAATAGTTGGGATGTGTTGCTTAACTCCTTTACACCATTAGTTATCTGTGAGACCATCTATTCCACACTCTTCATTTTTTAAAAAGAGACAATAATTATTTTTAACTCACTGAAGTTTAAAACTACCTAGCATTTCTGATTAAAAAAAATTTAGAAGGAAAATTTTAATGCATTTATTTCAGATGGCGTTTTAAATAGATACAACCCTTTGGAAACACAATATGGTACTACATAGCAAGGGCTGTAAAAATGACCATATCCTTTGCCCCATAAATTCTACTTCTATACTTTTAACCTTAAAAATAATTCAGAAAAAAGATAAATGCATGAAGACATTTATGTCTGCATTCTTTATAATAACAAAAATTGGGGAAAAAAACTCCATGTCAAGAAAGTGGGATAAGAAAAATAGTGAAGTATTATACTGCCATTAAAATAATTATTTGGAAGACTGTAGAAACGTGGACATGTTTGATATGGTAAGTAAAATGAGCACAATACAAAATAGTATGCATACTATGATTGTGACTTTGTAAAATCTTTATGCATGTGGAAGGTAATCTGCAAAACAAATTCATTGTGTTAGTGTAGCGGGATATGGAATGACTTTATTTATTTAAATCTTTTCTTTAATATTACTTTGTATTTTCAATAAAAATAAATCACTGTACATAGTAAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213160:ENST00000392647:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
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Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development