MmuINT0087884 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000042155 | Klhl23
Description
kelch-like 23 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2683536]
Coordinates
chr2:69666903-69674708:+
Coord C1 exon
chr2:69666903-69667055
Coord A exon
chr2:69667056-69671731
Coord C2 exon
chr2:69671732-69674708
Length
4676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTTCTTTTCCTTACATAAAGAAT
3' ss Score
4.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGGGAAATGCTACTGCCTGTGTCCTACATGAAGTCATCTATGTCATTGGTGGCCACTGTGGCTACAGAGGAAGCTGCACCTATGACAAGGTGCAGAGCTACAATTCAGACATCAACGAATGGAGCCTTATTACTGCGAGCCCACACCCAG
Seq A exon
GTAACAAGAATCCTATTTTAGTATCTAACTGTTGTCATTAGGATAGTTGGGGCAGGGCACAGAGATTAAAGGTGGGCGAGTGTTCCTTCTCTTTTAGAAGCATGCTCACTCTGGAATTCAAGGACTGTTAAACACCCGTTCCTAGATATGCAGAACTCTACATGTGTGTTACCTTAACAGTCATAAAGAAAAGTGTTGTCTATCAAAGAAATACCCTGCTTCTCTGGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTCTGTGTATGAATGTGTGTAGGCTAGAAGATGATGTCAGGTGTATTCCTCAGTTACCTCACCATCTTATTTTTTCAGACAGGTCTCTTTGAACCTGGAACTTACCTATTTGCCTAGTCTGGCTGTCTAGCAAGCTCCTAAGGTCATCATATCCCCACACTTTCATTGCTGGGATTATAGGCATGCATTGTTGAGCCCAGCATCTTTTTTTTAATATTTATTTATTTATTAGATGTAAGTACACTGCAGCTGTCTTCAGACACACCAGTCAGATCTCCTTAAGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGACTTGAACTCAGGACCTTCAGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCTGAGCCCAGCATCTTAAGTGAGTGATGGAGACCTAAGCTCGGGTCCTCAGGCTTATGTGGCAAACACTTTATCAGCTGAGCTGTCTCCTTGGCCCCCTTTAGCTCTCTTTTACTCTTAGCCTATCATACAAGGTTGGGAGTGATAAGAGCATGCACTTAGCATGGGTTAGGCCCTGGGTTCAGCTCCATTGAGAGAGTGAGTAGTCTAGGCTTTTACAGTTATACCATATGTTTGAGTGTTTGCGTTTGGATAAGTTCATATCATGCCACCCTATTACTTTGAGTCGTTTCCTGCAGAGCATCAGGATATTAGTGGGTCACTAGAGAGGGGAATTAAAGTCTGCATGCTTGAGATATGTGTGACTAACAGCAAGAGTTAACATCCTTGAGTGCACCCTATGCAGGTTAGGGCTTGACTAAGCACTTTACATGCAACATCATCCTTAGTTCTCACTGACGTTCTGTGTATAGGTATTGTTACCACTGATTTGCACATTTGAAAATGCAGGGGCCGTAACTTAGAAAAGATGAGTGACCTTTCCAAAACACACAGTTTGAAAATGACGACCCAGGATCCACAGTCTGTCTGTCTTGATTCCATATCTGGGATGTGACCACTAAGCTGCCTGCTTCTGCTTACTGGAGCAGCCTCTCTTGCTCTCAGCCCACGTAGCTGCTTCCACCTTGTGCGTCTGTCTCATCTCTGCTGTGTCTGGTGCTATGTCTCTAGAGGTTGCTAACGCCTTCACGCTGGAGGAGAATCAGCTGCAGGCTGCTCTGGCCCTGAAAACGTAGATGGTGTAGACACTGGTCTTAGTAGTCCAGTCCTGTCGTCTAGTCTAGATAACACTCCTATCACTTTCTGTTGCAATCAACAAAGTTATTGGAAAGTAATAATAGTATTTCATGCTGCACAAGCTAGTGTTTACTTGGTATTAGCTAGGTAGAGTATTCCAATAATTTTACATGTCTTTTTTTTTTAAGAGTTTAGACTGCAGTTTCTTTTTTTTTTTTTTAATTTTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACAATTTTACATGTCTTAACCTGTTTAATTTTGTCTCTTTACAATACTGCAATGAAATACCTGAGGCATCTAACTTGGTTGGAAAAGATTTATAGTCCACAGTGTGGAGATTCTTTTCCAAGACTGGTCTGCTCTCTGAGGAGAGCAGCAAATGATGATGCCAATAGCATGTGTGAAAGCTGTGGTCACCTCAGCAGACACTGAGGAAGAAGAGAGAGGGACCGGCCAGACCTACACAGAACTTTTCAGGGGCCTCCCACAATGCCCCACCTTTTTATGATCCATACTACCTCCTAATATCAATAACCCGTGGACAAAGTCTTTATATATAGTCTGTTGGGGAACACTACCCATATTTAAACCATGACACTATGAATGTATTTACTTGCTGTGTTTGGGTGTGGTGTGCATGCTTGTACATGAGGATATGTTGTACCCACTGTGCACAGGCACACAGAACACTCACATGAAGGCCTGAGATGGATATCATCTCCTTGGATGCTCTTCACCTTATATATTGAACTAGGGTCTCCCGGGAACCCAGAGCTCACTGCCTGGATTAGTCTGGCTTACCCTGAGGTTCCTCTTCTCTCTGCCCCCTGAAGTGGGATTACGCCCACTCTGCAGTACATGGGTTCTAGAAATCTGAACTCTGGACCTCATATGGCAAGCATTTTACCCGCTGAGCCATCTCCCCAGCTACGTTGCTGTATTTAAACGTTATAGTAATCCTGTGAGCTAGGGAGGTGTTGTTAATTGGTTTATCAGGTATTTGAAGTGATGACATTAAATACATCGTTCAAGATCAGCCATCTAACGTTTGTTAGAAGTGAGGTTTAACAGGTAACCTGCCTGGCCCGGGCTCTTCAGTGTTTTCCCATCTGAACCCAGTGTTAAAACCTGGGTTCCATATTACTCTGCTTATTTTGTACTCACATTATCTTTCCAACTAAATCCAATACATGAAAAATCAGATTTATGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGTCTGCTCTTCCAGTGGTCTTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCATACAACCATCTATAATGGGATCCAATGCCCTCTTCTGATGTGTCTGAAGACAGCGACAGTGTACTCATCATATAAATAAAATAAAGAAATACATTAAAAATTTAAAAAAAAATCAGATCTATAGTTTAGAAAAATAGAATGAATAGCACCAACAAACAATTAGAAAACAGTTATTTACATTAATATTTTAATATGTATTATACAAGGGGATCGCTTTAAAATAAGTGTTCTGGGCCTAGAGAGACGGCTCAGAGGTTAAGAGCACTTGCTGCTCTTGCAGAGGACATAGGTTTAGTTCCCAGTACTTACATAGTGGGTCATTAGTCTAGTTCTGGCCTTTGTGGACACCAGGCATGCACAAGATCCACATATGTACACATATGAAGGCATTTACACATAAACATAAAATAAAAAATAATTAAAAAGTAAGTGTCCCACAAAGTCTATAAGTTGTATCTGGTTATTGGCTACTTGAAAAAAAGTCTAAAAGACAATGTTTCTTATAGGCCTAGTGTTAGAAGGCACAAAAATTTGAAAATCTGCCCCCCAAAAAGTATAGTATAAATCAAAAGAAACACACAGTTGTAGTTGTGAAGTTTTTGGGTTTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTACTTACTTTATGTATATAAGTATACCATTGCTCTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTGTGGAAGAGTAGTCGGTGCTCTTAACCGCTGAGCCTCTGAGCAGAGTGCTCAAAGGGAGCACGGACTCACTGCCAATACTCCTGGAGCGGTAATGACAGCCAAGGAGCAGCTGTCCTGTCAGATGAGGTCTGTGTTCTCCACCTCATTGCTTCCAAATCAGGTCACACCCCAGATCAAAGGACTTGTGTACTGCTTTTCTTATCCTGGCTTGCTTTATATCACGGTGCCTTGAGGAGCCAACCGAAGGAGAGCTAAACCAAAAGCACAGTCTAGGGGAGGTAGGCCCCTCTGGAGGAGACCGCCAGCCACGGGGCCCAGCAGCCCAAAGCACATAACTGCTGAGGGACACCTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTGGTTTTGGTTTTGGTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCAGTATAGCTCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCTCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCACCACGCCCGGAGAGGGACACCTTTCAAGATGGCTGAGTATGATAGCTGTAGGCCTTGGTAACATTTGTGTATGTTTTTCTCACCGGTTTCCCTGACCAGCTGGGCAATGTGAGTGATGCTAGCCAGGCCGGCCTCTGAAGCAAAAGTAGTGACTGAGACATCAGGTAGTCTGTCCTTGGTCACAAGGTTGCTGAGATCTTGAGAACTCTACACCGGTTCCCTAGTTTAATGTCCTGTCAATAGACACTACTGCTACCGTCGGGAAAGTTGGTAGTTGTCAAGAATGAAGACAGATTCAGTGACAAGCTCCATGTGGCAGGCAGTTCTCAAAGAGATGCTGGTGTGAGGGGTGGCTTTCTTCTTGCTACTGTGTGTAGGCAGTAATGATGATGATCCCCTGAGGGCTAATGGCCATGCAGCAGGAACAGGTCACCTGAGTCAGATGGCAGGGACTGGATTTTAAGGACAGCAGAGCATGACAGAAACAAAATGTCACCATGTGCCTACTTTTTTGTTCCAAGTAGCAGAGCTATTGTACCCATGGTATGGTAGCCCTTTTGCTATCGGAATTAAGGTTTTGTTCTTTTCTTTTCCTTACATAAAG
Seq C2 exon
AATATGGACTGTGCTCAGTTCCATTTGAAAACAAGCTCTACCTAGTCGGCGGACAGACCACGATCACAGAGTGCTATGACCCGGAACAGAACGAGTGGAGAGAGACGGCGCCTATGATGGAAAGGAGGATGGAGTGTGGGGCTGTCATCATGAATGGATGCATCTACGTAACCGGGGGCTACTCCTACTCAAAGGGGACGTATCTGCAGAGTATCGAGAAATACGATCCAGATCTTAATAAGTGGGAAATAGTGGGCAATCTCCCGAGTGCCATGCGGTCTCATGGATGCGTTTGTGTGTATAATGTCTGAGTCCACAGGACTAACCAGGTCCTCACTAGGAATGTAGTCAAGAGTGCAGAGTCTATGGTGCCTTGGTATTGTGTTTTGGCACATGCTAGGGCACTGGAAATTTTTAATTCTAACCCTGCACCATTCTCAGACCCAGTAATTAATGGGAATAACAAAAGAAAAATGTGATGTGTGTTTAACAGTTCAGTTAGGAGAGTTAACCCCTCCTAGAATCTCTGCTTTTTAAAGGTAGAATGGTGTATTTGACGCTTGGTAAAGGTGAAAAGTCTTTGTAGTGAATCTTTTCTTCCTGGTAGCATCAGCACTGGGTATAGGTCAAAATCATTCATTCTGAGTTATAAAATGTCTGTTAAAAGTCTGATGGGCATGGTACACATGCCTTTAATCCCAGAACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGAATTGAAGGACATCAAGACCAGCCTGGTCTACATAGCAACTTCCAGGCCAGCCAAAGCTACATTGAGAACCTGCCTTTAAAAGTCTATGATGTGCTGTGTATGTTACAGGTCTCTAGCTGGCAGGGATCTGAAATGTAAAGAGGGAACCTTCTCTACCTCTACAAAACAGCACTTTAAAAGTTTCCCTTTAGAATTAGTTAGAACGTGGATTTACTCACAGTCTCTTTCCTTTGTGGTGTATATGATTTATTGCTAATATTCATTATTTACTATCAGAGCTACACTAAACACTGTACAAGTGATTGTAACTGTTCAAAGAGTTTACAACTCAATTTAAAAGAATAGCAACTCTAAAAAGGACTGAGTCAACAGTCAAATATTTGCTGATGCTAAGGGCTGTTTTCATTTTTAGCTTGGGTATAAGTTGCTAGTTTAGGTTCTGGCTTAAGCATGTTGGCAAATCCTCTTTCTAGTTAGATGTCTGCGTAGACAATGGAATGCCAGGGCCAGAAAGCATGTAGAACAGCTGCTAGGCAGTGGAACACACATCAAAGAGAAAAATTTGCTTTTATTTGCCAGCTCTGCCACTAACCAGATTTTGTGACTTCAGTCTCTGAGTACATCTGCTTCTTCATCCATGTACACCGGAGACATGGATTTTTCTGTATCCAGAGCCGCTGGACCCTTTAAGCCAGATGAGGTCTGGGTGGCCTATGAGCCAGATATACCCTTTTCCTCTGTGTGCTTGCAGGGTCAGTCCCCAAATGTGCCATGACCTGAGAAAAGGGGGAAGCGCTGCTCAAGTCACTCATCTAAACGTGAGACTGTCTGCTCCACGCCAGGTTGGTTTTATTGTTTTGTTTTTAAAGAGAGAATACTTAATTTTTACTTTAAATAAAAACTACTTCTGACGGAAAAAAACTTTTAAGAAGACTATTTAATAATCCCTTCGGGTGGCTTTTTAAATAAATACAACCCTTTGGAGTTGCTATACGGTACTTTTTTATAAAGAGTCATAAAAGTGACTGTCCTGGGCTAGTGAGATGACTAGCAGGTGAGATTGCTTACCTCGCAGGCCCAAGAGCTGCATTTAACCCTGAGAGGAGAACATGGACTCCTGGGGGCTGTCCTCTGCCTTTCACATGTGTGCTGTGCTACATGTACACACACACACACACACACACACACACACGATGGAAGGAAATTCGATTTTTAAAGATGACTGTGTCCTTTGCCCTGTGAGCTGTCATTATTTTTAAAGAATGATGAAGGATGTAAATGCATGGGAATGTTTATGTCTGCATTGTAAACAATAGTCACAGTACAGAGAAGATCTTCATGTTAAAGAAAGTGTGCTAATGGAATAGTGAGGTGTGCCGCCATGGCAGTAACTGTTGGGAAGACTGTAGACGTACGATGTGTCTATGCTAAGCAAGCACGGTGCAAGCTAGTACTCACACTGTCACACCTTTACGCATGCGAAAGGTAATGTGCTAAATAACACAAGCTGTTAGTGTAAGGGGATGTGGAATGGTCTTAATGAATTTTTTTCTTTGTATTTTCAATAAAAATAAGTAAGTCACCGTACATGTGGTTAAGATGTCCTACATGTGAGCCAACTGGGTTGAAGCAGTCTAACAGTGAAATAAATTATATTGCACTAAAATCTGTAACTTTAATTGTAGGCTATTTTACTGTCTTCTCGAGAACGTTTGATAGTTAATCTGGGAAGATAATGCACTGCCCAGCAGTGGTTCACAGTTTGCTTTGGGGGTCAGCTGAGAACAACTGCAGCCGCTTTCCCATCCTGCACCAGCTCATCCGCATCCTGTGGATGCCTAACTGCACCCTCACAGGGATGTGTCCCTGTGTGTTTCGGCCACAGAGAAACCCGCTCTGCCAGAGCTAGAGAAGCTGGCATTTGTGAATTCACACTGAGGTCCAGGCCCTCGTCTTGACTTCAGTACTCTCAGTATCCGGTCACTTCATATGTGTGTGGTGTGTACAGTAGTGTCATTGTTTGTACCGAAAAAGCATCCTGGAGTTACTTGGCGAATCTTGAAAACTGTGTGGTGAGGACATTAATTACAGCTTTTTTAAAAAAAATCCTGCTTTTTGCTACTGATTTGCATGCAAAAGAAGGATTGAGAAAGTACACAAATTCCTGTCTGTTGTCACAACTTTTAAATTACTGCAGTATAAATCAAAATATGTATCTGATATTAAGTAATATTTAGGTCCGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000042155-Klhl23:NM_177784:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0134420=Kelch_1=WD(100=84.6)
A:
NA
C2:
PF0134420=Kelch_1=WD(100=37.5),PF0134420=Kelch_1=WD(100=46.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: