DreINT0089806 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063646 | lnpa
Description
limb and neural patterns a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-4960]
Coordinates
chr9:2031569-2034815:+
Coord C1 exon
chr9:2031569-2031609
Coord A exon
chr9:2031610-2034731
Coord C2 exon
chr9:2034732-2034815
Length
3122 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTGAGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
ATATTTTCACTTTATTTCAGCTT
3' ss Score
8.27
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAAAGTTAGAAGAGCTGAAAGCAGAGAAAAAGAAAATA
Seq A exon
GTGAGTAACTTTCTGCTGTTGTGTCTTTTAATTTTAGGCTGCTTTTTGTCTGTTTTGTGTTTGTTCTTCTGTTTGGCCTTTTTACAAATGTCTGTGACGTTTCAGCGTTAAAATACACATCAGATCGTTTATTATATAGCCTGTTAAAAATGTACGTTTTTGGGTGAGAGATTATTGTGTTTTTTTTTGCCTGTGGCTTTAAAGGCAAATAAGCAGGTTATAACATTTAATTTCTGAGAGGTATAAATGGGGTAGGATGTAATGATAAACTCAGTCACAAATACCACGATAAGATGAATAAGCAACACACAAATGCAATTGCAATGATCGCAGTGTGCGCGCACACACATGCGTGCACATATAACAGGTTGTGTTTTGTTGCTCAAATGTGCATACCTGTCAACCCCCTTATTTTTCCCAGGATTCTCCTGCCTTTTGCAATTCTATCCCGCTATCATCCTGTAAATGTATTTTCCCATATCTATGAAGGGTGGCAATAAACAAGAGCCGATCCTCCCTATACGCAACCCATACCGCCGAACCACCAGGGGATGCCCCTTCCTCTTAAATGTGAATCTGTTCTGTACTTTTATTTTATTTAGGCATGAAAACACTTTGAAATAAAAATAAAAATGGCAGGATTCCCTTACTTTCTATTACAGGCGCCATTGCCCCTCTCATGCAATCCTCAAAACAGTCGATCATGTAGCGGTGCGTGACTGTCAGACGCAATCCATATTGATAAATAGATGCTATTTCCAAAACGAATTCTGAATACGTTGTTTGAAGCAAAGCGAAAGTGGATACTCTGGGTCTTAAGTAGTGTGTTTGAACAGACTCATACACATAAAAATAATAATAATTACAATAATTATAATAATAATAATGATGATGATGATGATGATGATGATAATAATAATAATATAATAATAGTAATGATAATTACAATAATGATAATTAAAATAATAATAATAACAAAAATAATAATGATTATGATGATGATAATAATGATAGTAATAATAATGATGATGATGATGATAATAATATAATAATAGTAATGATAATTACAATAATGATAATTATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTACAATAATTATAATAATAATAATAATGATGATGATGATGATGATGATAATAATAATATAATAATAATAATGATAATTACAATAATGATAATAATAATAATGATGATGATGATAATATGATAGTAATAATAATGATGATAATAACAATAATAATAATGATGATGATGATAATAATTATAATAATGATAGTAATAATAATGATAATAACAATAATAATGATAATAATAATGATGATAATAACAATAATAATGATAATAATAATAATGATGATAATAACGATAATAATAATAATAATGACAATAATAATAATAATAATATTAATATTATAATGAGAATAATAATAATTTTTATAATGATGATGATAATAATAATAATAATGATAATAATGATAAAAATAATAATAATGATAATAATGACAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTAATAATGAGAATAATAATGATTTTTATAATGATGATAATAATAATGATAATAATGATAATGATGATAATAATAATAATAATAATAATAATGTCTAAACATGTCCATCTTGGTGGGTTTTCTTTTAAACACAATTTTGTCTTAAATTAACAAAAAAATTATTGAATGCTTTCACTATCTGTGCATTTTTAAAGTGACACCTCTGTTATGTAATGTAGTCAAATGAAAAATCTAAATGAGAGATTCATTCGCTGCTCTTCAATTAGAATATTTAAATTATGCAGTGAAGAATCTGGTGTCCATTATTTGACAGTATGCAAATGGGTAAATATGCTTCTGGTTAGAGATATTTATAGCCAAGTTACTGTTCAAAATAAACCTGATTTAGCGTTCTCAAATCGGGACTCCTGTTGTGTGATTGAAGCGTCCTTGTTTATAGTTGTGTAAACTATACAGCTATACCTGACCAGTTTGATCACAGAGTTGGAACAGATCTTTTAATCTAAGTTTCTTTGCAAATCCTGTCATGTGGACATTTTTATACAAGTTAATACTGACACATTATAATATGCGCCTATCAATCAATAATGGTGGGTGGGGAAAACAATGCTGCTATGTCAAATTGGAGAACATGCAAACTCCATTCAGAAATGCCAACTGACCCAGACGAAGCTCGAACCAGTGACTTTCTTGCTGTGAGGCGATCGTGCTACCCGCTGTGCCACCGTGACACCTCCTCCTGATGTAATGTGAAGGAATTTTTTAAAAAAGATGCTTGTTATCTTTCATATCACTCCAATATGACTCTAGACACACAATGCTGTTAAAATAGCTTCCACAAGTCATATTAAAACTGCTTGAGTGCATGTCCTCTCATATATGCATACATCATAACATTTTAATATGAGCGAGCTAGTAATTTTACCCAGTCAGGGTGCTTCCCTCTACTGTTAGCTTTACACTAATGCCAGGAAAACAACGTCCTGTTTTCCTTCTCATCATATCGAGCTCCTCTGCTGTCAGCGAGAGAAAGAGATCATTTCTGCTCTTAATAAATAATCTGAAATCAATGAAGACAGCGGGTAATTGGCACAGAGACTTTACTTGGTAAAGTGCTTGGCTAACGACTTGTCTTTAAATTAATAGTGTTTAGTGATGGGAGGAAATAAATCTGAGAAATTGCTTGTCATCCACTGTCATGTCTAATAACTTTCAATAATTACAGCTGATGGATTTTCACACTCCCCATTATCGCAGTAGGGCTTGTAATTATTCTATTCATTAAAGTTAAATAATTAGCACTATTTGCTCTTAGCCTGAAATGAAGTTTTAAGATGAAACTGAACCGTAGATGTGAGGAAACGGACCAAATTAGTTTCTGCCTTTAACCACCCCCCCCCCAAAAGGCGCAAGATTAACCCTTTATTGGACAGTTACCATAAATTAAAATGATTTGAAATTCCGGATATTGTTATGATTATTCAGCATTCATTACTGTTTGATGTAATTGTGCTGATGGGATTGTCATATTTTCACTTTATTTCAG
Seq C2 exon
CTTGAACAAGTGATGGAAACGGAGACCTATAAAAATGCCAAGCTGATTCTTGAACGCTTTGACCCAGACTCAAAGAAGAAGCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063646:ENSDART00000093187:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.357 A=NA C2=0.071
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083957=7tm_7=FE(9.3=100),PF074317=DUF1512=FE(18.6=100)
A:
NA
C2:
PF083957=7tm_7=PD(14.3=71.4),PF074317=DUF1512=PD(30.0=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]