HsaINT0087122 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144320 | LNPK
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21610]
Coordinates
chr2:175964506-175970804:-
Coord C1 exon
chr2:175970764-175970804
Coord A exon
chr2:175964590-175970763
Coord C2 exon
chr2:175964506-175964589
Length
6174 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGT
5' ss Score
8.65
3' ss Seq
ATGGAAATTTTTGTTCGTAGCTT
3' ss Score
4.03
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAGCATTGGATGATTTAAAATCCCAGAGGAAAAAAATA
Seq A exon
GTAAGTTAACTTTTATTTAAAATTAATTTATATTAAACTAATAAGAACTGAATAATTAATGTTTATGTGTTGGAAGTTAATAACTCTCCAAGGAAGAAATATGCTTTTAGATAGCATTTTAATGATGAAGTGAAATTGTGAATATTTTTGCTAGTTAATAATGATTGACAGGAAAAAGTAGTTTAGAAGGACTTTTGAGATTCTGAGAATCTGTATCAGTTGGAAGCTGAGAAGTAAGTAAATGAGTCATATTGGAGGCCTAAATGAGGCAGAGAGGGTAAAAATGTGGGTACCAGATTGTTTATTAGAGCTAAATAAAAAAGGACAAAATATCTCCACGTGTCAGTTCTCAGGTTTTCTTGACACCAAGAAAGAGAGGGAATCAAGAAGATCGGTTGTAAGAGAGCAATTCAACATGAAAATACTGAAGAAGAGATGGGAGAGAGAGAGAGATAATTGTTTTCTTCAGAGTTTTCCACTTTCTATCAGTAACTCTGATCACATGGATATCTATTGTGGGGCTAGTTGATGCATCCCTTCAGATGTGTTGGAAAGAGGACCAAGAGTAAGACAGAAGGCGCTCTAGATATTGATACATAGTAGTCTGTAATAAGTGAATTGAAGTTGGTGTTTGACATAGAGCTACTAATTTTTTAATGATTATTTTTGAAGTGTGAAAATGATAACTGCTGATAGTATTATGTTGTATAGAAATGTATTTAATAAAATTTAATCAGGTACAAATGATCAATTCAATATATTTTAGTCTAGTATGTAACAAGTAATAATTAAGAAACCAATATTGTGAAGGTTAAGACTAATGTTAAAAATTATTCTGTGAATTGATGATAATAGATACTGGTTTTAAGGGCTTTAAGTACCTGAAAAGTAAGAGAACTTTAATTTTGAAAGGATTCCTTAGCTTTGTTTGCTCCTTATTGGGTGTCCTGTGAGGTATTTATCAAAACTGCATTGGCAATTTTGGTGGTCCTAAATTGCCAAACACAGAAATATCTTATTATTATGTTTCTGCTATTCTGCACATTATGGAACAGCCAGAAATTCAAAGTGAGGAAATACTGATGGTGTCAGTGATTTAGAAGTTGTGATATGATTGGTTTGACTTGCTGATGAGATAAAAAGAAGAGCTGGTACTGGTGATCAGAGACAAGTCCTGCTTATACCAAAATGGAGAAATATTAGTTAAAGTAGAAAAGATGAAGAGGAAGACAAAGGAAAGCAGAAAAGAAAAAAGTCCTAAGTGATGAGAAGCAGCCCAATGTCACTGGCATCATATGGCCAGAAAACAGGATCTTGAAGAACATATGATTTGGGAAAATCTCTCAATAGAGTAACAGAGCTGACTTGGAAAATTGTGTGAAAGGATAAGTCAAGCTATTTACTACTTTTTAAATAGCCTTTAAAGGAATCGCAACATAAAAGATGTTTCATTTTAAGTCTGACAACAGTTGAAAAAGTTGAGTTCAATAGCTCTGCAAGTTTAAATGGTTCATTAGGCATCAATATTAATAATTCAATATGGCATTTCTCTTGCAGTTTGACTAAAGAAAAATGTTGGCTCTAATTCACTTTATTAATTAAACACAATTTGCATTTACTTGATTATTGTTGGTTATAATACTGTTTGCTACTCGAACTAGTTTGTGATCTTGACTGTTCAAGCCTTTAACAGAGCTGCTTTGTTTGAGTAGTTTTACACTTTGGTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTGAGATGGAATTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCAGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGGTCACTGCGACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGTATTACAGGCATGCACCACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGGCGGGGCTTCACTATGTTGGCCATGCTGGTCACTACTTGATATTTTATTAAAAGTGGTTTCCTTGGGGATGCATCCCTTTAATCTGAATAGATTTGTAATGTAATTTGAAATTTGTAAAATTGTAATTTGTAATGACAGATATGAATTATCAATTGATTAAAAAGTAAATTAGGAAAGAGCATCTTAACAATATTTTAAGAGCTTAATGTAAGTATTATTATTATAAAGTTAGGAAGTAATCTTTAGTTATCTAAAAAATTCCCAAGTCTAGATCTGTGTGCATTTTACCATTCACGTATTTTGTGGCCCTTTAACAAAACTTGAGTTTTTAATAATCACTGAGTAATCTGTGCAAGCAGATAATCCCTCTGCATCCATGAGCATTCCTTCAAAACAGTTCAAAAATCAAGCTCTATCAAAATACATGAGTCAAGATTACCTCTTTAAATGGCTTCATGAAAATTTTGTGCTTTTTCAGAATATTAGTCCTATGTGGTAATTTCCAGCATTCCTTGGGAAATCTGTGTTTTTCTGAATCTTGAGAAAAATCACTTGAGAAATTGGGAACATGAGGAAAAGTGTTATAGTTCCCTGAGAATTAAAGCTTAACAATCAACTACAGATGTTACTAGTTCAAAGGAATTCACTAATGTCAGCTGAAGGCAAGAGCAAGAAATTCTGACATGCTGAGTTACAGGTTAATGTTGACGTTTCTGGGAACAGTACAGAATCATAGAGAAGTGGTACAATCTAATCAGTTTTGTGGGCATTTATGGCACTCTCTTATTAATGGTGAGTCATTCTTGCAAATAAAAATGTTTATATACCTACTATAATTTATATAAATGTATAAAGTATATTTTGTACAAATCCTGTGCGTGATATTCCATGAAATAAGTTTTGGAAGCAAAAGAAGTCTTTAAATTGGCAATTTTAGCTTTTATTCTCTATAGAGTTCTTAACCTTATAGCGGCTTAAAATGTTACATTTTTGTATTACCCAGTAATGTTTTCTGGCTTTTCCCAGTGTTTGAATATTCACCTTAGGCTACACAATAACAGAAGAAATGCAAAGAAGAAAGATGTGACTATTATTGTGGAATACTCTTATATGAAAGAAAATGATATAACATCTGAATTAGTAAAAGCATCATCAATTTCAACAGCAAACCTCAAATCAGGGATACCAGACAGTATTTTCAGCATGATAAAAGGATGAGTTTATATGGTATAACATGCTCCCTAATACTCTGAATTGCAAAGTTAATGCAAAATGAAAGAAATGAAAGAAAGTTTTCTTACATCTGGAATATTTTTCATGAGTAAATATTGGTTAGGGAAATTAATGCTTTGTGCGTTTTAAAATTCTGTTTCAAGAATGATAATTTTAGTATTAAATATTTGTAGAATTGTCTTTCAAAACTTAAAAAGTTTTTTTCACATTTATTTTGTGCTAGTGTGCCCTTTTAATGTTTTCTATGATGTAATGGCTGTATCCAGTAGAAATAATTTTTACATGTTATAGAAATATAACTCATCACAATGTTGACTCTTAATAGAATCATGTATTTATTATTCTATCTTTTAAAATAAAAAAGCCCCTAAAACCTTTAGTACAACCGTATTACAGAAAAATGATTCATTCTTTAACACTAACGATAGCTGATGAGCTCAAAAATAAAAAATTGCAAAAAAATGTTATAATGTTTTAAAGTTTACGAATTTGTTTTGGGCTGCATTCAAAGCTATCTTGGGCCACATGTGGCTGGTGGCTAAGGGTTGGACAAGCTTGAATGAGAGAATTCTCAAGAATTCTAGTTTCTTGTTCCTGAATCTTGAGGTTAATATGTTGAGTTTTTGGAAATAGTTTGTTTCAGGCCCATTCTGAGTAATTGAGATGTCTCTGAAAATTATGTTAATATTTTAGGCACTGTTGTGGACTCTTTCTCCTACATTATATTTTTTTAAATTGCACAGTAGTGCTATGAAGAAAGTATTAAAATATCTATGCAGAGGAGAAACTGAGGCTGACAAAGTGCTAACAATCTTCTAAGAATAGAAATGTGCGTTGAACCCAGATCTTTTCTCACTTTGAAGTTTCAAATTCATGTTCTTTGCACTGAACAGTGTATTTAAAACATATTATTACTTAAATGTTGTATGGATGTGTGTTAATTAAGCTATTATATGAAAATATTTTGTTAGAAGTAAATGCAAAAAATGGGAAATAGATTTGTATCTTTTAGTACTTAAAAACTGATTTTATTTAAGATAAATAAAAACATAGATACACTTGAATACTTGCTGAATAATCTACCAGGAATGCAATCATTCGATAAAGTAGCATTTTGGTTTGGAGTTTTGTGTGTTGTTTTAAAGATCACAGTTTAATCTTTTTAAACCTAGTAGTAGTTTTAGTCTAGAGTTATCTGTCCAAATCAGTATGACTGTTTACATTTACATTATTTAAAATGAAATAAAACTACAGCTGGGCGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTATGTGGATCACTTGAGGCCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAACTAGCCGGGTGTGGTGGCGCGCATCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCGAAACCACTCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTAAAACAAAACAAAATGAAACAAAACAAAAGTACAAATTCAGTTCCCCAGTTGCACAAGCAACATTTTAAGTGCTCATTTATCACATAGGGCTTAGTGGCTACTATTACGCTGACATAGACCATTTTCATCATTACATAAAGTTTTACTGCACAACACTGCTAAAAAATCAAAAGTCTAATGTGTAGAGATCAGGGATTTGCTTCTTTGATATTCCATGTAGATTATGTTGATTTGGGGATGTATTTTATTATGCCCTCTTTCTACCTCTGTTCCTAGTTTTTTTTTTTCTAACTCTAAAGTGATACTATAAACATCTCCTTTACAT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Seq C2 exon
CTTGAAGAAGTCATGGAAAAAGAAACTTACAAGACGGCTAAATTAATTCTTGAAAGGTTTGATCCGGACTCAAAGAAAGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144320:ENST00000272748:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.122 A=NA C2=0.432
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083957=7tm_7=FE(9.4=100)
A:
NA
C2:
PF083957=7tm_7=PD(14.4=71.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development