HsaINT0087122 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000144320 | KIAA1715
Description
KIAA1715 [Source:HGNC Symbol;Acc:21610]
Coordinates
chr2:176829234-176835532:-
Coord C1 exon
chr2:176835492-176835532
Coord A exon
chr2:176829318-176835491
Coord C2 exon
chr2:176829234-176829317
Length
6174 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGT
5' ss Score
8.65
3' ss Seq
ATGGAAATTTTTGTTCGTAGCTT
3' ss Score
4.03
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAAGCATTGGATGATTTAAAATCCCAGAGGAAAAAAATA
Seq A exon
GTAAGTTAACTTTTATTTAAAATTAATTTATATTAAACTAATAAGAACTGAATAATTAATGTTTATGTGTTGGAAGTTAATAACTCTCCAAGGAAGAAATATGCTTTTAGATAGCATTTTAATGATGAAGTGAAATTGTGAATATTTTTGCTAGTTAATAATGATTGACAGGAAAAAGTAGTTTAGAAGGACTTTTGAGATTCTGAGAATCTGTATCAGTTGGAAGCTGAGAAGTAAGTAAATGAGTCATATTGGAGGCCTAAATGAGGCAGAGAGGGTAAAAATGTGGGTACCAGATTGTTTATTAGAGCTAAATAAAAAAGGACAAAATATCTCCACGTGTCAGTTCTCAGGTTTTCTTGACACCAAGAAAGAGAGGGAATCAAGAAGATCGGTTGTAAGAGAGCAATTCAACATGAAAATACTGAAGAAGAGATGGGAGAGAGAGAGAGATAATTGTTTTCTTCAGAGTTTTCCACTTTCTATCAGTAACTCTGATCACATGGATATCTATTGTGGGGCTAGTTGATGCATCCCTTCAGATGTGTTGGAAAGAGGACCAAGAGTAAGACAGAAGGCGCTCTAGATATTGATACATAGTAGTCTGTAATAAGTGAATTGAAGTTGGTGTTTGACATAGAGCTACTAATTTTTTAATGATTATTTTTGAAGTGTGAAAATGATAACTGCTGATAGTATTATGTTGTATAGAAATGTATTTAATAAAATTTAATCAGGTACAAATGATCAATTCAATATATTTTAGTCTAGTATGTAACAAGTAATAATTAAGAAACCAATATTGTGAAGGTTAAGACTAATGTTAAAAATTATTCTGTGAATTGATGATAATAGATACTGGTTTTAAGGGCTTTAAGTACCTGAAAAGTAAGAGAACTTTAATTTTGAAAGGATTCCTTAGCTTTGTTTGCTCCTTATTGGGTGTCCTGTGAGGTATTTATCAAAACTGCATTGGCAATTTTGGTGGTCCTAAATTGCCAAACACAGAAATATCTTATTATTATGTTTCTGCTATTCTGCACATTATGGAACAGCCAGAAATTCAAAGTGAGGAAATACTGATGGTGTCAGTGATTTAGAAGTTGTGATATGATTGGTTTGACTTGCTGATGAGATAAAAAGAAGAGCTGGTACTGGTGATCAGAGACAAGTCCTGCTTATACCAAAATGGAGAAATATTAGTTAAAGTAGAAAAGATGAAGAGGAAGACAAAGGAAAGCAGAAAAGAAAAAAGTCCTAAGTGATGAGAAGCAGCCCAATGTCACTGGCATCATATGGCCAGAAAACAGGATCTTGAAGAACATATGATTTGGGAAAATCTCTCAATAGAGTAACAGAGCTGACTTGGAAAATTGTGTGAAAGGATAAGTCAAGCTATTTACTACTTTTTAAATAGCCTTTAAAGGAATCGCAACATAAAAGATGTTTCATTTTAAGTCTGACAACAGTTGAAAAAGTTGAGTTCAATAGCTCTGCAAGTTTAAATGGTTCATTAGGCATCAATATTAATAATTCAATATGGCATTTCTCTTGCAGTTTGACTAAAGAAAAATGTTGGCTCTAATTCACTTTATTAATTAAACACAATTTGCATTTACTTGATTATTGTTGGTTATAATACTGTTTGCTACTCGAACTAGTTTGTGATCTTGACTGTTCAAGCCTTTAACAGAGCTGCTTTGTTTGAGTAGTTTTACACTTTGGTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTGAGATGGAATTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCAGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGGTCACTGCGACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGTATTACAGGCATGCACCACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGGCGGGGCTTCACTATGTTGGCCATGCTGGTCACTACTTGATATTTTATTAAAAGTGGTTTCCTTGGGGATGCATCCCTTTAATCTGAATAGATTTGTAATGTAATTTGAAATTTGTAAAATTGTAATTTGTAATGACAGATATGAATTATCAATTGATTAAAAAGTAAATTAGGAAAGAGCATCTTAACAATATTTTAAGAGCTTAATGTAAGTATTATTATTATAAAGTTAGGAAGTAATCTTTAGTTATCTAAAAAATTCCCAAGTCTAGATCTGTGTGCATTTTACCATTCACGTATTTTGTGGCCCTTTAACAAAACTTGAGTTTTTAATAATCACTGAGTAATCTGTGCAAGCAGATAATCCCTCTGCATCCATGAGCATTCCTTCAAAACAGTTCAAAAATCAAGCTCTATCAAAATACATGAGTCAAGATTACCTCTTTAAATGGCTTCATGAAAATTTTGTGCTTTTTCAGAATATTAGTCCTATGTGGTAATTTCCAGCATTCCTTGGGAAATCTGTGTTTTTCTGAATCTTGAGAAAAATCACTTGAGAAATTGGGAACATGAGGAAAAGTGTTATAGTTCCCTGAGAATTAAAGCTTAACAATCAACTACAGATGTTACTAGTTCAAAGGAATTCACTAATGTCAGCTGAAGGCAAGAGCAAGAAATTCTGACATGCTGAGTTACAGGTTAATGTTGACGTTTCTGGGAACAGTACAGAATCATAGAGAAGTGGTACAATCTAATCAGTTTTGTGGGCATTTATGGCACTCTCTTATTAATGGTGAGTCATTCTTGCAAATAAAAATGTTTATATACCTACTATAATTTATATAAATGTATAAAGTATATTTTGTACAAATCCTGTGCGTGATATTCCATGAAATAAGTTTTGGAAGCAAAAGAAGTCTTTAAATTGGCAATTTTAGCTTTTATTCTCTATAGAGTTCTTAACCTTATAGCGGCTTAAAATGTTACATTTTTGTATTACCCAGTAATGTTTTCTGGCTTTTCCCAGTGTTTGAATATTCACCTTAGGCTACACAATAACAGAAGAAATGCAAAGAAGAAAGATGTGACTATTATTGTGGAATACTCTTATATGAAAGAAAATGATATAACATCTGAATTAGTAAAAGCATCATCAATTTCAACAGCAAACCTCAAATCAGGGATACCAGACAGTATTTTCAGCATGATAAAAGGATGAGTTTATATGGTATAACATGCTCCCTAATACTCTGAATTGCAAAGTTAATGCAAAATGAAAGAAATGAAAGAAAGTTTTCTTACATCTGGAATATTTTTCATGAGTAAATATTGGTTAGGGAAATTAATGCTTTGTGCGTTTTAAAATTCTGTTTCAAGAATGATAATTTTAGTATTAAATATTTGTAGAATTGTCTTTCAAAACTTAAAAAGTTTTTTTCACATTTATTTTGTGCTAGTGTGCCCTTTTAATGTTTTCTATGATGTAATGGCTGTATCCAGTAGAAATAATTTTTACATGTTATAGAAATATAACTCATCACAATGTTGACTCTTAATAGAATCATGTATTTATTATTCTATCTTTTAAAATAAAAAAGCCCCTAAAACCTTTAGTACAACCGTATTACAGAAAAATGATTCATTCTTTAACACTAACGATAGCTGATGAGCTCAAAAATAAAAAATTGCAAAAAAATGTTATAATGTTTTAAAGTTTACGAATTTGTTTTGGGCTGCATTCAAAGCTATCTTGGGCCACATGTGGCTGGTGGCTAAGGGTTGGACAAGCTTGAATGAGAGAATTCTCAAGAATTCTAGTTTCTTGTTCCTGAATCTTGAGGTTAATATGTTGAGTTTTTGGAAATAGTTTGTTTCAGGCCCATTCTGAGTAATTGAGATGTCTCTGAAAATTATGTTAATATTTTAGGCACTGTTGTGGACTCTTTCTCCTACATTATATTTTTTTAAATTGCACAGTAGTGCTATGAAGAAAGTATTAAAATATCTATGCAGAGGAGAAACTGAGGCTGACAAAGTGCTAACAATCTTCTAAGAATAGAAATGTGCGTTGAACCCAGATCTTTTCTCACTTTGAAGTTTCAAATTCATGTTCTTTGCACTGAACAGTGTATTTAAAACATATTATTACTTAAATGTTGTATGGATGTGTGTTAATTAAGCTATTATATGAAAATATTTTGTTAGAAGTAAATGCAAAAAATGGGAAATAGATTTGTATCTTTTAGTACTTAAAAACTGATTTTATTTAAGATAAATAAAAACATAGATACACTTGAATACTTGCTGAATAATCTACCAGGAATGCAATCATTCGATAAAGTAGCATTTTGGTTTGGAGTTTTGTGTGTTGTTTTAAAGATCACAGTTTAATCTTTTTAAACCTAGTAGTAGTTTTAGTCTAGAGTTATCTGTCCAAATCAGTATGACTGTTTACATTTACATTATTTAAAATGAAATAAAACTACAGCTGGGCGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTATGTGGATCACTTGAGGCCAAGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAACTAGCCGGGTGTGGTGGCGCGCATCTGTAATCCTAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCGAAACCACTCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTAAAACAAAACAAAATGAAACAAAACAAAAGTACAAATTCAGTTCCCCAGTTGCACAAGCAACATTTTAAGTGCTCATTTATCACATAGGGCTTAGTGGCTACTATTACGCTGACATAGACCATTTTCATCATTACATAAAGTTTTACTGCACAACACTGCTAAAAAATCAAAAGTCTAATGTGTAGAGATCAGGGATTTGCTTCTTTGATATTCCATGTAGATTATGTTGATTTGGGGATGTATTTTATTATGCCCTCTTTCTACCTCTGTTCCTAGTTTTTTTTTTTCTAACTCTAAAGTGATACTATAAACATCTCCTTTACATCAGAAAAGTCAACTTGTTTATTTTGAGAATTTATAATAATTTTGAAATAGGAAAATATTTTAGTTTCATTAAACCAAGGCAAGGCTAATAAATCATTCATCTAAGTACCTACCTCTTAAATGTCGAATTGAGTGTTTAATGAGGAATCTGTTAACTGCTATTGTGGCAGCATATTTTTAACTCAGTAAATGTGCTTTGGGTTGCATTTTAAAATAAATGTCCTTTGGAATGAATATGACATTTAATGAATCTTAGTGGTTATCAGTGGTCACTGAGAAAGAAAAGGTTCTTTTCCAATTTTTGCAAAAGCACTTTATCCTACATATTAGGTAATTTGTCATTACTATGACTGTCTTGTACTAAAGTTCAACTTTTTCTGATGTTGAACTAGCCGTAACTGCTAGTGATACTTTACTAGTGATTATATTTTAAGTTAAACCCATGTATTAAGTTATAAAGTGACTTGAGTGCATGGTAAATAAAACGTTACAATAATGAAGTGATTTAATTATAGTCCCTAGTGTGAACATAGAACTCAGTAAAATTTTTGCTTAAATTCTGTGCTCAGTTTTTTCCTCTAAAGTTGTTTGAGTCTAAGTAAAAAAGAGGTGAGGGTTATCTTTTAAAGTCATTTGAGCAAATTCCATGGCTGTTCTCCCAGTTAGTGAGTTTTCACTGCATTTGCAGCAAGCTAATTGCTTCTGCTAATAAATAATCTAAAATCGATGCTGACAGCAGTTAATTGGCACAGAGATTTTATTTTGTAAAGCTCTTGGCTAACGACCTTCTTTAAATTAATAGCATTAAGTGCTATGAGGAAATAAATCTGAGGAATTGCCTGTCATTTGCTTGTCATGTCTAATAACTTCCAATAATGATGGCTGATAGATTTTTGCACATTCCATTATTGAAGTTGGTGCATGTAATTATTCTCCTCATTATATGTAAACAATTAGCAATATTTGGTATTTCCTTGCAGTAAAACTGTTAAGTACAAGTAACATATTAGAGGTTAGAAGCCATTTTAAAATCTGGATTTTAATTATTCGAATGTAGGAAGTCTTTCATTCTATTTGGATATATTAAGGATATTTAAACCTTTTTGAATAGGACTTATACAAATAAGTAGTGTGTGTTTTGAAGTGTGACAATTTATGGAAATTTTTGTTCGTAG
Seq C2 exon
CTTGAAGAAGTCATGGAAAAAGAAACTTACAAGACGGCTAAATTAATTCTTGAAAGGTTTGATCCGGACTCAAAGAAAGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144320-KIAA1715:NM_030650:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.190 A=NA C2=0.265
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083957=7tm_7=FE(9.4=100)
A:
NA
C2:
PF083957=7tm_7=PD(14.4=71.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)