GgaINT0049400 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009283 | KIAA1715
Description
KIAA1715 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21610]
Coordinates
chr7:15881166-15887519:+
Coord C1 exon
chr7:15881166-15881206
Coord A exon
chr7:15881207-15887438
Coord C2 exon
chr7:15887439-15887519
Length
6232 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGT
5' ss Score
8.65
3' ss Seq
GTGGAACCTTTTGTTTCCAGCTT
3' ss Score
4.6
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGATGCGCTGGAAGATTTAAAATCTCAAAAGAAAAAAATA
Seq A exon
GTAAGTAAAACTGAAAGAAAAAATAGTTGTTGTGGTCCACTAAAATGTTTTTATCTCTACAAGCTCAGCTTGATGAAGATGCATAGATGAAAAGCAGAGACAGGCAGAGGAGGGGGGGAGGCTATTAGCGTTGCTCTGTTTTCACGTCTTTTCTAGTACTTCTGCCACACAGTAGTACTGGGCTGCTTGTGTATGAGAATAAATTCTCCTTGTAGTTTAAATTAAACCTCCTGTTTTATTGTTGCTAGATTTGTTGAGTGATTTAGCAAAAAATGCAAACGTGTTCTGTAAACTGCTTATTGCTGACTACTTGTTACTTTAGGATTATAAAGCGGTAGATATACGGATTCAAGAACATAGAGTCCAACTGAATTTTTAATAGATAACGTCATTTAATTTCTTGTTTATAAGTAGCAAAAATGACTTGCATCTGGATTCACTTTTTCATCAAGTAACAGATTGTTTATATCTCAGATGCTTCCCCACTTAATTTCCATCCTCTTCCATCTTAGTTTTATACTATGTATTTATTGCTTATCTTCTTTTCCTCTTGAAGATGTATACTTTCTTGTATCAGTTCCATTGGTTATCTCCGGACTGTTTTTGTGAGCTGCGTGGATGAATTAACTGTATGAAACTGGTGTATGTGAGGTCTTTGTATCAGATGGATCAACACTTGATCTTGAAACAAATTTTGGATGGAGAAGCTACTGAGTCTTGGATAACTTGCACTGTTTGCAAAGTTCATAACACTGAAAGCTGTTTCATCTCTGGCTGGTCACTCTATAAGGAAACTGTGTGGCTTCATCTCAAGTCTCTCAGGGCAAAACTTAATGAAAAACACAAAACCTCCAACCAACAACAAAATCACAAATGCAGATCCTACCCCTGAAACATCCTCCTGTAGTTGCACTATGTGCCCTGTTTATGATTTTTTCCAAGTGTTTAACTTGTACCTTCTGGATTGTTTGTTCTAATAGCTAAATTAACAGAAAACCTACGGCAAAGCTACTAAAAAGGTGTCTGGTAAGAGTCTGAAATTATATGGCCTTCACAAGGCAAACAGAATTCACTGATCTTCCACCGGGCTGGAAGTACTTCGTAAACGTAAAAATGGTACGGTAAACTGTAACCTGATTATGTCATTGTCCTTTAGTAAAGAGGATTTGCTAATTTATATCTGCTAATCTTTATTTTAAGGAATCTATTAAATGGAAATGTCCTTTGGCTGTAGAGGTGATAAAAAGGGTTGGGGATGCTTGAATTTTGTAGGAATGAAATAAATGAATATGACAGCTGTATTTTTAATCTTATTTTGTGAAAACAATAACTGAAGTTAGTTAATCTTTCCAATTTACAGTTACTGAGTTGTTTTGAAGGGAGATTTTTGAGAACAGGAAAAGCTCGATGGAGAACAAACGTGCCTTTGGAGTCTTGAGTATACATCTCTCAATTTAAATATTTTCTGTGATCACAGTTCTAATATTCTTGAAGAAATAGTCATGCTGAACTTGTGTGTGGGTTTCTTGGCTTTTTTTTTTTTGGTAGATGAGACAAAATCAGGTAGATGAGTCAGGAAAAAAAATTGGGAGGTTTCTTTGCTTGGAATCAATGCCACTGAAACAGGAGGTAAATGTGTTGACTTTGCATATGCAGGATATATAATGTTAAAAAAAAAAAAAGTCAAAACAACAGCAGAATTGCAGCCTGTAATTATTGAAGACAAACTTGAGCTCAAATATTTTTCAGTCTGAGGGCAATAAAGTCTGTGATTATCTCCTGAGCTTGTGGGTGCTGATTCCTGGCAAGAAAGCAGAAAGCAAGTACTATAGCCTGCTGAATTGGTGTGGTGTTGGTTTTTTTTTTTTTGACTCAGAAGATTTTCTTGGAAGTTTTGTCATAGTTTAAAGGTATTTAATTAAGCTCGAATCCTACCGTGTTGAAATGAGCTGAAAACAGATGCAGGTAATGAGATATGACTAGAATTTGTATTCTCGATAAAAACATCTTAAAAATTGTTATATAACAATTATATAATAATGTGATTTTTAAAAAAATAATATTTAGATTTAGTTTTGGATTTGTATTAATTTCCTTAGTCCCATCAGTATCAACAAGTACCTGTAGTGATACCTACTTTGTAGTTAAACAAAGAAATGAAAACAAGGGAAAAAACAACCAACCTACCAAAGCATTCAAGCAAAGTAATGGGCAGGGAGAAGAACAAGATTTTTTTTATCTGTTGGATTCTAATTAGCCAGTGTATTTGCTAATAGAAATAGTTACTGAGGTTAACATAATGATCTTCAAACAACACTGGAATACATAAATTATGTATTTCCTGTTCATCTGTAATGTGGATTGTCTAGGCACTGTAAGCCTGCCACAATAGCTACAGTTTTTCTCTTTATTGAAGCTCAACTGCTTGACTCCTGGAGAAACTTTAAAGACTGTTGGTCTTTTGAGAAGTGTTACTACACTTGAGGTTTTCTGGCCTGTGGTCTATCTTTTCCCTAGTGATGCTCCTTAAGTTCCAAAGGCTGCCAACAACAGAGTAAGCTCCTCACCTACTAGATGGAAAGCCCTGGTGGCTGTGCCACGTGAGCTGCCAAATGGACCCCTCAGCTCTTCTCACAAGAGTTCAGCCTTTAGTAGCATAATCACATGGGTGGTAATGTGGGTGAAATATCTGACAAACATATTTCATCTTGAAATATCCATTAATATTATCTGTTGAGATTAAGTACACAGTGCGTATAATACTGCACAAGGTTGAGTCTGTACAGTATTGTTTCCTTAGTGGTCTAAAATATGCTGAGATTCTCTGTGGTATGGGGGTAAGAATTGAGTGTGTTAGCTGTAATTAAGGCACTGCTTCAATGTACAGCTTTTTTCATTGTTGATCAAAAGGAATACTCTAGTTGTGTTTGTGATACTGTAACTGTCTCTTTGGCCTTAGTTGTTCGTCAGTTAATGAAGTTGTCAACACTTAAGCCTGACGGTGTTTAGATGAGCAAGTTCAGAGGGTTAAGCAGATTAAAAGCAAGGGCACAGGACATGTATTAAGCTGCTAGAAGTGGGAATTAACAGAGACTTTACCTGGAGTAGCGGTCTTAAAGATGGGATAATTCTTAGCCTGAGGACAGAGTTGCTAAGATAGCATAGTAATTACTGACCATTGGGTGAGCCCAGCCATGCTTACTCAATATACATCAGAGTACTGCAGACTCACAATAGGAAGCTCAAAGTGTGGTTAAAAATTCTATTGGTGAATGATCAAGGTGTGTTTCTTGTAGATATGTTGCAGCGTTCATACAAAAGAGTTACTATTGTTGCTTAAATTACTTTATTTTCTATTTTAAAGTTGCTTTTGTACGTGCTTGCAAATCTTATCCTGTAGATTGAAATTAATCTTCAGTCTTGCAGGAATGTAGAGAGATACTTCTCCATAGTGAGGTTTGACGTACCCAGTAATTTGGTTTAAGAGCTCACAAGGTAGTGTGGTGATTAAGTAGCTTGCACTGTGCGAATACTTCAGATTTCCATTTGCTAAATCACATTGACAAGATGCTTAGAATGCATTACTCATGTTCCTTTGCAGTATAGGCAACTGATGTAGTTTTTGCAGGAACTCTGGTTGTCATTTGGAAAGGAGGCCATCCGTGCAGTTATCCATAGGAGAGAAAGTGGTACACGACCATGCTGCTTTATTAAGATGTGGCTAATTCTGCGAGTTAGTTTGGAGATCCACAAATAGGGTGGTATTAACTTTCATAGAGAATTCACTTGTGATTGTGGTTACTCAGCATTTTAGCTTGATAAATGGTGAATTTTGTTTTGGTAGGAGGTGGAAAATGTTTTTGTGGGGGGAAAAAAATTCAATCTCAGAGAAGGTTATTATGGAGAAGAGTGGAACTGTAGAGCAATTTGCTGTGTTCTTGAGCCGTTGTTCGGCACTAGGTAAACCTTTTCTGGGGTTGTTTCAAAGTAGTGAATGATCCAGAAGGCAATAATTTGATTTGCATTTATAAATGAATTTATGGTAGTGCACAAGCAAGTTTATTCTTCATGCGAACTTACAGTATTCGAAGCTTATACACACAAGCCATTATGTGTTTCTAGTAATCATACTCATTTGCTTAAGCAGAAAGGAAAGTTTGACCTCCTTACTACTTTTTTTTTATATTGTCAGCCAAATTTAACTGATTTCAGGAAATGTGTTCTAGAAGTGAAACCATGGGATTTGTGAGTGTTCTGATAGAAGAAATCTTGACAGTTTTTGGAAGTTTACAAGAAATTTGTAAAAGCTTGATTGCAGATATGAGTTATTCAGTTTCAGCTTTGCTGGATTTATAAAGCGATGTGTAAACTTCCAAATAGGAAGAATAACTTGTTGAATTATCCTGTAATTTGAAAATGTGTGAATGACTGTGACATCTGAATCTTGTGACAGGAAAGCATCAAGTGATGGTCGAGCATTCTGTTTTTTCTTCACCTAGAAGTCATCTTGTCTTGCTGAGCTTTTTCTCATTTTCCTGTGTTCCTATGAAGACAAATGCATGCATTATATGGTCATTTATGTAAAGTGACTTGGGGTTCGCTGCTCTTTCTGGTTTGCAGACCAGATATTGACACTGATCCTTAATGCTTCACCACTTTCCCTTGCTAACATCACCCATTTGTGCAAAGGACTGCCTCATGGTTTGCACTTTAATAAGCAATAAATGCTTTATTTTTCCTATTAGACTCTTAGTTCTGATCTTATTGCACTGTGTGGCATTTCTTTTATAAGTTAGTGGGTTAGCTCCTAAGTCTTGCAGAAATAAAAATTTAGGATATTCATTATTATTCTTACTTCCCTATTTGTTCCCTTTTTGTTTCAACAGTTCTTAATTAGCAGCTTGCATAGTATTCCTTGCCTTGAACTTCTGGTAGTGTGTGTAGGAGTGAGCTGTTAAATGGGTACTGTGTATCTGTTAAATGGAGTGGAATTTATTTAT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Seq C2 exon
CTTGAGGAAGTGATGGAGAAGGAAACTTACAAGACTGCTAAACTAATTCTTGAAAGGTTTGATCCAGATTCAAATGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009283:ENSGALT00000015103:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]