DreINT0090940 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060788 | lrrc14b
Description
leucine rich repeat containing 14B [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-910]
Coordinates
chr19:44444276-44449935:+
Coord C1 exon
chr19:44444276-44445286
Coord A exon
chr19:44445287-44449575
Coord C2 exon
chr19:44449576-44449935
Length
4289 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAAG
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
GTTTTTTTTTTCCCCACTAGTCC
3' ss Score
8.53
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGTTCTCAGGCTGACACGCATGTAAACCCTATCTGAAAGAGAGCAGAAGAAACAAACACGCCACGTCTCCAAGACCTGACCGTGGGCTTGACCTCAACAACAATGAAGACTCTAAAGTTCCTCTCAGCTGAAGCCTTCGTTCAAACTGGCCCAAACGCACGTAGAAACCTCCACTGCTTGTCCTACAATCTCTACCCAATCCTCTTCAAGGCTAGTTATCTGCACGAGGAGGCTTCGTTTCTCCACGACCTGGTGCAAACGTGGCCTCTGACTGAGCTGAACTTGCGTAAACTGTTAGGAAAGACGACGGACTGTCCTGAAGACCTCACGTGCAGCACTTGCAGGCTCTGTCTTGAAGCGTTTCTCACAGGTTTGAGGGACTATGTGCTTCAAGCTTCAACCACTTACGCTAAAATCCTGCAGGTTGTGGATTTAATAGGCATTCGAGACACTGAACACCAGATTTGTCAATGCAGACGGACTCTTGGGCGTTGGGCGCGCACTGAAATGCTCACACGAGTGTGTTATGAGACTATGGTGTCCATGCAAGCCGGCCAATCAGCACCGTCTGCGTTCAATGTGGAGGTTGACGTCCGATTAGATGCATTTGTGACCGGACGCAATTACGAGGTAGTCTCTCAGGCTCTATTGCTGCGCAGACATTGCCCGTTGAAACTGCAGTTTGTTGGTCTGCGCGTGGATTCGTTGAGTCTCAGGAACCTGTTTTACCTTCTGAAGCTGGTGGAGTCTCACGGCCCGCAGAAGCTGGAGGTGGTGCACAATGTCCACCTGGAGGCTCCACATATTGAGGTGATGCTGTCCCAGCTGAAGTTCCCTCGCCTGCGCTCGCTCACCTTCCCCGCGCAGGCTCTGAATGTGCACCGGCTGGGATTGGAGGATCAGGATCTCATGAGGGTTCTGGGGGAGCTGATGAGCAAACTGACTGAGCTGAGAGAGCTATATCTGGGGTTCTCCACGCTCACTGGACACCTGAGGAAACTGCTGAG
Seq A exon
GTAAAGACACAATGCACTGCATAAATGAGGTATATGCACACAGACTTTTAATTTACAGCCAGCCCAATTGCCACATTTAAGATGTGATGTCTTTAAACATCAGTGCTCTTCACTACTTGATTGAAGGTTGCTGGGTCGAGCCTCGGCTTAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCACGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCTGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGTGTGAATGTGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCCGCAGTGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATATCTTTAAAGTATGAAAATGTATTTCACCCCTAAAGGAGTATTTGCACAAGCTGATGGTAAAATCTGAAATCTGAAACAGATGCTAAGCCAAAGAAAAATGAAGTAATGAATCTGTTTTAAGTCTATGGGCTCTATTTTGAAGGCAGGCACTTTTTTCCAGGGGTTTCAGTACAGCGTAACCGCTGCTACGTCATCGGGTGGGCGTGGCCTATCTGTGAATTTGCATAGGTCACGGATCATGCGCAGATTGTGAAAACAGCCGTTTGATCCAGATACCTGTATGTATTCGCAGGGGTTTCGTGTCCAATGCCTTTTATATGCAGTACAAAATAGCTGACCTGATCGCAGGTGTTTCATGTGAAGTCAGTGTATGTTATATAAAACAAATTAACTTAAAATACCTCTCAGATTACATTAATACTGTTATAACTTAAGATACCTGTCCCGATCCCACGGCTTTTGTGTCAAATACTTTATATATCATATACAGTAGCATCAGATACCTGTCCTGATGCCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATTAGTTAACATCAGATACCTGTCCTGATCCCAGGTGTTTCATGTATGATCACTTTTATATACAGTAACATCAGATACCTGTCCTGATCTCAGGGGTTTCATGTATGATCACTTTTATATACATTAACATCAGATACCTGTCCTGATCTCAGTTGTTTTGTGTATGATGACTTTAAATAAAAATAGAAAATAAATATGAGTTATGTTAATTAACTAAGATCGAGAAAGAAAAATTAACCACGATTTATTACAGAAAATGTGGTATTTATTTGTTTAAACATGACTGAATACCATATTTTAAACTACAAAAACACGGTTAATCTTACCACAACCATTATTATTTGGTTTAAAATGGAAGTACAAAAGCCCAGATAGAGTAAAACGGAGTAAAACGAGGTCAGCCGTTTTTGCTAATGAAATCTTTAAAATATAACATTATAAAAACAAAAAAATAACCTGTATGATTGTTTTTTTTCCTCGTTATCCACCGCGGTAGGTTCTTTATCCATAATCATCCTGTTTGAAATGACCGCGCTAAAAAAGAACCTGTATGATCGGTGACCTCTCAGTATTGTTTTTTTTTTTAAGGGGGCGTTTCCCAAACACCGACCGAGCCACGCCCATTTTACGTCGTGGTAATGAAAGCCCTGGAATTTAGTGCATGCCCTATTATTTTGAAGGTCCATGCGCAGAGCGCAGGGCGCAAACGCTTTCAGGGCGTGTCAGAATGCATTTTTGCTAATTTAAGGACGGGATAATTTCGCTAATTTCGCGCCCCGGCACATGATCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGTTTCATCTCCCATTCCCTTTAAGAGCCAGCTGCGTCGCGCCATAAGCGCATTTGCTATTAACATGGCGTAAAGTAAGTTCACTTTCGCTTTTGCTCTCGTGGATAGGGAAACCTTACCGCACAGACATCAATTATCCTATAACTGATTAATTTAGTTTGTTAAGCACAAAGATTTGTTTTTAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACCAATAAATGAACAGTTATATCCTAAAACACATGCTGAGCCCCATATGGTCTAAAACCTGCAGGTGGGCAAATCTAAGCTTGTTTTTAATAAAATAAAAATAAATATGGATATAATAAATAATACTGCTAATAATAATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGAAAAAGCCTCCCGAGATGAAGAAAGTAAGGCAGCGGTTTTTAAATTTATGTAGGCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCATTTATATTTATATCCTATATATATCCTTAATATATTATATATTTTTCATATGTAGAGATATTTGTGTATTGCTCTACATCTTGTGTGTAGTGTGTAAGCCGGGCGCACTTTGCGCCAGACAATAGATTGACATTGTTCTGGTCTAAAGATCAGACTATTTACAGTTTCTCAAAATAGCAACGCGCCAAAACACGCCTGCTTTTTAGACCAGAACGCCTATGGGTGCACATATGAGCGCAAATGCATTTGCTATTTTTAACAGCGTAGCGCAACGCCTCAAAATGACCCTTGCGCCGAGCTGAAAGTAGCAAAAGACTATTGCGCCGTGCCTTGCTCCACATTGCGCTGGGTGTATGATAGGGCCCAATGTCATTCAATTTAAAATGATTCAGTTTAATTTAATTAAGCTTCAACATTTAGGGCAACCTTTTTTGCTGTATACAGTAGGTCTTTTTAAATTAGTCTAATCAGCTGTTTATCATCAGTGTTGTTGTTTTTGCTGTGTTTGTTGTGGTGTTCCAGAATTCAGACAGCTGCCCTTCTGTGAACACTAAGTAGGGCACTATGTGACTCTGGAACACAATGCGTTCTGCATATATAGTGTAAATAGCAGCACACGTGTCTCATACCAGACAAAACACAGTCTGGGCCATGATATTCATTCAACCTAGACCTTCATGGAGCATGTGGACTGATATAAATCGGTGCCATCAGCCTTTGTGAGCTCCTTTGCTTGACTTTTTTTTCTGATTCAAATCTTTTATTTTCTTCAATGATTTAACAGTACCATCAGTTTGCGCATTTTTACCTCCTTTTAACGCCCCCTTTTTCCTCCCCTCCCCAACAGCGACTATATTTAGATGTTGCTATCGTAAATCCAGTAAATACAGATGCATACAGATAATTCATTCAGTGAATTGAATGAGTTATGTGAACACAAATCGATTAAGTGAAACAAATTCACAAATTCAAGTGGATTAAACAAAGCATGTTTAACTTGATGTACACGTAGACATCACTTATAAACTATAAAACTGCAGGTTAACAGTGTTCATGTATTATAACAGATATTTGATTGTAATGTAATAACATGCCCCTTGTAAAGCAGCTTTGAAACAACCATTACTTCTCAACCATTTGAGATTTGAAACAACCATTACTAACTCTATCAATCCTCTTCAGCTGCTCCAGAACGCAGCAGCACGAGTGGTCTTCAATGAACCTAAACGAGCACATGTCACTCCGCTGCTAGTCCGTTTGCACTGGCTGCCAGTTGCTGCTCGCATCAAATTCAAAGCTCTGATGTTTGCCTTCAAAGGCACTTCTGGCTTTGCTCCTTCTTATCTGCTCTCACTTCTGCAGATCTATGTGCCCTCCAGAAACTTGTGTTCTGTGAATGAACGTCGCCTCGTGGTTCCATCCCAAAGAGGGAAGAAATCACTTTCGCTAACGCTCACGCTCAATCTGCCCAGTTGGTGGAATGAACTCCCTAACTGCATCAGAACAGCAGAGTCACTCGCTACTTTCAAGAAACGACTAAAAACTCAACTATTTAGTCTCCACTTCACTTCCTAATCTGCAATTGCCTCTCTGGATATCACACTAACTGTACCCAAAAAAAAAAAAAAAATACTAATACTACTAACACTTTCCTTCTTAGACTTTACAGACCTGAAACTTGCCTACAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTATAGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAATTATTGTGAAAAGCACTGTACAAATAAACCTGAAATGAATCACAAGTTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTGCATAAGTGGTTTACACAAGCAGCAAAATCTTTGTGTTTTTGAGTGTAGCATGTAACCAAAGCTTTATAATCAATGTTAATATAAATTTAACTCTGTTCTTGTTGTTTTTTTTTTCCCCACTAG
Seq C2 exon
TCCTCTAAATACGCCACTGGAGTGTATCGAGCTGGCCAACTGCAGTATCAATGCTCTGGACATGGCCTACTTCGCTAACAGCCTGCACAGTGAACACTTAGTAAAGCTGGATCTGAGCGGCCATGAGGTGGCAGATCTCTTCCCCAACACCTTCCGGAAGCTTCTGCAGCGCTGCTCCAGCACACTCATAAGTCTGGGTCTGGAGGAGTGCGGACTGGATGATGAGAAGCTGGATCTGCTCACCCAGGCACTCACACCCTGCCACGGCCTGCAGGAGCTGAAGATTCTGGGCAATCCTCTGACTTCTGCTGCCCTGCACAGACTATTCAACACGCTGGCCAACGCTTACCCCGCGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060788:ENSDART00000086040:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF138551=LRR_8=WD(100=43.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]