DreINT0095301 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019715 | metap1d
Description
methionyl aminopeptidase type 1D (mitochondrial) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050522-71]
Coordinates
chr1:30162601-30170234:+
Coord C1 exon
chr1:30162601-30162679
Coord A exon
chr1:30162680-30170072
Coord C2 exon
chr1:30170073-30170234
Length
7393 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGTTG
5' ss Score
1.36
3' ss Seq
GTGTTCTTATTGATCCTCAGGTC
3' ss Score
9.99
Exon sequences
Seq C1 exon
AACCTATTCTTATGGAGGGAACGTCAGAATTCAGGATCCTGAGTGACAAGTGGACTGCTGTGTCTGTGGACGACAAAAG
Seq A exon
GTGTTGTGCTCAATTTCTTCTCCCACACTTTCTCTCACAACCTTTCTAATAAGAGCACAATGCAGCAGTTTAAATGTAGCCCACATTAATCATCCATTACTTCATGCGAGAACAAGTGGCTAATTCCTATTGAGAATCTTCAAGAACTTTATTTCTATTGGCTGTTGACATTTAACTTGGAAAGACTAAGTACTCTTAGAATTTGAAGCACGTATAGAGGCAAGTGCTCCGTGATAAACTTTCCTTTAACTGCATATATTTCACTCGAGAGCACTTCAGTCTTAATTGCAAATGAGCTGATTGCCCTGTTGGCAGGTGAGTGCCGAGTGTTAATACTTGGTCAGTGGTTGATTAAAACTCTGATTATTAAGGCTGACTGGGGTGCAGAATATGAAAATGGATACTAAAATAATGTTTCAAAGAGTACTTCATTTGATAGCATGCATGAACACATTCATGGGGGATTCTATATTTTGGAGGCATGTTTTTGTATATGTTTCAATCGATCGGCTGAAGATATCAACCGACAATCTCATGTAATGACTCGATCGGTACTCTTCAATCTGGCCAATCTCATGAACCAATTGCAGGGGATTATTTATGAGTTTAGAAGCAGAGGAGGACACACGTGCGCTCTTGTATAGTACACTTAGGCTACAGCAGGCACAATACATGAGGGGGTAAATGGTGCGTGGGGTCATGAGCAATCGATGTGTTAATGTCAATGTCAATTTTATTTATATAGCACTATTAAACACAACCAAAGGTTGACCAATGTGCTGAACAATAAATCACAAAGAACAAGTTTAAAATTATAGCTAAAACAAACAATTCTCACAAATAGTTAATATAGGTAAAAACAACCAAATCTCACTAATAGTTATATAGATGTGCTCGCGTCACAACAGCTAACATATATACAGATGCGGTGCAACCTGTTTTTACAGTCTATTGGCACAACTCGTGTGAGTGAGGGTCTCTTTCTTGCAAGTGCAACCATTGTATTTGAAAATATTTGAATGGTCTTGCATGTATTTAGACCTTTTTTACATATAACAGCTGAAAGTTCTGTGTTTTTGACACTATTGCAAGATCACTAAACGTCTGTAAATAAAACTAAGATAAATAAAACTTTCATGAATGGTAATAATATAACTTTTTGTTATACATTGTAAAACATGGGGAGTAGGGTTTACTTTGAAAAAAGCATGAAAAGGTTTTTCACTCAGAAAAGGCTAGTAAATCTTCAAAGCTTTGCCAAGTCAAAGATTAACCAAAATTATTAGTACATTTAATTAGAAATGTTAAATTTATTGAGGAATTCAGAGTAAATTTTATTGATGTTTAGTTTGTAAAATTGACTTAAGACATACATTGAAATATAATACTATTTTTAGATTTATATTTTATCCAAGATTCCTAGTTATGTTTTTAGTTATCCTTAGTAAACTTTACTTCAAAATGTTTAATTAAACATGGTTATGCACTGCAACTGTTTCTTAATTAAAAACACTGCCAGACATTTCCATTGAGTACTTTAATTTGAATTAAACTTCTCAATAAACAATTTTAAAAAGCCCTTTCAGAGAGAATGAAGGGGTCATCTATGTTGGCATTTTCCTCTTCTGTAGTACTGCCCAGTACAATGATCTTCACAACGATTGGTGAAGCAGTCTTTAAGCTGGTCTCTCGATTAAAATATTGTATTGTTAGTTGCAATGTTATCTCTTGCTTTATGCTGTAATTGACAGTATTGATGTTAAGACCTGTGCTCTGTTGCATAAAGTGATTAAAGTTAACCAATATGTACAATTTTGCGGGATAAAATACTCACATGTCTTTAACACTTAAAGAACCTTACATATGCAAAGTAAAAAGTAATTCAGACATTTTTAATGTACCTGGTAGTCTTCAATGAGTTCCTGAGATGATTCTCCCAGGCAGGAAAGCATGCAGTGGATAACAGAATCTCACTAGCCTTGACCTTGCTAAAACAAAAGTAAATTTCTTCGGGTCATTAAACAGTAACTGTTAATCTCCATCCATATATAACTGCTTATCTAACAAATCAGACAGCTGCTGGAAATCGGATGTGCAATATAAATTTACCTGCTTGAGTGAATATAGTTCAGTTTTTGCAGAAAGGTTGGCTACAGGGGCGTTGTGGTTAAGCTTATGTTCCCGTTATTGATAAATAAAATAATATGTAACACATTTACAATTTAGTAGTCAAATCAACACTTTTTGCCAAACACACACACATATACATGTTGAATACATTAGTATATCTATATTAATGTGTTGTGCAACTTGCCTTACATGAGCTTGAATGGTGAGTGCAGTCTGTTAAACATATTCAGTGGTGTAAAGCAACTAATTACAAATACTTAAATTACTGTAAATGAGTAGTTTTTCCCAGGAATTGTAATTTACTGAGTAGTTTTAAAAATGTGTACTTTTACTTTCCCTTGAGTACATTTTAGTGCAGTATTGGTACTTTTACTCCACTACTTTTCTTTAACCTGCAGTCACTACTTTATTTTTTCATGTCTATGGGGATTAGAAAAATAAGTCCTGTGATTCCCGTCTTATGCTAAACGGATCTTTAGCAAACTCACTCAAGTAATACTTTGAGCATTCTCTTCAACCAACAAAATTGCTGGAGCTCTATAGCTTTTTGCAAACCAAACCAAATTGATCAATAAACAAATAATGTATTTTACCTTGGAAATGAGACATGTTGAATTCTTCTTTTACTATTTGCAGTGTTTCTGAATTGAAATTACAATATTGTTTGTCAACTCTGTTACTATATACAGTACAGACCAAGTTTGGACACGCCTTCTCATTCAAAGACTTTTCTTTATTTCCATGACTGAAAATTGTAAATTCACACTGGAGGTATTAAAACTATGAATTAACACGTGGAATTATATACATAACAAAAAAGTGTGAAACTATGTGAAACTGCGTGAAACTGTGTGAAACTAAGTGTGAAAATATGTCATATTCTAGGTTCTTCAAAGTAGCCACCTTTTGCTTTGATTAATGCTTTGCACACTCTTGGCATTCTCTTGATGAGCTTCAAGTGGTAGTCACCTGAAATGGTCTTTACTTCACAGGTGTGCCCTGTCAGGTTTAATAAGTGGAATTTCTTGCCTTATAAATGGGGTTGGGACCATCAATTGTGTTGTGCAGAAGTCAGGTGGATATACAGCTGATTATAGGCAGACTGAATAGACTGTTAATTTGCATTATGACAAGAAAAAAGCAGCAAAAAACAAAAAAGTTAAGAAAAGCAAGTGGCAAAAGCAATTGGCATTACGTTAAGAAATGAGGGTCAGTCAGTCTGAAAGATTGGGAAAACTTCACAAAAAAGTCACAAAAACCATCAAGTGCTACAAAGAACCTGCCTCACATGTGGACTTCCCCTGGAAAGGAAGACCAAGAGTCACCTATGCTGCGGAGGGTAAGTTCATCCGAGTCACCAGCCTCAGAAATCGCAGGTTAACAGCAGCTCAGATTAGAGACCAGGTTAATGCCACACAGAGTTCTAGCAGCAGACACATCTCTAGAACAACTGTTTAGAGGAGACTGTGTGAGTCAAGCCTTCATGGTAGAATATCTGCTAAGAAACCCCTGCTATGGACAGGCAACAAGCAGAAGAGTCTTGTTTGGGCTAAAGAACAGAAGGAATGGACATTAGACCAGTGAAAATCTGTGCTTTGGTCTGATGAGTCCAAATTTGAGATCTTTGGTTCCATCCACTGTGTCTTTGTGTGACGCAAAAAAGGTGAACAGATTGATTCTACATGCCTGGTTCCCATCGTGAAGCATGGAGGAGGAGGTGTGATGGTTGTTGGGGTGCTTTGCTGGTGACACTGTTGGGGATTTATTCTAAATTGAAGGCATACTGAACCAACATGGTTACCACAGCATCTTGCAGGGGCATGCTATTCCATCCGGTTTGAGTTTAATTGGACCATAATTTATTTATCAAAAGGGCCAAACAAGTGCTAAGCATCTCTGGGAACTCCTTCAAGACTGTTGGAAGACCATTTCAAGTGACTACCTCTTGAAGCTCATCAAGAGTATGCCAAGAGAGTGCAAAGCAGTAATCAAAGCAAAATGTGGCTACTTTGAAGAACCTAGAATATGACATTTTCAGTTGTTTCACACTTTTTTATTATGTATATAATTCCATGTGTGTTAATTTATAGTTTTGATGCCTTCAGTGTGAATCTACAATTTTCATGAAAATAAAGAAAACGCTTTGAATAACAAGGTGTGTCCAAACTTTTGGTCTGTACTTTATATTATTTGAATCATGTTCAGTTTAAATGATTCAGTGCTTTCAAAAACACAAGTCACTTTCTTTGTAACCTTAAAAAAAAAACAATAACATCTTTATAATATTTTTGTCAGTTCTATTTACCATATTGCTCATTAAATACATGCTGTTGACATTTCTACTTCAGTATCTCATTGGAAACTTTTTATTGATTTAAATGATTTTATTGATTAAGTGTAATGCAGCAGCCTGTTTTTTGACTGGGACAAAAAAGAGAACATATTTCTCCCATCCAGGCCTCTCTTCACTGGCTTCTTGTGAAACAAAGAATTGATTTTAAAGTTTTGACTTTAGCTCTGGACTTGCCCTGGCCTATATATCTGCACTTTTACGTTTGTATTCTCCCCCAAGATCCCTTAGATCTTCTGCTTGGCTTACGCTAATAGGGTATATTATGCATATTATATCATGCAGGACTTTTAATTTGTCAGTAACCTGGCTCAAACGCTTTTGGTAAACTGTATGCCATTACAAAATCAGCGCGTTTAAGGTTTGTTTTCTTTAAAAATTAAAGATCTTCAGTGCCTATTTAAAATGGGTCTCAGAATGTACAAGAAGCACTGCATTAAAATTTCTGATTCATGTCTTAAAAATATTTACATTTATTTTACTCCAGTATTTCCAATTTATTTCCAGTGTTTCTGCGCTT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Seq C2 exon
GTCGGCACAGTTTGAACACACGGTTGTCATCACTAGCGATGGTGTAGAGATTCTGACTAAGCTACCTGAGGAAGATTGACAGGAATGACGGGACATCTTGTGACGTGTGAGATGGATCTGTTGTTTAGAATTTGCTATTTAAATAAAATTTTCTAAACTTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019715:ENSDART00000022841:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0055719=Peptidase_M24=FE(11.4=100)
A:
NA
C2:
PF0055719=Peptidase_M24=PD(5.3=44.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]