DreINT0100800 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006892 | myo3b
Description
myosin IIIB [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070706-2]
Coordinates
chr9:3828003-3831055:-
Coord C1 exon
chr9:3830908-3831055
Coord A exon
chr9:3828157-3830907
Coord C2 exon
chr9:3828003-3828156
Length
2751 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TGTATGTTGTGTTTGTTCAGATA
3' ss Score
7.94
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCGGCCGAGAGTGGGATGAACGTGGGGATTCTGGACATCTTCGGCTTCGAGAACTTCAAGAAGAACTCGTTTGAGCAGCTGTGCATCAACATCGCTAACGAACAGATCCAGTTCTACTTCAATCAGCACATCTTTGCCTTGGAACAG
Seq A exon
GTGAGAGTTTCTAGCGCACACAAATCACCTTTAGACTGGACCATGAACCCACTGTTATATATGTGCTCAATACATTTAAATAGCATAGAAATAAGGCAGACATTTTAAAGTAGATGTTGAAATGTATATCCCCCTCCCCCAAAAATATTTGTAATAATGAAGTATACTTTAAGTACACTAAGTTTCTTAAAGAGGGCAACACAGTGGTTCAGTAGGTAGAGCTGTCGCCTCACAGCAAGAATGTCGCTGGTTTGAGCCTCTGCTGGGTCAGTTGACGTTTCTGTGTGGAGTTTGGATGTTCTCCCTGCTGTTGCGTGGGGAGGTGCGGTACAGGTGAATTGGCTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTATGTATGTGTGCGAATAAGTATGTATGGGTTTCCCAGTGATGGGTTGCGGTTAGATGGGCATCCGTTGCGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGTGGTTTTTTCCCTCTGTGGCGACCCCTAATTAATAAAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGCCGAAAAGAAAATTAATGAAATGAATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAACATAACATAACATAATCTAATATAACATAACATAATCTAAAATAACATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAATCTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAACATAATCTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATCTAATATAATCTAATATAATATAATATAGTATAATATAATATAATATAACATAACATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAACATAACATAACATAATCTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAACATAACATAACATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAATCTAATATAACATAACATAATATAATCTAATATAATCTAATATAATCTTATCTAATCTAATCTAATCTAATCTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACAATCTAACATAACATAAAATAATCTAATATAACATAACATAATCTAAAATAATATAACATAACATAACATAACATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAACATAATCTAATATAATATAACATAACATAATCTAAAATAATATAATATAATATAAAATAACATAACATAACATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATGTTTATGGGGAGTACAACAATCATTTATAAAAATCCCGTTATAGTTTTATATATCTTACTTTAATTATATACAGCTATTCAGCTAACATTAAAATGACCTGCATAGTTCCTCCAAAAGCCAACCCTCAAGAGGCTCTGATTAGTCAGCTAACATAATGTGCTGTAATTCACGGACCGGCTCCACGTCACCAGGGAAAGTGGCACGTACACCTCTGCTAGCATGCCCTGTGCCTCAGCTGTGTAAATACTGTCAGTCTGTGTAGCTGTTAGCTGTATCAGTTTGAGTCTGAATCAGACAGAAAATGAAGAGGACACAGCTTTCTGACCACTTTGGGTCTTTGGGTTATAAGCATTTATAAGTAATATGAAACGTTCATATATCTCTTGCGGGTTTGTTATTTGAGATGAAGAACACAGGGAAAGTGGCTGCATAGGGAGACACAGCAGCACTGCTAAAGATTGTGAGTGTTTACATCGGTTTGACAGATAAATATGAATTTGTAAATTTTTAGCGGTGCCAAACAGCATTTCCCATGGTTCACATCCTTGTTTACGTCCTTCGCTACAACATACTGTTAACGCTAAAACTGTGCATGTCATAGATCGATTTTAACAAATAAAAACACTTACAGGTTGTGGCTCACAATCCACAGCTTCGTCTATCCTGGTTGGAGCTGCTCCTTCTTTGAGGAGTTTTTAGCCGAATCCAGCACTAAACTGGAAAGTTATCCTTTGTCAAATGCTAGAGCTATATATTTTTTATAGTTCTATGGAACATAATTAAATTAAACTGTAAACACATCTCTTTGTGTCATGTCCTTAGTAAGTTTTATGATCTCATTAACCTGGATGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGCCTCCAAACTTCATGCGCTTTTGCTTTGCTAAGCTAACTCTGTAGAAGCCAATGTCTCTCTTTGCATAAAATTTTGAGAGTATTACATTCAGAGATGTTGTTTATGTTCCAAACAGCTACATTACACATCAACAAAGTTTAAAATATGATATCGTTGTGAACCACCCCTTTAAATTTGAGTTGGGGAAACCCACGTATGAAATAAGAACTGTACTTCATGGCAACTTTAATAGCATTTCTTTTTGTTTTGTATCTATGAAATGACAAATTCTCCACATCAGTTATTTGCTCAGGGAGATTCTGTTGATGTGTATGTTGTGTTTGTTCAG
Seq C2 exon
ATAGAGTATCAGAGTGAGGGTGTAGATGTCAGTCTGGTGGAATACGAGGACAACAGGCCCATTCTGGACATGTTTCTTCAGAAGCCCATGGGTTTACTGTCTTTACTGGATGAGGAGAGCCGATTCCCACAGGCCACTGACCAAACTCTTGTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006892:ENSDART00000141492:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.0=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]