DreINT0106127 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003607 | nr2f6a
Description
nuclear receptor subfamily 2, group F, member 6a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-4362]
Coordinates
chr2:24721041-24726563:+
Coord C1 exon
chr2:24721041-24721135
Coord A exon
chr2:24721136-24725993
Coord C2 exon
chr2:24725994-24726563
Length
4858 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CCTCTTCTTCTCCCCTTTAGCAG
3' ss Score
8.81
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAAACCGAGACTGCCAAATTGACCAGCATCATCGCAACCAGTGTCAATACTGCCGTTTAAAGAAGTGTTTCCGAGTGGGAATGCGTAAAGAAG
Seq A exon
GTAATTGTTTGATGCAAACACACTGATTTGTCAACGTAATATTAGATGTATAGTTAACAAAGAAGCTGTATCACTTATGTCCAGATTTAGACAATGTTTTCAAGCATACATTACCAAAATTCTGGGCTTGGCAAGTTTTTTTTATTTTATTTTTTTATGTTTCTTAAGTCTCTCAATCTTCTTTTCTTTGAAAAAGAATAAAACATGAATGGCATAAATTTCATTCAAATAATATTAAATGTGAAAATGTCTGATTTTTAAATATTTTTAAATTGGTTTGTCAAAAATAATTGTCTTTTGGTCAGTATGCTGTTGGTCACAACTCGCAGGCCTTTCCCAATTCCATCCCCCTCTCTCTCCCACGGTACTTTCTGTCTATGTACTGTCCTATCATATTAAAAAGAAAAATGACAAAAATCCTTAAATTATCATTTAAAAAAAGATAATTTTTTTGTTGGGAATAAAAATTATCATGTTAAGCTGTTCCGTAAAAAATGTAGAAATTGTGTTTTGAATATAATTTATATTAAATAGTTATTAAAAGCATAAAAAGCTGTGGATTGTGGAAACAAATGTGGTTGATTATTGACTTACTAATTAGTAACTAACAATGAATTGGGTTTTAAGGGATATATCGCACAAAATGAAGATTTGCTGTTACTTTACACAATCATTCAATGTACAGCAACTTCAGGTGACTTTATTTATTATTAATACGCTTGTAGGATCGCATAAAAATGATAAAAGTTTGAGAAAATTACAATAAAGAATATATATTTAATTGACCAGAAGCAAACAGCACATTTAAGATGGTAATGCAACCATGATGTAGAGGGAAATTCTGACTTCAGTTGCCACATCTCCAGACATTGTTCAGATCTGCAGAACTGTTAAGTTTGTATAATGTAGACTGTGTAGCTTTTAGGGTTCAAACTTTTTTTATTTAAGTCATGGTTCAGTGCTGGCAAAGTTTCTGTATGCATATACGTGAGAGCAAGGCATGATAGCTATTTGTGTGTGCTTTTGTATGGGAGATAAAAATAAGCAAATAGGTTGTTTTGCTGTTATAATATTCCCAAATTGTGTGTAAATAAGAACATGTGGAGAGTATGAAAAAGCATACTTTACGAATTAACAATCTGATTGCCATCTGCTTCAATTGCAGTCACATTCAGTTGTGTAATATAAGTGTTATATGCTTCATTTACTCAGACATTTTTAATTAATATATATAGTTAATGACACACAAATTGTAAAGGGTTTAATAGTGGTATAGTTCATTTTGAAACAAAAATAGCGAAATGTTCGTTAAGTTACATTTTTCATTGGAGGAAACAGCTGTGCTGATGAGGTGAACACAGAGAAAACCCAACTGCTCCTCCATGACATTGGGTGATACAAGGTTATCTATAGCTGCTTTTCCACTATCGTGCCAAACCGTTCTAAGAACACTTCGGTACGGTTACGGTTGTTTCTCCACTGAGCCTGGAACGGCGCGGCACGATTACAAACCGTTCTCGGCCCGGAATTCTCGGCACGGTTAGACAACCGTGCTGAACTGTGCTGACAGATTCTGTGTGTTGACGTCGCGACTCGGTTGCTAAGCTACCACAGCTGGCTCAGCAGAAGCGCGCTAGTCATCAGACATCCTCAATAAACTACAGTATATTTAATATAAAATAATGATCCAGGTCTAAACGATACAGTTTGAAAAGGGTTTTAAAACCATAGAGCAGTCTCTGGCAGAGAAGTGAATAACTCATCACATTCTTACGAAGATATTTTATTCATTAAAGTTATTATTTTATTGACTTGAATACAGACCTACTTCGCCTGCTGAATGTGAGTTTATTGCACGCAGCGCTGTATTTCACAGCACAAAACTCGCTCTGATCCGGGAGAGACATGCCAGCGACTTGCGCTGCTGACTTTTTTTTTTCCTGCTGCGCATCGAATAAAGCGAATAAAGTCACGCTTTGCATCGTCGATGTCCAAATTCCACAACAACATCACTATATCCATGGAACACGAACTTGCAGACTCTTTTAACAATGAGGAAATAATTGCACTTTTTAATTCAAAGCCAGGACAGCTTGTTAATACCGGCGAGACCACCTGAAGGACGGCGTGTTCGTGTTGTAATGTCGGCCGTCCAAAAGACTTTGCTTGAAAGCTTTACGGAGCGGCACTGTAACTGTCCAAGGTACTGTTGTATGATTTATATTATAGCATATGCACTAATAAACAAGTCAAAAGAATGAATTAATTAAATAAATATGGATTCTTAAATGTCAGTATTGCTTTTACTCAAAAAATATCAATACGTTTTGACAAATGTTTTATAAAAATAAAATGAGCAATTTTCATAATTTCAGCTATAGGCAATTATATGATTCAGTTATACATAAGTTATATGACATTTATGAGGCATATAACATGTTTCTGTGTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTGATCTTTAATATAGCTACGCAAATATTTTCTAAAACGTCTAGCAATATTTCGCCTACAGCTTGTTAGTTAATTATGAACACAAAAATAATTATAAAAATAAAAATAAAATGATCAAAATAAAAAGATAATAAAGCAGCATTTTAGTGCTTTATATGCTTTAAATCCTGCAATATATGTGTTGTTTCATATTCGTTTTTTTCACTTGCTGCATTCGTTATTTAATGTTTGAATAGTAAAACAAATAACAGCCATCGCTTAAATGGTTTCATTTTACCATCAAAATGTAGTATATTTTATATCATTATCAACTTTTGATATAAATACGCAGTGTAATTTAATTAATTGTTAAAAATGAAATAATTTATGTGCTGTGTTTTTATTAGTGAAAGTGCCCGCTCACCTTTGACAAGGCCTGTCCAAAATTATATTTTTGCCACTATAATGCAAATGCACTATTATTGTTGTCTTATCATGGTTTATTTTTCTGTTATGTTCAGAGATTTTAAATATTATTTATTTCCCCTCCAATTATTTTTAATCATCACGTTACATTTTGGTAATTTTACCTCCAAATAAAATTTAGCCAGAGCTGCGCAACATATAAATAAATAAGGGTGCACATTTAGCACCCCTATTTGATAGAGCGGCATAACAGTGTTTAGTCACATGCTTTTGCTTTTATGAAAAATAAATAAATAAATAGTTTCGGCTCTTATTTAACTTTAATTGAACAAAGGGAGCCGTTTACATTGCGTTACCAAGGCAACTACTGATGCGTTTTGTGTAATGTTTTAAAGAGCTTTGTCGCAGCACGACAGTGGAAAATGAAACCGTATCCGTGCTGTCTGGCCCGGTTTGGCACGGAATGGAACAGTTCTGTTTAAAGAACGATTCAGCACGATAGTGGAAAAGCGGCTTATGTTAAAGAACTGCAAATAAGCAGATATCATAACAATTTATCGATAAACACACCTCGTTCTCTTACTGTCCACGGCTGTGGTTTGCTGATCAAATAAAAAACAAAAGACGGGGAGGAGCCGAATTCTGCCGGTGTTTTCATTTCAAATTTAAAGGGGACTGAGGCGATAATTTAGTGTACAGTTTTTAAGCGAATCGCAAAAGTTTTAGGGGGGCTCAGTAGAAATATAGGGGGGCTACAGCCTTCCTAAAATAGGCCTAGCAACGCCCATGCTCTGCACTATACTAATGACTTATTGGGTCTAAAACCATGTGTTTCAGTTTCATTGTCCAACCCCTGTATGTGTACACGTCATGCACATGTGGTGTAATGCATCAAAGATCTTATGGTTTGGATCACATTGCGCATTTTGAATCACGGATCAAACCATTTTTCGCATCAGCCAAAAAGGAGGACACAAATGTAATTTGCCATTTATTCATTACAAAAACAGTGATGCAAAAGTAATTTATGGTTTTAGCAGACATAACTTAGAACCTGTAGTTTAAAAAAATAAAATGAAGAAATAACCAGTTTAATTAATAATACTAATACGAAATGTATGAGTCTAAAATATATTTAATTAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTAACCCAAAAATGAATTGAATTGTTATTAATTAATGGTAATTAATTTTTTACAGCTTTTTTCACAAACTTCATGCTGCAAAATTAACAAAACAGAGCATTAAGAATCCATGTAGTCTTATTAAAGAATATCATTCTTAGGCACAGGCTCTTTAAATTATTTAAACACAGATTCGATATACCTTCATTAGTTCCACAGTAGGGAAATGTCTGTTACAGCAGCAAGAAAAATAAGATGAAAATAAATAGAATAGGTTACTAGATTCAAATAATCTTGCAAACTTACAAAGCAGAGTACTGAAGGAAACCATTTTACATCTGATAGAGTGAAGAGAGTCTAAGATCAGTATTTTATTTTAAGCCGACCCAGATGGTGTTTGTTTACCACAATTGCCAGTGCACATGATGAAACGTGCATCAAAGCCCAATGACCTATATATCTTATCTCCTCAACAGTTTTGCCTTTAAAACTGAGCGTTTTATATAAACACACACACACACACACACACACTGCTATTTATATTATTACATTTTCTCTTTATATTTGTCTAGTATTCCCCTTTTCATTTCATCATTTATATCCAAAAGCTTGCATAATAAAGCTTGGGATATTTCGAAGCCCTCTATACTCTCTCTACCAGATGTTGCATGAACAAATAAGAAAGTCATCCCTCAAGCTCTTCATCTCCATCACGACTCCCTTCTCTCCTCTTCTTCTCCCCTTTAG
Seq C2 exon
CAGTTCAGCGTGGACGGATCCCACCTTCACATTCGAGCCTGAGCCCATCTACAACTCCAGTAGGCGGTAATGCCGGCGGTGGTGTGAGCGAGTTCTACAATGGGCAGCCGGTGTCCGAGCTCATCTCCCAGCTCCTGCGGGCAGAGCCTTACCCTAACAGCCGCTACAGCCACCAGTACAACCAGCAGATGCAAGGCGGTGGTGGCGGTGGATCTGGCATGGGCATCGACAGCATCTGTGAGCTCGCTGCCAGACTCCTGTTTAGCATCATCGAATGGGCCCGAAACATTCCGTACTTCCCCGAATTGCCAGTATCGGAGCAGGTGGCCTTGCTGCGGCTCAGCTGGAGCGAACTGTTTATTCTGAACGCAGCTCAATCTGCCCTGCCACTGCACATGGCCCCGCTGCTGGCCGCCGCAGGCTTCCACTCCTCACCCATGTCCGCGGAAAGGGTGGTGTCCTTCATGGACCAGGTGCGCGTCTTCCAGGACCAGGTGGAGAAGCTGACGCGTCTGCAGGTGGATTCGGCAGAGTACAGCTGTCTCAAGGCCATAGCGCTCTTCTCGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003607:ENSDART00000022379:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.168
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010513=zf-C4=PD(42.9=90.9)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PU(65.0=62.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]