DreINT0114992 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101983 | pkn2
Description
protein kinase N2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061207-42]
Coordinates
chr2:22795099-22798468:+
Coord C1 exon
chr2:22795099-22795327
Coord A exon
chr2:22795328-22798285
Coord C2 exon
chr2:22798286-22798468
Length
2958 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGACC
5' ss Score
6.54
3' ss Seq
ACTATTGCTGATTAAAACAGGTA
3' ss Score
4.87
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCAAGCCAGATTCAATGAGTCCAGTCAGAAGCTGGATTTGTTGAAGTATTCCCTGGAGCAGAGACTCAATGAGCTTCCCAAGAACCACCCGAAGTGCAGTTTGATCATGGAGGAGCTATCTCTGATGTCCTCTCCGGCTCTCAGTCCTCGCCAGAGCTTCATATCCACCCAAAACCACAACAGCACTGTGAAGAACCAGTACAGCACCAAACCAGCAGCTCTCACAG
Seq A exon
GTGACCAACGCATTTTCACACATACAGGACTCAGACGATAACTATCACAATATATTTTTCACGATAAAATTAAAAATGTGTTCGTTCGATGCAATATTTAGTGATCTGAACGGCGGTATTCTTTTGCACCACACAGAAAGTTTCTCTGTTTGTGTAAATTTAGGTTTGTTTACATGCAGACAGGTCTTGAATTGATCACATGACCAGTTCATAAACTCTTTTATTCAGCTAAAAAACACAGATATCTCCGTAATTTAGTTTAAAGCCTGTTAAAGGAGCGCTGAGAAACAGGAGAAACACTGCCATGAACCATTCTGTTAAAAGCCTATTTCATAGATGTACCATGGATATTAAGATCACTCAAAGCAAGTTTTATGAATATTTATCATTGTAACAAGTACATCTTAGATTTGTGAAATATTCAGCTGGTTGGTTCATGTGTATGTCATGTTTTGACTAAAAAGAACTAACAGAATTAACAGTAGACCGGTTACTAAAACTTTTACTCAGGGGCAAAATATGCCTTAAATTTGAGATTTATTGTGGTTATTATTATATATTTTTGGCCATGTTGGCCAGCCCTACCCATCTATGTTTCTGCTCGGGTCAGGGTTGTTTTTATTAATTGCTATTTTTATTTTTTAAAGAAATAACTTTTCAGCAAAGTCACATTAAATTGACCAAAGTGTCTAAAAAGATATTTACATATAACAGATGATTTGTGTTCTTTTGAAGATCCTGGAATAGAATGTTTTCACAAAATGTATTTTTGTTTTATTTAATTAAATTTATTTTATGTTATTACTTTAGTTAAGGCTTTCAGTATTGATAAGAAATGTTGGTTACACTTTTTCAGTATTTACAATAAAACTACATTGAAGTTCTGAGTAATGTTAGTTTGGATCTTAAAACTGAGATTAGTGTTTCATTTGTTTCACAGTAAATGATTTACACTTGCAATGTCTTTGCAAGTGCTCTGGGTTTGTCAAGACGCTTAGTAAAATTTATTTTAGAAAATGCAAAAGAAAAGTTCTTTTGAAAGCAAAAATAAATATTAGTTAATTAATTTTACTGTTGTGATTATAATGATTATAATTATTACGTAATACTCAATTCTTACGTATTTCTTTATTGATTTTTTTTATTGTTTAATAATAAAAATAAATAAATAAATTTAATAAAAAAAAGAGTAGAGTAATAGAATAGAGTAATAGAAAACATTTCCTTTTTTATTATTAATGCTTCATCAGCCTTGATAAGAAATACTGGTTACACTTTTTCAGCATCCTTTTTACAGCATAACTACAATTAAGTTCTGTGTATTATTTATTAACAGCATGTACTTACTATGTGGATGCTGAAAATTCAGCTTTTACCAAATAAATTACATTTTTAAAAAATGTAATATTTTCTAACTATTTTAAATTGCAGTGATATTTCAATGGGATATGTGCATACAGACTTTTAATTTCAGCCAATTTAATTTCCACCCTCAGTGCTTCCGGTGAACTATCTTTCTATTATAGAATTTTCACAATTAAGGTCTGATTTTTTTTTTTAAATCATTGATCTTCATTGCCTGAGAGATATACAATATAAAATGGGTCTCAGCCTGGATAAGAACTGCATTAAGTTACATTTTCCTCACCATGCCTTTAAAATATGACAGTTTATTTTACCCCAGTAATTTTAACGGAGTTTAGCCTCTAGGATCTTGACGGCGCTAGCAGTTACACGGTCATTTATGTCATTTTACACTTGAACAACTAAATTAATGTGTAGGTCTATTTAACTGAATGTATTTTAATGACATTACAACAGTGATGCTGTAAAAAGAGCATTATGAAAATAAAAAATAGCCACGTTAATTAGAGAGTGTGAACCTACACTGATGATGATTTGGTTACGATTATCATGCCATAGATTCGGTTCAATTTGAAATCTTTGTTTCATGGTGCATTGACGATACTTTCCATACACAGTTTTATATTTTACTTCACAGCACAAGAATTCTTGTATTAAAATGTATAAATATATTCATTTTTATATATTATTTGCAATACATATTTGTCTTTTAATACAAAGTCAGAACTGAACCTTTAAAAACCCAAGTACATGCACAGAACAACATGAGCATTTATTGAAAATAAACAAATGTAAATATCGCTAGCTCGCTTTATGAGCCCTGTCGAGCGAGTTCTTACACCCCTATGATTGGTCGCATGCTCTACAGAAAGGGCTACGATTGGCTCTAACAATCTGGCACATTGTACACCGATGATAAACACTGATAAACGTCAGCGGCGATCACAGTTGATCCATAACAGATGCGGTTGAGAAAACTCGCTTGTGTTTGTATCCAGAAGTAACGCTCTAACAGCTGAGAGGAGAAAAAAAGTTACCTTACGCCAGCAGGTTAAAGAGCCACAACGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATGGGGTTTACTTTCATTTCCTCAATCACAGTGAAATAGAGGCTTCTGCTGTAACTTCAGTGTCAGTGAAAGCAAACTTACGCAGTGAATTGTGCAGTTTCTGTATTTTTAAGTAGTTGGAGTGTTTTAATTACTCATGCTCGCCTCCCTCGCCATTGTATTCTACCGTGACATAACACATATGAGAAAAATGACATCAGTAATATAATAACCGCTTATGATTATTACTGAACCGAATTGTTTTACTGTGATACCGAATTGTCCGCATCTGCATTGCGGTACGCCGAGAAAACGATTAAATTTGACACCCCTATTATTAATCTTTTACCGGAAGCTTATCATTGGTTGAAAAACACTAGCTGTTCATGTACCCCATTAAAATCTTTTTAACAAACCTATACATCCCTGAGTTAAAGACTGCAAACTCTTTCATAATGTTACTGACTGCAAACTTTAAAACAGAAGTGCATTTCTATGTTGACTATTGCTGATTAAAACAG
Seq C2 exon
GTAAGCTGGAGGTTCGGCTCATGGGATGTCAGGATTTGTTAGAGAGTGTGCCTGGCCGCTCTAAAGCCACGTCGGTACCGCTGCCCGGTTGGAGCCCCAGTGAAACTCGCTCATCTTTCATGAGCCGTGGAAACCGCAGAGGAACCAGCGTTCGAAACCTCTCTAAAAATGACGACTTGTCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101983:ENSDART00000172715:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.338 A=NA C2=0.435
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=PD(43.1=40.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]