DreINT0116743 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010773 | pnpla6
Description
patatin-like phospholipase domain containing 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050107-4]
Coordinates
chr1:45187956-45196813:-
Coord C1 exon
chr1:45196744-45196813
Coord A exon
chr1:45188073-45196743
Coord C2 exon
chr1:45187956-45188072
Length
8671 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
GTCCCCTCCCGGTGTGGTAGGCT
3' ss Score
5.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTTGTGGCTGCCTTACTTCAACGTGACCACAGATATCACAGCTTCTGCTATGCGTGTTCATAAAGATG
Seq A exon
GTGAGTGATCACTGAACTGCTTTCTGTTTCAGCTCTAATGTGGAGTTCCACAGGGTTCTCTGGTAGGGGCATTTTATTTAGGAAAATAACATTTTATTAAATGTAAATACAATAGTAATTGTATAAAATAATACATTAATAGAAATAAATAATTTGACCAATTTTAAATGTAAAATACTGATATTTAAAAATGGAAGATAAATCTTTCTACTCCAGCGAGAAAATAAATACCATAAAAAAGCTGGGATTTTAAATGCTTAACATTAATTCATAAACTTTTTGGCCAAATTTAGTGCCTGCTGTTTAGTTTTGGAAGTTATGAATTTGTAATGATTGCATGCATGACGAAAATTTTATGTGGGTTGTGCGATTTGCTGACAAATCTAGAACGGCTGGTGGTTTCTGATGGAAATATTGACACTGTTTGTGTTATTATGCCTGTTAACTTGCATTCATGTAAAGGAGCTGATAATGTGATGAATTGCTTAAGTGTGTTTGTCAAATGGATAATCACTAATATACATTTTGGGATTGACCAATGGTTTAACCTATATCTCTGAATTCTGGGATTGGTCCTCAAATTCAAATATAAATGTATCCGGTAACAGACGAACTCTTATATAAGTTGATTGGCTAAATGTATTATTTGTCATGTTATTACTGTTACGGTAAATACAGTTTAGTGCTGTAAAACACTGGATTTGCAGGCCTTATATTGGTCATGTGGTCACCCCTGTTTGCCCAAAATGATTATGGGATTGAATTTGCACCTTTCACTAACTGCAAGTACAAAGCTTGTCTCTGTTATGTTTCCAACTCCATTTCATTCCCCCTTTTTGGTCAGTTTCTGTCTGTCTTCTTTTCTGTCCCGCCTTAACCTGCTTCTTTAACAGAAATGACTAATCTCTCAGTGATTCCTGTCCTTAATCCCACTATTTTTTCTTTCTCTTATATCCCTAGCGTAAACACCTTTAGCTGTTGTATGACTTGTAGGTAAAAACCCCAGTTAGTGGTGTCTGTAGGATCCAGAACCCATCACCCATTGCTTCCCCCTGTTCTCTAAATGCCTCTCGTCTCCATTCTGCTGTTGTAGCATTGCGTACATACTTCTAATTCTCATAACACACAAATTACAGATCTTAGCACTTTACTGCAACTTAGAGTATGCCAGCTACTCAGCTGTGAGTATTGTTTAGGTAGTGATAAGGTATTAGAATATGCTTTTACATTTAAGCAATTTCACAATGCAAGAATAACACATTCAAAATCTTTAGTAGCTAAATGAGAGTAGGGGAATATAGTATTTGTGCACCTATACAGCCATGTTGCTTTGGCAACAGACATTTTGCTTTGGCAACAGACACAAAAGTACTTCAAACAGTACTTTACACAATTTTGGGGGAATCTCCTCATCCACCACCAGTGTGCAGCATCCACCTGGATTATGCAATGGCAGCCATGTTACGCCAGACCGCACTCCAGCTGATTGGTGGAGAGGAGACAAAGTGATAAAGCCAACTAGGATATGGGGATGGTTAGAAGGCCATGATGGACCAGTGAGCAAATTTGGCCAGGATGCTGGTGTTAAACCCACTTTTTTTTTTGAAGGACATCCTGGGATTTTGAACAACCAAAGAATTGTGTCAGAACCTCAGTTTAATGTTTCATCCGCAAGACGGTGCTCACTGAGCAGTATAGAGTCCCCATCAACATAATTGTGCAGTAGGACCCACACAGACTGCATGTTGAGCACCCACTAGTGGTCTCACTAACACCACTTCTGGCAGCTTACCCTTGTGGTCTCCTATTCAGGTACTGACCAGGCGCAGCCCTGCTTAGCTTCAGTAAGAGTTGCAGAGAGCTAGCTGCCGGCTATGTGTAAACTACCTTTCCAAAATGTAATATCATTATGTTTTTATGCTATAAAAAGAGGTCTTTTAAGTTCATCTAGGCTGGATTTATTCAATAAAACCAATCAAAATGTATATGCTTGTAAAATATGTATACAATTTAAGAATATAACTTGTCTTTTTACAATAGACGTTTTTTTTTGTCGGGATAAAGCTAATATAATCTTCTTCATGATTCTTAAGAAATTATTCTATCATCAATTATAGCTCAAGCTATGTCTTAATAGTCTCTTTCACACATACAGACCTTTCAGGAAAGTTACCGGCAATTTCCCGGAAAGGGATCATGTGTAAACAAGCCCTTTTTGGAAATACTGGTAAATTTGTTGTGGCACTTTTCTGTAAAAAGAAGTAGTAACATTACCGGTAATTTGCTGGAATGCTGTGCTGCATGAACGCAGAAGAGAGATTGCCGGAAAGAGAGCGTGTTCATGATAAGAACGCGCTGATGTGAGACATCTACTCCATCTAATCAAAACATTCAGGAATGGATGTGTGAATGGTCTTTTCCAGAAAAATTCCAGAACGTTCTTGCCCGTAAGAACAGCACTTTTTTTATTTTACTTTAAGTCATTCCAGTAATTTTCCAGATATTTACAGATATCACTGTATGAAAGGGGCTAATGTTAATATTATTATTAATTAAAATATGATCTTGCGGTAGATAAAAGGATTTGTTTTTAAAGTGTCACAAAACACTCCTTTTTTTGGAACCACTCTGAAATATATAATTGTTTTTCTTTTTGTTTTGTGATGACCACTTTTGGTAGTCTAATGTGTCTTATACAGACTTCCCACAGTCAAGGAAGTAGGATTGAAATAATATTTTAATTATTCTACGATTATAATAAGACTTTCAACTCTAGAACTTTAGCAACACACATTTTCCTATCAGGTCTCCAATCACCCTTTCACCTTTGTGTCTGTAGTTCTAAATCAAGTGACTCACAAGATACTAGCTTTCCTGTCCAATGTCTAATGTGCTATAATACTTTCAGCCTGCAGATCTCACAATTTCACTCTCTTTGTGCCCTTCGTCCACCTCTCCTGCTTTCTTTTCTAATCTGTTTAGTTTGTCATCACTAATAAATGCAGTATGCCTGTGGATTCAGCATTCTCCCCATATTTGTTTAGGAAGCAACACCAAAGTTTTGATTGTGTTTGATATTCAGAAATGACCCAAACTACATTCAGATGTTATTTATTTTAACCGATTGATTTGCCTGATTGGCCTAACACGATCGCAGCATTAAGTCCGAGAAACTACGAGGGCCGTTGGAGAATTGTGTGCCCCCGCTATCATTCTCACTCATCTGTTTCCTGTTGTTTACTGTCCCTCCCTCCTCTCTGTCTCTCTCCACGTCTTGTGCGGTTTTGATTTACTCTCCATCTTCATTTTGCCAGGCTGTGTTTGGCGCTATGTTAGAGCCAGTGCCTCCTATACCCCTTATCTGCCTCCTCTCTGCGACCCCAAGGACGGCCACCTCCTCGTGGATGGTTGCTATGTTAACAATGTCCCAGGTCAGGACTTTGCCCCCCCTTTTATCCCACCACAAACCTCCAGAAGCCCGAAGGAGGCTTTAAGATACCTGCTACACCGATATCCCTGCGACAACCAACCACTCAATTACCCTTTGCTTTTTATTGTTTCTTGTCCGGATTGAAACTGAATTAACCCCTTGCTTACATTGGGAACCCATGGTTTGGAAGGAGCACAGGATAGAATATCATTAAAGAGAGAAAGAGTCTGAGATTAAAGAGAAAGAGTTTGAGAGAGAGAGACTGTGCTTTCATAAGCATGATAAAGATTTTACTTTCGGCTGAATTTTATGAAAAACATATCTAAGTATTTATTTTACCCCAAGAAAAAAAAATGAATGAAATGTTGCACAAATAAATAAAAAAATGTTATGAGGATTTAATTTTTTTAAGGTGAGTCTGCTTAATATTTAATTCAAATAATCAATGATATATTTAACTCAAAATTAAGCACAAGTTTGTCATTAGCATAGCACATTCAATCCTTATTTATATACTTTTCTATGCTTAATTTCACATGTGGCACAAAATGGGCTTGTAATTATGATTTTTAAGTTCTAAATAAAAATCAAGTTTTACTACAAAATTAAATATCCTACTCCCAAACAAAAATTATTAAAATTGTATTAAAATTTTTGTCATTAAATGTGCTAGTTAACTAATTATCTAAAGCAGGGGTGCCCAAACCTTTTCTTATGAAGGGCCAAAAATCAAACTTGATTAAGGCTAGTGGGCTGAAGGTAGATATAGTTGCCAATGGTAATTTCCAAATTTATGTAATAATATTTTAAAATGACTAGAAAGCATTGCTTTATATGAACTAATACAGCATTTTATTTTACATTTTTTTTAAATGAACTTATTACAGTTAAAAACAAAAATCTCATTTATAACAGAATGGAGTTACATTAGTTTTTGCCCTGATTTGCTCACATTAGTGACATTTAAAAAAATCTGATTTATTTACATTTAATTTAATTTAATTTACATTTCAGTTTGCTTTTTTTGTTGGTCAGCAATAAAACAAACAAACGAAAAAAGGAATCGGCAAATTAGTAATGAGAATCTCTTATGAAGACATTCGCCCCGACGCTCTCTATCCTTCTCACTCTCTTCTCAGATAGAGTGGTGGCCTAAATCAAAGGTTACAATGAGCCAACTTTGGCCTTCGGGCCTTACTTTGGGCATCTCTGATCTAAAACAAGCATTTGTGGAATTTACTAATAATTTGTACACCTTAAAAGTAAATCATATTCCAGAGTAACATATTACTAAATATTGTTATTTTTAAAATTAACTAGATCCCTTTTTGCTAATTGCACAATTTACATTCAGCTTTCAAAGCTAAACTTTTCTGTTTGGCTTTTTTGTAATGGCGGTATACACACATGGGCACCCGGTTTTTAGATTTAGGGTCCACACAACCAAATGATGCTTGGATTTCATTTCATTGTGCCTTAGCCAGTGTCTGTCTGGTTACAAATATACGTTTACAGGCTAAAACTCCAATGGCAGAAGTTTTTGTCTTGTGATTTGATGTTTCAGTTTGCA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Seq C2 exon
GCTCCCTGTGGCGCTATGTCAGGGCGAGCATGACCCTTTCCGGGTACCTGCCACCCCTCTGCGACCCTAAAGATGGAAACCTGCTCATGGATGGAGGATACATCAACAACCTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010773:ENSDART00000140890:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0173417=Patatin=PU(29.0=75.0)
A:
NA
C2:
PF0173417=Patatin=FE(23.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]