DreINT0119309 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006288 | prdm5
Description
PR domain containing 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040708-1]
Coordinates
chr23:2015026-2020843:-
Coord C1 exon
chr23:2020721-2020843
Coord A exon
chr23:2015201-2020720
Coord C2 exon
chr23:2015026-2015200
Length
5520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
GTGTGTGTGTGTGTTCACAGGAT
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCGAGGGAATAAAGGTGATGTGCTGTATATCCTGGATGCTAGTAACCCTCGTCATGCTAACTGGCTTCGCTTCGTCCATCAGGCCCCTTCACAGGAGCAGAAGAACCTGGCCGCAATCCAG
Seq A exon
GTAACAAAAAGACTGTATGTAAGATTAACTACAACAAATGTGAGTTTAAACACCATTTTACGTTACATTTATTGCCATACTGAATACAGCAGCCAATAGTTTACCTCAGATCTAAAGCAGGTCGTACACCGGATGCGCCGCTTAGCGCCGTGACATGGCATGCACATGACAGTTGGAAGTATCGCACACTAGAGCTGCACAATTAATCGTTAAAAGATCGCAGTCTCAATTCGACCCCCTAGACGATCTTAATCCAGCATTTCTACGATTCTGCCAATCATATTTACAAGTTCAGGAGAGAAGAAAAGGCGGCTGCACGAGTCTTTTCATTGCTTCACATACGTTGCTCAGTGACATTGACACCTTTAAATGATGTTGAATGAATCACGTAATGTATTTATAAGGTATAATTCACCTAAAATGCAATTTTTTTCGTCATATAATGATGTTTTCGCGATCGGGAAATCACACGTGACGTGAGCTGCTGCCCATGAGCTTTTATCACAGAGAGGGTGCGCACGCGCTCTACTTATTGATAGACGTGCGCGGGTCTACTTTAGTGAACAGAACCTGCATATGTTGCGAGTAATGCCTAGTTCAGACTGCGTGATTTTAGCCCCCATTTCGGCTCGCTGACAGGTTTTGAGAAATCGCAGACAAATGCCTGAAATCACAGGCAAATCGGGGCCTCGTGCACGTGGGTGACAATCACACAGTATGAACCATCAACGACGAGATCTGAGAGAATCGCCGATGAGTCGCCGATGCCTGTGAGATATTTGGCGTGCTAAATATCTGGAGCTGTCGGCGATTCAAATCATGCCGTGTGAATTGAGTTCTGACTGAAAATAACATCAGCGATCGCCTACAGCCAATGAGAGAGCAGCATTCACTTGCGTGTGTGTGTGTATATCTGCTGCAGGCCAGCGGGAGGCTGGGGGAGAAGTTAAAAGCGCTCATTTTCGGTTTATTTGGACCCACGAAATGGAGGAAAAACTAGTGGAGGTTTGGCAGCATTCAGGAGCACCCGTGTCTGTTTGACGTTTCATACAGAAAGAAATTAGTTTATTATTAACGTTGAGGAGAAATGGCTAATTCCCTTTCAACCCAGGTGAGCAAATATGTACATGTTCTACCCCATTAAAGACTTCTCACTCATTATGTAGTTAATAACAAAAGATATACTACGTGTTTTTGGCTGTGAGACATAGTTTGGACGAAGTTGTCGGCGATTCTTCCAATAGTAAAGTCATGCAATGTGAAAGCCCCTGTCACCGATCCATCTTGCAGTGTAAACAAAGCAGCGACGAAACGCTAGCCCAGATAGTCAAGCAGTGTGAAAACATCTGTGACACGACTACTTTGAAAATCATGCAGTCTGAACTCGGCATAACAGGTAGTACAGTTGTAAATAATATTCAGTTTGTGACACAGAGTGATCGTTTGGGAGCCACGCGAAGTATGAACAAGCACTTAGCAGTCAAAATGAAACCGAAAGTGTGCACGTAATTTAAATGATATTGCATTTTAGAGTTATGATTACGGCAAGCATTTGACATGTTTTTTCTTTCATAGCGAACACACAGTTGTGCATGAAATTTAATGTTTACAATGTCAGTATAACCACTCCAGCCTATATAATGTTGAATATAATCTGATAATGGCAAATGTCTGATTTTACCAGTGAATTAAATTGTCTAATATGACAGGTTGCAAGCAAATATCTCAAACATAATAATTCAACATCAGAATTATCATAAGAATAGATTAATATAGAATAGAATTATTTATAGAAAACAGTAGACCTACACATAATATTATTATCGATGATGTGCCAAATGTTTGTTTTTACCATACCTTTAATTTACATCTACAGAATCGTGAGAAAATCGTGATCTTTATTTTAAGCAAAAAAAATCGCGACTCTCATTTTATCCAGAATCGTGCAGCTCTATCGCACACCAGACTCGCACATTCGCATGTATTTAAAATGAAGCTATTCAACCGGCGCTCTGTGGCGCAGCAGGAATGTGAACAGTGTCCTGAGTCGTGGCTAGGCGCCTCGTTGCCGATGTGTGTACCCTGATAGAAACCTATGTTTAGAATTCTAAAATTCTTAATGTTTTCTCGATGAATTCATTATGTTTAGACTTCTCGCTGAGCGGCGCTTCTGGTGTGTGACCTGCTTTAGGCTATTTTGAACTGTGACTCGAGTCACAGTCCAAACTATAGCCTATGTTTAATTTATCGGTGCAAACCAGCATGCGCTCAGCATTATTACAGCAATATGTAGCATTACGACCCTGGTCTAGGGTTCGAAACGGGTAAACTAAAGTGACCTTCTTGCTGTAAGGCGATCATGCTACCAACTGCGCCACCGTGATGCCTACTTCACATTATATCCGATGTTATTAGTTATAGTATAGTACATGTTCTTTCCTTCTTTCTTCCTTCCTTGCCTTCGCATAAGGAGCACGCTTCTGATTCCTTCTAGTGCTGTCTATGTAGGGCACTTGCTAGGTTTTGGAGCAGAGCCACAGAGTATGACAGCAGCTCTGAAACAGATGCAGACAGACAGCAGAAGGCATATCATGGGCTCGGTTGTTTGTTATGTCTTGTAGTGTTGAAGAGCGTTTGAAAAACACCAGAGAGCAGAGATAAGAGGAGTGTAATGAGCCTTAGATGAATAACAAACACACACGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGATATGAGGGCATTTATGCATGTAGGCACAAATGTTTAAATGAGTTTCATGTACGGCTCTTCAGCAGCAAGTTAGCAACCAAATATCGCTGTTATTACAGTCTGTGTTAATGCAGCTTTAACACCTCCTGAATTACGGGAATAATGCTGCAGTTGTGGAATGACTGATCTCATATCAGCACATAAAGAGGCAAACATTTTGTGATAAAACATGCAGGAGCACGCTGGAGGGTTCACTGTAGAAATGATTGCAACAACAAATGGAATAGAAATATGTGTTTGATTTGTAAAGTTAAACGTGTTAATTTTATTTCAAATAAAGTATTTTATTTTATTTTATTTTGTTTTTTTATTTTATTTAGTTTTATTTTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTGTTTTATTTTATTTTGTTTTTTATTTTATTTTATTTTGTTTTATTTTATTTTGTTTTTTATTTAATTTAATTTTGTTTTATTTTAGTTGTTTATTTTATTTAGTTTTGTTTTATTTTATTTTATTTTGTTTTATTTTATTTATTTTTTATTTTATTTTTTAATTTATTTTTTAATTTTTTATTTTATTTAGTTTTTTATTTTATTTTCTTTTGTTTTATTTTATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCTTTTTATTATTTTATAACGGGTAAAAAAATGTTCCCACTTTATATTGTCGCTTATACCAGTGAACTTACATGATAACCAGATGTGTAGTATGTAACTACAGTGTATGTACAAACTGGTACATTGTATTGACTTGTGTAATACTGGTGTAACTACACGCATGTAATAACACGCTGAATAGCATGTGTATGTTCAAATGTTTAACAGGACTTTAATAAACGGTAAACTACCTCTTTAATGTTAATTACTGTTGTAATTCTACACTTTACCTTAAAACAACACATAAACATAAGGCATTTGTATATTTGTATATACCTTTTATACTATTTGCCAAATGTGTTTTTTTTTTGCAAAAGAGGGCGGAGCTACAAATGTCCATGTGTCAGCATAGTGGCAGATCCAAAATCAAGACTAACGTCCTATGTTAAATTTATTTTATTTAATAAATTGCCATCCTTGATTTATATTAGACTAATGCTAGTCATTTATGGTTCTTCAACACACCTTTAATTATTTAAATAAAATTGTATTTTACATTATGATCATGTTTTATGGATAGACGCATGCAGAGATATCCCCCTGTGTCCGTGAGCTGATATTTCATCCAGTTCTGCTTCATACAGCGTGAATTTGAAACGATCTGACGGTCATTACAGCAAAATCAAGAGCACAGCGTCTGTGTTTCCTCACTCTCCGCATCTCCCTGCGGATGAATCTCAGACTGTGATTTGAACATAATGTACAGCAACTTCTGCGTGACCTTTGAGGAAGTGGAGGTCTGATAAGGCCATTAAACAGGGGTTGGAGTGTTTGCCCTTTGACCTCAATCAGGAAGCTGAGTTGATCTTGTGTGAATGTGTGATTGCAGCTCCCAGCGGCTCTCGGTTCTGCTGTCTGTTCAGTGTCAAGCACACCTCGACCATTACACATCTGATTCGGTTTATTCCCATTGTATCACGTTAGCGGTCAAAGTCGGCACAGTATGATGTCCTCTTTAGCTCTGCATCATATACTGAAAAATTATCGTTATTATAGAGAAAATATTGTTTTTTCTTTATCAAAATTGTATTTCATAGTTTTTTCCCAAATTATTCATCAATTAGGGTGTACTAATTTTTGCAGTGTGATCTTAACCTTGTGTATTGTTCAAATTGACTTGTTCAATTTACGCCATTATAACGGCATATTTGATTGTAAACAAAAGAGGTACAATTTATACGTAATATTTACTGTTGATCATCAGTTGTATAAAAACGAAATATAATGTGCGCACATAAATACACTTAATATGTTTACTATCCCAGCAGGCACAGGACGTCAACATGACGTCAGTTTGACGCCCCAACGGCGCAGGGACGTTGCATTTAGGTTGAAAATGAAAATCGGGTTGATGTCAGAACCCAAGGTCAGGCACACAGCAATGTTCAACCTAAAATCAACCAAATATCAACGTCTAGTTATGTTACGGCTTGACGTTACCACTATTACGTCAATCAGACGTTGAATTTTAGTCACTTTGCAACATAACCTAAAATCAACCAAATG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Seq C2 exon
GATGGAGAGAATATCTTTTATCTGGCGGTTGATGACATCGAGACGGACACGGAGCTGCTGATTGGTTACCTGGACAGTGATATGGAGGAGGAAGAGGAGGATCTGGAGGAAGAGCAGGACATCAAAGATGAAGACGAGAACAGTAAAGACAGCAAACAACTCAGTGCAGACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006288:ENSDART00000127443:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.195 A=NA C2=0.627
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0389611=TRAP_alpha=PU(4.3=14.6)
A:
NA
C2:
PF0389611=TRAP_alpha=FE(41.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]