GgaINT0068807 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011963 | PRDM5
Description
NA
Coordinates
chr4:55788842-55799755:+
Coord C1 exon
chr4:55788842-55788964
Coord A exon
chr4:55788965-55799571
Coord C2 exon
chr4:55799572-55799755
Length
10607 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAT
5' ss Score
7.25
3' ss Seq
CTACTTATGGTTTGCAACAGGAA
3' ss Score
7.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011963:ENSGALT00000019510:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.220 A=NA C2=0.565
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0396611=Trm112p=PU(28.0=33.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]