DreINT0120782 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061830 | prss12
Description
protease, serine, 12 (neurotrypsin, motopsin) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090313-45]
Coordinates
chr1:19413530-19419686:+
Coord C1 exon
chr1:19413530-19413671
Coord A exon
chr1:19413672-19419483
Coord C2 exon
chr1:19419484-19419686
Length
5812 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGACT
5' ss Score
6.6
3' ss Seq
CCCTGTCATTCTTTTTGCAGTGG
3' ss Score
9.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTACCTGTGAGGCTGGTGGGCGGAGAGAATGAGAGAGAGGGGCGTGTAGAGATCCTGGTGGGTGGCCAGTGGGGGACGGTGTGCGATGATGGATGGACGGATCGGGACGCAGAAGTGGTGTGCAGACAGCTGGGTTACAG
Seq A exon
GTGACTCCAGTATTTCACCTGATGAGCATTAAATGTTCTGTCATTTCACTATAATTAGACAGTTTCTAATTGTAGATGCAAAGATGTAAAGCTGGTAAAACAAAGATAATATAATATAATATAATATAATAGAATAGTATAATTATTAATATATTTTAATTTTAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATATTATAATAAAATATAATATAATATAATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTAACTTTATTAATCTAGGGTCACCACAGCAGAATCAACCACCAACTTATCCAGCATATGTTTTACGCAGCGAACAATTTAGCCTACTCAATTCACCTGTACCATGTGTTTGTGGGGGCAACCGGAGCAACAGGAGAAAACCCATGCCAACACGGGTAGAACATGCAAACTCAACACAGAAACGCAAACTGACCCAGCCGATGCTTGAACCCACCTTCTTGCTGTGAGGTGAACGTGCTACCCACTGCGCCACCGTGCAGCCCAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATAAAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAAAATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAAAATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATAAAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAACATAACATAACATAACATAACATAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATATAATATAATAAAGTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGAGGTTGTCACAGTGGAATGAACAGCCAACCTATCCAGCTTATGTTTTACCCAGTTGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAAACATCCATACACACTCATTCACTCACATATACTATACGGACAATTTAGCATACAAAATTCACCTTTACTCGTGACGCCCTATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATTTGTCCACTTTCAAATACACAGACTAATGTCAAGTCAAATTAGATAAGTAAATCTTCTTTGATGTTGGCATGACAAAGCGAGGCTTGAAAATTTAGAATATTTTATTGTCAGAAAGACAATACATTTGAAAAAATAAATAAAATCTCAGAGAGACCATGTTAAACCACTTCACACACACTATTTAATCTAAGTAAACTACTTTAGGCTCAGTACCCAATAAACCATCATACCTCGTACAAAATTTTTAAGTCTACATACTTGAAAATCTTTATATGCAATATTGATAGTTTATTTAGCTAAACTGACTTGGCTAACATGACTTTAAAATGTTACCATATATTAAATAACTTTTTAGATGGAGTGTAAAGGGCATCTATTTTACCCCTTTTACAAGATGTAAGGTAAGTCTTTGGTGTCTCCAGAATGTGTCTTTAAAGTCTCAGCTCAAAATACCCATCAGATTATTTATTATAGCCAGCAGAATTTGCACATTTGGTGTCTGCGTGCATTGTAGCTGTTTTTGTAGCCTGTGGCTTTCAATGAAAATGAGTGGCTTCTCCCCGCCCACCGTTTCATCATGTGTTACATCAGATAAACAGCAGTCAGTGATGGAAACAGACATGGATGAAGCTGAAATAAGGTCACTAGTAAAAAATACCAAGTAATTTTATTTGATGTATTTGTGGTGGAGTTTATTCAAGCCTTTCTGAAATGATGAGTCACACACAAATGTCATTTGCAGTACACACACACACACACAGATATCAGAAAGATCCGACCCTTCTTATCTGAACATGCAGCTCAACTCCTTGTTCAAGCTCTTGTTCTCTCCAAACTGGATTACTGCAACTCTCTACTAGCTGGGCTTCCAGCTAACTCTATCAAGCCTCTTCAACTGCTCCAGAACGCAGCAGCACGAGTGGTCTTCAATGAACCTAAACGAGCACATGTCACTCCGCTGCTAGTCCGTTTGCACTGGCTGCCAGTTGCTGCTCGCATCAAATTCAAAGCTCTGATGTTTGCCTACAAAGTGACTTCTGGCCTTGCTCCTTCTTATCTGCTCTCACTTCTGCAGATCTATGTGCCCTCCAGAAACTTGCGTTCTGTGAATTAACGTCGCCTCGTGGTTCCATCCCAAAGAGGGAAGAAATCACTTTCGCTCACGCTCACGCTCAATCTGCCCAGTTGGTGGAATGAACTCCCTAACTGCATCAGAACAGCAGAGTCACTCGCTATTTTCAAGAAACGACTAAAAACTCAACTATTTAGTCTCCACTTCACTTCCTAATCTGCAATTGCCTCTCTGAATATCACACTAACTGTACCCAAAAAAAAAAAAAATACTAATACTACTAATACTTCCCTTCTTAGACTTTACAGACCTGAAACTTGCTTATAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTAGTTGTGTAAATTGCTTCCTTGTCCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGTCTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAAATGTAGATATATTAGCGTTTACTAACACCATGCAGCCGTGGTGATTATAGCAGTTAAAAGTATTGATTTTACTGTCTTCATTACAAACATGGATTATTTTAAAAACGTTTTAAAACTTATAAAAATCACAAAGAGATGGAACAAGTGTTTTAATCCAAGTTTATTTGCACATTTTTTTCTTTGTACATATGTATATTTGTTAGTATAGAAATGGAACAAAATGGAGTCTGTCAATCAGTTTGGTGGGAGGATAAAACCACACTCCTATGTCACGTTAACGTCAAGAATTTTTATTTATTTTTTGGTTTTTATATCACTCCAATATGACTGTGGACACACTACCTACACACAGTTCTGTCCAAACAGCTTACAAAAGTTGATTTTCATCATAGCTGCCCTTTAAATATATTGAAACACAAGGCAACATAGTCTTCCTTGTTTCCTTCTCAATGTAAAGCAAATCTGAAAAAAAATAAAAAGAAAAAAAATCCAGTGTCCATCAAGTTGTTAGAGTGGCTGACTGTAGTTTTGGTAATCTAGTAACCAACAGTAAACAAGCTAAGACAAAAATCTTAATCCACCAAATTTAGGGATGTTTGTTCAGAGTTTTGCATTTCCATCACTCATTTATCATCTGATACTTCAAAATGCACATTGACACAGGGTAATGGAAACTCAGCTAATGTCAACACTTCAACTCTGTTTTATTGCCACATGTATTTACAGGAATATCCACCTCTAAAAATGACTACATGAGTTGTTTTTTTTAAGTAGGTTATTATAACCTATGGCCAAGTGTGGGATCAAACTCATGATTGCTGCTATATATTGCAAAGCTCTGTTTGAGCTAGGTCCAGATCTATTTCAGTTTGCTTCTCTTTTTTTTTGGAAGTAAAAATGATTTTTATTAGTTCAGTTCTGAATGGTTATTGTTATTGTTCAGCTCAGATTACAACACTGAGAAGTCTGTCAGATTTACACACGCTAATGTGATCAACACCTTCCCTTATGCTCACCTCCTGAGGGGGGTCAGAGGTCAGGTTATGACACTGTAACTGATGCTTATATCTGATGAGCTCAGTTCTCTCAGCTGGAGCTGGCGATGTTTCTCACTTGTGTTATGATAGATATGCTGTGCTTGTCATTGTATGTGTGTGTGTGCTACGATATATGTTCCTCTTGAGTGAATACACCCAGAACTCACACAGATCTTTCATTGTGTCATTGTTTGAGCTTAGTAAATGTACCTTGCTATACTTCAGGATTATCATTAAACTTAAATCAAATCACTTTTGTAGTCACATCCTCAGCAGCACATGTAACTTACTATGATGAGCGAAAAGCTTAGGTGCTGGCTCCAGACAGTGCTAAATACAGACAGTGCAAGATACGACAACATACTTCAAAAAACAAAACAATATTCTATTAGCAATGTTGACAGTAGTATGCAAAATACAATAAATATGTGAAAGACAATAAATACGTTAAGAAAAACACACATTACACACATGTAGGCTCCATTGACTGTAAAAGATATGGATGTAGTATCCGTGACTTCTCCCATAGGTTTCTGAAGAGCGCAAATGAAGCTAAAAGTCACCGTGGCCAACTGTCGCCATTTTGTTAGCTCGTCATCGCACCGACCGGGGGTAACCAAACAAGGGAAAAAAGGCAAAGTGTCAGTGTAGTTACAGAAACCTGCTAGCATTTTGCTTATACAGGCTTTTCTTTGAGAGAAACCCTTAATACTTCTCCTAACCTTCGACCTTTTTTGTGTTCTGACCATATGTGCTTGGTTATATACTATATCAATAAGGTGTTTAGTCTTTTAAAAACACTGCTGTAATACATTGAGCCACTAAGCATTGTTCATATGACGTTTTTCTACAGGAGGAAAATGCAAATAACTCCCAAATACTTTAAATACAGTCTGTGTTAGTAAATGCAAGGTTATTTATGAAATCCAGGCACAACACTGTATGAAAACATTTCAATTAATTGTAGGAAATAATTCCAAAAAAATTGACTGTATAAATCCACATAAAACAAAACAAAAATACGATGCATATGCCGAGTTCAGCGGCTAATCACCCGAAATCATCTGAGATGACATGATGGTGACCAGCTGTCGCTTAACAGGCCACACCCTTAATTAAACAGACTTAACATAACTTTATCAAAATGAAATGTATGAGTTATAAAAAAATTCACCCCCACACAGTTGTCACAAAGGGTAATATTAACTAAGAACCAAAACCATATATTGTACCAGGCTGTAAACATGTTTTTATCAGCTGTAAAATA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Seq C2 exon
TGGGCTGGCTAAAGCTCGTGTAATGGCATATTTCGGAGAAGGCGAAGGTCCTATCCACATTGACAATGTAAAGTGTACAGGCGGGGAGCATTCCCTGACTGACTGTATCAAACAGCCATTCGGGACACACAACTGTCGCCATAGTGAGGATGCCGGTGTTATTTGTAACTATGGGTTACAGCAGGATTCTCCTGGGGTCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061830:ENSDART00000140263:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.104 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=PU(41.8=85.4)
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=PD(57.1=81.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]