HsaINT0132934 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000164099 | PRSS12
Description
protease, serine, 12 (neurotrypsin, motopsin) [Source:HGNC Symbol;Acc:9477]
Coordinates
chr4:119219888-119229732:-
Coord C1 exon
chr4:119229591-119229732
Coord A exon
chr4:119220094-119229590
Coord C2 exon
chr4:119219888-119220093
Length
9497 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGG
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
TAAGAATGTTCTGTCTTCAGGGG
3' ss Score
7.33
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTCCTGTCAGACTGATGGATGGAGAAAATAAGAAAGAAGGACGAGTGGAGGTTTTTATCAATGGCCAGTGGGGAACAATCTGTGATGATGGATGGACTGATAAGGATGCAGCTGTGATCTGTCGTCAGCTTGGCTACAA
Seq A exon
GTAAGGAAAACCTAATTATTTGGGATGGTTACTGATGAGCATATCTGAATTTTTAAATGCTTAATCTAATGAGTTACTTTTTACTTAAAATGAGCTTCTGTCATTCATTTGAAAATACTGGCAGCATATTGATTTGATCCAGAATTATAAAGAAGTAATAAGTAGAGCCTATTCACATTTTTCTACTCACAGAAAATATTATGTCACACAAGAAATGTAGCTTTTTATCTAATAACAAAATAGTCTAATAACTCTGACTAGTCATAATACAGCTTGTATCAGCTTCTGTCAGTTAACCTTTTCTCTGTGATTGATGTTTCAACACTGTAGCCTTTTAAGGGACTCTAGAGTTATTGAAATTACTGTTGGTTCTCATTTTTCTTGATAGTTATAAAGTCACTGTGGACACTGAATTAGCAAATGCTGAGCCATTGCTCCTAGAGCTGAGGTCACTGCTCTCCCTTCTTGTTTCAGCTTTCATACTTGTTAACAGTTGTCCTCTTTTACAGTCTGTGTGGTGCCAATTTTTTTTTTTTTGCATTTCTGTGCTTGCTTTGCTGATGACTTCACTGTTTAAAATGGCCCCCATTTATAGTACCGAAGTGCTGTGTAGTGTTCCTAAGTGCAGAAAGGTTGTGGTGTGACTTAGAGAGAAAATGCATGCATTAGATAAGCTTCCCTCAGGCGTGAGTTACAATAAGAACATGGCACTAAATAGAATGTGAAAAGGACACTTGTTTACAGTGTGAGAGGAGCAAAAAAGAAGGCAGATCATCTCCTGTTGGTTAGACCTCAGCTGGGTAATTTAAAATTTTACTGGCTCTGCATATGTCATGAATGACTGTGAAAGCACCCTAAGTAATGATTTTGAAGTAACAAAAATATGGAAAATGTTACAATTCAGAGGGTTATAAATTTAAGATAATATGTATATAAATTGCCTAGCTCAGAGTAGATTACTAATAGTAATTTGGATTTAAAAATATATCCTTAATTATATATCTGTGTTCATTTTAAATATTGAACACTTCATATGGTTATTTTCTATAAAGAATACATGTTTATTTTAAAAAGCATTTCTGTTTTAATAAAAGTTCACATGTTGGGGGTAAACTTCAAAATCAAAGTTGTTTCTGGTTACTCGATACTACTTCAATTTATGGCTCAGTTTTGGACCCAGTTGCAATTCCAGTTGTCCTACAGCCAATTAATCCTTCATTTGTGATATAAATTTTCAATTTTCAAAATATGGGGCAGTAAAGTAGGGAGAGTCTACATTAGATGTGAAAGTGAATTTGGTCAGTGGTTAATTTTAAACTTCTTTTGCTCACTGTGTTTCTATCACTCCTTTTTCCATTTGAAAAAAAAATTATTCTTGTTCTTGCATTACATTCCCAGTACATTTCCTCACCCAAAATCAGCCATTAAAAGATATTGCTCTTTGAGACTGGTTTCTTGGCCATATTTTAATTTTATTGTCTTGGTGGAAGTGATCCAGGAAACCTAGTATTACCTTTGGAAATACAAAGGGGAAGATTGGCACCAAAGTTGACCTTCAAATTGTGTGTCTCAGCTAAGTTTAAGGAGAGAAAAATTTTCTAGGCATATTCATCAAGCATCATCAACACACATGTAGTCGTGTGTTATTACTTGGATTTCTTTCTAAATTGTTCATTACTTTTTATTTATCATCATTGATATAGTTTGGATATTTGTCCCCACCCAAATCTCATGTTGAGATGTAATCCATAATATTGGAGGTGGGATCTGGTAGGAGGTGTTTGGATCATGGGGGCAGATCCCTCATGAATGGCTTAGGCCATCCCTTGCTGATAAATGAGCTCATGCCCTGAGTTCACATGAGATCTGGTTGTTTAAAAGTGTGTGGCACCCTCCCACCCCGCTTTCTGCTGCTACTGTTGCTGTGTGACTTGCCTGTTCCCCCTTCACCTTCTGCCATGATTGAAAACTCCCTGGGCATCAGCAGAAGCCAAGCAGATGCCAGCCCCATGCTTCCTGTAAAGCCTGTAGAACTATGAGCCAATTAAACCTCTTTTCTTTATCAATTACCTAGTCACAGGTATTTCTTTATGGCAATGGAAGAATGGCCTAACACAATCATTTAGTCCATTTAACATTTAACTCAAAAGTGAATTTAGCCTCATGTTAGAATGGCTATGGTCAAAACAACAAAGGATAACAAGTGTTGGTGAGGATGTGGAGAAACTGAAACCCTTATGCACACTGTTGGTGGGAATGTAGAATGGTACAGCCACTGTGGAAAGTAATATGGAAACAGTATGGAAAACAGTTCCTCAAAAAGTTAAAAGTAGAACTACCATATGATCTAGATATCCCATTTCTGGGTATATGGCCAAAATAATTGAAATTAGGATGTCAAAGAAATATCTGCACTCCCATGTTCATTGCAGCATTATTTGCAATAGCCAAGATGTGGAAACAGCCTAAATGAATGGATGAAGAAAATGTGGTATGTATGTGTATATATATATACAGTTACTGAAAGACAAATACTACATGATTCCACTTATATGAGATATCGAAAATAGTCAAACTTATGGAAGCAGAAATAGAATGGTGGTTATCAGGGGTTGGGAGGAGAAGAAAATGGGAAATTATTTTTCAATGGGTATAAAGTTCCTGTCATGCAAGATGAATAAGTTCTAGAGATCTACCGTACAATACAGTACCTATAGTTAACAATATGGTACTATATACTTCAAAATATGTTGAGGGTATAGATCTTATTTGTGTTCTTACCAAAGCCAAATGAAAACAGAAACAGAACATAACAAAACAAACAAACAAACCTCAGAAAAGAACACAAGGAAATTTTTGGAGGTGATGGATATATTTAGCACCTTGGTTGTGGTAATGGTATCACAGATACATGCATATGTCCAAACTGAAGAAGATTTTTTATATTGATTATACCTAATTAAAGCTAAAAAAGAAGTGATTTTAGATGAGAAACACACTCTAGATTAAGTGAACAAAGTTTGTTGCAGCTTTCAATATTTCTGTAATACTTATCAATCAAGAAAAGCATCAAAAGACTTTATAATTGCATTTTAAATAGTCTTACAAGTAATTCAGTAATTTAATGTTACTATAACAAATTGGATAACATAATCTGCAATTTGCCATCAAATAGTATTTAAATGAGAATTGTTTAGCTATTTGATTAAATATACTTGAATATTTTTATAATTTCCCACTGAAGGGAAATTGGATTTCATATAAGAACATATATGTATATTTTCAGTATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATAAATTATAAACAGGTATGTGACTAGTGCCGAGGATCTTTTTTTCATCATGTCTATTTTGAATCACAAAAAATCTTTAATAAAGGACTTATTTGTAGAAATCAATCCAGGAAACTTTGAAGCTGTTATAAGATTTGAGCCTCATAAATAGGAATTTCAGAGATCTGTCCTCCAGCCAGTTCTATGATGCATGAGGATTAGTCCTTGGAAATACTGAGAATCAAAATGGTATTAGAAAGCCTTTTCATAATGGGAAAGACAGAAATGAGATAATAAAAAAGGAAATGTGAATGGTAACTAATACAGATATGCTTAAAGTGAACAGAAAGTAAAAGGCATTATTTATTGATGCATTACATAATGTCTGACAAAGTCTAGCATATGAGCATATTGTTCGTAGATTGTTGATAGAGAATGTGTTGAGATCAGTTAAATTCATTGAGATAGACTAAGTAGTCATGACGGAAATTCCATTATATTTACACTTTATGTGGATCCAGTAGCATATGTTCCAATATAGCATTGTTTTTGAACATGTTTGTTAGCGTATTAATCCTTAAAAAAATTTTAAAAATTGTATATTCTCACTGCTTTAATAGAGATCTAAAATTAAGTGTATCTGATATCTATTTTACATTTAAATAGCTGCAAAGGACTTAATTTCTGGTATATTTGTATGACATTTGAATATAAAACAGTTATACCACTCTTAATTATATCCAGTGAAATATAAATATAGTAATTTGATTCAGCTATCCATTTTAAAAAATACATGAACAAAAAATACTTCTTTGACCAGAAATTTTACAGTTTTTTTTTCTCCTTGAAGTTGTATTTTAAATTTTCTTCCCCCACGGAATCTCAATGTTATTATGCCTTAAAAATATGTGTGTATATGTATATATACACACACATATATGCACACATACACACATACATATACACATGTATGCATATATACAGATACACACACACACGTACATGGAGAGAGAGAAATTATGCTAACAAGTTTCAGGTGTCTCTGGAATTTATAATTTCTAGTATACAACTGATAATAAACAGCAAAATATTTAATAAAATTATTAAATAATTATTAAACATAGAAAATAAAAGTTTACCAAAGCTCTCATTTCTTAATTAGACCAATGGGTTGGGTTTGTGTTGCTTGGATTAAGGAAGCTTCATTGCTATCATATATTTTGAATTTTTCTTTTGTCCCCTTTAGAGGCTTTCAAACTTTGGAGGAATGCACTGCGGTAGGATTTGGAGTGAGTGCAAGATATGCTTTTTGTGAAGTGAGAGAAGAGAAATTTTGAAAGAGAAGTTTGATCTTGATAGCAGCAAGATTATTTTTAAGAAATAATATATGTGAAATTTGAGGATATAAAAATTGATTCACTTACAGCCTGTGTATCCCTTGGAAAGTTATTATCTACCAGGAGCACTTGACATCCAGTTTAAAGACTAATTATCAGAAAGTGTTGTGTCATTGAAATTTTCAGCTATGAATTACTAGATTCAGTAAACCAGTGAGAAGCCTTTCCCTTTTTTCTATGGATGGCAGAGTCCTTAATTGTTTAAAGAAAGAGTAGTCAAAAGAAAATGTATTAGATTTCACTATATCAATGAGAATTTAATCATGTGCTGTTATTTGTTAAAATGTTCTCTA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Seq C2 exon
GGGTCCTGCCAGAGCAAGAACCATGGCTTACTTTGGAGAAGGAAAAGGACCCATCCATGTGGATAATGTGAAGTGCACAGGAAATGAGAGGTCCTTGGCTGACTGTATCAAGCAAGATATTGGAAGACACAACTGCCGCCACAGTGAAGATGCAGGAGTTATTTGTGATTATTTTGGCAAGAAGGCCTCAGGTAACAGTAATAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000164099-PRSS12:NM_003619:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=PU(41.8=85.4)
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=PD(57.1=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)