GgaINT0073578 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012004 | F1NH25_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr4:56591093-56597658:+
Coord C1 exon
chr4:56591093-56591234
Coord A exon
chr4:56591235-56597452
Coord C2 exon
chr4:56597453-56597658
Length
6218 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
AAAATGTATTTTGTTTCCAGAGG
3' ss Score
6.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTCCCATCAGGCTGATGGATGGTGAGAATAAGAAGGAAGGACGCGTAGAGATTTTTTTCAATGGTCAGTGGGGCACGATTTGTGATGACGGATGGTCTGATAAGGATGCAGCTGTAGTTTGTCGACAGCTTGGCTACAA
Seq A exon
GTAAGAAAATCTTTTGAGCTGTTCCTCGAGTTATCCATTTGCTATATCTAACAATGTTGTGCAACTAAATATCACCAAATTCTGTCTGCTTGCATAATAGAACTTTTAAAAATTGTCTGTTTGGCATAATTATAGAAAAGCTTGTTTATGCCACTAACATAAAAAAATATAGACTATGTCTTAAAATTTTCATTAACTAGCAAAACTGGGAAAAGGAATTTTGATGCTCAAAGGCGTATCAGAGTGATTGGCAACTAAAAGGCAATTTAATGCTAGTTATGAAAATAATTTTATCACAAGTCAAATATTCCAAATTACTAAGCCGCTGAATATATAATGTTTTTATTTGTCACTTATGGTGCTACATGTCCGTAGGATACAAACACATTACACACAATCCATTTTTTTAACCCTTGGTTGCACTAATGTAACAGAAAATTTTGTTCATTGTATCTACACTGTGCACTTTCCCATTCAAATCACGTTTACTTTACTTGTTTCATCTTCAGTTTTCAGATTCCTAATTTCTAGTTTGGGGAAATGAGGGGAACTAATATCAACATCTAGATCAGCACACAGGGTTACATGTTCTGTGAACTGTGCAGATTCTCTCTTCTGCTTCTGCTTTTATGTCAGAGCTTTGTGTTTCACCATACTTAAGAGACAGTGTTTGTTCCTATAAAAAATTTCATATTGAATCACCTTTAATCAACAAATCAAAACTGAAGGTATCTGACCTTTAGTGCTTTAGTGATAAGATGTAACAGTAAAGTAATCAAAACAAACAAACAAAAAACCAACCAAAAGCACAGAGGAAATTAAAATGCTTTTCTCATTACATTTATAAATAAAATAAAAATATGCAGAACCTAGATGTGGTTTATGACAGTTTTCTGAGGCTATCTGGAATTTAGCTAAATTCTCATGGATAATGTTTGTATTGTTTCAAAGAGCTCTTAATCTGTTCTCACTGAAAGCTATACTTTTGCATATTGCAAATATTTTATCATTTGTGAATCTTAATGATGACTTTTAACTCAATAGTTTCCAATATAACAGTTATTTAGTTATTTTACTGAAGTATAACAACAGGTCTTTGTCCACTGTCCCCACGTGTGGATATGATTTCAACATTGGTTAAGATTTAGGCACACCAGCTACTCATTTCCCTATTCCATGGAGTTTTTTCTGCATTTCCTGCTCTGTCTAAACTTGATGTAGCTTGGAAATTTGATAAAATTGTTATACAAATGATTGACTTCATCCTACAATAATCTGAATAGCTTCATTTAATATATGAATAGACCTGATGGGACAAAACGCCCTCTAATTAAAACCACTGCAGAAGATAGGAGCCACTTCTGAACTAAGTCACATCCCTTATGAACATTTTTTTTATGAATCCTATTTATCATAGTTATCCCAAGTTGGAAGGGATCCACAAGGATACCTAAGAGTAGTAAAGATAACAGCATAAGGATGAACATATAAATAGCAGGACTAATATGAGCGGAAAGATTTCCAGAACACTAGTGAAACATCTTCTCTGAGTGCATCTGTAAAGAAATCTGAACTTAAAAAATACAAAACGAGCTTTTTCTAACAAAGTTTGTGCAACTGAATATCATCAATTTATGCCTCTTCACATAACATATGCCTTTTAAAAGTTGTCTGTCTGGTATTCTTAAAAAAGCAACAAAAAGCACAACATATGTATGCTATAACTAGGAGCAGACTGCATCTTCAAAACTACAAAACCTGACTTGTATTATCTCCTACCAAAACATTCATTTAGTCTGCTCCATCCTCTGCCTCTCTGGCTGTATATTTCTCCCGCAGATTATCAGACTCAACCATTTATCCATACCTTCTCCTTTCAAGCCTTTGCAAAGACAGATGGTTGTCTAAATTCTGAATTTCTGTCATGAGAGGCCAAGGGCTTAAGTTTATAGGATACAACAGAATACATGTTTCCTGAAGGACTTAGGAGAAACACATTTTTGAAGTCTAAAATTAGGTTCCACAAGTCGGTAAAGCTTGTTGGAAATGGATCTTGGCAGCCCTATGTGTAGACACTAGCATTTCACAATTGTGACTACACTATTACATGCAGTGATGAGCTGGAATTGCTTCCGGGCCTGGGAATTCATGAATAAATCTCTTTGTTAAAATTCAAATTATATTCAGTGATGACTTGACTGTTCCTAAGCACAATTTGGGCTTCTAGATACATATATCTGAGCTGGGGGTTGATTAATGTTGTTTCTTTACATTACAACCTTTTCCAGGAGGAACTCACAAAGTGCCTAATACTGATGTTAACATCGGTTTTCATTAAGATGGATCACAGGACTAAACATTATAATTCAAATCCCTTTATAATGCTGTGTTCAATTCCCAAGTCTGGGGAATCTTGAACATACTTAGCCTTGCATCACATTTCTTGGGAAAAAAAGAAAAACACAGATTTAGTATTACAAATGGGAGAAAAGACTGTCTTAGAACAGAAGACCTATGTAAATAAAGAGTAAAGATTGAGAACATGGGACTGAGTTTTTCCTGCATATATTATTCATAATGTCAGAGGCTAACTGTACATTTATTTTATGAAATCCTGTTTTGGAAAATTCTCAGCTACTTATTAGTGTTCACTTATGAGACTGAAACAAGAGAAACTCTGAGTTGGCAAAATCACTATGTTCAAAGCAACGCCAGTTTTAAAGATGCTTCATTAACCTAGTGTGTCAAACAGGATTAATATTGGAAAAATATAATATTTTTCACAACAACAATAACAATATAAAGAACATCAGAAAAAAAAAATCTTGGAAACATAAAAAGAATAGCAGCCTAATGTAAGTAATATTTGTGGCAGGTTAAATGCTAAGAGAATATGCACCTTTTCTGAAGTACAATCTAGTATGTGATTAGCTTAGCGTACAAAAGAGTATTTTAATAGAGTGAGCAAAGAGAAAAAGGTTTTAGAATCCTTTGCATTTTTATAAGTAACTGTGCCAATAAAACCGGACCCTCCTCATTTACATCAGGCTTATAAGAACATACTTTCCCACTCAGTCTCCACCCCAAAAATCCTGCCTTAGTCCTCCAAAAATTATCTACTACAGAGAAATAAATATTCTAGGGAAGTTGGTTTTTTGAATTAATCAACTGGATTTCTTGATTAATAGCATTATTAACAGTGGTCATACTGCTTCCGAGGAGCTAAGCCTAAGTATAGTGTGGTGATTTACAACAAATTAGTTTTCAATATCCTGAGCAATTTTAGAGCCATGTCCTAGGGCAGGAACTTAGTATTTTGATACAGAAATACCTAAACCAGGTAAAATTTTGCAATATGTGCTTGTGTTGTCCCAGCATTTTCTAATATCATACATGGACAGATCAGCTGCCCATGAGTATGAGGGAGTAAACATTTTTCATCAAACATTTTATTTGTCATCAGAGTATCCTTCACAAAAGAAAATATCTGGAGCAAGAGACACATTGCTTGTGATTGACAAGATAAATCATAGTAAACTCATTAGGCAAAGATTGACCTATTCTGGTTTGAAAGTATGTTAAGGCTTTGGATTATCTGGTAAATACATGGTGGCCATGGAAATTAAAAAATGTCTAAGGACAGTTGACCTTGTGGTATCATCTCTGTTAGCTGGTCTGCACGCTTCCCTTTCCTGGTTTTCTATAATTCATGAATTCTAAATAACATTTCCTACTTAGGAATCCTGTGCCCTTCAATATGTGGTAAAGAAATCCAAATAGGCAAGGTTTTCTATGTGCAAGTTCAAAAAAGGAGGAAGCTTGAATTATAGCATGCTCTATATTATGAATTATATGAATATAGACAATTGAGTTTGATTCAGCCACATTTCCAGAGTGAAGAAACATTGTAAGTGGTATGACTCATCAAAATTTCTCCCCAAGAAAGAATCCCTAGCTGATGAAAGTATATAACTCATAGAATCATAGAATCATATCAACTCTTTATGACATTTCCCACATATCTTCCTCAACACTGCAGGCATAAGAAGAGATATAAAAATAGAGATGTAGAAAGAAATATTTTCTTGCCTAATACACCTTCATCATTAAACTCTCTTTCTCTATTCTGGCATTTCATTGTACATGCAGTTATCCTTCTGCATACACAGAGGTACTTTCCTATTATTTAGAATTCAGTATATTATATAACAACAAAATATCAGGAAAGCTCTTAACTGATACATAATCTTTTAATTCAGACACACCTAAAGCAAACTGCCCAATTCTCTACAGAGAGCTGGGTTGTTTCCCACTAGTAGTTCTTTCTTACTCTCAAAACATATACAACAAAACTGCTATCAAGATATTATGAAGTGTATTCTAAATACTTAAAACTAAACATCTATCACAAAAATCACCAAATGAAATAAATACATGCACAAATCATGGCTCTTTCTTTTTGTTTGTTCATTTCTGAACTGCTTGTTCACTCACTCATTTGGATAAAAGGTTGATTACTCAAAAAAGGTCATTCATACAGCAGACGGCAGTCACTGCTGAAGCTACATGGCACTACATACAATCCATAAGGATCAGAACTTCAAACCACAATAAAATGTCTCAGGCTGACATTTAAATACTTACATTTGATATTTATCCTTACACAAGCATAGGATTATTTGTAAAATGCCTTGAGACAGATGTATTAAAGTGCTACTGTCTTGGTTTTGGCTGGGATAGAGTTAATTTTCTTCATAGTGGTTGGAAGGATGCCATGTTTTGGATTCAGGAGAAGAAACAATGCTGACAGCACACAGACATTTTAGTTGTTGCTGAGCAGTGCTTACACTAAGTCAAGGGCATTTTAGCTTCTCACACTGCACTTACAGCTTGTTTTACCTTTTTCCGATTCTCCCTCCCATCCTACTGTAGGAATTTTGAGTGAATGGCTGCACAGTGCTGAATTGCCTGTTGGGTTAAACTGCAGGTACCAAGGACTTACGATGATTAGGCTGAACCTTCCCAAAATTTTGACATTTTAAATTCTTAAACATTCTATGGAAGAAACTATGCTTGCGAATAAGAGCAGAAATTATGGTTTAGTACATAGAAATATCTAGGAGTCTCTATAGCGTCTCCATGTATCAACTTACCTGCATCAACTACAGATGCAGTCACAAAAAGTTGGTGAAACAGCTGGGGCTTTTCTGTCTGCTTTATGAGACGTTTGGGACAAAAATCAGTCTCCTATGCTTTGAGAAAACAGATTGTACACAGTCAATCAAATTTTCACGCAATGCAGAAAACATTCATGTTTCTGCAGTTCCCTTGGTCCTTTCTTTGCCTGTAATTGCATACCTCCCAGTCATAACTAAGCTTTTCATACTTACTCAGTTGTTGATTAATTGCTACTTTTGTAGAATAATTGAAAAAAAAAAAAAAGGTTGTTACATCCTTGCCTATCTGCAGATGTCCAATGTGAGTGAGATACCATGAAGCTTTGCAGAAATTAACCAACCTTATTTGGTTTGCATGGTTTCAAAAAGATCCAACCCTCAACTTTTTTTTCTTTTATTTTTCTTTCTTTTTTTTTTCACCAGTAGTACTTCAAGAATTACATTTCTCTGCCTTTCCCCAATTACGCTGCAGGTTTAGAATTCAACTATAGAACACCCTTAAAAAATTACATGACTTGTACTCAGGATAATGAAATATGTTAATAACCTTTAACATCACATAGATGTGTAAATCATAGCTCCTGTACTCTGCAAAGATACTTTCTTAGTTAACTAGTCCATCTTACTGAGGGAATCAGACCATAAAAACTATATTTTTAGCATTCACAGATGCTGTTCAATATGAGGATTAAAAAGATTATCAAAAAGCAGCTTTCACATATTTTGCTTTATTGTAGGTATTTGTAATGCCTTTACAGTGTAAAATACTCGGCACACTGCATTCTAACTAGAGGCAGAAGAGCATAAGAGAAATTTTAAAACATTAATGGATTGTAGCAATTTTGGTACATTTATTTTTTTTTTCTGCCTCTCAGCAGAGGCAATGAGAAGAAAATTTATCATCTAGTAAATCAGTGACAGACCTTGAAAGAAAACCACGATATCTTCACTACTCAAACTCTTTATTTCAGCTGAGTAAATGCAGAACAGTACCTCAAAAGGTTTTGATTAAAAAAAAAAAAAAATGTATTTTGTTTCCAG
Seq C2 exon
AGGTCCAGCAAGAGCAAGGACAATGGCATATTTTGGGGAAGGCAAAGGCCCAATCCACGTGGATAATGTAAAATGTACTGGAAGTGAGAGATCCTTGGCAGACTGCATTAAGCAGGACATTGGAACACACAACTGCCGTCACAGTGAGGATGCAGGCGTCATCTGTGACCACCTAGGCAAGAAGGTCCCTGGGAACAGCAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012004:ENSGALT00000019591:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.167 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=PU(41.8=85.4)
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=PD(57.1=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]